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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
03/01/2018 |
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Data da última atualização: |
11/01/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; CRUZ, C. D.; NASCIMENTO, A. C. C.; VIANA, J. M. S.; AZEVEDO, C. F.; BARROSO, L. M. A. |
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Afiliação: |
M. Nascimento, UFV; F. F. e Silva, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; C. D. Cruz, UFV; A. C. C. Nascimento, UFV; J. M. S. Viana, UFV; C. F. Azevedo, UFV; L. M. A. Barroso, UFV. |
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Título: |
Regularized quantile regression applied to genome-enabled prediction of quantitative traits. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 16, n. 1, gmr16019538, 2017. |
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Páginas: |
12 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genomic selection (GS) is a variant of marker-assisted selection, in which genetic markers covering the whole genome predict individual genetic merits for breeding. GS increases the accuracy of breeding values (BV) prediction. Although a variety of statistical models have been proposed to estimate BV in GS, few methodologies have examined statistical challenges based on non-normal phenotypic distributions, e.g., skewed distributions. Traditional GS models estimate changes in the phenotype distribution mean, i.e., the function is defined for the expected value of trait-conditional on markers, E(Y|X). We proposed an approach based on regularized quantile regression (RQR) for GS to improve the estimation of marker effects and the consequent genomic estimated BV (GEBV). The RQR model is based on conditional quantiles, Qt(Y|X), enabling models that fit all portions of a trait probability distribution. This allows RQR to choose one quantile function that ?best? represents the relationship between the dependent and independent variables. Data were simulated for 1000 individuals. The genome included 1500 markers; most had a small effect and only a few markers with a sizable effect were simulated. We evaluated three scenarios according to symmetrical, positively, and negatively skewed distributions. Analyses were performed using Bayesian LASSO (BLASSO) and RQR considering three quantiles (0.25, 0.50, and 0.75). The use of RQR to estimate GEBV was efficient; the RQR method achieved better results than BLASSO, at least for one quantile model fit for all evaluated scenarios. The gains in relation to BLASSO were 86.28 and 55.70% for positively and negatively skewed distributions, respectively. MenosGenomic selection (GS) is a variant of marker-assisted selection, in which genetic markers covering the whole genome predict individual genetic merits for breeding. GS increases the accuracy of breeding values (BV) prediction. Although a variety of statistical models have been proposed to estimate BV in GS, few methodologies have examined statistical challenges based on non-normal phenotypic distributions, e.g., skewed distributions. Traditional GS models estimate changes in the phenotype distribution mean, i.e., the function is defined for the expected value of trait-conditional on markers, E(Y|X). We proposed an approach based on regularized quantile regression (RQR) for GS to improve the estimation of marker effects and the consequent genomic estimated BV (GEBV). The RQR model is based on conditional quantiles, Qt(Y|X), enabling models that fit all portions of a trait probability distribution. This allows RQR to choose one quantile function that ?best? represents the relationship between the dependent and independent variables. Data were simulated for 1000 individuals. The genome included 1500 markers; most had a small effect and only a few markers with a sizable effect were simulated. We evaluated three scenarios according to symmetrical, positively, and negatively skewed distributions. Analyses were performed using Bayesian LASSO (BLASSO) and RQR considering three quantiles (0.25, 0.50, and 0.75). The use of RQR to estimate GEBV was efficient; the RQR method achieved be... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genomic selection; Regularized regression; Seleção genômica; SNP effects. |
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Thesagro: |
Estatística. |
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Thesaurus Nal: |
Marker-assisted selection; Simulation models; Statistics. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/170209/1/2017-M.Deon-GMR-Regularized.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 32 | |
| 1. |  | NORONHA, A. C. da S.; CORRÊA, C. L. P. S.; PEREIRA, C. A. B. Distribuição de Raoiella indica (Acari, Tenuipalpidae) na região do baixo Amazonas, Pará. In: CONGRESSO LATINOAMERICANO DE ACAROLOGIA, 3.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE ACAROLOGIA, 6., 2018, Pirenopólis. Anais. [Brasília, DF]: Embrapa: UNB; [Goiânia]: UFG, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 2. | | CORRÊA, C. L. O.; LUNA, A. S.; PENHA, E. das M.; GOTTSCHALK, L. M. F. Determinação de acrilamida por espectrofluorêscencia em amostras de café. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISA S CAFEEIRAS, 44., 2018, Franca, SP. O Nosso café, melhorados desde o pé: Trabalhos apresentados. Varginha: Fundação Procafé, 2018. p. 182-183 23 a 26 out. 2018. Seção 4.5. Colheita, preparo, qualidade do café, consumo e saúde.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 3. | | MORAES, R. F.; PEREIRA, C. A. B.; CORRÊA, C. L. P. da S.; NORONHA, A. C. da S. Ácaro-vermelho-das-palmeiras no Estado do Pará. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 21., 2017, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2017.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 5. | | SILVA, R. S. da; DELFORNO, G. I. dos S.; BARELLI, M. A. A.; VENDRUSCOLO, T. P. S.; CASTRILON, M. A.; CORREA, C. L.; TARDIN, F. D. Interação genótipo x ambiente em híbridos de sorgo biomassa. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 31., 2016, Bento Gonçalves. Milho e sorgo: inovações, mercados e segurança alimentar: anais. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2016.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 7. | | OLIVEIRA, F. T. de; VENDRUSCOLA, T. P. S.; CASTRILLON, M. A. de S.; CORRÊA, C. L.; TARDIN, F. D.; BARELLI, M. A. A. Caracterização da divergência genética de sorgo sacarino na região de Cáceres-MT. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 8. | | CASTRILLOM, M. A. de S.; RIBEIRO, J. L. B.; DUARTE, A. V. M.; CORREA, C. L.; BARELLI, M. A. A.; COTA, L. V. Resistência de genótipos de sorgo sacarino à mancha de ramulispora foliar causada pelo fungo Ramulispora sorghi, no Estado de Mato Grosso (Cáceres). In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 31., 2016, Bento Gonçalves. Milho e sorgo: inovações, mercados e segurança alimentar: anais. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2016.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 9. | | RIBEIRO, J. L. B.; GUIMARÃES, T. S.; CORRÊA, C. L.; FLORIANO, A. J. S.; ARRUDA, G. L. S. de; TARDIN, F. D.; BARELLI, M. A. A. Divergência genética de genótipos de sorgo forrageiro pelo método de agrupamento UPGMA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz do Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Foz do Iguaçu: SBMP, 2017. p. 614.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 10. | | FIGUEIREDO, J. E. F.; COSTA, G. M. C.; PACCOLA-MEIRELLES, L. D.; RAMOS, T. C. D. de A.; LANZA, F. E.; CORREA, C. L. Diagnóstico molecular de Pantoea ananatis. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 29., 2012, Águas de Lindóia. Diversidade e inovações na era dos transgênicos: resumos expandidos. Campinas: Instituto Agronômico; Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2012. p. 75-81. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 11. | | ZAGO, B. W.; BARELLI, M. A. A.; SILVA, V. P. da; AZEVEDO, R. F.; CORRÊA, C. L.; NEVES, L. G.; HOOGERHEIDE, E. S. S. Genetic diversity among cassava genotypes (Manihot esculenta crantz) collected in the south-central mesoregion of the state of Mato Grosso-Brazil. Bioscience journal, v. 37, n. 4, e37048, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 12. | | DUARTE, A. V. M.; RIBEIRO, J. L. B.; CASTRILON, M. A. de S.; CORREA, C. L.; BARELLI, M. A. A.; SILVA, D. D. da. Ocorrência da doença mancha-de-ramulispora em sorgo sacarino na região Sudoeste do Mato Grosso. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 31., 2016, Bento Gonçalves. Milho e sorgo: inovações, mercados e segurança alimentar: anais. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2016.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 13. | | ZAGO, B. W.; BARELLI, M. A. A.; HOOGERHEIDE, E. S. S.; CORRÊA, C. L.; DELFORNO, G. I. S.; SILVA, C. J. da. Morphological diversity of cassava accessions of the south-central mesoregion of the State of Mato Grosso, Brazil. Genetics and Molecular Research, v. 16, n. 3, 2017. gmr16039725.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 14. | | CORRÊA, C. L. O.; PENHA, E. das M.; ANJOS, M. R. dos; PACHECO, S.; FREITAS-SILVA, O.; LUNA, A. S.; GOTTSCHALK, L. M. F. Use of asparaginase for acrylamide mitigation in coffee and its influence on the content of caffeine, chlorogenic acid, and caffeic acid. Food Chemistry, v. 338, 128045, 6 p., fev. 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 15. | | CORRÊA, C. L.; GUIMARÃES, T. S.; FLORIANO, A. J. S.; RIBEIRO, J. L. B.; SANDER, M. L.; SILVA, D. D. da; BARELLI, M. A. A. Variabilidade genética de isolados de Colletotrichum sublineolum em genótipos de sorgo, por meio de marcadores ISSR. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz do Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Foz do Iguaçu: SBMP, 2017. p. 108.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 16. | | MIDORIKAWA, G. E. O.; CORREA, C. L.; NORONHA, E. F.; FERREIRA FILHO, E. X.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRYNBERG, P.; MILLER, R. N. G. Analysis of the transcriptome in Aspergillus tamarii during enzymatic degradation of sugarcane bagasse. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, v 6, article 123, 2018. Na publicação: Orzenil Bonfim Silva-Junior.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 17. | | LANZA, F. E.; CORREA, C. L.; COSTA, R. V. da; COTA, L. V.; SILVA, D. D. da; MARCONDES, M. M.; NICOLI, A.; COSTA, G. M. C.; RAMOS, T. C. D. de A.; MOURA, L. de O. Eficiência do controle químico na redução da incidência de grãos ardidos em milho. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 29., 2012, Águas de Lindóia. Diversidade e inovações na era dos transgênicos: resumos expandidos. Campinas: Instituto Agronômico; Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2012. p. 657-664.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 18. | | VENDRUSCOLO, T. P. S.; BARELLI, M. A. A.; CASTRILLON, M A. S.; SILVA, R. S. da; OLIVEIRA, F. T. de; CORRÊA, C. L.; ZAGO, B. W.; TARDIN, F. D. Correlation and path analysis of biomass sorghum production. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 15, n. 4, p. 1-10, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 19. | | RAMOS, T. C. D'. de A.; COTA, L. V.; SILVA, D. D. da; COSTA, R. V. da; LANZA, F. E.; NICOLI, A.; COSTA, G. M. C.; MOURA, L. de O.; CORREA, C. L.; MARCONDES, M. Resistência de sorgo a Ramulispora sorghi. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 29., 2012, Águas de Lindóia. Diversidade e inovações na era dos transgênicos: resumos expandidos. Campinas: Instituto Agronômico; Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2012. p. 761-767. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 20. | | LANZA, F. E.; FIGUEIREDO, J. E. F.; COSTA, R. V. da; MOURA, L. de O.; MARCONDES, M. M.; SILVA, D. D. da; COTA, L. V.; CORREA, C. L.; NICOLI, A.; RAMOS, T. C. D. de A. Efeito do tratamento de sementes com o biofungicida bacteriano CNPMS22 na sobrevivência e desenvolvimento de plantas de milho em solo infestado com Fusarium verticillioides. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 29., 2012, Águas de Lindóia. Diversidade e inovações na era dos transgênicos: resumos expandidos. Campinas: Instituto Agronômico; Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2012. p. 555-562.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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