BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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1.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A. Aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões usando os descritores estruturais de proteínas da base de dados do software STING para discriminação do sítio catalítico de enzimas. 2015. 216 p. il. Dissertação (Mestrado) - Faculdade de Engenharia Elétrica e Computação, Universidade Estadual de Campinas, Campinas. Orientador: Fernando José Von Zuben, Co-orientador: Goran Neshich.

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2.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.

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3.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple structure single parameter: analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, 2016.

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4.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple Structures Single Parameter (MSSP): analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics Advance, February 15, 2016.

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5.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; SALIM, J. A; BORRO, L. C. STING_MSSP: Multiple structure single parameter. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.

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6.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. PLoS ONE, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.

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7.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; MAZONI, I.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Generation of lipase B mutants with increased surface hydrophobicity in order to improve biodiesel catalysis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.

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8.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. MSSP: a web-based application for analysis of selected parameter from multiple structures in a graphical manner. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.

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9.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; NISHIMURA, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Pathogenic Prion Proteins (PrP) have higher electrostatic potential pattern than normal cellular prion protein in a specific region. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.

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10.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, I. A. P.; MORAES, F. de; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Size matters: surface hydrophobicity index (SHI) describes the impact of the size of interface area on oligomerization driven by hydrophobic effect. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISMB, 2012. Não paginado. 3Dsig 2012.

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11.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Surface hydrophobicity index (SHI): insight into the mechanisms of protein-protein associations. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009

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12.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; SALIM, J. A; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; NISHIMURA, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Structure function relationship de convoluted to a level of physical chemical descriptors: case study - lysozyme / lactalbumine differences. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.

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13.Imagem marcado/desmarcadoYANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G. RNDS: Rede Neural para Classificar Descritores do Sting. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.

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14.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. Cap. 6. p. 101-117.

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15.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; VON ZUBEN, F. J.; MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; JARDINE, J.; NESHICH, G. Characterization of catalytic site residues using STING_DB structural descriptors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISCB, 2012. Não paginado. Poster. 3DSIG 2012.

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16.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; NESHICH, G. Comparison between physical chemical and geometrical characteristics of the amino acids present in alpha-helices and beta-sheets. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não pagiando. X-Meeting 2009.

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17.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. Computational analysis of the secondary structure elements based on the physical chemical and geometrical descriptors and statistics data. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado X-Meeting 2009.

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18.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Computational Molecular Biology and its applications in agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Information and communication technologies and their relations with agriculture. Brasília, DF: Embrapa, 2016. ch. 6, p. 103-118.

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19.Imagem marcado/desmarcadoMORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Plos One, San Francisco, v. 9, n. 1, p. 1-15, Jan. 2014.

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20.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; VON ZUBEN, F.; NESHICH, G. A pattern recognition approach for catalytic site residues prediction using STING structural protein descriptors. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 41., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... [S.l]: SBBq, 2012. Não paginado. 1 pôster.

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1.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A. Aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões usando os descritores estruturais de proteínas da base de dados do software STING para discriminação do sítio catalítico de enzimas. 2015. 216 p. il. Dissertação (Mestrado) - Faculdade de Engenharia Elétrica e Computação, Universidade Estadual de Campinas, Campinas. Orientador: Fernando José Von Zuben, Co-orientador: Goran Neshich.
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2.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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3.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple structure single parameter: analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, 2016.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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4.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple Structures Single Parameter (MSSP): analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics Advance, February 15, 2016.
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5.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. PLoS ONE, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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6.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; SALIM, J. A; BORRO, L. C. STING_MSSP: Multiple structure single parameter. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
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7.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; MAZONI, I.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Generation of lipase B mutants with increased surface hydrophobicity in order to improve biodiesel catalysis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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8.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. MSSP: a web-based application for analysis of selected parameter from multiple structures in a graphical manner. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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9.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; NISHIMURA, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Pathogenic Prion Proteins (PrP) have higher electrostatic potential pattern than normal cellular prion protein in a specific region. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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10.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, I. A. P.; MORAES, F. de; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Size matters: surface hydrophobicity index (SHI) describes the impact of the size of interface area on oligomerization driven by hydrophobic effect. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISMB, 2012. Não paginado. 3Dsig 2012.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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11.Imagem marcado/desmarcadoYANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G. RNDS: Rede Neural para Classificar Descritores do Sting. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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12.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; SALIM, J. A; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; NISHIMURA, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Structure function relationship de convoluted to a level of physical chemical descriptors: case study - lysozyme / lactalbumine differences. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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13.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Surface hydrophobicity index (SHI): insight into the mechanisms of protein-protein associations. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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14.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. Cap. 6. p. 101-117.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
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15.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; NESHICH, G. Comparison between physical chemical and geometrical characteristics of the amino acids present in alpha-helices and beta-sheets. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não pagiando. X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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16.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; VON ZUBEN, F. J.; MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; JARDINE, J.; NESHICH, G. Characterization of catalytic site residues using STING_DB structural descriptors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISCB, 2012. Não paginado. Poster. 3DSIG 2012.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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17.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. Computational analysis of the secondary structure elements based on the physical chemical and geometrical descriptors and statistics data. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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18.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Computational Molecular Biology and its applications in agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Information and communication technologies and their relations with agriculture. Brasília, DF: Embrapa, 2016. ch. 6, p. 103-118.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
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19.Imagem marcado/desmarcadoMORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Plos One, San Francisco, v. 9, n. 1, p. 1-15, Jan. 2014.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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20.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; NESHICH, I. P. A.; SALIM, J. A; DE MORAES, F. R. Molecular modeling and structural analysis of the protein twitching motility of Xylella fastidiosa. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA E RODADA E FEIRA DE NEGÓCIOS, 4., 2012, Guarujá. [Resumos]... [S.l.: s.n.], 2012. Não paginado. Brasil Biotec 2012.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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