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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
04/08/2005 |
Data da última atualização: |
14/03/2018 |
Autoria: |
NESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. |
Afiliação: |
GORAN NESHICH, CNPTIA; LUIZ C. BORRO; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; EDUARDO H. FRANCO; JOÃO N. KRAUCHENCO; RENATO FILETO; ANDRÉ A. RIBEIRO; GEORGE B. P. BEZERRA; THIAGO M. VELLUDO; THOMÁS S. JIMENEZ; NOBORU FURUKAWA, Department of Bioscience and Bioinformatics/Kyushu Institute of Technology (KIT); HIROFUMI TESHIMA, KIT; KOJI KITAJIMA, KIT; ABDULLA BAVA, KIT; AKINORI SARAI, KIT; ROBERTO COITI TOGAWA, CENARGEN; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA. |
Título: |
The Diamond Sting server. |
Ano de publicação: |
2005 |
Fonte/Imprenta: |
Nucleic Acids Research, v. 33, W29-W35, 2005. |
DOI: |
10.1093/nar/gki397 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new functionalities by both providing more structure parameters to the STING Database and by improving/ expanding the Interface for enhanced data handling. The integration among the STING components has also been Improved. A new key feature is the ability of the STING server to handle local files containing protein structures (either modeled or not yet deposited to the Protein Data Bank) so that they can be used by the principal STING components: JavaProtein Dossier (JPD) and STING Report. The current capabilities of the new STING version and a couple of biologically relevant applications are described here. We have provided an example where Diamond STING identifies the active site amino acids and folding essential amino acids (both previously determined by experiments) by filtering out all but those residues by selecting the numerical values/ranges for a set of corresponding parameters. This is the fundamental step toward a more interesting endeavor-the prediction of such residues. |
Palavras-Chave: |
Diamond STING; Estrutura de proteína; JavaProtein Dossier; STING. |
Thesagro: |
Proteina. |
Thesaurus Nal: |
Protein structure. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/80301/1/Diamond-S.pdf
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Marc: |
LEADER 02272naa a2200421 a 4500 001 1009085 005 2018-03-14 008 2005 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1093/nar/gki397$2DOI 100 1 $aNESHICH, G. 245 $aThe Diamond Sting server.$h[electronic resource] 260 $c2005 520 $aDiamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new functionalities by both providing more structure parameters to the STING Database and by improving/ expanding the Interface for enhanced data handling. The integration among the STING components has also been Improved. A new key feature is the ability of the STING server to handle local files containing protein structures (either modeled or not yet deposited to the Protein Data Bank) so that they can be used by the principal STING components: JavaProtein Dossier (JPD) and STING Report. The current capabilities of the new STING version and a couple of biologically relevant applications are described here. We have provided an example where Diamond STING identifies the active site amino acids and folding essential amino acids (both previously determined by experiments) by filtering out all but those residues by selecting the numerical values/ranges for a set of corresponding parameters. This is the fundamental step toward a more interesting endeavor-the prediction of such residues. 650 $aProtein structure 650 $aProteina 653 $aDiamond STING 653 $aEstrutura de proteína 653 $aJavaProtein Dossier 653 $aSTING 700 1 $aBORRO, L. C. 700 1 $aHIGA, R. H. 700 1 $aKUSER, P. R. 700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B. 700 1 $aFRANCO, E. H. 700 1 $aKRAUCHENCO, J. N. 700 1 $aFILETO, R. 700 1 $aRIBEIRO, A. A. 700 1 $aBEZERRA, G. B. P. 700 1 $aVELLUDO, T. M. 700 1 $aJIMENEZ, T. S. 700 1 $aFURUKAWA, N. 700 1 $aTESHIMA, H. 700 1 $aKITAJIMA, K. 700 1 $aBAVA, A. 700 1 $aSARAI, A. 700 1 $aTOGAWA, R. C. 700 1 $aMANCINI, A. L. 773 $tNucleic Acids Research$gv. 33, W29-W35, 2005.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Volume |
Status |
URL |
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| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Mandioca e Fruticultura. Para informações adicionais entre em contato com cnpmf.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
Data corrente: |
29/10/2008 |
Data da última atualização: |
26/11/2008 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
SANTOS, A. M. dos; BORGES, A. L.; SOUZA, L. da S.; SOUZA, L. F. da S. |
Afiliação: |
Ailton Mascarenhas dos Santos, UFRB; Ana Lúcia Borges, CNPMF; Luciano da Silva Souza, CNPMF; Luiz Francisco da Silva Souza, CNPMF. |
Título: |
Fonte alternativa de potássio para a bananeira em sistema orgânico de produção. |
Ano de publicação: |
2008 |
Fonte/Imprenta: |
In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA TROPICAL, 2., 2008, Cruz das Almas. Anais... Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, 2008. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
RESUMO_007. |
Conteúdo: |
Rochas silicáticas contendo potássio (K), como o flogopitito, podem ser fontes alternativas do nutriente para o sistema orgânico de produção de banana, em razão das dificuldades para o suprimento do nutriente nesse sistema de cultivo. Assim, o trabalho objetiva avaliar o efeito de doses de flogopitito no crescimento da bananeira, em condições de campo. Na Unidade de Pesquisa de Produção Orgânica (UPPO) da Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, em Latossolo Amarelo álico, está sendo avaliado o crescimento de dois clones de bananeira ?Prata Anã? submetidos a cinco doses de K2O (0, 100, 200, 300 e 600 kg de K2O/ha), sob a forma do flogopitito (7,93% de K2O), em delineamento experimental em blocos casualizados, com três repetições. O flogopitito foi aplicado em cobertura, em toda a área, após a aração e incorporado com o escarificador. Aos cinco meses de crescimento da bananeira não foi possível obter a dose máxima de K2O na forma de flogopitito para altura e diâmetro do pseudocaule. O número de folhas máximo para o clone 1 (11,96) foi obtido na dose de 287,5 kg de K2O/ha; porém, o clone 2 não respondeu ao flogopitito, obtendo-se uma média de 10,7 folhas. Avaliações nos estádios de florescimento e colheita permitirão conclusões mais definitivas sobre a eficiência do flogopitito como fonte de K para a bananeira, no sistema orgânico de produção. |
Palavras-Chave: |
Flogopitito; Musa spp; Parata anã. |
Thesagro: |
Crescimento. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 02113naa a2200217 a 4500 001 1655042 005 2008-11-26 008 2008 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aSANTOS, A. M. dos 245 $aFonte alternativa de potássio para a bananeira em sistema orgânico de produção. 260 $c2008 500 $aRESUMO_007. 520 $aRochas silicáticas contendo potássio (K), como o flogopitito, podem ser fontes alternativas do nutriente para o sistema orgânico de produção de banana, em razão das dificuldades para o suprimento do nutriente nesse sistema de cultivo. Assim, o trabalho objetiva avaliar o efeito de doses de flogopitito no crescimento da bananeira, em condições de campo. Na Unidade de Pesquisa de Produção Orgânica (UPPO) da Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, em Latossolo Amarelo álico, está sendo avaliado o crescimento de dois clones de bananeira ?Prata Anã? submetidos a cinco doses de K2O (0, 100, 200, 300 e 600 kg de K2O/ha), sob a forma do flogopitito (7,93% de K2O), em delineamento experimental em blocos casualizados, com três repetições. O flogopitito foi aplicado em cobertura, em toda a área, após a aração e incorporado com o escarificador. Aos cinco meses de crescimento da bananeira não foi possível obter a dose máxima de K2O na forma de flogopitito para altura e diâmetro do pseudocaule. O número de folhas máximo para o clone 1 (11,96) foi obtido na dose de 287,5 kg de K2O/ha; porém, o clone 2 não respondeu ao flogopitito, obtendo-se uma média de 10,7 folhas. Avaliações nos estádios de florescimento e colheita permitirão conclusões mais definitivas sobre a eficiência do flogopitito como fonte de K para a bananeira, no sistema orgânico de produção. 650 $aCrescimento 653 $aFlogopitito 653 $aMusa spp 653 $aParata anã 700 1 $aBORGES, A. L. 700 1 $aSOUZA, L. da S. 700 1 $aSOUZA, L. F. da S. 773 $tIn: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA TROPICAL, 2., 2008, Cruz das Almas. Anais... Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, 2008.
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Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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