BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Suínos e Aves.
Data corrente:  04/10/2019
Data da última atualização:  04/10/2019
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  MOREIRA, G. C. M.; SALVIAN, M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; REECY, J. M.; GODOY, T. F.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.
Afiliação:  GABRIEL COSTA MONTEIRO MOREIRA, ESALQ; MAYARA SALVIAN, ESALQ; CLARISSA BOSCHIERO, ESALQ; ALINE SILVA MELLO CESAR, ESALQ; JAMES M. REECY, Iowa State University/Department of Animal Science; THAIS FERNANDA GODOY, ESALQ; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA; DORIAN J. GARRICK, Massey University/ School of Agriculture; GERSON BARRETO MOURÃO, ESALQ; LUIZ LEHMMAN COUTINHO, ESALQ.
Título:  Genome-wide association scan for QTL and their positional candidate genes associated with internal organ traits in chickens.
Ano de publicação:  2019
Fonte/Imprenta:  BMC Genomics, v. 20, n. 669, 2019.
DOI:  10.1186/s12864-019-6040-3
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Abstract Background: Poultry breeding programs have been focused on improvement of growth and carcass traits, however, this has resulted in correlated changes in internal organ weights and increased incidence of metabolic disorders. These disorders can affect feed efficiency or even cause death. We used a high density SNP array (600 K, Affymetrix) to estimate genomic heritability, perform genome-wide association analysis, and identify genomic regions and positional candidate genes (PCGs) associated with internal organ traits in an F2 chicken population. We integrated knowledge of haplotype blocks, selection signature regions and sequencing data to refine the list of PCGs. Results: Estimated genomic heritability for internal organ traits in chickens ranged from low (LUNGWT, 0.06) to high (GIZZWT, 0.45). A total of 20 unique 1 Mb windows identified on GGA1, 2, 4, 7, 12, 15, 18, 19, 21, 27 and 28 were significantly associated with intestine length, and weights or percentages of liver, gizzard or lungs. Within these windows, 14 PCGs were identified based on their biological functions: TNFSF11, GTF2F2, SPERT, KCTD4, HTR2A, RB1, PCDH7, LCORL, LDB2, NR4A2, GPD2, PTPN11, ITGB4 and SLC6A4. From those genes, two were located within haplotype blocks and three overlapped with selection signature regions. A total of 13,748 annotated sequence SNPs were in the 14 PCGs, including 156 SNPs in coding regions (124 synonymous, 26 non-synonymous, and 6 splice variants). Seven deleterious SNPs we... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Deleterious mutations; Genomic heritability; GWAS; Metabolic disorders.
Thesagro:  Avicultura; Genética Animal; Genoma; Melhoramento Genético Animal.
Thesaurus Nal:  Genomics; Gizzard; Heart; Intestines; Liver; Lungs; Metabolic diseases.
Categoria do assunto:  --
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Registro original:  Embrapa Suínos e Aves (CNPSA)
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1.Imagem marcado/desmarcadoCONCHEYRO, S. C.; CARSON, M. J.; GARRICK, D. J.; JEFFERSON, P. A. Evolution of variance components in a Pinus radiata clonal trial planted over sites in New Zealand: some preliminary results. In: IUFRO CONFERENCE ON SILVICULTURE AND IMPROVEMENT EUCALYPTS=CONFERÊNCIA IUFRO SOBRE SILVICULTURA E MELHORAMENTO DE EUCALIPTOS, 1997, Salvador. Proceedings...=Anais... Colombo: EMBRAPA-CNPF, 1997. v. 1, p. 193-199.
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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2.Imagem marcado/desmarcadoMOREIRA, G. C. M.; CESAR, A. S. M.; GODOY, T. F.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D. J.; MOURA, A. S. A. M. T.; COUTINHO, L. L. Genome-wide association studies reveal genomic windows and candidate genes related to fat deposition in chickens. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. Pôster P0647.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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3.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA JUNIOR, G. A.; VENTURA, R.; FREITAS, B. G. de; SANTANA, M. H. A.; SILVA, M. V. G. B.; FERRAZ, J. B. S.; GARRICK, D. J. Genome-wide association study in reproductive trait of Nellore heifers. In: PLANT & ANIMAL GENOME, 24., 2016, San Diego. [Proceedings...] San Diego, 2016.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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4.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE JUNIOR, M.; DELL VALLE, P. R. M.; RESENDE, M. D. V. de; GARRICK, D. J.; FERNANDO, R.; DAVIS, J. M.; PETER, G.; KIRST, M. Improvement of genomic selection using a ridge regression approach with selected markers. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON QUANTITATIVE GENETICS, 4., 2012, Edinburgh. Understanding Variation in Complex Traits. . [S.l.: s.n], 2012. Poster abstracts. P-199.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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5.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P.; RESENDE, M. D. V. de; GARRICK, D. J.; FERNANDO, R. L.; DAVIS, J. M.; JOKELA, E. J.; MARTIN, T. A.; PETER, G. F.; KIRST, M. Accuracy of genomic selection methods in a standard data set of loblolly pine (Pinus taeda L.) Genetics, v. 190, p. 1503-1510, April 2012.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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6.Imagem marcado/desmarcadoMOREIRA, G. C. M.; SALVIAN, M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; REECY, J. M.; GODOY, T. F.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L. Genome-wide association scan for QTL and their positional candidate genes associated with internal organ traits in chickens. BMC Genomics, v. 20, n. 669, 2019.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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7.Imagem marcado/desmarcadoMOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; REECY, J. M.; GODOY, T. F.; TREVISOLI, P. A.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C.; IBELLI, A. M. G.; MOURA, A. S. M. T.; GARRICK, D.; COUTINHO, L. L. A genome-wide association study reveals novel genomic regions and positional candidate genes for fat deposition in broiler chickens. BMC Genomics, v. 19, n. 374, 2018.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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8.Imagem marcado/desmarcadoVERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B. A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.: s.n.], 2018. 6 p. Na publicação: A. Zerlotini, J. C. C. Panetto. WCGALP 2018.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Informática Agropecuária.
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9.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA JÚNIOR, G. A.; CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MUNARI, D. P.; FERRAZ, J. B. S.; MULLART, E.; DeNISE, S.; SMITH, S.; SILVA, M. V. G. B. Genotype imputation in a tropical crossbred dairy cattle population. Journal of Dairy Science, v. 100, n. 12, p. 9623-9634, 2017.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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10.Imagem marcado/desmarcadoMOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; REECY, J. M.; GODOY, T. F.; PÉRTILLE, F.; LEDUR, M. C.; MOURA, A. S. A. M. T. M.; GARRICK, D. J.; COUTINHO, L. L. Integration of genome wide association studies and whole genome sequencing provides novel insights into fat deposition in chicken. Scientific Reports, v. 8, n. 16222, 2018.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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11.Imagem marcado/desmarcadoMOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; REECY, J. M.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D.; SILVA, V. H. da; CROOIJAMANS, R. P.; GROENEN, M. A. M.; COUTINHO, L. L. Integration of GWAS, CNV and sele ction signature reveals candidate genes for abdominal fat regulation in chickens. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland, New Zealand. Proceedings... Massey University, 2018. Digital Archive.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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12.Imagem marcado/desmarcadoZERLOTINI NETO, A.; STAFUZZA, N. B.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Detection of potential genetic variants affecting gene function in Guzerat cattle. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 12., 2016, Belo Horizonte. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2016. p. 47. X-meeting 2016.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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13.Imagem marcado/desmarcadoCESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; LANNA, D. P. D.; POLETI, M. D.; KOLTES, J. E.; REECY, J. M.; FRITZ-WATERS, E.; KRAMER, L.; GARRICK, D.; MUDADU, M. de A.; TULLIO, R. R.; COUTINHO, L. L. Expression quantitative trait loci (eQTL) hotspot regions from whole genome analysis of Nellore steers. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego. Anais... San Diego: PAG, 2016.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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14.Imagem marcado/desmarcadoMOREIRA, G. C. M.; POLETI, M. D.; PÉRTILLE, F.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; GODOY, T. F.; LEDUR, M. C.; REECY, J. M.; GARRICK, D. J.; COUTINHO, L. L. Unraveling genomic associations with feed efficiency and body weight traits in chickens through an integrative approach. BMC Genetics, v. 20, n. 83, 2019.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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15.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA, P. S. N.; CESAR, A. S. M.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; TIZIOTO, P. C.; TULLIO, R. R.; LANNA, D. P. D.; ROSA, A. do N.; SONSTEGARD, T. S.; MOURÃO, G. B.; REECY, J. M.; GARRICK, D. J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; MUDADU, M. de A. Identification of genomic regions associated with feed efficiency in Nelore cattle. BMC Genetics, v. 15, p. 100, 2014
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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16.Imagem marcado/desmarcadoCESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; REECY, J. M.; POLETI, M. D.; OLIVEIRA, P. S. N.; OLIVEIRA, G. B. de; MOREIRA, G. C. M.; MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, P. L.; KOLTES, J. E.; Fritz-Waters, E.; KRAMER, L.; GARRICK, D.; BEIKI, H.; GEISTLINGER, L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L. Identification of putative regulatory regions and transcription factors associated with intramuscular fat content traits. BMC Genomics, v. 19, p. 1-20, 2018. Article number: 499. Na publicação: Luciana C. A. Regitano, Maurício A. Mudadu, Adhemar Zerlotini.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Pecuária Sudeste.
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17.Imagem marcado/desmarcadoCESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; TULLIO, R. R.; LANNA, D. P. D.; NASSU, R. T.; MUDADU, M. de A.; OLIVEIRA, P. S. N.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; ALENCAR, M. M. de; SONSTEGRAD, T. S.; GARRICK, D. J.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L. Genome-wide association study for intramuscular fat deposition and composition in Nellore cattle. BMC Genetics, v. 15, p. 39, 2014
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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18.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. In: ABSTRACT AT JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, 95, n. 4, 2017. Anais... Baltimore, MD. 81 p.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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19.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potential loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, p. 81, 2017. Suplemento 4, Resumo 165. Edição de Abstracts do ASAS-CSAS Annual Meeting and Trade Show, Baltimore, 2017. Na publicação: A. Zerlotini, M. V. G. B. da Silva.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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20.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetiv variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, n. suppl. 4, p. 81, 2017. Abstract of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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