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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
23/01/2023 |
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Data da última atualização: |
23/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D.; MALHEIROS, J. M.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; DIELSON VIEIRA, YALE UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE; JESSICA MORAES MALHEIROS, UNIVERSIDADE FEDERAL DA INTEGRAÇÃO LATINO-AMERICANA; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Differential allele-specific expression revealed functional variants and candidate genes related to meat quality traits in B. indicus muscle. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Genes, v. 13, n. 12, 2336, 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3390/ genes13122336 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Traditional transcriptomics approaches have been used to identify candidate genes affecting economically important livestock traits. Regulatory variants affecting these traits, however, remain under covered. Genomic regions showing allele-specific expression (ASE) are under the effect of cis-regulatory variants, being useful for improving the accuracy of genomic selection models. Taking advantage of the better of these two methods, we investigated single nucleotide polymorphisms (SNPs) in regions showing differential ASE (DASE SNPs) between contrasting groups for beef quality traits. For these analyses, we used RNA sequencing data, imputed genotypes and genomic estimated breeding values of muscle-related traits from 190 Nelore (Bos indicus) steers. We selected 40 contrasting unrelated samples for the analysis (N = 20 animals per contrasting group) and used a beta-binomial model to identify ASE SNPs in only one group (i.e., DASE SNPs). We found 1479 DASE SNPs (FDR 0.05) associated with 55 beef-quality traits. Most DASE genes were involved with tenderness and muscle homeostasis, presenting a co-expression module enriched for the protein ubiquitination process. The results overlapped with epigenetics and phenotype-associated data, suggesting that DASE SNPs are potentially linked to cis-regulatory variants affecting simultaneously the transcription and phenotype through chromatin state modulation. |
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Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; ASE; Cis-regulation; Expressão alelo específica; Expressão gênica; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Fenótipo. |
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Thesaurus Nal: |
Beef; Gene expression; Phenotype; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1151168/1/DifferentialAlleleSpecific.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 285 | |
| 84. |  | DALMAGO, G. A.; GOUVÊA, J. A. de; CUNHA, G. R. da; VICARI, M. B.; KOVALESKI, S. Uso de imagens digitais para estimativa da área foliar da canola. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE CANOLA, 1., 2017, Passo Fundo. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2017. p. 275-279.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 85. | | KOVALESKI, S.; DALMAGO, G. A.; HELDWEIN, A. B.; GOUVÊA, J. A. de; TREVISAN, C. Tamanho da haste principal e ramificação de plantas de canola expostas à geada no período reprodutivo. In: MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 12.; MOSTRA DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TRIGO, 9., 2017, Passo Fundo. Resumos... Passo Fundo: Embrapa Trigo, 2017. p. 54.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 89. | | KOVALESKI, S.; DALMAGO, G. A.; HELDWEIN, A. B.; GOUVEA, J. A. de. Temperatura de folhas da canola em noites anteriores à ocorrência de geada. Congresso Brasileiro de Agrometeorologia, 21, 2019, Catalão, GO. Anais.... Catalão, GO: UFG/SBAGRO, 2019. v. 1. p. 1132-1136.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 90. | | DALMAGO, G. A.; CUNHA, G. R. da; FERNANDES, J. M. C.; VARGAS, P. R.; SANTI, A. Temperatura mínima do ar em trigo - estudo de caso em noites de geada. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 20.; SIMPÓSIO DE MUDANÇAS CLIMÁTICAS E DESERTIFICAÇÃO DO SEMIÁRIDO BRASILEIRO, 5., 2017, Juazeiro, Petrolina. A agrometeorologia na solução de problemas multiescala: anais. Juazeiro: Univasf; Petrolina: Embrapa Semiárido, 2017. Micrometeorologia, MM-398, 5 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 92. | | CUNHA, G. R. da; PIRES, J. L. F.; DALMAGO, G. A.; SANTI, A.; PASINATO, A. Uma análise crítica do zoneamento agrícola do trigo no Brasil, desde a sua implementação operacional pelo Mapa na safra de 1996. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 5., 2011, Dourados. Ata e resumos... Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 93. | | CUNHA, G. R.; MINELLA, E.; HAAS, J. C.; PASINATO, A.; DALMAGO, G. A. Zoneamento agrícola - cevada; Goiás e Distrito Federal, safra 1999. In: REUNIÃO ANUAL DE PESQUISA DE CEVADA, 19., 1999, Passo Fundo. Anais... Passo Fundo: Embrapa Trigo, 1999. p. 51-55 (Embrapa Trigo. Documentos, 5).| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 94. | | CARDOSO, L. S.; BERGAMASCHI, H.; COMIRAN, F.; CHAVARRIA, G.; DALMAGO, G. A.; SANTOS, H. P. dos; MARODIN, G. A. Alterações micrometeorológicas em vinhedos de moscato giallo pelo uso de coberturas plásticas, na serra gaúcha. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 15., 2007, Aracaju. Efeitos das mudanças climáticas na agricultura: anais. Aracaju: Sociedade Brasileira de Agrometeorologia: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2007. 1 CD-ROM. 5 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 95. | | CARDOSO, L. S.; BERGAMASCHI, H.; COMIRAN, F.; CHAVARRIA, G.; DALMAGO, G. A.; SANTOS, H. P. dos; MARODIN, G. A. B. Alterações micrometeorológicas em vinhedos de Moscato Giallo pelo uso de coberturas plásticas, na Serra Gaúcha. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 15., 2007, Aracajú. Efeito das mudanças climáticas na agricultura: anais... [Aracaju: Embrapa Tabuleiros Costeiros: Sociedade Brasileira de Agrometeorologia], 2007. Não paginado. Pôster.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 96. | | SANTOS, H. P. dos; FONTANELI, R. S.; PIRES, J. L. F.; NASCIMENTO JUNIOR, A. do; DALMAGO, G. A. Avaliação de sistemas de rotação de culturas na severidade de doenças do sistema radicular e no rendimento de grãos de cereais de inverno, nas décadas de 1980 a 2010. In: SANTOS, H. P. dos; FONTANELI, R. S.; SPERA, S. T.; DALMAGO, G. A.; PIRES, J. L. F.; SANTI, A. (Ed.). Sistemas de produção para cereais de inverno: três décadas de estudos. Brasília, DF: Embrapa, 2019. Cap. 3, p. 45-82.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 97. | | POSSEBOM, T.; REBECHI, I. de A.; SANTOS, H. P. dos; SANTI, A.; FONTANELI, R. S.; DALMAGO, G. A. Acúmulo de carbono em sistemas de manejo de solo e de rotação de culturas. In: MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 11.; MOSTRA DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TRIGO, 8., 2016, Passo Fundo. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 14.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 98. | | DALMAGO, G. A.; CUNHA, G. R. da; SANTI, A.; PIRES, J. L. F.; MÜLLER, A. L.; BOLIS, L. M. Aclimatação ao frio e dano por geada em canola. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 45, n. 9, p. 933-943, set. 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 99. | | DALMAGO, G. A.; CUNHA, G. R.; PIRES, J. L. F.; TOMM, G. O.; PASINATO, A.; LUERSEN, I.; FANTON, G. Aclimatação e intensidade de geada em canola. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 15., 2007, Aracaju. Efeitos das mudanças climáticas na agricultura: anais. Aracaju: Sociedade Brasileira de Agrometeorologia: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2007. 1 CD-ROM. 5 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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