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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
26/09/2017 |
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Data da última atualização: |
31/10/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; ALMEIDA FILHO, J. E.; MÜLLER, B. S. F.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; VIANNA, J. P. G.; ZUCCHI, M. I.; LANNA, A. C.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; MORAES, A. da C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. |
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Afiliação: |
PAULA ARIELLE M RIBEIRO VALDISSER, CNPAF; WENDELL J. PEREIRA, UNB; JANEO E. ALMEIDA FILHO, Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Rio de Janeiro-; BARBARA S. F. MULLER, UNB; GESIMARIA RIBEIRO COSTA COELHO, CNPAF; IVANDILSON P. P. DE MENEZES, INSTITUTO FEDERAL GOIANO, Urutaí-GO; JOÃO P. G. VIANNA, UNICAMP; MARIA I. ZUCCHI, UNICAMP; ANNA CRISTINA LANNA, CNPAF; ALEXANDRE S. G. COELHO, UFG; JAISON PEREIRA DE OLIVEIRA, CNPAF; ALESSANDRA DA CUNHA MORAES, CNPAF; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF. |
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Título: |
In-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 18, Article 423, 30 mai. 2017. |
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DOI: |
10.1186/s12864-017-3805-4 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: Common bean is a legume of social and nutritional importance as a food crop, cultivated worldwide especially in developing countries, accounting for an important source of income for small farmers. The availability of the complete sequences of the two common bean genomes has dramatically accelerated and has enabled new experimental strategies to be applied for genetic research. DArTseq has been widely used as a method of SNP genotyping allowing comprehensive genome coverage with genetic applications in common bean breeding programs. Results: Using this technology, 6286 SNPs (1 SNP/86.5 Kbp) were genotyped in genic (43.3%) and non-genic regions (56. 7%). Genetic subdivision associated to the common bean gene pools (K = 2) and related to grain types (K = 3 and K = 5) were reported. A total of 83% and 91% of all SNPs were polymorphic within the Andean and Mesoamerican gene pools, respectively, and 26% were able to differentiate the gene pools. Genetic diversity analysis revealed an average HE of 0.442 for the whole collection, 0.102 for Andean and 0.168 for Mesoamerican gene pools (FST = 0.747 between gene pools), 0. 440 for the group of cultivars and lines, and 0.448 for the group of landrace accessions (FST = 0.002 between cultivar/line and landrace groups). The SNP effects were predicted with predominance of impact on non-coding regions (77.8%). SNPs under selection were identified within gene pools comparing landrace and cultivar/line germplasm groups (Andean: 18; Mesoamerican: 69) and between the gene pools (59 SNPs), predominantly on chromosomes 1 and 9. The LD extension estimate corrected for population structure and relatedness (r2 SV) was~88 kbp, while for the Andean gene pool was~395 kbp, and for the Mesoamerican was ~ 130 kbp. Conclusions: For common bean, DArTseq provides an efficient and cost-effective strategy of generating SNPs for large-scale genome-wide studies. The DArTseq resulted in an operational panel of 560 polymorphic SNPs in linkage equilibrium, providing high genome coverage. This SNP set could be used in genotyping platforms with many applications, such as population genetics, phylogeny relation between common bean varieties and support to molecular breeding approaches. MenosBackground: Common bean is a legume of social and nutritional importance as a food crop, cultivated worldwide especially in developing countries, accounting for an important source of income for small farmers. The availability of the complete sequences of the two common bean genomes has dramatically accelerated and has enabled new experimental strategies to be applied for genetic research. DArTseq has been widely used as a method of SNP genotyping allowing comprehensive genome coverage with genetic applications in common bean breeding programs. Results: Using this technology, 6286 SNPs (1 SNP/86.5 Kbp) were genotyped in genic (43.3%) and non-genic regions (56. 7%). Genetic subdivision associated to the common bean gene pools (K = 2) and related to grain types (K = 3 and K = 5) were reported. A total of 83% and 91% of all SNPs were polymorphic within the Andean and Mesoamerican gene pools, respectively, and 26% were able to differentiate the gene pools. Genetic diversity analysis revealed an average HE of 0.442 for the whole collection, 0.102 for Andean and 0.168 for Mesoamerican gene pools (FST = 0.747 between gene pools), 0. 440 for the group of cultivars and lines, and 0.448 for the group of landrace accessions (FST = 0.002 between cultivar/line and landrace groups). The SNP effects were predicted with predominance of impact on non-coding regions (77.8%). SNPs under selection were identified within gene pools comparing landrace and cultivar/line germplasm groups (Andean: 1... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Core collection; Diversity analysis; Diversity arrays technology; Loci under selection. |
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Thesagro: |
Feijão; Genética vegetal; Phaseolus vulgaris. |
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Thesaurus Nal: |
Genotyping; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/164318/1/CNPAF-2017-bmc.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
20/02/2019 |
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Data da última atualização: |
22/08/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
ALMEIDA, L. E. da S. |
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Afiliação: |
LARISSA EMANUELLE DA SILVA ALMEIDA. |
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Título: |
Caracterização citogenética e molecular de acessos de Maracujá da Caatinga (Passiflora cincinnata Mast.). |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
2018. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Dissertação (Mestrado em Recursos Genéticos Vegetais) - Universidade Estadual de Feira de Santana, Feira de Santana, BA. Orientada por Natoniel Franklin de Melo, Embrapa Semiárido. |
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Conteúdo: |
Passiflora cincinnata Mast. é uma espécie nativa do Brasil com ampla distribuição geográfica, que pode ser explorada como fonte de resistência a estresses bióticos e abióticos, apresentando boa produtividade, bem como alta qualidade nutricional para a alimentação humana, além de outros usos. Por outro lado, a caracterização tanto molecular como citogenética é uma etapa importante para conservação e uso de genótipos, considerando a diversidade genética potencial da espécie. O presente trabalho objetivou caracterizar a diversidade genética entre acessos de maracujá da caatinga (P. cincinnata) conservados no Banco Ativo de Germoplasma de maracujá da Embrapa Semiárido, utilizando técnicas citogenéticas de análise convencional, dupla coloração CMA3/DAPI e utilizando marcadores moleculares do tipo ISSR. Os diferentes marcadores moleculares ISSR mostraram eficiência na detecção de polimorfismo, revelando variabilidade intraespecífica entre os acessos. Foram observados números cromossômicos diploides 2n=18, sendo classificados no grupo cromossômico com número básico x=9. A dupla coloração CMA/DAPI, permitiu identificar quatro bandas CMA positivo, núcleos interfásicos semirreticulados com presença de blocos CMA+. A colorabilidade dos grãos de pólen utilizando carmim acético e reativo de Alexander permitiu estimar uma alta viabilidade polínica com valores acima de 98% para ambos os corantes analisados, indicando o uso potencial dessa espécie em programas de melhoramento. |
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Palavras-Chave: |
Diversidade genética; Maracujá do mato; Passiflora cincinnata. |
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Thesagro: |
Caatinga; Espécie Nativa; Maracujá; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal. |
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Thesaurus NAL: |
Passiflora; Passion fruits. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/193117/1/Larissa-Dissertacao-2018.pdf
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Marc: |
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500 $aDissertação (Mestrado em Recursos Genéticos Vegetais) - Universidade Estadual de Feira de Santana, Feira de Santana, BA. Orientada por Natoniel Franklin de Melo, Embrapa Semiárido.
520 $aPassiflora cincinnata Mast. é uma espécie nativa do Brasil com ampla distribuição geográfica, que pode ser explorada como fonte de resistência a estresses bióticos e abióticos, apresentando boa produtividade, bem como alta qualidade nutricional para a alimentação humana, além de outros usos. Por outro lado, a caracterização tanto molecular como citogenética é uma etapa importante para conservação e uso de genótipos, considerando a diversidade genética potencial da espécie. O presente trabalho objetivou caracterizar a diversidade genética entre acessos de maracujá da caatinga (P. cincinnata) conservados no Banco Ativo de Germoplasma de maracujá da Embrapa Semiárido, utilizando técnicas citogenéticas de análise convencional, dupla coloração CMA3/DAPI e utilizando marcadores moleculares do tipo ISSR. Os diferentes marcadores moleculares ISSR mostraram eficiência na detecção de polimorfismo, revelando variabilidade intraespecífica entre os acessos. Foram observados números cromossômicos diploides 2n=18, sendo classificados no grupo cromossômico com número básico x=9. A dupla coloração CMA/DAPI, permitiu identificar quatro bandas CMA positivo, núcleos interfásicos semirreticulados com presença de blocos CMA+. A colorabilidade dos grãos de pólen utilizando carmim acético e reativo de Alexander permitiu estimar uma alta viabilidade polínica com valores acima de 98% para ambos os corantes analisados, indicando o uso potencial dessa espécie em programas de melhoramento.
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Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
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