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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
17/12/2014 |
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Data da última atualização: |
05/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, London v. 15, S6, p. 1-9, 2014. |
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DOI: |
10.1186/1471-2164-15-S7-S6 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Suppl 7. |
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Conteúdo: |
Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances ranging from 400 to 500 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. The persistence of LD phase showed higher values at shorter genomic distances, decreasing with the increase in physical distance, varying from 0.96 at a distance of < 2.5 kb to 0.66 at a distance from 400 to 500 kb. A total of 78% of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 1,57 Mb of the total autosomal genome size. Conclusions: This study presented the first high density linkage disequilibrium map and haplotype block structure for a composite beef cattle population, and indicates that the high density SNP panel over 700 k can be used for genomic selection implementation and GWA studies for Canchim beef cattle. MenosAbstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances ranging from 400 to 500 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. The persistence of LD phase showed higher values at shorter genomic distances, decreasing with the increase in physical distance, varying from 0.96 at a distance of < 2.5 kb to 0.66 at a distance from 400 to 500 kb. A total of 78% of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 1,57 Mb of the total autosomal genome size. Conclusions: This study presented the first high density linkage disequilibrium map and haplotype block structure for a composite beef cattle population, and indicates that the high density SNP panel over 700 k can be used for genomic selection implementation and GWA studies for Canchim bee... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Composite; Desequilíbrio de ligação; Genome wide association studies; Halplotype block; Linjage disequilibirium; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Gado de corte. |
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Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/119863/1/MOKRY.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/114007/1/PROCI-2104.00140.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/114252/1/1471-2164-15-S7-S6.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 59 | |
| 3. |  | MORAES JÚNIOR, R. J.; GARCIA, A. R.; SANTOS, N. de F. A. dos. Índice de conforto animal de bezerros bubalinos (Bubalus bubalis). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOÉTICA E BEM-ESTAR ANIMAL, 1; SEMINÁRIO NACIONAL DE BIOSSEGURANÇA E BIOTECNOLOGIA ANIMAL, 1, 2008, Recife, PE. Interação homem-animal: um paradgma para o novo milênio - anais. Recife, PE: [s.n.], 2008. p. 26.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 4. | | SOUZA JÚNIOR, L. de; LOURENÇO JÚNIOR, J. de B.; SANTOS, N. de F. A. dos; ARAÚJO, C. V. de; FATURI, C.; NAHUM, B. de S. Análise da digestibilidade aparente da proteína bruta e fibra em detergente neutro do subproduto torta de coco (Cocos nucifera L.) na dieta de ovinos. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 5.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 11.; SIMPÓSIO SERGIPANO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 1., 2008, Aracaju. Anais... Aracaju: Sociedade Nordestina de Produção Animal; Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 5. | | COSTA, D. A. da; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; FERREIRA, G. D. G.; SANTOS, N. de F. A. dos; GARCIA, A. R.; MONTEIRO, E. M. M. Avaliação nutricional da torta de dendê para suplementação de ruminantes na Amazônia Oriental. Amazônia: Ciência & Desenvolvimento, Belém, PA, v. 4, n. 8, p. 83-101, jan./jun. 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 6. | | VIEIRA, L. C.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; ALVES, O. dos S.; MONTEIRO, E. M. M.; SANTOS, N. de F. A. dos. Produção de requeijão marajoara de leite de búfala. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 7.; CONGRESSO NACIONAL DE ZOOTECNIA, 10.; REUNIÃO NACIONAL DE ENSINO DE ZOOTECNIA, 11.; FÓRUM DE ENTIDADES DE ZOOTECNIA, 28.; FÓRUM DE COORDENADORES DE CURSOS DE ZOOTECNIA DAS UNIVERSIDADES BRASILEIRAS, 1., 2005, Campo Grande, MS. Produção animal e responsabilidade: [anais]. Campo Grande, MS: ABZ: UEMS: UFMS: CPAP: MAPA, 2005. Zootec 2005.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 7. | | MONTEIRO, E. M. M.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; SANTOS, N. de F. A. dos; ARAUJO, C. V. de; FATURI, C.; GARCIA, A. R. Pueraria phaseoloides (Roxb.) Benth: alternativa na suplementação de ruminantes em períodos de escassez de forragem na Amazônia. Amazônia: ciência & desenvolvimento, Belém, PA, v. 4, n. 8, p. 217-228, jan./jun. 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 9. | | SIMON, J. E.; LOURENÇO JÚNIOR, J. de B.; FERREIRA, G. D. G.; SANTOS, N. de F. A. dos; NAHUM, B. de S.; MONTEIRO, E. M. M. Consumo e digestibilidade aparente das frações fibrosas de silagem de sorgo (Sorghum bicolor [L.] Moench) por ovinos. Acta Scientiarum Animal Sciences, Maringá, v. 30, n. 3, p. 333-338, 2008. Disponível também on-line.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 11. | | MONTEIRO, E. M. M.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; GARCIA, A. R.; NAHUM, B. de S.; SANTOS, N. de F. A. dos; FERREIRA, G. D. G. Consumo e digestibilidade aparente da matéria seca, matéria orgânica e proteína bruta da Pueraria phaseoloides (Roxb.) Benth por ovinos. Semina: Ciências Agrárias, Londrina, v. 33, n. 1, p. 417-426, jan/mar. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 12. | | SIMON, J. E.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; FERREIRA, G. D. G.; SANTOS, N. de F. A. dos; NAHUM, B. de S.; MONTEIRO, E. M. M. Consumo e digestibilidade de silagem de sorgo como alternativa para alimentação suplementar de ruminantes na Amazônia Oriental. Amazônia: Ciência & Desenvolvimento, Belém, PA, v. 4, n. 8, p. 103-119, jan./jun. 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 13. | | SOARES, B. C.; RODRIGUES FILHO, J. A.; SENA, A. L. dos S.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; CONTARINI, L. B. P.; SANTOS, N. de F. A. dos. Caracterização das propriedades leiteiras do município de Rondon do Pará, mesorregião Sudeste paraense. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 52., 2015, Belo Horizonte. Zootecnia: otimizando recursos e potencialidades: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 14. | | SILVA, J. A. R. da; ARAÚJO, A. A. de; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; SANTOS, N. de F. A. dos; GARCIA, A. R.; NAHUM, B. de S. Conforto térmico de búfalas em sistema silvipastoril na Amazônia Oriental. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 10, p. 1364-1371, out. 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 15. | | SANTOS, N. de F. A. dos; SILVA, J. A. R. da; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; GARCIA, A. R.; MONTEIRO, E. M. M.; ARAÚJO, G. S. Conforto térmico de fêmeas da raça Murrah, em sistemas tradicional e silvipastoril, em Belém, Pará. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém, PA. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém, PA: SBZ, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 16. | | CONTARINI, L. B. P.; SOARES, B. C.; RODRIGUES FILHO, J. A.; SENA, A. L. dos S.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; SANTOS, N. de F. A. dos. Caracterização do manejo de ordenha de propriedades leiteiras do município Rondon do Pará, mesorregião Sudeste paraense. In: SEMINÁRIO ANUAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 13., 2015, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Universidade Federal Rural da Amazônia, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 17. | | SOARES, B. C.; RODRIGUES FILHO, J. A.; SENA, A. L. dos S.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; CONTARINI, L. B. P.; SANTOS, N. de F. A. dos. Características de instalações e benfeitorias da pecuária leiteira do município de Rondon do Pará/PA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 25., 2015, Fortaleza. Dimensões tecnológicas e sociais da zootecnia: anais. Fortaleza: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 19. | | SOUZA JUNIOR, L. de; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; SANTOS, N. de F. A. dos; MONTEIRO, E. M. M.; GARCIA, A. R.; GLÓRIA, L. S. Eficiência bioeconômica de subprodutos e leguminosas amazônicas. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém, PA. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém, PA: SBZ, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 20. | | VIEIRA, L. C.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; MONTEIRO, E. M. M.; ALVES, O. dos S.; SANTOS, N. de F. A. dos. Elaboração de queijo provolone com leite de búfala. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 7.; CONGRESSO NACIONAL DE ZOOTECNIA, 10.; REUNIÃO NACIONAL DE ENSINO DE ZOOTECNIA, 11.; FÓRUM DE ENTIDADES DE ZOOTECNIA, 28.; FÓRUM DE COORDENADORES DE CURSOS DE ZOOTECNIA DAS UNIVERSIDADES BRASILEIRAS, 1., 2005, Campo Grande, MS. Produção animal e responsabilidade: [anais]. Campo Grande, MS: ABZ: UEMS: UFMS: CPAP: MAPA, 2005. Zootec 2005.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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