BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Gado de Leite; Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
Data corrente:  19/05/2017
Data da última atualização:  01/02/2018
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.
Afiliação:  NEDENIA BONVINO STAFUZZA, FCAV/Unesp; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; TATIANE CRISTINA SELEGUIM CHUD, FCAV/Unesp; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen; DANÍSIO PRADO MUNARI, FCAV/Unesp; DORIAN J. GARRICK, Iowa State University; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL; MARIA RAQUEL CARVALHO, UFMG; JOHN BRUCE COLE, Agricultural Research Service; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL.
Título:  Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds.
Ano de publicação:  2017
Fonte/Imprenta:  PLoS One, v. 12, n. 3, p. 1-15, 2017.
DOI:  https://doi.org/10.1371/journal.pone.0173954
Idioma:  Inglês
Notas:  artigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva.
Conteúdo:  Whole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/ deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine HD BeadChip array and the same variants identified by sequencing was about 99.05%. The annotation of variants identified numerous non-synonymous SNVs and frameshift InDels which could affect phenotypic variation. Functional enrichment analysis was performed and revealed that variants in the olfactory transduction pathway was over represented in all four cattle breeds, while the ECM-receptor interaction pathway was over represented in Girolando and Guzerat breeds, the ABC transporters pathway was over represented only in Holstein breed, and the metabolic pathways was over represented only in Gyr breed. The genetic variants discovered here provide a rich resource to help identify potential genomic markers and their associate... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Genetic variants; Genomic markers; Important traits; Molecular mechanisms; Polimorfismo de nucleotídeo único; Potential genomic markers; Raças bovinas; Single nucleotide variations.
Thesagro:  Gado; Variação genética.
Thesaurus NAL:  Cattle breeds; Genome; Single nucleotide polymorphism; Sires.
Categoria do assunto:  --
G Melhoramento Genético
URL:  http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/171980/1/AP-Single-nucleotide-Stafuzza-etal.pdf
http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161515/1/Cnpgl-2017-PlosOne-Stafuzza-Single.pdf
http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/180929/1/journal.pone.0173954.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Informática Agropecuária (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status
CENARGEN36823 - 1UPCSP - DDSP 21073SP 21073
CNPGL23579 - 1UPCSP - PPSP 7376SP 7376
CNPTIA19600 - 1UPCAP - DD

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1.Imagem marcado/desmarcadoCOLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genomic selection in multi-breed dairy cattle populations. Revista Brasileira de Zootecnia, v. 45, n. 4, p. 195-202, 2016.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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2.Imagem marcado/desmarcadoCHUD, T. C. S.; BICKHART, D. M.; ZERLOTINI NETO, A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P. Copy number variation in dairy cattle using next-generation sequencing. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 26., 2018, San Diego. Abstracts... [S.l. : s.n.], 2018. 1 p. PAG 2018. P0490. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius B. da Silva.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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3.Imagem marcado/desmarcadoORTEGA, M. S.; WOHLGEMUTH, S.; TRIBULO, P.; SIQUEIRA, L. G. B.; NULL, D. J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; HANSEN, P. J. A single nucleotide polymorphism in COQ9 affects mitochondrial and ovarian function and fertility in Holstein cows. Biology of Reproduction, v. 96, n. 3, p. 652-663, 2017.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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4.Imagem marcado/desmarcadoCARMO, A. S. do; OLIVEIRA JÚNIOR, G. A. de; CHUD, T. de O. S.; PANETTO, J. C. do C.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Identificação de CNVs associados com características reprodutivas e produtivas em animais Gir Leiteiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 25., 2015, Fortaleza. Dimensões tecnológicas e sociais da zootecnia: anais. Fortaleza: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2015. 3 p. ZOOTEC
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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5.Imagem marcado/desmarcadoVERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B. A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.:s.n.], 2018. 6 p. WCGALP 2018. Na publicação: A. Zerlotini, J. C. C. Panetto.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Informática Agropecuária.
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6.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA JÚNIOR, G. A.; CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MUNARI, D. P.; FERRAZ, J. B. S.; MULLART, E.; DeNISE, S.; SMITH, S.; SILVA, M. V. G. B. Genotype imputation in a tropical crossbred dairy cattle population. Journal of Dairy Science, v. 100, n. 12, p. 9623-9634, 2017.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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7.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, M. V. G. B.; SANTOS, D. J. A. dos; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; CARMO, A. S.; SONSTEGARD, T. S.; COLE, J. B.; TASSELL, C. P. V. The development of genomics applied to dairy breeding Livestock Science, v. 166, p. 66-75, 2014
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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8.Imagem marcado/desmarcadoNEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; SCHENKEL, F. S.; SÖLKNER, J.; MCEWAN, J. C.; VAN TASSELL, C. P.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; QUEIROZ, S. A.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Accuracy of genomic predictions in Bos indicus (Nellore) cattle. Genetics Selection Evolution, v. 46, n. 17, 2014. 13 p. Article n. 17.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 4
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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9.Imagem marcado/desmarcadoZAVAREZ, L. B.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; FERENCAKOVIC, M.; O'BRIEN, A. M. P.; CURIK, I.; COLE, J. B.; TASSELL, C. P. V.; SILVA, M. V. G. B.; SONSTEGARD, T. S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F. Assessment of autozygosity in Nellore cows (Bos indicus) through high-density SNP genotypes. Frontiers in Genetics, v. 6, n. 5, p. 286-293, 2015.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 2
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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10.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. PLoS One, v. 12, n. 3, p. 1-15, 2017. artigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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11.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and indels identified from whole-genome resequencing of Gyr, Girolando, and Holstein cattle breeds. In: ABSTRACT AT JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 95, n. 4, p. 80-81. 164. 2017. Anais... Baltimore, MD.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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12.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and indels identified from whole-genome resequencing of Gyr, Girolando, and Holstein cattle breeds. Journal of Animal Science, v. 95, p. 80-81, 2017. Suplemento 4, Resumo 164. Edição de Abstracts do ASAS-CSAS Annual Meeting and Trade Show, Baltimore, 2017. Na publicação: A. Zerlotini, M. V. G. B. da Silva.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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13.Imagem marcado/desmarcadoUTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; O'BRIEN, A. M. P.; SÖLKNER, J.; McEWAN, J. C.; COLE, J. B.; TASSEL, C. P. V.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; PORTO NETO, L. R.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide association study for birth weight in Nellore cattle points to previously described orthologous genes affecting human and bovine height. BMC Genetics, London, v. 14, n. 52, 2013.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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14.Imagem marcado/desmarcadoUTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; ITO, P. K. R. K.; O'BRIEN, A. M. P.; SOLKNER, J.; PORTO-NETO, L. R.; SCHENKEL, F. S.; McEWAN, J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide mapping of loci explaining variance in scrotal circumference in Nellore Cattle Plos One v. 9, n. 2, p. 1-9, 2014
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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15.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. In: ABSTRACT AT JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, 95, n. 4, 2017. Anais... Baltimore, MD. 81 p.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
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16.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potential loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, p. 81, 2017. Suplemento 4, Resumo 165. Edição de Abstracts do ASAS-CSAS Annual Meeting and Trade Show, Baltimore, 2017. Na publicação: A. Zerlotini, M. V. G. B. da Silva.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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17.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetiv variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, n. suppl. 4, p. 81, 2017. Abstract of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.
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