|
|
Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
Data corrente: |
27/12/2016 |
Data da última atualização: |
07/06/2019 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
PEZENTI, L. F.; GONÇALVES, K. B.; SOUZA, R. F.; VILAS-BOAS, L. A.; SOSA-GOMEZ, D. R.; ROSA, R. da. |
Afiliação: |
DANIEL RICARDO SOSA GOMEZ, CNPSO. |
Título: |
Montagem de novo do transcriptoma de Anticarsia gemmatalis. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
In: ENCONTRO PARANAENSE DE GENÉTICA, 13., GENÉTICA NAS FÉRIAS, 10., 2016. Tempos modernos: anais. Londrina: UEL, 2016. |
Páginas: |
p. 43. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Anticarsia gemmatalis Hübner 1818 (Lepidoptera: Noctuidae), conhecida como lagarta-da-soja é a desfolhadora mais comum da soja no Brasil, ocasionando perdas consideráveis na produtividade da cultura. Informações relevantes têm sido obtidas a respeito das bases genéticas e fisiológicas associadas à resistência de insetos a vários tipos de inseticidas, através da aplicação de técnicas moleculares para determinar padrões de expressão gênica. Entre elas, destaca-se o RNA-seq que permite quantificar o nível de expressão gênica, além de analisar a estrutura do transcriptoma sem a necessidade de um conhecimento prévio do genoma estudado. Dessa maneira, neste trabalho foram obtidos os transcritos de diferentes populações de A. gemmatalis (resistentes e suscetíveis, tratadas e não-tratadas com a proteína bioinseticida de Bacillus thuringiensis - Cry1Ac), e analisados o seu perfil transcricional através do RNA-seq. Foram construídas doze bibliotecas de cDNA (protocolo Illumina TruSeq Stranded mRNA LS) a partir de doze amostras de RNA extraídas conforme protocolo adaptado utilizando TRIzol® Reagent e o SV Total RNA Isolation System Promega. O sequenciamento foi realizado na plataforma Illumina HiSeq 2500 V4 com leitura paired-end de 125pb. A qualidade dos reads obtidos foram verificados com FastQC v0.11.4, e trimados com Prinseq v0.20.4. A montagem do transcriptoma foi realizada na plataforma Trinity v2.2.0 com a estratégia de novo, pois não existe um genoma de referência para o mapeamento dos transcritos e construção de contigs. Os transcritos de uma das bibliotecas foram anotados e categorizados usando o software Blast2go v3.2.7, logo após a busca por similaridade dos transcritos contra banco de dados. O transcriptoma das doze bibliotecas de A. gemmatalis apresentou 754.280 transcritos, montados a partir de 503.590.692 reads, com uma média de 41.965.891 milhões de reads por biblioteca, e N50 variando de 1146 a 1520. Os dados apresentados são preliminares, porém este estudo nos permite reportar a montagem do transcriptoma de A. gemmatalis e apresentar dados preliminares de anotação funcional. Estes resultados abrem novas perspectivas para o estudo genômico de A. gemmatalis, e possibilitará a posterior identificação de genes candidatos relacionados aos mecanismos de resistência de importantes pragas agrícolas. MenosAnticarsia gemmatalis Hübner 1818 (Lepidoptera: Noctuidae), conhecida como lagarta-da-soja é a desfolhadora mais comum da soja no Brasil, ocasionando perdas consideráveis na produtividade da cultura. Informações relevantes têm sido obtidas a respeito das bases genéticas e fisiológicas associadas à resistência de insetos a vários tipos de inseticidas, através da aplicação de técnicas moleculares para determinar padrões de expressão gênica. Entre elas, destaca-se o RNA-seq que permite quantificar o nível de expressão gênica, além de analisar a estrutura do transcriptoma sem a necessidade de um conhecimento prévio do genoma estudado. Dessa maneira, neste trabalho foram obtidos os transcritos de diferentes populações de A. gemmatalis (resistentes e suscetíveis, tratadas e não-tratadas com a proteína bioinseticida de Bacillus thuringiensis - Cry1Ac), e analisados o seu perfil transcricional através do RNA-seq. Foram construídas doze bibliotecas de cDNA (protocolo Illumina TruSeq Stranded mRNA LS) a partir de doze amostras de RNA extraídas conforme protocolo adaptado utilizando TRIzol® Reagent e o SV Total RNA Isolation System Promega. O sequenciamento foi realizado na plataforma Illumina HiSeq 2500 V4 com leitura paired-end de 125pb. A qualidade dos reads obtidos foram verificados com FastQC v0.11.4, e trimados com Prinseq v0.20.4. A montagem do transcriptoma foi realizada na plataforma Trinity v2.2.0 com a estratégia de novo, pois não existe um genoma de referência para o mapeam... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Lagarta-da-soja; Transcriptoma. |
Thesagro: |
Genética; RNA. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/152327/1/Anais.2016.p.43.pdf
|
Marc: |
LEADER 03086nam a2200229 a 4500 001 2059312 005 2019-06-07 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aPEZENTI, L. F. 245 $aMontagem de novo do transcriptoma de Anticarsia gemmatalis.$h[electronic resource] 260 $aIn: ENCONTRO PARANAENSE DE GENÉTICA, 13., GENÉTICA NAS FÉRIAS, 10., 2016. Tempos modernos: anais. Londrina: UEL$c2016 300 $ap. 43. 520 $aAnticarsia gemmatalis Hübner 1818 (Lepidoptera: Noctuidae), conhecida como lagarta-da-soja é a desfolhadora mais comum da soja no Brasil, ocasionando perdas consideráveis na produtividade da cultura. Informações relevantes têm sido obtidas a respeito das bases genéticas e fisiológicas associadas à resistência de insetos a vários tipos de inseticidas, através da aplicação de técnicas moleculares para determinar padrões de expressão gênica. Entre elas, destaca-se o RNA-seq que permite quantificar o nível de expressão gênica, além de analisar a estrutura do transcriptoma sem a necessidade de um conhecimento prévio do genoma estudado. Dessa maneira, neste trabalho foram obtidos os transcritos de diferentes populações de A. gemmatalis (resistentes e suscetíveis, tratadas e não-tratadas com a proteína bioinseticida de Bacillus thuringiensis - Cry1Ac), e analisados o seu perfil transcricional através do RNA-seq. Foram construídas doze bibliotecas de cDNA (protocolo Illumina TruSeq Stranded mRNA LS) a partir de doze amostras de RNA extraídas conforme protocolo adaptado utilizando TRIzol® Reagent e o SV Total RNA Isolation System Promega. O sequenciamento foi realizado na plataforma Illumina HiSeq 2500 V4 com leitura paired-end de 125pb. A qualidade dos reads obtidos foram verificados com FastQC v0.11.4, e trimados com Prinseq v0.20.4. A montagem do transcriptoma foi realizada na plataforma Trinity v2.2.0 com a estratégia de novo, pois não existe um genoma de referência para o mapeamento dos transcritos e construção de contigs. Os transcritos de uma das bibliotecas foram anotados e categorizados usando o software Blast2go v3.2.7, logo após a busca por similaridade dos transcritos contra banco de dados. O transcriptoma das doze bibliotecas de A. gemmatalis apresentou 754.280 transcritos, montados a partir de 503.590.692 reads, com uma média de 41.965.891 milhões de reads por biblioteca, e N50 variando de 1146 a 1520. Os dados apresentados são preliminares, porém este estudo nos permite reportar a montagem do transcriptoma de A. gemmatalis e apresentar dados preliminares de anotação funcional. Estes resultados abrem novas perspectivas para o estudo genômico de A. gemmatalis, e possibilitará a posterior identificação de genes candidatos relacionados aos mecanismos de resistência de importantes pragas agrícolas. 650 $aGenética 650 $aRNA 653 $aLagarta-da-soja 653 $aTranscriptoma 700 1 $aGONÇALVES, K. B. 700 1 $aSOUZA, R. F. 700 1 $aVILAS-BOAS, L. A. 700 1 $aSOSA-GOMEZ, D. R. 700 1 $aROSA, R. da
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
Registros recuperados : 1 | |
1. | | PEZENTI, L. F.; GONÇALVES, K. B.; SOUZA, R. F.; VILAS-BOAS, L. A.; SOSA-GOMEZ, D. R.; ROSA, R. da. Montagem de novo do transcriptoma de Anticarsia gemmatalis. In: ENCONTRO PARANAENSE DE GENÉTICA, 13., GENÉTICA NAS FÉRIAS, 10., 2016. Tempos modernos: anais. Londrina: UEL, 2016. p. 43.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
Registros recuperados : 1 | |
|
Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|