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| Registros recuperados : 1 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
10/11/2017 |
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Data da última atualização: |
17/04/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 2 |
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Autoria: |
SALGADO, L. R.; LIMA, R.; SANTOS, B. F. dos; SHIRAKAWA, K. T.; VILELA, M. de M.; ALMEIDA, N. F.; PEREIRA, R. M.; NEPOMUCENO, A. L.; CHIARI, L. |
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Afiliação: |
LEONARDO RIPPEL SALGADO, Embrapa Beef Cattle, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; RODOLPHO LIMA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; BRUNO FERREIRA DOS SANTOS, Federal University of Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; KARINA TAMIE SHIRAKAWA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; MARIANE DE MENDONCA VILELA, CNPGC; NALVO FRANCO ALMEIDA, Federal University of Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; RODRIGO MATHEUS PEREIRA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, CNPSO; LUCIMARA CHIARI, CNPGC. |
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Título: |
De novo RNA sequencing and analysis of the transcriptome of signalgrass (Urochloa decumbens) roots exposed to aluminum. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Growth Regulation, v. 83, n. 1, p. 157-170, 2017. |
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DOI: |
10.1007/s10725-017-0291-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Acidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained, providing a reference platform for future biotechnological studies and breeding programs for this species and its close relatives. MenosAcidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Molecular markers; RNA sequencing; Urochloa genus. |
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Thesagro: |
Brachiaria Decumbens. |
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Thesaurus NAL: |
Aluminum. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/166583/1/De-novo-RNA-sequencing-and-analysis.pdf
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Marc: |
LEADER 02506naa a2200289 a 4500
001 2079489
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520 $aAcidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained, providing a reference platform for future biotechnological studies and breeding programs for this species and its close relatives.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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Biblioteca |
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Registro |
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Status |
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| Registros recuperados : 925 | |
| 121. |  | 2450783, AQUATIC TOXICOLOGY, Elsevier, Amsterdam, NL
Biblioteca(s): Catálogo Coletivo de Periódicos Embrapa; Embrapa Meio Ambiente. |   |
| 122. | | 2000144, ARBORICULTURE FRUITIERE, Societe Pomologique de France, Paris, FR
Biblioteca(s): Catálogo Coletivo de Periódicos Embrapa; Embrapa Clima Temperado; Embrapa Mandioca e Fruticultura; Embrapa Uva e Vinho. | |
| 124. | | 0350032, ARCHIV DLG-VERLAG, Frankfurt-Alemanha Ocidental
Biblioteca(s): Catálogo Coletivo de Periódicos Embrapa; Embrapa Amazônia Oriental. | |
| 125. | | 0350129, ARCHIV FUR TIERZUCHT, Akademi Verlag, Dummerstof-Alemanha
Biblioteca(s): Catálogo Coletivo de Periódicos Embrapa; Embrapa Suínos e Aves. | |
| 126. | | 5151115, ARCHIVES OF BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, Academic Press, New York, US
Biblioteca(s): Catálogo Coletivo de Periódicos Embrapa; Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Clima Temperado; Embrapa Pantanal; Embrapa Soja. | |
| 128. | | 1350010, ARCHIVOS DE ZOOTECNIA, Instituto de Zootecnia. Consejo Superior de Investigaciones Cientificas, Cordoba-Espanha
Biblioteca(s): Catálogo Coletivo de Periódicos Embrapa; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Cerrados; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pantanal; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Suínos e Aves. | |
| 129. | | 5150210, ARKANSAS FARM RESEARCH, University of Arkansas. Agricultural Experiment Station, Fayetteville, Ark., US
Biblioteca(s): Catálogo Coletivo de Periódicos Embrapa; Embrapa Acre; Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Clima Temperado; Embrapa Meio Ambiente; Embrapa Pantanal; Embrapa Semiárido; Embrapa Soja. | |
| 130. | | 5150211, ARNOLDIA (JAMAICA PLAIN), Harward University. Arnold Arboretum, Jamaica Plain, Mass., US
Biblioteca(s): Catálogo Coletivo de Periódicos Embrapa; Embrapa Amazônia Oriental. | |
| 131. | | 0904673, ARQUIVO BRASILEIRO DE MEDICINA VETERINÁRIA E ZOOTECNIA = BRAZILIAN JOURNAL OF VETERINARY AND ANIMAL SCIENCE, Universidade de Minas Gerais, Belo Horizonte, MG
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| 132. | | 0900447, ARQUIVOS DA ESCOLA DE VETERINARIA DA UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS, UFMG, Belo Horizonte, MG
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| 133. | | 0900315, ARQUIVOS DE BIOLOGIA E TECNOLOGIA, Instituto de Tecnologia do Parana-TECPAR, Curitiba, PR
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| 134. | | 0901312, ARQUIVOS DE ZOOLOGIA, Museu de Zoologia. Universidade de Sao Paulo, Sao Paulo, SP
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| 135. | | 0900778, ARQUIVOS DO INSTITUTO BIOLOGICO, Instituto Biologico, Sao Paulo, SP
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| 136. | | 0900775, ARQUIVOS DO MUSEU NACIONAL, Museu Nacional do Rio de Janeiro, Rio De Janeiro, RJ
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| 137. | | 0900773, ARQUIVOS DO SERVICO FLORESTAL, Servico Florestal Federal, Rio De Janeiro, RJ
Biblioteca(s): Catálogo Coletivo de Periódicos Embrapa; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Florestas; Embrapa Semiárido. | |
| 138. | | 1350046, ARROZ (BOGOTA), Federacion Nacional de Arroceros, Bogota, CO
Biblioteca(s): Catálogo Coletivo de Periódicos Embrapa; Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Solos. | |
| 139. | | 4050012, ARROZ (PERU), Associacion Nacional de Productores de Arroz, Lima-Peru
Biblioteca(s): Catálogo Coletivo de Periódicos Embrapa; Embrapa Arroz e Feijão. | |
| 140. | | 5100014, ARROZ (URUGUAY), Asociacion Cultivadores de Arroz, Montevideo-Uruguai
Biblioteca(s): Catálogo Coletivo de Periódicos Embrapa; Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Arroz e Feijão. | |
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