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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
06/02/2017 |
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Data da última atualização: |
30/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CHEN, Z.; HAGEN, D. E.; WANG, J.; ELSIK, C. G.; JI, T.; SIQUEIRA, L. G. B.; HANSEN, P. J.; RIVERA, R. M. |
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Afiliação: |
Zhiyuan Chen, University of Missouri, Columbia, MO, USA; Darren E. Hagen, University of Missouri, Columbia, MO, USA; Juanbin Wang, University of Missouri, Columbia, MO, USA; Christine G. Elsik, University of Missouri, Columbia, MO, USA; Tieming Ji, University of Missouri, Columbia, MO, USA; LUIZ GUSTAVO BRUNO SIQUEIRA, CNPGL; Peter J. Hansen, University of Florida, Gainesville, FL, USA; Rocio M. Rivera, University of Missouri, Columbia, MO. |
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Título: |
Global assessment of imprinted gene expression in the bovine conceptus by next generation sequencing. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Epigenetics, v. 11, n. 7, p. 501-516, 2016. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Abstract Genomic imprinting is an epigenetic mechanism that leads to parental-allele-specific gene expression. Approximately 150 imprinted genes have been identified in humans and mice but less than 30 have been described as imprinted in cattle. For the purpose of de novo identification of imprinted genes in bovine, we determined global monoallelic gene expression in brain, skeletal muscle, liver, kidney and placenta of day ∼105 Bos taurus indicus × Bos taurus taurus F1 conceptuses using RNA sequencing. To accomplish this, we developed a bioinformatics pipeline to identify parent-specific single nucleotide polymorphism alleles after filtering adenosine to inosine (A-to-I) RNA editing sites. We identified 53 genes subject to monoallelic expression. Twenty three are genes known to be imprinted in the cow and an additional 7 have previously been characterized as imprinted in human and/or mouse that have not been reported as imprinted in cattle. Of the remaining 23 genes, we found that 10 are uncharacterized or unannotated transcripts located in known imprinted clusters, whereas the other 13 genes are distributed throughout the bovine genome and are not close to any known imprinted clusters. To exclude potential cis-eQTL effects on allele expression, we corroborated the parental specificity of monoallelic expression in day 86 Bos taurus taurus × Bos taurus taurus conceptuses and identified 8 novel bovine imprinted genes. Further, we identified 671 candidate A-to-I RNA editing sites and describe random X-inactivation in day 15 bovine extraembryonic membranes. Our results expand the imprinted gene list in bovine and demonstrate that monoallelic gene expression can be the result of cis-eQTL effects. MenosAbstract Genomic imprinting is an epigenetic mechanism that leads to parental-allele-specific gene expression. Approximately 150 imprinted genes have been identified in humans and mice but less than 30 have been described as imprinted in cattle. For the purpose of de novo identification of imprinted genes in bovine, we determined global monoallelic gene expression in brain, skeletal muscle, liver, kidney and placenta of day ∼105 Bos taurus indicus × Bos taurus taurus F1 conceptuses using RNA sequencing. To accomplish this, we developed a bioinformatics pipeline to identify parent-specific single nucleotide polymorphism alleles after filtering adenosine to inosine (A-to-I) RNA editing sites. We identified 53 genes subject to monoallelic expression. Twenty three are genes known to be imprinted in the cow and an additional 7 have previously been characterized as imprinted in human and/or mouse that have not been reported as imprinted in cattle. Of the remaining 23 genes, we found that 10 are uncharacterized or unannotated transcripts located in known imprinted clusters, whereas the other 13 genes are distributed throughout the bovine genome and are not close to any known imprinted clusters. To exclude potential cis-eQTL effects on allele expression, we corroborated the parental specificity of monoallelic expression in day 86 Bos taurus taurus × Bos taurus taurus conceptuses and identified 8 novel bovine imprinted genes. Further, we identified 671 candidate A-to-I RNA edit... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
A-to-I RNA editing; Allele-specific gene expression; Next generation sequencing; X chromosome inactivation. |
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Thesaurus Nal: |
genomic imprinting. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/154835/1/Cnpgl-2016-Epigenetics-Global.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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Cutter |
Registro |
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Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Pantanal. Para informações adicionais entre em contato com cpap.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pantanal. |
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Data corrente: |
24/01/2008 |
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Data da última atualização: |
12/04/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
TOMAS, W. M.; TOMAS, M. A.; TORTATO, F. R.; SANTOS, L. G. R. O.; COELHO, A. G. A. |
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Afiliação: |
Walfrido M. Tomas, Embrapa Pantanal; Marcelle A. Tomas, Estagiária Embrapa Pantanal; Fernando R. Tortato, Estagiário Embrapa Pantanal; Luiz G.R.O. Santos, Estagiário Embrapa Pantanal; André G. A. Coelho, Estagiário Embrapa Pantanal. |
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Título: |
Efeito do fogo e gado no crescimento de plântulas de Sterculia apetala no Pantanal da Nhecolândia. |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
In: TALLER RED CYTED/HUMEDALES (406 RT0285), 1.; 2007, Corumbá. efecto de los cambios globales sobre los humedales. Resúmenes... Corumbá: Embrapa Pantanal, 2007. (Embrapa Pantanal. Documentos, 90). |
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Páginas: |
1 p. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Este estudo foi realizado, oportunisticamente, após um incêndio que incidiu sobre a RPPN da fazenda Nhumirim em setembro/2005. O objetivo foi avaliar como o fogo afetou plântulas de manduvi, em comparação com área com gado e sem fogo. Em janeiro e
fevereiro de 2005, plântulas foram identificadas a até 20 metros de árvores adultas, e sua altura e diâmetro na base foram medidos. O solo foi escavado para avaliar se a parte aérea era uma rebrota ou uma semente germinada durante a estação chuvosa. Foram avaliados também a presença e o número de cicatrizes de quebra na parte aérea. Na área queimada da reserva (sem gado) foram encontradas poucas plântulas que se estabeleceram na estação chuvosa pósqueimada, e muitas plântulas correspondendo a rebrotas sucessivas da parte subterrânea do caule, evidenciando crescimento recalcitrante. |
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Palavras-Chave: |
arara azul; Manduvi. |
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Thesagro: |
Fogo; Gado; Solo. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aEste estudo foi realizado, oportunisticamente, após um incêndio que incidiu sobre a RPPN da fazenda Nhumirim em setembro/2005. O objetivo foi avaliar como o fogo afetou plântulas de manduvi, em comparação com área com gado e sem fogo. Em janeiro e fevereiro de 2005, plântulas foram identificadas a até 20 metros de árvores adultas, e sua altura e diâmetro na base foram medidos. O solo foi escavado para avaliar se a parte aérea era uma rebrota ou uma semente germinada durante a estação chuvosa. Foram avaliados também a presença e o número de cicatrizes de quebra na parte aérea. Na área queimada da reserva (sem gado) foram encontradas poucas plântulas que se estabeleceram na estação chuvosa pósqueimada, e muitas plântulas correspondendo a rebrotas sucessivas da parte subterrânea do caule, evidenciando crescimento recalcitrante.
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Embrapa Pantanal (CPAP) |
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