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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
17/12/2014 |
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Data da última atualização: |
05/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, London v. 15, S6, p. 1-9, 2014. |
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DOI: |
10.1186/1471-2164-15-S7-S6 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Suppl 7. |
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Conteúdo: |
Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances ranging from 400 to 500 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. The persistence of LD phase showed higher values at shorter genomic distances, decreasing with the increase in physical distance, varying from 0.96 at a distance of < 2.5 kb to 0.66 at a distance from 400 to 500 kb. A total of 78% of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 1,57 Mb of the total autosomal genome size. Conclusions: This study presented the first high density linkage disequilibrium map and haplotype block structure for a composite beef cattle population, and indicates that the high density SNP panel over 700 k can be used for genomic selection implementation and GWA studies for Canchim beef cattle. MenosAbstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances ranging from 400 to 500 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. The persistence of LD phase showed higher values at shorter genomic distances, decreasing with the increase in physical distance, varying from 0.96 at a distance of < 2.5 kb to 0.66 at a distance from 400 to 500 kb. A total of 78% of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 1,57 Mb of the total autosomal genome size. Conclusions: This study presented the first high density linkage disequilibrium map and haplotype block structure for a composite beef cattle population, and indicates that the high density SNP panel over 700 k can be used for genomic selection implementation and GWA studies for Canchim bee... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Composite; Desequilíbrio de ligação; Genome wide association studies; Halplotype block; Linjage disequilibirium; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Gado de corte. |
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Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/119863/1/MOKRY.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/114007/1/PROCI-2104.00140.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/114252/1/1471-2164-15-S7-S6.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 96 | |
| 2. |  | LIMA FILHO, J. M. P.; AIDAR, S. de T. Ecofisiologia. In: DRUMOND, M. A.; AIDAR, S. de T.; NASCIMENTO, C. E. de S.; OLIVEIRA, V. R. de (Ed.). Umbuzeiro: avanços e perspectivas. Petrolina: Embrapa Semiárido, 2016. cap. 4, p. 117-145.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 3. | | ARAUJO, F. P. de; KIILL, L. H. P.; MELO, N. F. de; AIDAR, S. de T. Propagação e manejo. In: DRUMOND, M. A.; AIDAR, S. de T.; NASCIMENTO, C. E. de S.; OLIVEIRA, V. R. de (Ed.). Umbuzeiro: avanços e perspectivas. Petrolina: Embrapa Semiárido, 2016. cap. 5, p. 147-175. il.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 9. | | ARAUJO, F. P. de; FALEIRO, F. G.; AIDAR, S. de T.; MELO, N. F. de. Passiflora cincinnata: Maracujá-da-caatinga. In: CORADIN, L.; CAMILLO, J.; PAREYN, F. G. C. (Ed.). Espécies nativas da flora brasileira de valor econômico atual ou potencial: plantas para o futuro: região Nordeste. Brasília, DF: MMA, 2018. Cap.5, p. 217-224 il. color. (Série. Biodiversidade, 51).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 11. | | AIDAR, S. de T.; CHAVES, A. R. de M.; MORGANTE, C. V.; FERNANDES JUNIOR, P. I. Ecofisiologia de plantas nativas da Caatinga na Embrapa Semiárido. In: SOTTA, E. D.; SAMPAIO, F. G.; MARZALL, K.; SILVA, W. G. da (Org.). Estratégias de adaptação às mudanças do clima dos sistemas agropecuários brasileiros. Brasília, DF: MAPA, 2021. p. 120-121.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 12. | | MORGANTE, C. V.; CHAVES, A. R. de M.; MOTA, A. P. Z.; AIDAR, S. de T. Transcriptome analysis of the vegetative desiccation tolerance plant Tripogonella spicata(Nees) P.M.Peterson & Romasch. In: BRAZILIAN BIOTECHNOLOGY CONGRESS, 7.; BIOTECHNOLOGY IBERO-AMERICAN CONGRESS, 2., 2018, Brasília, DF. Proceedings... Brasília, DF: SBBiotec, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 14. | | LIMA, H. C. de; COSTA, A. M.; RINALDI, M. M.; AIDAR, S. de T. Cultivo, aspectos produtivos, rendimento e caracteristicas dos frutos do maracujazeiro da Caatinga, cultivar BRS Sertão Forte no Cerrado do Brasil central. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 25.; REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE INTERAMERICANA DE HORTICULTURA TROPICAL, 63., 2017, Porto Seguro. Grandes desafios, ciência e conhecimento para inovação. Porto Seguro: SBF: ISTH: SBFPO: ABH, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Semiárido. |
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| 15. | | SUSSEL, A. A. B.; LIMA, H. C. de; COSTA, A. M.; AIDAR, S. de T. Levantamento e incidência de doenças do maracujazeiro da Caatinga, cultivar BRS Sertão Forte, cultivado no Cerrado do Brasil central. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 25.; REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE INTERAMERICANA DE HORTICULTURA TROPICAL, 63., 2017, Porto Seguro. Grandes desafios, ciência e conhecimento para inovação. Porto Seguro: SBF: ISTH: SBFPO: ABH, 2017.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Semiárido. |
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| 17. | | ARAÚJO, F. P.; MELO, N. F. de; AIDAR, S. de T.; FALEIRO, F. G.; JESUS, O. N. de. Maracuyá de la Caatinga: Passiflora cincinnata Mast. In: CARLOSOMA, A. R.; FALEIRO, F. G.; MORERA, M. P.; COSTA, A. M. (Ed.). Pasifloras: especies cultivadas en el mundo. Brasília, DF: ProImpress: Cepass, 2020. cap. 9, p. 169-184.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Semiárido. |
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| 18. | | VIEIRA, D. A.; CARVALHO, M. M. P.; AIDAR, S. de T.; MARINHO, L. B.; MESQUITA, A. de C. Produção de matéria seca e fisiologia em meloeiro submetido ao estresse hídrico em região Semiárida. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 20; SIMPÓSIO DE MUDANÇAS CLIMÁTICAS E DESERTIFICAÇÃO NO SEMIÁRIDO BRASILEIRO, 5., 2017, Juazeiro, BA. A agrometeorologia na solução de problemas multiescala: anais. Petrolina: Embrapa Semiárido; Juazeiro: UNIVASF; Campinas: Sociedade Brasileira de Agrometeorologia, 2017. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 19. | | SANTOS, T. M.; VOLTOLINI, T. V.; ANGELOTTI, F.; AIDAR, S. de T.; CHAVES, A. R. de M. Productive and morphogenetic responses of buffel grass at different air temperatures and CO2 concentrations. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, MG, v. 43, n. 8, p. 404-409, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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