BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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1.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; NESHICH, G. Ranking optimization in virtual screening using physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: SÃO PAULO SCHOOL OF ADVANCED SCIENCES ON NEGLECTED DISEASES DRUG DISCOVERY - FOCUS ON KINETOPLASTIDS, 2015, Campinas. Book of abstracts. [Campinas]: CNPEM, [2015]. p. 115. SPSAS-ND3.

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2.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; NESHICH, G.; YANO, I. H.; BORRO, L. C. PS3A. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.

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3.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; YANO, I. H.; NESHICH, G.; BORRO, L. C. PS3DV. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.

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4.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; BORRO, L. C. PSAS. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.

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5.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; NESHICH, G. Binding affinity prediction using a nonparametric regression model based on physicochemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS, 2016, Orlando. [Proceedings...]. Orlando: [s.n.], 2016. p. 116-117. 1 pôster. 3Dsig 2016. Pôster #56.

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6.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.

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7.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Java Secondary Structure Dossier. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. 1 folder.

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8.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple structure single parameter: analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, 2016.

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9.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple Structures Single Parameter (MSSP): analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics Advance, February 15, 2016.

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10.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, R. V. dos; VILLALTA-ROMERO, F.; STANISIC, D.; BORRO, L.; NESHICH, G.; TASIC, L. Citrus bioflavonoid, hesperetin, as inhibitor of two thrombin-like snake venom serine proteases isolated from Crotalus simus. Toxicon, v. 143, p. 36-43, Mar. 2018.

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11.Imagem marcado/desmarcadoFULAZ, S. F.; CABRINI, F. M.; BORRO, L.; TASIC, L.; NESHICH, G. Computational Biology tools in design of an agrochemical against Xylella fastidiosa. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 143. C.016.

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12.Imagem marcado/desmarcadoFULAZ, S. F.; CABRINI, F.; TASIC, L.; BORRO, L.; NESHICH, G. Computational biology tools in design of an agrochemical against Xyllela fastidiosa. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTIFICA DA UNICAMP, 33., 2015, Campinas. [Proceedings...]. Campinas: Unicamp, 2015. 1 pôster.

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13.Imagem marcado/desmarcadoSCHULTZ, L. G.; VILLALTA­ROMERO, F.; BORRO, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; TASIC, L. The host/guest interactions of the key protein for the bipolar disorder. In: ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 45., 2016, Natal. Livro de resumos... [Natal]: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2016. Não paginado. Na publicação: José Jardine.

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14.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.

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15.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. PLoS ONE, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.

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16.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.

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17.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; SALIM, J. A; BORRO, L. C. STING_MSSP: Multiple structure single parameter. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.

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18.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.

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19.Imagem marcado/desmarcadoVILLALTA-ROMERO, F.; BORRO, l.; MANDIC, B.; ESCALANTE, T.; RUCAVADO, A.; GUTIÉRREZ, J. M.; NESHICH, G.; TASIC, L. Discovery of small molecule inhibitors for the snake venom metalloprotease BaP1 using in silico and in vitro tests. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, v. 27, p. 2018-2022, 2017.

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20.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; MAZONI, I.; ALVARENGA, D.; PELLIGRINELLI, T. V.; CARVALHO, M.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Chameleon sequences seen under a prism of structure descriptors. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. 1 folder.

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1.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; NESHICH, G. Ranking optimization in virtual screening using physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: SÃO PAULO SCHOOL OF ADVANCED SCIENCES ON NEGLECTED DISEASES DRUG DISCOVERY - FOCUS ON KINETOPLASTIDS, 2015, Campinas. Book of abstracts. [Campinas]: CNPEM, [2015]. p. 115. SPSAS-ND3.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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2.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; NESHICH, G. Binding affinity prediction using a nonparametric regression model based on physicochemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS, 2016, Orlando. [Proceedings...]. Orlando: [s.n.], 2016. p. 116-117. 1 pôster. 3Dsig 2016. Pôster #56.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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3.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; NESHICH, G.; YANO, I. H.; BORRO, L. C. PS3A. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
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4.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; YANO, I. H.; NESHICH, G.; BORRO, L. C. PS3DV. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
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5.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; BORRO, L. C. PSAS. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
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6.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple structure single parameter: analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, 2016.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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7.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple Structures Single Parameter (MSSP): analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics Advance, February 15, 2016.
Biblioteca(s): Embrapa Territorial.
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8.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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9.Imagem marcado/desmarcadoSCHULTZ, L. G.; VILLALTA­ROMERO, F.; BORRO, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; TASIC, L. The host/guest interactions of the key protein for the bipolar disorder. In: ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 45., 2016, Natal. Livro de resumos... [Natal]: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2016. Não paginado. Na publicação: José Jardine.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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10.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Java Secondary Structure Dossier. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. 1 folder.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
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11.Imagem marcado/desmarcadoFULAZ, S. F.; CABRINI, F. M.; BORRO, L.; TASIC, L.; NESHICH, G. Computational Biology tools in design of an agrochemical against Xylella fastidiosa. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 143. C.016.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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12.Imagem marcado/desmarcadoFULAZ, S. F.; CABRINI, F.; TASIC, L.; BORRO, L.; NESHICH, G. Computational biology tools in design of an agrochemical against Xyllela fastidiosa. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTIFICA DA UNICAMP, 33., 2015, Campinas. [Proceedings...]. Campinas: Unicamp, 2015. 1 pôster.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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13.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, R. V. dos; VILLALTA-ROMERO, F.; STANISIC, D.; BORRO, L.; NESHICH, G.; TASIC, L. Citrus bioflavonoid, hesperetin, as inhibitor of two thrombin-like snake venom serine proteases isolated from Crotalus simus. Toxicon, v. 143, p. 36-43, Mar. 2018.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
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14.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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15.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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16.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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17.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. PLoS ONE, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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18.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; SALIM, J. A; BORRO, L. C. STING_MSSP: Multiple structure single parameter. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
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19.Imagem marcado/desmarcadoFALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; NESHICH, G. Identification of folding essential residues by looking at an extensive DB of the structure descriptors in Diamond STING. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 13., 2005, Detroit. Program... Detroit: ISCB, 2005. p. 71. Poster A-47. Na publicação: Paula Kuser; Michel Yamagishi; Adauto Mancini; Roberto Higa; Goran Neshich.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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20.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; MAZONI, I.; ALVARENGA, D.; PELLIGRINELLI, T. V.; CARVALHO, M.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Chameleon sequences seen under a prism of structure descriptors. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. 1 folder.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
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