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Biblioteca(s):  Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
Data corrente:  01/09/2020
Data da última atualização:  02/09/2020
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  SILVA, P. I. T.; SILVA JUNIOR, O. B. da; RESENDE, L. V.; SOUSA, V. A. de; AGUIAR, A. V. de; GRATTAPAGLIA, D.
Afiliação:  PEDRO ITALO T. SILVA, UNB; ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, Cenargen; LUCILEIDE V. RESENDE; VALDERES APARECIDA DE SOUSA, CNPF; ANANDA VIRGINIA DE AGUIAR, CNPF; DARIO GRATTAPAGLIA, Cenargen.
Título:  A 3K Axiom SNP array from a transcriptomewide SNP resource sheds new light on the genetic diversity and structure of the iconic subtropical conifer tree Araucaria angustifolia (Bert.) Kuntze.
Ano de publicação:  2020
Fonte/Imprenta:  PLoS ONE, v. 15, n. 8, e0230404, 2020.
DOI:  https://doi.org/10.1371/journal. pone.0230404
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  High-throughput SNP genotyping has become a precondition to move to higher precision and wider genome coverage genetic analysis of natural and breeding populations of non-model species. We developed a 44,318 annotated SNP catalog for Araucaria angustifolia, a grandiose subtropical conifer tree, one of the only two native Brazilian gymnosperms, critically endangered due to its valuable wood and seeds. Following transcriptome assembly and annotation, SNPs were discovered from RNA-seq and pooled RAD-seq data. From the SNP catalog, an Axiom® SNP array with 3,038 validated SNPs was developed and used to provide a comprehensive look at the genetic diversity and structure of 15 populations across the natural range of the species. RNA-seq was a far superior source of SNPs when compared to RAD-seq in terms of conversion rate to polymorphic markers on the array, likely due to the more efficient complexity reduction of the huge conifer genome. By matching microsatellite and SNP data on the same set of A. angustifolia individuals, we show that SNPs reflect more precisely the actual genome-wide patterns of genetic diversity and structure, challenging previous microsatellitebased assessments. Moreover, SNPs corroborated the known major north-south genetic cline, but allowed a more accurate attribution to regional versus among-population differentiation, indicating the potential to select ancestry-informative markers. The availability of a public, user-friendly 3K SNP array for A. angustif... Mostrar Tudo
Thesagro:  Araucária Angustifólia.
Categoria do assunto:  --
URL:  http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/215688/1/journal.pone.0230404.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Florestas (CNPF)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CENARGEN38252 - 1UPCAP - DD
CNPF57383 - 1UPCAP - DD

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Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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