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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
07/12/2007 |
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Data da última atualização: |
11/05/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ROCCHIA, W.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
Scuola Normale Superiore, Italy; GORAN NESHICH, CNPTIA. |
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Título: |
Electrostatic potential calculation for biomolecules - creating a database of pré-calculated values reported on a per residue basis for all PDB protein structures. |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 923-936, 2007. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract. STING and JavaProtein Dossier provide a collection of physical-chemical parameters, describing protein structure, stability, function, and interaction, considered one of the most comprehensive among the available protein databases of similar type. Particular attention in STING is paid to the electrostatic potential. It makes use of DelPhi, a well-known tool that calculates this physical-chemical quantity for biomolecules by solving the Poisson Boltzmann equation. In this paper, we describe a modification to the DelPhi program aimed at integrating it within the STING environment. We also outline how the "amino acid electrostatic potential" and the "surface amino acid electrostatic potential" are calculated (over all Protein Data Bank (PDB) content) and how the corresponding values are made searchable in STING_DB. In addition, we show that the STING and JavaProtein Dossier are also capable of providing these particular parameter values for the analysis of protein structures modeled in computers or being experimentally solved, but not yet deposited in the PDB. Furthermore, we compare the calculated electrostatic potential values obtained by using the earlier version of DelPhi and those by STING, for the biologically relevant case of lysozyme-antibody interaction. Finally, we describe the STING capacity to make queries (at both residue and atomic levels) across the whole PDB, by looking at a specific case where the electrostatic potential parameter plays a crucial role in terms of a particular protein function, such as ligand binding. MenosAbstract. STING and JavaProtein Dossier provide a collection of physical-chemical parameters, describing protein structure, stability, function, and interaction, considered one of the most comprehensive among the available protein databases of similar type. Particular attention in STING is paid to the electrostatic potential. It makes use of DelPhi, a well-known tool that calculates this physical-chemical quantity for biomolecules by solving the Poisson Boltzmann equation. In this paper, we describe a modification to the DelPhi program aimed at integrating it within the STING environment. We also outline how the "amino acid electrostatic potential" and the "surface amino acid electrostatic potential" are calculated (over all Protein Data Bank (PDB) content) and how the corresponding values are made searchable in STING_DB. In addition, we show that the STING and JavaProtein Dossier are also capable of providing these particular parameter values for the analysis of protein structures modeled in computers or being experimentally solved, but not yet deposited in the PDB. Furthermore, we compare the calculated electrostatic potential values obtained by using the earlier version of DelPhi and those by STING, for the biologically relevant case of lysozyme-antibody interaction. Finally, we describe the STING capacity to make queries (at both residue and atomic levels) across the whole PDB, by looking at a specific case where the electrostatic potential parameter plays a crucial role... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Banco de dados; Bioinformática; Biomoléculas; Electrostatic potential of biomolecules; Protein structure analysis; Sting. |
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Thesagro: |
Proteína. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Protein structure. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/159699/1/AP-Electrostatic-Sting-GMR-2007.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 1. |  | CERRO, P. del; ROLLA-SANTOS, A. A. P.; VALDERRAMA-FERNANDEZ, R.; GIL-SERRANO, A.; BELLOGÍN, R. A.; GOMES, D. F.; MONTAÑO, F. P.; MEGÍAS, M.; HUNGRIA, M.; JAVIER OLLERO, F. NrcR, a new transcriptional regulator of Rhizobium tropici CIAT 899 involved in the Legume root-nodule symbiosis. PLOS One, v. 11, n. 4, e0154029, Apr. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 2. | | CERRO, P. del; ROLLA-SANTOS, A. A. P.; GOMES, D. F.; MARKS, B. B.; ESPUNY, M. del R.; RODRÍGUEZ-CARVAJAL, M. A.; SORIA-DÍAZ, M. E.; NAKATANI, A. S.; HUNGRIA, M.; JAVIER OLLERO, F.; MEGÍAS, M. Opening the "black box" of nodD3, nodD4 and nodD5 genes of Rhizobium tropici strain CIAT 899. BMC Genomics, v. 16, n. 1, p. 864, Oct. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 4. | | CERRO, P. del; ROLLA-SANTOS, A. A. P.; GOMES, D. F.; MARKS, B. B.; PÉREZ-MONTAÑO, F.; RODRÍGUEZ-CARVAJAL, M. A.; NAKATANI, A. S.; GIL-SERRANO, A.; MEGÍAS, M.; OLLERO, F. J.; HUNGRIA, M. Regulatory nodD1 and nodD2 genes of Rhizobium tropici strain CIAT 899 and their roles in the early stages of molecular signaling and host-legume nodulation. BMC Genomics, London, [S. l.], v. 16, n. 251, Mar. 2015. 13 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 5. | | PÉREZ-MONTAÑO, F.; CERRO, P. del; JIMÉNEZ-GUERRERO, I.; LÓPEZ-BAENA, F. J.; CUBO, M. T.; HUNGRIA, M.; MEGÍAS, M.; OLLERO, F. J. RNA-seq analysis of the Rhizobium tropici CIAT 899 Transcripitome shows similarites in the activation patterns of symbiotic genes in the presence of apigenin and salt. BMC Genomics, v. 17, n. 1, p. 198, Mar. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 6. | | PIRES, T.; SANTOS, R. S. S. dos; ANTUNES, J. O.; TESSARO, P. G.; ALVES, S. A. M.; GEBLER, L. Avaliação da eficiência de inseticidas sobre Grapholita molesta em macieira após chuvas simuladas. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 18., ENCONTRO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA UVA E VINHO, 14., 2020, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho, p. 10, 2020. (Embrapa Uva e Vinho. Documentos, 124).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 7. | | LEITE, R. de A.; MARTINS, L. C.; FERREIRA, L. V. dos S. F.; BARBOSA, E. S.; ALVES, B. J. R.; ZILLI, J. E.; ARAUJO, A. P.; JESUS, E. da C. Co-inoculation of Rhizobium and Bradyrhizobium promotes growth and yield .of common beans Applied Soil Ecology, v. 172, 104356, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 8. | | RIZZARDI, D. A.; CONTRERAS-SOTO, R. I.; FIGUEIREDO, A. S. T.; ANDRADE, C. A. de B.; SANTANA, R. G.; SCAPIM, C. A. Generalized mixed linear modeling approach to analyze nodulation in common bean inbred lines. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 52, n. 12, p. 1178-1184, dez. 2017. Título em português: Abordagem de modelos lineares generalizados mistos para analisar nodulação em linhagens de feijoeiro-comum.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 11. | | MENDES, I. de C.; VARGAS, M. A.; HUNGRIA, M. Adubacao nitrogenada e inoculacao do feijoeiro em solos dos cerrados. In: REUNIAO BRAS. FERTILIDADE DO SOLO E NUTRICAO DE PLANTAS, 23.; REUNIAO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 7.; SIMPOSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 5.; REUNIAO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 2., 1998, Caxambu, MG. FertBio 98: resumos. Caxambu: UFLA, 1998. p.202. Interrelacao fertilidade, biologia do solo e nutricao de plantas: consolidando um paradigma.| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 17. | | VIEIRA, R. F.; VIEIRA, C.; CALDAS, M. T. Comportamento do feijao-fradinho na primavera verao na zona da mata de Minas Gerais. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 35, n. 7, p. 1349-65, jul. 2000. Título em inglês: Behavior of blackeye cowpea in the spring-summer cultivation at the Zona da Mata area of Minas Gerais State, Brazil.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 1. | | 2450131, ANTONIE VAN LEEUWENHOEK, Stichting Antonie van Leeuwenhoek, Amsterdam, NL
Biblioteca(s): Catálogo Coletivo de Periódicos Embrapa; Embrapa Cerrados. | |
| 2. | | 2650431, BRITISH FOOD JOURNAL, Peterson Publishing Co. Ltd., Droitwich,Worcs-Inglaterra
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