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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Uva e Vinho. |
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Data corrente: |
05/02/2021 |
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Data da última atualização: |
03/03/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FAJARDO, T. V. M.; QUECINI, V. |
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Afiliação: |
THOR VINICIUS MARTINS FAJARDO, CNPUV; VERA MARIA QUECINI, CNPUV. |
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Título: |
Comparative transcriptome analyses between cultivated and wild grapes reveal conservation of expressed genes but extensive rewiring of co-expression networks. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Molecular Biology, online, Feb. 2021. |
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DOI: |
10.1007/s11103-021-01122-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Key message The transcriptomes of wild and cultivated grapes consists of similar expressed genes but distinct wiring of co-expressed modules associated with environmental conditions. Abstract Grapevine is an important fruit crop worldwide, with high economic value and widespread distribution. Commercial production is based on Vitis vinifera, and, to a lesser extent, on hybrids with American grapes, such as V. labrusca. Wild grape relatives are important sources of resistance against biotic and abiotic factors; however, their global gene expression patterns remain poorly characterized. We associated genome-wide transcript profling to phenotypic analyses to investigate the responses of cultivated and wild vines to vineyard conditions. The expressed genes in the Vitis reference transcriptome are largely shared by wild grapes, V. labrusca hybrids and vinifera cultivars. In contrast, signifcant diferential regulation between wild and vinifera genotypes represents 80% of gene expression variation, regardless of the environment. In wild grapes, genes associated to regulatory processes are downregulated, whereas those involved in metabolic pathways are upregulated, in comparison to vinifera. Photosynthesis-related ontologies are overrepresented in the induced genes, in agreement with higher contents of chlorophyll in wild grapes. Co-regulated gene network analyses provide evidence of more complex transcriptome organization in vinifera. In wild grapes, genes involved in signaling pathways of stress-related hormones are overrepresented in modules associated with the environment. Consensus network analyses revealed high preservation within co-regulated gene modules between cultivated and wild grapes, but divergent relationships among the expression clusters. In conclusion, the distinct phenotypes of wild and cultivated grapes are underlain by diferences in gene expression, but also by distinct higher-order organization of the transcriptome and contrasting association of co-expressed gene clusters with the environment. MenosKey message The transcriptomes of wild and cultivated grapes consists of similar expressed genes but distinct wiring of co-expressed modules associated with environmental conditions. Abstract Grapevine is an important fruit crop worldwide, with high economic value and widespread distribution. Commercial production is based on Vitis vinifera, and, to a lesser extent, on hybrids with American grapes, such as V. labrusca. Wild grape relatives are important sources of resistance against biotic and abiotic factors; however, their global gene expression patterns remain poorly characterized. We associated genome-wide transcript profling to phenotypic analyses to investigate the responses of cultivated and wild vines to vineyard conditions. The expressed genes in the Vitis reference transcriptome are largely shared by wild grapes, V. labrusca hybrids and vinifera cultivars. In contrast, signifcant diferential regulation between wild and vinifera genotypes represents 80% of gene expression variation, regardless of the environment. In wild grapes, genes associated to regulatory processes are downregulated, whereas those involved in metabolic pathways are upregulated, in comparison to vinifera. Photosynthesis-related ontologies are overrepresented in the induced genes, in agreement with higher contents of chlorophyll in wild grapes. Co-regulated gene network analyses provide evidence of more complex transcriptome organization in vinifera. In wild grapes, genes involved in signaling pat... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Environmental conditions; Grapevine; Network analysis. |
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Thesaurus Nal: |
Parthenocissus; Phenology; Transcriptome; Vitaceae. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/220967/1/Fajardo-Quecini2021-Article-ComparativeTranscriptomeAnalys.pdf
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Marc: |
LEADER 02782naa a2200229 a 4500
001 2129823
005 2022-03-03
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260 $c2021
520 $aKey message The transcriptomes of wild and cultivated grapes consists of similar expressed genes but distinct wiring of co-expressed modules associated with environmental conditions. Abstract Grapevine is an important fruit crop worldwide, with high economic value and widespread distribution. Commercial production is based on Vitis vinifera, and, to a lesser extent, on hybrids with American grapes, such as V. labrusca. Wild grape relatives are important sources of resistance against biotic and abiotic factors; however, their global gene expression patterns remain poorly characterized. We associated genome-wide transcript profling to phenotypic analyses to investigate the responses of cultivated and wild vines to vineyard conditions. The expressed genes in the Vitis reference transcriptome are largely shared by wild grapes, V. labrusca hybrids and vinifera cultivars. In contrast, signifcant diferential regulation between wild and vinifera genotypes represents 80% of gene expression variation, regardless of the environment. In wild grapes, genes associated to regulatory processes are downregulated, whereas those involved in metabolic pathways are upregulated, in comparison to vinifera. Photosynthesis-related ontologies are overrepresented in the induced genes, in agreement with higher contents of chlorophyll in wild grapes. Co-regulated gene network analyses provide evidence of more complex transcriptome organization in vinifera. In wild grapes, genes involved in signaling pathways of stress-related hormones are overrepresented in modules associated with the environment. Consensus network analyses revealed high preservation within co-regulated gene modules between cultivated and wild grapes, but divergent relationships among the expression clusters. In conclusion, the distinct phenotypes of wild and cultivated grapes are underlain by diferences in gene expression, but also by distinct higher-order organization of the transcriptome and contrasting association of co-expressed gene clusters with the environment.
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773 $tPlant Molecular Biology, online, Feb. 2021.
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Registro original: |
Embrapa Uva e Vinho (CNPUV) |
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| Registros recuperados : 63 | |
| 42. |  | GONÇALVES, L. C.; PILLON, C. N.; SANTOS, D. C. dos; LIMA, C. L. R. de L.; SILVA, S. D. dos A. e.; SANDRINI, W. C. Carbono da biomassa microbiana de um argissolo sob plantio direto de milho e de mamona. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 1.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DE AGROENERGIA-RS, 1., 2007, Pelotas. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 43. | | GONÇALVES, L. C.; PILLON, C. N.; SANTOS, D. C. dos; LIMA, C. L. R. de; SILVA, S. D. dos A. e.; SANDRINI, W. C. Carbono da biomassa microbiana de um argissolo sob plantio direto de milho e de mamona. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 16.; ENCONTRO DE PÓS-GRADUAÇÃO, 9., 2007, Pelotas. Pesquisa e responsabilidade ambiental: resumos... Pelotas : UFPel: Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel, 2007. 01 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 44. | | HARTWIG, M. P.; PAULETTO, E. A.; PINTO, L. F. S.; LIMA, C. L. R. DE; SANTOS, E. L. DOS; WESTPHAL, M. R.; NAIME, J. DE M. Variabilidade espacial da densidade de um solo hidromórfico avaliada pela tomografia computadorizada. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 15., 2004, Santa Maria. Anais...Santa Maria: UFSM, 2004.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 45. | | PANZIEIRA, W.; LIMA, C. L. R. de; SILVA, S. D. dos A. e; PAULETTO, E. A.; VERISSIMO, M. A. A.; ANTUNES, W. R. Estrutura de dependência espacial dos atributos físicos do solo em diferentes configurações de espaçamento entre linhas da cana-de-açúcar In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA; REUNIÃO TÉCNICA DE AGROENERGIA - RS, 5.; ENCONTRO DE ENERGIAS RENOVÁVEIS NA AGRICULTURA FAMILIAR, 2., Pelotas, 2014. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2014. 1 pen card.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 46. | | SANTOS, D. C. dos; LEAL, O. dos A.; KUNDE, R. J.; LIMA, C. L. R. de; FLORES, C. A.; PILLON, C. N. Fracionamento físico granulométrico da matéria orgânica em agregados de um argissolo da fronteira oeste do Rio Grande do Sul. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 3., 2010, Pelotas. resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Anais: Carreira, ética e inovação: o que você está fazendo? Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Editado por Ivan Rodrigues de Almeida, Leonardo Ferreira Dutra e Jamir Luis Silva da Silva. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 47. | | KUNDE, R. J.; SANTOS, D. C. dos; LEAL, O. dos A.; LIMA, C. L. R. de; SILVA, S. D. dos A. e; PILLON, C. N. Frações físicas da matéria orgânica em um argissolo vermelho sob plantio direto de culturas bioenergéticas. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA DA MANDIOCA, 10.; REUNIÃO TÉCNICA DA BATATA-DOCE, 2., Pelotas, 2010. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Organizado por Sérgio Delmar dos Anjos e Silva, Ivan Rodrigues de Almeida e Ana Cláudia Barneche de Oliveira. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 48. | | KUNDE, R. J.; SANTOS, D. C. dos; VIGNOLO, G. K.; LIMA, C. L. R. de; FLORES, C. A.; PILLON, C. N. Frações físicas da matéria orgânica em solos sob campo natural na região da serra do sudeste do Rio Grande do Sul. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 3., 2010, Pelotas. resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Anais: Carreira, ética e inovação: o que você está fazendo? Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Editado por Ivan Rodrigues de Almeida, Leonardo Ferreira Dutra e Jamir Luis Silva da Silva. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 49. | | KUNDE, R. J.; SANTOS, D. C. dos; VIGNOLO, G. K.; LIMA, C. L. R. de; BORBA, M. F. S.; PILLON, C. N. Frações da matéria orgânica em diferentes solos da serra do sudeste do Rio Grande do Sul. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 3., 2010, Pelotas. resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Anais: Carreira, ética e inovação: o que você está fazendo? Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Editado por Ivan Rodrigues de Almeida, Leonardo Ferreira Dutra e Jamir Luis Silva da Silva. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 50. | | KUNDE, R. J.; SANTOS, D. C. dos; VIGNOLO, G. K.; LIMA, C. L. R. de; BORBA, M. F. S.; PILLON, C. N. Frações da matéria orgânica em diferentes solos da serra do sudeste do Rio Grande do Sul. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 3., 2010, Pelotas. resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Anais: Carreira, ética e inovação: o que você está fazendo? Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Editado por Ivan Rodrigues de Almeida, Leonardo Ferreira Dutra e Jamir Luis Silva da Silva. 1 CD-ROM. Editado por Ivan Rodrigues de Almeida, Leonardo Ferreira Dutra e Jamir Luis Silva da Silva.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 51. | | LIMA, C. L. R. de; PILLON, C. N.; LIMA, A. C. R. de; SILVA, S. D. dos A. e.; GOUVEA, T. Densidade crítica ao desenvolvimento de milho e de mamona em um Argissolo sob plantio direto. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROECOLOGIA, 5., 2007, Guarapari.. Agroecologia e territórios sustentáveis: resumos... Brasilia: ABA, 2007. Revista Brasileira de Agroecologia , Porto Alegre, v. 2, n. 2, p.1332-1335, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 53. | | LIMA, C. L. R. de L.; PILLON, C. N.; LIMA, A. C. R. de; SILVA, S. D. dos A. e.; SCHLEE, B. N. Qualidade física e química de um argissolo sob culturas promissoras a produção de bioenergia. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 1.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DE AGROENERGIA-RS, 1., 2007, Pelotas. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 54. | | KUNDE, R. J.; LEAL, O. dos A.; SANTOS, D. C. dos; VIGNOLO, G. K.; LIMA, C. L. R. de; SILVA, S. D. dos A. e; PILLON, C. N. Propriedades químicas de um argissolo sob plantio direto de culturas promissoras a produção de biocombustível. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA DA MANDIOCA, 10.; REUNIÃO TÉCNICA DA BATATA-DOCE, 2., Pelotas, 2010. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Organizado por Sérgio Delmar dos Anjos e Silva, Ivan Rodrigues de Almeida e Ana Cláudia Barneche de Oliveira. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 55. | | FARIAS, M. de O.; PILLON, C. N.; LIMA, C. L. R. de; SANTOS, D. C. dos S.; SILVA, S. D. dos A. e.; DUPONT, P. B. Propriedades químicas em macro e microagregado de um argissolo sob plantio direto de milho e mamona. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 17., 2008, Rio de Janeiro. Manejo e conservação do solo e da água no contexto das mudanças ambientais. Rio de Janeiro: SBCS: Embrapa Solos: Embrapa Agrobiologia, 2008. 1 CD ROM. (Embrapa Solos. Documentos, 101).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 57. | | FARIAS, M. de O.; SANTOS, D. C. dos; LIMA, C. L. R. de; PILLON, C. N.; CRUZ, L. E. C. da. Estoque de carbono e de nitrogênio em agregados de um planossolo sob plantio direto e convencional. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 2.; ENCONTRO DE PÓS GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 2., 2008, Pelotas. anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2008. p. 112-116 Voluem 2.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 58. | | RIBEIRO, P. L.; BAMBERG, A. L.; PEREIRA, I. dos S.; MONTEIRO, A. B.; POTES, M. da L.; LIMA, C. L. R. de. Liming and co-application of water treatment residuals with biosolids for conditioning sandy soils. Land Degradation and Development, v. 33, n. 7, p. 989-1001, 2022. First published: 17 January 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 59. | | RIBEIRO, P. L.; BAMBERG, A. L.; PEREIRA, I. dos S.; MONTEIRO, A. B.; POTES, M. da L.; LIMA, C. L. R. de. Water treatment residuals for ameliorating sandy soils: Implications in environmental, soil and plant growth parameters. Geoderma, v. 407, 115537, 1 Feb. 2022. 13 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 60. | | SOUSA, R. O. de; CARLOS, F. S.; SILVA, L. S. da; SCIVITTARO, W. B.; RIBEIRO, P. L.; LIMA, C. L. R. de. No-tillage for flooded rice in Brazilian subtropical paddy fields: history, challenges, advances and perspectives. Revista Brasileira de Ciência do Solo, v. 45, e0210102, 2021. 24 p. First online.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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