BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Gado de Leite.
Data corrente:  28/11/2018
Data da última atualização:  11/12/2018
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B.
Afiliação:  ELISA PERIPOLLI, UNESP; NEDENIA BONVINO STAFUZZA, UNESP; DANÍSIO PRADO MUNARI, UNESP / CNPQ; ANDRÉ LUÍS FERREIRA LIMA, UFSC; RENATO IRGANG, UFSC; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; RICARDO VIEIRA VENTURA, USP / Beef Improvement Opportunities, Canada / University of Guelph, Canada; FERNANDO BALDI, UNESP; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL.
Título:  Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle.
Ano de publicação:  2018
Fonte/Imprenta:  BMC Genomics, v. 19, n. 34, 2018.
Páginas:  13 p.
DOI:  10.1186/s12864-017-4365-3
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Abstract BACKGROUND: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments of the DNA sequence. They have been applied to quantify individual autozygosity and used as a potential inbreeding measure in livestock species. The aim of the present study was (i) to investigate genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix approach (FGRM) and based on the observed versus expected number of homozygous genotypes (FHOM), and from pedigree-based coefficient (FPED). RESULTS: ROH were identified in all animals, with an average number of 55.12 ± 10.37 segments and a mean length of 3.17 Mb. Short segments (ROH1-2 Mb) were abundant through the genomes, which accounted for 60% of all segments identified, even though the proportion of the genome covered by them was relatively small. The findings obtained in this study suggest that on average 7.01% (175.28 Mb) of the genome of this population is autozygous. Overlapping ROH were evident across the genomes and 14 regions were identified with ROH frequencies exceeding 50% of the whole population. Genes associated with lactation (TRAPPC9), milk yield and composition (IRS2 and ANG), and heat adaptation (HSF1, HSPB1, and HSPE1), were identified. Inbreeding coefficien... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Dairy traits; Inbreeding coefficients; ROH islands.
Thesagro:  Bos Indicus.
Categoria do assunto:  L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal
URL:  http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/187250/1/Cnpgl-2018-BMC-Gen-Machado-Assessment.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Gado de Leite (CNPGL)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status
CNPGL24275 - 1UPCSP - DDSP DDSP DD

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1.Imagem marcado/desmarcadoVERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B. A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.:s.n.], 2018. 6 p. WCGALP 2018. Na publicação: A. Zerlotini, J. C. C. Panetto.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Informática Agropecuária.
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2.Imagem marcado/desmarcadoBUZANSKAS, M. E.; VENTURA, R. V.; CHUD, T. C. S.; SANTOS, D. J. A.; BERNARDES, P. A.; SILVA, T. B. R.; MUDADU, M. A.; REGITANO, L. C. A.; SILVA, M. V. G. B.; LI, C.; SCHENKEL, F. S.; ALENCAR, M. M.; MUNARI, D. P. Admixture analysis in Brazillian synthetic cattle In: ADSA ASAS JOINT ANNUAL MEETING, 2015, Orlando. Proceedings... Orlando: ADSA - ASAS, 2015.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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3.Imagem marcado/desmarcadoMARCHESI, J. A. P.; BERNARDES, P. A.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P. Análise de agrupamento hierárquico e não hierárquico de valores genéticos para características de desempenho em uma linha paterna de frangos de corte. In: SIMPÓSIO DE GENÉTICA, 18., 2015, São José do Rio Preto. Anais... São José do Rio Preto: UNESP, 2015.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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4.Imagem marcado/desmarcadoBUZANSKAS, M. E.; SAVEGNAGO, R. P.; RAMOS, S. B.; NUNES, B. do N.; CARDOSO, D. F.; MUNARI, D. P.; ALENCAR, M. M. de. Análise de componentes principais do peso corporal e de características reprodutivas de fêmeas da raça Canchim. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 8., 2010, Maringá. Melhoramento animal no Brasil: uma visão crítica - anais. Maringa: SBMA, 2010 1 CD-ROM
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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5.Imagem marcado/desmarcadoSAVEGNAGO, R. P.; RAMOS, S. B.; NASCIMENTO, G. B.; LEDUR, M. C.; SCHMIDT, G. S.; MUNARI, D. P. Análise de componentes principais dos valores genéticos de características de produção de ovos de aves white leghorn. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010. Resumos. Guarujá: SBG , 2010. p. 79. Projeto/Plano de Ação: 01.06.10.602-02.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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6.Imagem marcado/desmarcadoROSA, J. O.; SAVEGNAGO, R. P.; MARCHESI, J. A. P.; CRUZ, V. A. R. da; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Análise de componentes principais dos valores genéticos para peso corporal e de órgãos de aves de corte. In: CURSO DE INVERNO DE GENÉTICA, 7., FACAV-UNESP, 2016. Publicado: Ciência & Tecnologia: Fatec-JB, Jaboticabal, v. 8, n. 1, 2016. Número especial 2.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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7.Imagem marcado/desmarcadoURBINATI, I.; MOKRY, F. B.; MUNARI, D. P.; HIGA, R. H. Análises preliminares de controle de qualidade em um banco de dados de SNP genotipados em alta densidade para futuros estudos de assinaturas de seleção em bovinos da raça Canchim. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 9., 2013, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2013. p. 86-89.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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8.Imagem marcado/desmarcadoPERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B. Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. BMC Genomics, v. 19, n. 34, 2018. 13 p.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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9.Imagem marcado/desmarcadoCRUZ, V. A. R. da; IBELLI, A. M. G.; MARCHESI, J. A. P.; PANDOLFI, J. R. C.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P. Associação do receptor da adiponectina com cortes nobres e características relacionadas à deposição de gordura em uma linhagem paterna de frangos de corte. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Belo Horizonte: SBMA, 2013.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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10.Imagem marcado/desmarcadoMUNARI, D. P.; GRUPIONI, N. V.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; PAZ, C. C. P. Associação dos marcadores moleculares de IGF1, GH e PIT1 com os valores genéticos para perímetro escrotal em bovinos da raça Canchim. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Águas de Lindóia. Anais... Águas de Lindóia: SBG, 2009. p. 210.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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11.Imagem marcado/desmarcadoBUZANSKAS, M. E.; GAVIOLLI, V. R. N.; MUNARI, D. P.; FREITAS, A. R. de; ALENCAR, M. M. de. Associações genéticas de parâmetros de curvas de crescimento e características reprodutivas em femeas da raça Canchim. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 8., 2010, Maringá. Melhoramento animal no Brasil: uma visão crítica - anais. Maringa: SBMA, 2010 1 CD-ROM
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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12.Imagem marcado/desmarcadoRAMOS, S. B.; NUNES, B. N.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; KLEIN, C. H.; COUTINHO, L. L.; MUNARI, D. P. Associações genéticas e ambientais entre peso corporal ao abate e deposição de gordura na carcaça de aves resultantes do cruzamento de linhagens de corte e postura. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Anais. Águas de Lindóia: SGB, 2007. p. 167. Projeto n. 01.02.10.210-10.
Tipo: Resumo em Anais de CongressoCirculação/Nível: -- - --
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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13.Imagem marcado/desmarcadoSAVEGNAGO, R. P.; RAMOS, S. B.; CAETANO, S. L.; LEDUR, M. C.; SCHMIDT, G. S.; MUNARI, D. P. Associações genéticas entre características de qualidade do ovo e produção de ovos em uma linhagem de aves de postura In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55, 2009, Águas de Lindóia. Anais... Águas de Lindóia:SBG, 2009. p. 155. Projeto/Plano de Ação: 01.06.106.03-05
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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14.Imagem marcado/desmarcadoBUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; REGITANO, L. C. de A.; SCHENKEL, F. S.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. P. Associações genômicas para perímetro escrotal ao desmame em bovinos da raça Canchim. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Belo Horizonte: SBMA, 2013.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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15.Imagem marcado/desmarcadoVENTURINI, G. C.; STAFUZZA, N. B.; CARDOSO, D. F.; BALDI, F.; LEDUR, M. C.; DANTAS, J. de O.; EL FARO, L.; MUNARI, D. P. Association between ACTA1 candidate gene and performance, organs and carcass traits in broilers. Poultry Science, 16 out. 2015.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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16.Imagem marcado/desmarcadoCRUZ, V. A. R. da; SCHENKEL, F. S.; SAVEGNAGO, R. P.; GRUPIONI, N. V.; STAFUZZA, N. B.; SARGOZAEL, M.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Association of apolipoprotein B and adiponectin receptor 1 genes with carcass, bone integrity and performance traits in a paternal broiler Line. Plos One, v. 10, n.8, 2015.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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17.Imagem marcado/desmarcadoCRUZ, V. A. R. da; IBELLI, A. M. G.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; CHUD, T. C. S.; LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P. Association of Apolipoprotein B gene with carcass, performance, and organ traits in a paternal broiler line. In: REUNIÃO ANNUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 51, 2014, Barra dos Coqueiros. Anais ... Barra dos Coqueiros: SBZ, 2014. 1 CD-ROM.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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18.Imagem marcado/desmarcadoGRUPIONI, N. V.; STAFUZZA, N. B.; CARVAJAL, A. B.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Association of RUNX2 and TNFSF11 genes with production traits in a paternal broiler line. Genetics and Molecular Research, v. 16, n.1, 2017.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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19.Imagem marcado/desmarcadoCRUZ, V. A. R. da; IBELLI, A. M. G.; SAVEGNAGO, R. P.; NASCIMENTO, G. B.; SARGOLZAEI, M.; SCHENKEL. F. S.; LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P. Association of the adiponectin receptor 1 gene with bone integrity traits in a paternal broiler line. In: REUNIÃO ANNUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 51, 2014, Barra dos Coqueiros. Anais ... Barra dos Coqueiros: SBZ, 2014. 1 CD-ROM.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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20.Imagem marcado/desmarcadoGRUPIONI, N. V.; VENTURINI, G. C.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Association of the Runt-related transcription factor 2 (RUNX2) gene with bone integrity traits in a paternal broiler line. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 22., 2014, San Diego, CA. Abstracts? San Diego, 2014. P642.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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