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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
12/12/2018 |
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Data da última atualização: |
12/12/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PERIPOLLI, E.; METZGER, J.; LEMOS, M. V. A. de; STAFUZZA, N. B.; KLUSKA, S.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; BERTON, M. P.; LOPES, F. B.; MUNARI, D. P.; LOBO, R. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; DENISE, S.; PEREIRA, A. S. C.; BALDI, F. |
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Afiliação: |
ELISA PERIPOLLI, UNESP; JULIA METZGER, University of Veterinary Medicine Hannover; MARCOS VINICIUS ANTUNES DE LEMOS, UNESP; NEDENIA BONVINOSTAFUZZA, UNESP; SABRINA KLUSKA, UNESP; BIANCA FERREIRA OLIVIERI, UNESP; FABIELI LOUISE BRAGA FEITOSA, UNESP; MARIANA PIATTO BERTON, UNESP; FERNANDO BRITO LOPES, UNESP; DANISIO PRADO MUNARI, UNESP; RAYSILDO BARBOSA LOBO, Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores; CLAUDIO DE ULHOA MAGNABOSCO, CPAC; FERNANDO DI CROCE, Zoetis; JASON OSTERSTOCK, Zoetis; SUE DENISE, Zoetis; ANGELICA SIMONE CRAVO PEREIRA, USP; FERNANDO BALDI, UNESP. |
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Título: |
Autozygosity islands and ROH patterns in Nellore lineages: evidence of selection for functionally important traits. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 19, 680, 2018. |
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DOI: |
https://dx.doi.org/10.1186%2Fs12864-018-5060-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels for classical standards, with an average value of 7.15% (178.70 Mb). The average of FPED and FROH, and their correlations (− 0.05 to 0.26) were low. Estimates of correlation between FGRM-FPED was zero, while the correlation (− 0.01 to − 0.07) between FGRM-FROH decreased as a function of ROH length, except for FROH > 8Mb (− 0.03). Overall, inbreeding coefficients were not high for the genotyped animals. Autozygosity islands were evident across the genome (n = 62) and their genomic location did not largely differ within lineages. Enriched terms (p < 0.01) associated with defense response to bacteria (GO:0042742), immune complex reaction (GO:0045647), pregnancy-associated glycoproteins genes (GO:0030163), and organism growth (GO:0040014) were described within the autozygotic islands. Conclusions Low FPED-FROH correlation estimates indicate that FPED is not the most suitable method for capturing ancient inbreeding when the pedigree does not extend back many generations and FROH should be used instead. Enriched terms (p < 0.01) suggest a strong selection for immune response. Non-overlapping islands within the lineages greatly explain the mechanism underlying selection for functionally important traits in Nellore cattle. MenosAbstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels for classical standards, with an average value of 7.15% (178.70 Mb). The average of FPED and FROH, and their correlations (− 0.05 to 0.26) were low. Estimates of correlation between FGRM-FPED was zero, while the correlation (− 0.01 to − 0.07) between FGRM-FROH decreased as a function of ROH length, except for FROH > 8Mb (− 0.03). Overall, inbreeding coefficients were not high for the genotyped animals. Autozygosity islands were evident across the genome (n = 62) and their genomic location did not largely differ within lineages. Enriched terms (p < 0.01) associated with defense response to bacteria (GO:0042742), immune complex reaction (GO:0045647), pr... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Padroes ROH. |
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Thesagro: |
Endogamia; Gado Nelore; Genética Animal; Genoma. |
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Thesaurus Nal: |
Homozygosity. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/188276/1/12864-2018-Article-5060-APAGAR.pdf
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Marc: |
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| 141. |  | NASCIMENTO, D. de N. O. do; SILVA, V. C.; BELTRÃO, N. E. S.; FERREIRA FILHO, H. R.; BRIENZA JUNIOR, S. A água virtual na exportação mineral do estado do Pará: o caso do manganês e do ferro. In: SIMPÓSIO DE ESTUDOS E PESQUISAS EM CIÊNCIAS AMBIENTAIS NA AMAZÔNIA, 5., 2016, Belém, PA. Anais. Belém, PA: UEPA, 2016. v. 2, p. 211-220.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 142. | | SILVA, P. V. da S. e; LEAO, N. V. M.; FREITAS, A. D. D. de; BRIENZA JUNIOR, S. Avaliação da fenologia reprodutiva e qualidade fisiológica da sementes de joão mole (Neea oppositifolia) em Igarapé-Açu - Pará. In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 54.; REUNIÃO AMAZÔNICA DE BOTÂNICA, 3., 2003, Belém, PA. Botânica: desafios da botânica brasileira no novo milênio: inventário, sistematização, conservação e uso da diversidade vegetal: resumos. Belém, PA: Sociedade Botânica do Brasil: UFRA: Museu Paraense Emílio Goeldi: Embrapa Amazônia Oriental, 2003.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 143. | | FERREIRA, A. R.; BRIENZA JUNIOR, S.; YARED, J. A. G.; SANTOS, I. A. dos; COUTINHO, C. H. O. Avaliação de espécies selecionadas para enriquecimento da vegetação de pousio (capoeira) na agricultura familiar amazônica: uma alternativa para a melhoria de Sistemas agroflorestais sequenciais no nordeste paraense. In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 55.; REUNIÃO REGIONAL DE BOTÂNICOS DE MG, BA E ES, 26., 2004, Viçosa. Conservação, bioprospecção e biotecnologia: [resumos]. Viçosa: Sociedade Botânica do Brasil: Universidade Federal Viçosa, 2004.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 144. | | SANTOS, I. A. dos; ASSIS, D. S.; KATO, O. R.; BRIENZA JUNIOR, S.; SILVA, R. R.; VILELA, E. F. Alternative system to slash-and-burn for agriculture in the eastern Amazon region: Impacts on ant species richness. In: ESA ANNUAL MEETING, 59., 2011, Reno. Entomology 2011. Lanham: Entomological Society of America, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 145. | | GAZEL FILHO, A. B.; YARED, J. A. G.; MOURÃO JUNIOR, M.; BRIENZA JUNIOR, S.; CORDEIRO, I. M. C. C. Contribuição de quintais agroflorestais para a segurança alimentar em Mazagão, AP. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SISTEMAS AGROFLORESTAIS, 7., 2009, Luziánia. Diálogo e integração de saberes em sistemas agroflorestais para sociedades sustentáveis. [Luziânia]: Sociedade Brasileira de Sistemas Agroflorestais; [Brasília, DF]: EMATER-DF: Embrapa, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 148. | | SALOMÃO, R. de P.; SANTANA, A. C. de; BRIENZA JUNIOR, S.; ROSA, N. de A.; PRECINOTO, R. S. Crescimento de Bertholletia excelsa Bonpl. (castanheira) na Amazônia trinta anos após a mineração de bauxita. Boletim do Museu Paraense Emílio Goeldi. Ciências Naturais, Belém, PA, v. 9, n. 2, p. 307-320, maio/ago. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
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| 149. | | RIBEIRO, A. S. S.; RANGEL-VASCONCELOS, L. G. T.; ROMANO, J. S.; BRIENZA JUNIOR, S.; MATTOS, M. M. de. Diagnóstico rápido participativo sob a ótica do carbono social - o caso da comunidade de Genipau-Açu, Bragança, Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SISTEMAS AGROFLORESTAIS, 7., 2009, Luziánia. Diálogo e integração de saberes em sistemas agroflorestais para sociedades sustentáveis. [Luziânia]: Sociedade Brasileira de Sistemas Agroflorestais; [Brasília, DF]: EMATER-DF: Embrapa, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 150. | | PANTOJA, R. de F. R.; SCHNURBEIN, H. F.; ENGELBRECHTEN-ILOW, T. von; YARED, J. A. G.; BRIENZA JUNIOR, S. Avaliação da semeadura direta no campo de cinco espécies leguminosas arbóreas. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTIFICA DA FCAP, 7.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTIFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 1., 1997, Belém, PA. Resumos. Belém, PA: FCAP, 1997. p. 222.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 152. | | MANESCHY, R. Q.; SARMENTO, C. M. B.; BRIENZA JUNIOR, S.; YARED, J. A. G.; VEIGA, J. B. da. Uma análise sobre sistemas silvipastoris na Amazônia brasileira. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROECOLOGIA, 3.; SEMINÁRIO ESTADUAL DE AGROECOLOGIA, 3., 2005, Florianópolis. A sociedade construindo conhecimentos para a vida: anais. Florianópolis: Associação Brasileira de Agroecologia, 2005. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 153. | | PANTOJA, R. de F. R.; SA, T. D. de A.; YARED, J. A. G.; BRIENZA JUNIOR, S. Variação mensal de litter em capoeira enriquecida com leguminosa de rápido crescimento. In: SEMINÁRIO SOBRE MANEJO DA VEGETAÇÃO SECUNDARIA PARA A SUSTENTABILIDADE DA AGRICULTURA FAMILIAR DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 1999, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental: CNPq, 2000. p. 92-95. (Embrapa Amazônia Oriental. Documentos, 69).| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 154. | | PANTOJA, R. de F. R.; YARED, J. A. G.; BRIENZA JUNIOR, S.; SÁ, T. D. de A. Variação temporal da quantidade e composição relativa de litter em capoeira enriquecida com leguminosas de rápido crescimento. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 2., 1998, Belém, PA. Resumos. Belém, PA: EMBRAPA-CPATU: CNPq, 1998. p. 28. (EMBRAPA-CPATU. Documentos, 117).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 158. | | FREITAS, A. D. D. de; LEAO, N. V. M.; SILVA, P. V. da S. e; BRIENZA JUNIOR, S. Fenologia reprodutiva e estudos de tecnologia de sementes da espécie inga thibaudiana em Igarapé-Açu (PA). In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 54.; REUNIÃO AMAZÔNICA DE BOTÂNICA, 3., 2003, Belém, PA. Botânica: desafios da botânica brasileira no novo milênio: inventário, sistematização, conservação e uso da diversidade vegetal: resumos. Belém, PA: Sociedade Botânica do Brasil: UFRA: Museu Paraense Emílio Goeldi: Embrapa Amazônia Oriental, 2003. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 159. | | VERCHOT, L. V. V.; BRIENZA JUNIOR, S.; OLIVEIRA, V. C. de; MUTEGI, J. K.; CATTÂNIO, J. H.; DAVDSON, E. A. Fluxes of CH4, CO2, NO, and N2O in an improved fallow agroforestry system in eastern Amazonia. Agriculture, Ecosystems and Environment, v. 126, Issues 1-2, p. 112-121, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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