BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Café.
Data corrente:  06/05/2019
Data da última atualização:  06/05/2019
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  SANT'ANA, G. C.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; FERREIRA, R. V.; PAGIATTO, N. F.; SILVA, B. S. R. da; NOGUEIRA, L. M.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; OLIVEIRA, F. F. de; SERA, G. H.; PADILHA, L.; LABOUISSE, J-P.; GUYOT, R.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.
Afiliação:  Gustavo C. Sant'Ana, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, CNPCa; David Pot, CIRAD, UMR AGAP; Suzana T. Ivamoto, Universidade Estadual Paulista/Instituto de Biociências; Douglas S. Domingues, Universidade Estadual Paulista/Instituto de Biociências; Rafaelle V. Ferreira, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; Natalia F. Pagiatto, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; Bruna S. R. da Silva, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; Lívia M. Nogueira, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; Cintia S. G. Kitzberger, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; Maria B. S. Scholz, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; Fernanda F. de Oliveira, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; Gustavo H. Sera, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; LILIAN PADILHA, CNPCa; Jean-Pierre Labouisse, AGAP, University Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro; Romain Guyot, IRD, CIRAD, Universit Montpellier; Pierre Charmetant, AGAP, University Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro; Thierry Leroy, AGAP, University Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro.
Título:  Genome-wide association study reveals candidate genes influencing lipids and diterpenes contents in Coffea arabica L .
Ano de publicação:  2018
Fonte/Imprenta:  Scientific Reports, v. 8, n. 465, p. 1-12, 2018
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Lipids, including the diterpenes cafestol and kahweol, are key compounds that contribute to the quality of coffee beverages. We determined total lipid content and cafestol and kahweol concentrations in green beans and genotyped 107 Coffea arabica accessions, including wild genotypes from the historical FAO collection from Ethiopia. A genome-wide association study was performed to identify genomic regions associated with lipid, cafestol and kahweol contents and cafestol/kahweol ratio. Using the diploid Coffea canephora genome as a reference, we identified 6,696 SNPs. Population structure analyses suggested the presence of two to three groups (K = 2 and K = 3) corresponding to the east and west sides of the Great Rift Valley and an additional group formed by wild accessions collected in western forests. We identified 5 SNPs associated with lipid content, 4 with cafestol, 3 with kahweol and 9 with cafestol/kahweol ratio. Most of these SNPs are located inside or near candidate genes related to metabolic pathways of these chemical compounds in coffee beans. In addition, three trait-associated SNPs showed evidence of directional selection among cultivated and wild coffee accessions. Our results also confirm a great allelic richness in wild accessions from Ethiopia, especially in accessions originating from forests in the west side of the Great Rift Valley.
Palavras-Chave:  Quality of coffee beverages.
Thesaurus NAL:  Genome; Genomics; Green beans; Lipids.
Categoria do assunto:  --
URL:  http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/196973/1/Genome-wide-association-study-reveals.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Café (CNPCa)
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1.Imagem marcado/desmarcadoSANT'ANA, G. C.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D.; FERREIRA, R. V.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. Genomic regions related to altitude adaptation in Coffea arabica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Maringá, PR: SBMP, 2017.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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2.Imagem marcado/desmarcadoFERREIRA, R. V.; ANDRADE, G. A.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P. Identificação de novos acessos de Coffea Arábica introduzidos na coleção da Etiópia do IAPAR. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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3.Imagem marcado/desmarcadoCHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F. P.; MOUEN, J.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C.; THIERRY, L.; MANGA, M. A. Contribution of Coffea arabica genetic resources to the adaptation of coffe to abiotic stress. F1 hybrids in Brazil, Cameron and French Guiana. First results. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFE SCIENCE, 26., 2016, China. The programm & abstrcets... China: Asic, 2016. p. 180.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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4.Imagem marcado/desmarcadoCHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F.; SERA, G. H.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C.; MOUEN, J.; AUKOUMOU, M. M.; ANNEBIQUE, F.; LEROY, T. Adaptation of Coffea arabica F1 Hybrids to various environmental conditions. In: EUCARPIA GENETIC RESOURCES, 2017, Montpellier. Abstracts book... Montpellier: INRA, 2017.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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5.Imagem marcado/desmarcadoVILLAIN, L.; SARAH, J. L.; HERNANDEZ, A.; CHARMETANT, P.; BERTRAND, B.; ANTHONY, F.; TOPART, P.; LASHERMES, P.; ANZUETO, F.; CARNEIRO, R. M. D. G. Biodiversity of root knot nematodes, Meloidogyne spp., on Coffee in Central America. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota TécnicaCirculação/Nível: -- - --
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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6.Imagem marcado/desmarcadoPAGIATTO, N. F.; IVAMOTO, S. T.; SERA, T.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; DOMINGUES, D.; PEREIRA, L. F. P. Evaluation of kahweol and cafestol levels in Ethiopian Coffea arabica L. accessions grown in Brazil. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 24., 2012, Costa Rica. Programme & abstracts. [S.l.]: Association for Science and Information on Coffee, 2012. p. 217
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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7.Imagem marcado/desmarcadoIVAMOTO, S. T.; POT, D.; CHARMETANT, P.; MARRACCINI, P.; FERREIRA, L. P.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P. Diterpenes in Coffea arabica: biochemical aspects and transcriptional analysis of candidate cyps involved in cafestol and kahweol biosynthesis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 24., 2012, Costa Rica. Programme & abstracts. [S.l.]: Association for Science and Information on Coffee, 2012. p. 216
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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8.Imagem marcado/desmarcadoCHARMETANT, P.; ANDRADE, G.; FERREIRA, R.; MARRACCINI, P.; GUERA, A.; BARTOLO, G.; POT, D.; LEROY, T.; SERA, T.; PEREIRA, L. F. P. Phenotyping and genotyping genetic resources of Coffea arabica at IAPAR. FAO collection, preliminary results. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 24., 2012, Costa Rica. Programme & abstracts. [S.l.]: Association for Science and Information on Coffee, 2012. p. 221
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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9.Imagem marcado/desmarcadoYUYAMA, P. M.; REIS JUNIOR, O.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. Transcriptome analysis in Coffea eugenioides, an Arabica coffee ancestor, reveals differentially expressed genes inleaves and fruits. Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 1, p. 323-336. 2016
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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10.Imagem marcado/desmarcadoCHARMETANT, P.; PERTHUIS, B.; BEDIMO, J. M.; MANGA, A. M.; GUERRA, A. F.; BARTHOLO, G. F.; ROCHA, O. C.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P.; RODRIGUES, G. C.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P. Adaptação de acessos de Coffea arabica provenientes de Camarões em várias condições edafoclimáticas. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Consórcio pesquisa café: oportunidades e novos desafios: anais. Brasília, DF: Embrapa Café, 2015. Não paginado.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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11.Imagem marcado/desmarcadoLEROY, T.; DE BELLIS, F.; LEGNATE, H.; KANANURA, E.; GONZALES, G.; PEREIRA, L. F.; ANDRADE, A. C.; CHARMETANT, P.; MONTAGNON, C.; CUBRY, P.; MARRACCINI, P.; POT, D.; KOCHKO, A. de. Improving the quality of African robustas: QTLs for yield- and quality-related traits in Coffea canephora. Tree Genetics & Genomes, v. 7, p. 781-798, 2011
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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12.Imagem marcado/desmarcadoLEROY, T.; DE BELLIS, F.; LEGNATE, H.; KANANURA, E.; GONZALES, G.; PEREIRA, L. F. P.; ANDRADE, A. C.; CHARMETANT, P.; MONTAGNON, C.; CUBRY, P.; MARRACCINI, P.; POT, D.; KOCHKO, A. de. Improving the quality of African robustas: QTLs for yield- and quality-related traits in Coffea canephora. Tree Genetics & Genomes, v. 7, n. 4, p. 781-798, 2011.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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13.Imagem marcado/desmarcadoYUYAMA, P. M.; POT, D.; DEREEPER, A.; POINTET, S.; SILVA, J. B. G. D. da; SERA, G. H.; SERA, T.; CHARMETANT, P.; DOMINGUES, D. S.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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14.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PIPOLO, V. C.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S. Caracterização nutricional de acessos provenientes da Etiópia de Café Arábica. Coffee Science, Lavras, v. 10, n. 1, p.10-19, jan./mar. 2015.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
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15.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S. Concentração de nutrientes minerais em acessos da Etiópia de Coffea arabica. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
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16.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, B. S. R. da; CAÇÃO, S. B.; FERREIRA, R. V.; SANTOS, M. A.; IVAMOTO, S. T.; SILVA, J. C.; ANDROCIOLI, L. G.; DOMINGUES, D. S.; LEROY, T.; CHARMETANT, P.; SERA, G.; PEREIRA, L. F. P. Validação de marcadores microssatélites e diversidade genética de genótipos de Coffea arabica provenientes da Etiópia. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
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17.Imagem marcado/desmarcadoSANT'ANA, G. C.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; FERREIRA, R. V.; PAGIATTO, N. F.; SILVA, B. S. R. da; NOGUEIRA, L. M.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; OLIVEIRA, F. F. de; SERA, G. H.; PADILHA, L.; LABOUISSE, J-P.; GUYOT, R.; CHARMETANT, P.; LEROY, T. Genome-wide association study reveals candidate genes influencing lipids and diterpenes contents in Coffea arabica L . Scientific Reports, v. 8, n. 465, p. 1-12, 2018
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