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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
07/12/2007 |
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Data da última atualização: |
11/05/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MELO, R. C.; RIBEIRO, C.; MURRAY, C. S.; VELOSO, C. J. M.; SILVEIRA, C. H. da; NESHICH, G.; MEIRA JUNIOR, W.; CARCERONI, R. L.; SANTORO, M. M. |
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Afiliação: |
UFMG; UFMG; UFMG; UFMG; UFMG; GORAN NESHICH, CNPTIA; UFMG; UFMG; UFMG. |
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Título: |
Finding protein-protein interaction patterns by contact map matching. |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 946-963, 2007. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
We propose a novel method for defining patterns of contacts present in protein-protein complexes. A new use of the traditional contact maps (more frequently used for representation of the intra-chain contacts) is presented for analysis of inter-chain contacts. Using an algorithm based on image processing techniques, we can compare protein-protein interaction maps and also obtain a dissimilarity score between them. The same algorithm used to compare the maps can align the contacts of all the complexes and be helpful in the determination of a pattern of conserved interactions at the interfaces. We present an example for the application of this method by analyzing the pattern of interaction of bovine pancreatic trypsin inhibitors and trypsins, chymotrypsins, a thrombin, a matriptase, and a kallikrein - all classified as serine proteases. We found 20 contacts conserved in trypsins and chymotrypsins and 3 specific ones are present in all the serine protease complexes studied. The method was able to identify important contacts for the protein family studied and the results are in agreement with the literature. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Contact maps; Interação proteína-proteína; Mapas de contato; Serine proteases. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; protein-protein interactions; Serine proteinases. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/159705/1/AP-Finding-2007.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Classificação |
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Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 133 | |
| 101. |  | SILVA, F. A. da; VILELLA, F. M. F.; ZILLI, J. E.; PADUA, J. G.; FIGUEIREDO, L. H. M.; BARBIRATO, M. I. L.; FERREIRA, S. N. Legislação relacionada a recursos genéticos. In: PAIVA, S. R.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; SALOMAO, A. N.; JOSE, S. C. B. R.; MOREIRA, J. R. de A. (Ed.). Recursos genéticos: o produtor pergunta, a Embrapa responde. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2019. p. 157-178| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 102. | | LOPES, R. M.; GIMENES, M. A.; VASCONCELOS, P. S.; SALOMAO, A. N.; PADUA, J. G.; COSTA, T. da S. A.; SILVEIRA, D. Induction of resveratrol in peanut leaves (Arachis hypogaea) by ultraviolet radiation. In: CONGRESSO ITALO-LATINOAMERICANO DE ETNOMEDICINA "PROF. DR. FRANCISCO JOSÉ DE ABREU MATOS", 20., 2011, Fortaleza. Resumos... [S.l.]: Conselho Federal de Farmácia, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 103. | | FAVERO, A. P.; PADUA, J. G.; COSTA, T. da S. A.; GIMENES, M. A.; GODOY, I. J.; MORETZSOHN, M. de C.; MICHELOTTO, M. D. New hybrids from peanut (Arachis hypogaea L.) and synthetic amphidiploid crosses show promise in increasing pest and disease tolerance. Genetics and Molecular Research, v. 14, n. 3, p. 16694-16703, dec. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 104. | | PEREIRA NETO, L. G.; JOSE, S. C. B. R.; CURI, C. C. D. S.; GOEDERT, C. O.; PADUA, J. G.; CASEIRO, R. A. Monitoração das coleções de germoplasma de cevada, feijão de lima, sorgo e estilosantes armazenadas a longo prazo na coleção de base da Embrapa. Informativo Abrates, Londrina, v. 19, n. 2, p. 184, set. 2009. Edição dos resumos do XVI Congresso Brasileiro de Sementes, Curitiba, 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 105. | | SCHWINGEL, L. C.; MENEZES, S. E.; PADUA, J. G.; GIMENES, M. A.; PENALOZA, A. D. P. de S.; POZZOBON, M. T.; MARTINS, R. C. C. Otimização da técnica do ensaio cometa para detecção de danos no dna em sementes de Dalbergia nigra E Hordeum vulgare. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... [S.l.]: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 106. | | SILVA, R. N. O.; BURLE, M. L.; PADUA, J. G.; LOPES, A. C. de A.; GOMES, R. L. F.; MARTÍNEZ-CASTILLO, J. Phenotypic diversity in lima bean landraces cultivated in Brazil, using the Ward-MLM strategy. Chilean Journal of Agricultural Research, v. 77, n. 1, 35-40, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 107. | | GRATTAPAGLIA, D.; NOVAES, E.; MAMANI, E. M.; MISSIAGGIA, A. A.; PAPPAS, M. C. R.; BRONDANI, R. P. V.; PÁDUA, J. G.; COELHO, A. S. G. Wood quality QTLs: detection and validation across multiple pedigrees of eucalyptus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 52., 2006, Foz do Iguaçu, PR. Resumos... Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2006. p. 1051.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 108. | | BURLE, M. L.; COSTA, T. da S. A.; ARRIEL, N. H. C.; GOMES, R.; QUINTANA, L.; SILVA, R.; MELO, M.; PADUA, J. G.; DIAS, T. A. B.; LOPES, A.; SOUZA, W.; DILLY, J. Amplia variabilidad de Phaseolus lunatus L. de Brasil en Embrapa: evaluación multidescriptiva y perspectivas. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 109. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Atendimento de Solicitação de Germoplasma Semente da coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 110. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTA, I. R. S.; JOSE, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Incorporação de Germoplasma Semente à coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 111. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Monitoração da viabilidade das sementes armazenadas na coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 112. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Serviços de apoio à Gestão da Conservação de Longo Prazo à -20o C. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 113. | | FALEIRO, F. G.; JUNQUEIRA, N. T. V.; COSTA, A. M.; GUIMARAES, T. G.; BRAGA, M. F.; OLIVEIRA, E. J. de; MACHADO, C. de F.; PADUA, J. G.; BORGES, R. de S.; PEIXOTO, J. R. Caracterização e uso de germoplasma e melhoramento genético do maracujá visando sua utilização diversificada e valoração da biodiversidade essencialmente brasileira. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Disponível em: Acesso em: 21 fev. 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 114. | | ABREU, A. G. de; SILVA, D. J. H. da; PADUA, J. G.; MEDEIROS, M. B. de; CAVALLARI, M. M.; GIMENES, M. A.; OLIVEIRA, M. do S. P. de; RAMOS, S. R. R. Conservação ex situ de recursos genéticos vegetais para a alimentação e a agricultura. In: ABREU, A. G. de; PÁDUA, J. G.; BARBIERI, R. L. Conservação e uso de recursos genéticos vegetais para a alimentação e a agricultura no Brasil: 2012 a 2019. Brasília, DF: Embrapa, 2022. p. 41-58.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 115. | | PADUA, J. G.; ABREU, A. G. de; BARBIERI, R. L.; SOUZA, F. V. D.; MEDEIROS, M. B. de; BURLE, M. L.; SIMON, M. F.; CAVALLARI, M. M.; CASTRO, C. M.; RAMOS, S. R. R. Conservation of plant genetic resources in Brazil. In: AL-KHAYRI, J. M.; JAIN, S. M.; PENNA, S. (Ed.). Sustainable Utilization and Conservation of Plant Genetic Diversity. Singapore: Springer, 2024. p. 795-819. ( Sustainable Development and Biodiversity, 35). Na publicação: Caroline Marques de Castro.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 116. | | DIAS, T. A. B.; MADEIRA, N.; BOTREL, N.; AMARO, G.; CARVALHO, S. I. C. de; PADUA, J. G.; MACIEL, M. R. A.; JURUNA, S.; MING, L. C.; SCHIAVINI, F. Diálogos agroecológicos: conservação da agrobiodiversidade e segurança alimentar indígena. In: DIAS, T. A. B.; ALMEIDA, J. S. S. E.; UDRY, M. C. F. V. (Ed.). Diálogos de saberes: relatos da Embrapa. Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 35-51 (Coleção Povos e Comuniddes Tradicionais, 2).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 117. | | OLIVEIRA, E. J. de; OLIVEIRA, G. A. F.; COSTA, J. L.; OLIVEIRA, V. J. dos S. de; DANTAS, A. C. V. L.; DANTAS, J. L. L.; PADUA, J. G. Genetic diversity and marker-assisted inbreeding in papaya. Scientia Horticulturae, v. 147, p.20-28, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 118. | | SANTOS, C. A. F.; CASTRO, J. M. C.; SOUZA, F. de F. VILARINHO, A. A.; FERREIRA, F. R. do; PÁDUA, J. G.; BORGES, R. M. E.; BARBIERI, R. L.; SOUZA, A. G. C. de; RODRIGUES, M. A. Prospecting and morphological characterization of Brazilian Psidium germplasm. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON GUAVA AND OTHER MYRTACEAE, 2., 2008, Merida, México. Abstracts... Merida: CICY: INIFAP, 2008. p. 20-21.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 119. | | SANTOS, C. A. F.; CASTRO, J. M. da C. e; SOUZA, F. de F.; VILARINHO, A. A.; FERREIRA, F. R.; PADUA, J. G.; BORGES, R. M. E.; BARBIERI, R. L.; SOUZA, A. G. C. de; RODRIGUES, M. A. Prospecting and morphological characterization of Brazilian Psidium germplasm. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON GUAVA AND OTHER MYRTACEAE, 2., 2008, Merida, México. Abstracts... Merida: CICY: INIFAP, 2008. p. 20-21.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 120. | | SANTOS, C. A. F.; CASTRO, J. M. da C. e; SOUZA, F. de F.; VILARINHO, A. A.; FERREIRA, F. R.; PADUA, J. G.; BORGES, R. M. E.; BARBIERI, R. L.; SOUZA, A. das G. C. de; RODRIGUES, M. A. Prospecting and morphological characterization of Brazilian Psidium germplasm. Acta Horticulturae, Leuven, n. 849, p. 63-68, 2010. Edição do Proceedings of the II International Symposium on Guava and other Myrtaceae, Mérida and Aguascalientes, Mexico, jan. 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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