BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Informática Agropecuária.
Data corrente:  31/01/2018
Data da última atualização:  01/02/2018
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  CHUD, T. C. S.; BICKHART, D. M.; ZERLOTINI NETO, A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P.
Afiliação:  TATIANE C. S. CHUD, FCAV/Unesp; DEREK M. BICKHART, FCAV/Unesp; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; JOHN B. COLE, Usda; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; DANÍSIO P. MUNARI, FCAV/Unesp.
Título:  Copy number variation in dairy cattle using next-generation sequencing.
Ano de publicação:  2018
Fonte/Imprenta:  In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 26., 2018, San Diego. Abstracts... [S.l. : s.n.], 2018.
Páginas:  1 p.
Idioma:  Inglês
Notas:  PAG 2018. P0490. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius B. da Silva.
Conteúdo:  Gene copy number variants (CNV) have been shown to be associated with several production traits in dairy cattle; however, the detection and validation of CNVs in crossbred cattle is currently lacking. In order to provide a basis for future association studies, we sought to identify CNV regions (CNVRs) within the Girolando composite breed resulting from a mating of the Holstein (taurine) and Gir (indicine) breeds. A read depth method was performed using CNVnator software on NGS data from two Girolando, two Gir and ten Holstein bulls. The individual CNVs were merged into CNVRs based on genomic regions overlapping by at least 1 bp. In total, we identified a composite of 1,286 CNVRs (520 deletions, 255 duplications, 511 mixed) on the genomes of all samples. We observed 34 CNVRs (nine deletions, 25 mixed) in common (overlapping > 50%) only between Girolando and Holstein and 181 CNVRs (20 deletions, 21 duplications,140 mixed) only in Girolando and Gir, suggesting parent-of-origin inheritance from Holstein and Gir cattle, respectively. One of these Holstein-specific CNVRs intersected with the interleukin 6 family cytokine (LIF) gene which is linked to fat production and fertility traits in Holstein. Genes related to disease resistance (e.g. the CD4 gene) also coincided with CNVRs present only in Gir and Girolando cattle suggesting an indicine origin for the CNV. These results showed evidence of specific CNVRs shared by Girolando and purebred breeds which may be targeted for future ... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Copy number variants.
Thesagro:  Gado.
Thesaurus NAL:  Cattle; Composite breeds.
Categoria do assunto:  --
URL:  http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/171991/1/PL-CopyNumber-PAGXXVI.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Informática Agropecuária (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status
CNPTIA19603 - 1UPCPL - DD

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1.Imagem marcado/desmarcadoCOLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genomic selection in multi-breed dairy cattle populations. Revista Brasileira de Zootecnia, v. 45, n. 4, p. 195-202, 2016.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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2.Imagem marcado/desmarcadoCHUD, T. C. S.; BICKHART, D. M.; ZERLOTINI NETO, A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P. Copy number variation in dairy cattle using next-generation sequencing. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 26., 2018, San Diego. Abstracts... [S.l. : s.n.], 2018. 1 p. PAG 2018. P0490. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius B. da Silva.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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3.Imagem marcado/desmarcadoORTEGA, M. S.; WOHLGEMUTH, S.; TRIBULO, P.; SIQUEIRA, L. G. B.; NULL, D. J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; HANSEN, P. J. A single nucleotide polymorphism in COQ9 affects mitochondrial and ovarian function and fertility in Holstein cows. Biology of Reproduction, v. 96, n. 3, p. 652-663, 2017.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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4.Imagem marcado/desmarcadoCARMO, A. S. do; OLIVEIRA JÚNIOR, G. A. de; CHUD, T. de O. S.; PANETTO, J. C. do C.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Identificação de CNVs associados com características reprodutivas e produtivas em animais Gir Leiteiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 25., 2015, Fortaleza. Dimensões tecnológicas e sociais da zootecnia: anais. Fortaleza: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2015. 3 p. ZOOTEC
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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5.Imagem marcado/desmarcadoVERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B. A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.:s.n.], 2018. 6 p. WCGALP 2018. Na publicação: A. Zerlotini, J. C. C. Panetto.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Informática Agropecuária.
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6.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA JÚNIOR, G. A.; CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MUNARI, D. P.; FERRAZ, J. B. S.; MULLART, E.; DeNISE, S.; SMITH, S.; SILVA, M. V. G. B. Genotype imputation in a tropical crossbred dairy cattle population. Journal of Dairy Science, v. 100, n. 12, p. 9623-9634, 2017.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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7.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, M. V. G. B.; SANTOS, D. J. A. dos; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; CARMO, A. S.; SONSTEGARD, T. S.; COLE, J. B.; TASSELL, C. P. V. The development of genomics applied to dairy breeding Livestock Science, v. 166, p. 66-75, 2014
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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8.Imagem marcado/desmarcadoNEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; SCHENKEL, F. S.; SÖLKNER, J.; MCEWAN, J. C.; VAN TASSELL, C. P.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; QUEIROZ, S. A.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Accuracy of genomic predictions in Bos indicus (Nellore) cattle. Genetics Selection Evolution, v. 46, n. 17, 2014. 13 p. Article n. 17.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 4
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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9.Imagem marcado/desmarcadoZAVAREZ, L. B.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; FERENCAKOVIC, M.; O'BRIEN, A. M. P.; CURIK, I.; COLE, J. B.; TASSELL, C. P. V.; SILVA, M. V. G. B.; SONSTEGARD, T. S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F. Assessment of autozygosity in Nellore cows (Bos indicus) through high-density SNP genotypes. Frontiers in Genetics, v. 6, n. 5, p. 286-293, 2015.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 2
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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10.Imagem marcado/desmarcadoUTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; O'BRIEN, A. M. P.; SÖLKNER, J.; McEWAN, J. C.; COLE, J. B.; TASSEL, C. P. V.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; PORTO NETO, L. R.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide association study for birth weight in Nellore cattle points to previously described orthologous genes affecting human and bovine height. BMC Genetics, London, v. 14, n. 52, 2013.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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11.Imagem marcado/desmarcadoUTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; ITO, P. K. R. K.; O'BRIEN, A. M. P.; SOLKNER, J.; PORTO-NETO, L. R.; SCHENKEL, F. S.; McEWAN, J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide mapping of loci explaining variance in scrotal circumference in Nellore Cattle Plos One v. 9, n. 2, p. 1-9, 2014
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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12.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. In: ABSTRACT AT JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, 95, n. 4, 2017. Anais... Baltimore, MD. 81 p.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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13.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potential loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, p. 81, 2017. Suplemento 4, Resumo 165. Edição de Abstracts do ASAS-CSAS Annual Meeting and Trade Show, Baltimore, 2017. Na publicação: A. Zerlotini, M. V. G. B. da Silva.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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14.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetiv variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, n. suppl. 4, p. 81, 2017. Abstract of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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15.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. PLoS One, v. 12, n. 3, p. 1-15, 2017. artigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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16.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and indels identified from whole-genome resequencing of Gyr, Girolando, and Holstein cattle breeds. In: ABSTRACT AT JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 95, n. 4, p. 80-81. 164. 2017. Anais... Baltimore, MD.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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17.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and indels identified from whole-genome resequencing of Gyr, Girolando, and Holstein cattle breeds. Journal of Animal Science, v. 95, p. 80-81, 2017. Suplemento 4, Resumo 164. Edição de Abstracts do ASAS-CSAS Annual Meeting and Trade Show, Baltimore, 2017. Na publicação: A. Zerlotini, M. V. G. B. da Silva.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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