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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
27/05/2022 |
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Data da última atualização: |
20/06/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; PAN, Z.; ZHOU, H.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; KOLTES, J. E.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCAR; ZHANGYUAN PAN, UNIVERSITY OF CALIFORNIA; HUAIJUN ZHOU, UNIVERSITY OF CALIFORNIA; JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCAR; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; PRISCILA SILVA NEUBERN DE OLIVEIRA, UFSCAR; GERSON B. MOURÃO, ESALQ/USP; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUIZ LEHMANN COUTINHO, ESALQ/USP; JAMES E. KOLTES, IOWA STATE UNIVERSITY; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
DNA methylation may affect beef tenderness through signal transduction in Bos indicus. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Epigenetics & Chromatin, v. 15, n. 1, p. 1-16, 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1186/s13072-022-00449-4 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article number: 15. |
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Conteúdo: |
Abstract. Background:Beef tenderness is a complex trait of economic importance for the beef industry. Understanding the epigenetic mechanisms underlying this trait may help improve the accuracy of breeding programs. However, little is known about epigenetic effects on Bos taurus muscle and their implications in tenderness, and no studies have been conducted in Bos indicus.Results:Comparing methylation profile of Bos indicus skeletal muscle with contrasting beef tenderness at 14 days after slaughter, we identified differentially methylated cytosines and regions associated with this trait. Interestingly, muscle that became tender beef had higher levels of hypermethylation compared to the tough group. Enrichment analysis of predicted target genes suggested that differences in methylation between tender and tough beef may affect signal transduction pathways, among which G protein signaling was a key pathway. In addition, different meth-ylation levels were found associated with expression levels of GNAS, PDE4B, EPCAM and EBF3 genes. The differentially methylated elements correlated with EBF3 and GNAS genes overlapped CpG islands and regulatory elements. GNAS, a complex imprinted gene, has a key role on G protein signaling pathways. Moreover, both G protein signaling pathway and the EBF3 gene regulate muscle homeostasis, relaxation, and muscle cell-specificity.Conclusions:We present differentially methylated loci that may be of interest to decipher the epigenetic mecha-nisms affecting tenderness. Supported by the previous knowledge about regulatory elements and gene function, the methylation data suggests EBF3 and GNAS as potential candidate genes and G protein signaling as potential candi-date pathway associated with beef tenderness via methylation. MenosAbstract. Background:Beef tenderness is a complex trait of economic importance for the beef industry. Understanding the epigenetic mechanisms underlying this trait may help improve the accuracy of breeding programs. However, little is known about epigenetic effects on Bos taurus muscle and their implications in tenderness, and no studies have been conducted in Bos indicus.Results:Comparing methylation profile of Bos indicus skeletal muscle with contrasting beef tenderness at 14 days after slaughter, we identified differentially methylated cytosines and regions associated with this trait. Interestingly, muscle that became tender beef had higher levels of hypermethylation compared to the tough group. Enrichment analysis of predicted target genes suggested that differences in methylation between tender and tough beef may affect signal transduction pathways, among which G protein signaling was a key pathway. In addition, different meth-ylation levels were found associated with expression levels of GNAS, PDE4B, EPCAM and EBF3 genes. The differentially methylated elements correlated with EBF3 and GNAS genes overlapped CpG islands and regulatory elements. GNAS, a complex imprinted gene, has a key role on G protein signaling pathways. Moreover, both G protein signaling pathway and the EBF3 gene regulate muscle homeostasis, relaxation, and muscle cell-specificity.Conclusions:We present differentially methylated loci that may be of interest to decipher the epigenetic mecha-nisms affec... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
EBF3; Epigenoma; Epigenome; Força de cisalhamento; GNAS; Muscle; Músculo de nelore; Nelore; RRBS; Shear force. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Bos Taurus; Metilação; Músculo. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle; DNA methylation; Methylation. |
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Categoria do assunto: |
--
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1144144/1/DNA-MethylationMay.pdf
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Marc: |
LEADER 03129naa a2200505 a 4500
001 2144144
005 2022-06-20
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| Registros recuperados : 86 | |
| 61. |  | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetiv variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, n. suppl. 4, p. 81, 2017. Abstract of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 62. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI NETO, A.; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; LIMA, A. O.; AFONSO, J.; CESAR, A. S. M; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide distribution of allele-specific expression in Nelore steers muscle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.: s.n.], 2018. 5 p. Na publicação: A. Zerlotini, L. C. A. Regitano. WCGALP 2018.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 63. | | SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; AFONSO, J.; CESAR, A. S. M; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide distribution of allele-specific expression in Nelore steers muscle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOOCK PRODUCTION, 2018, Auckland, New Zealand. proceedings... Auckland, New Zealand: Massey University, 2018, v. 892.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 64. | | AFONSO, J.; FORTES, M. R. S.; REVERTER, A.; DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; LIMA, A. O. de; PETRINI, J.; SOUZA, M. de S.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. A.; REGITANO, L. C. de A. Genetic regulators of mineral amount in Nelore cattle muscle predicted by a new co-expression and regulatory impact factor approach. Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-16, 2020 Article: 8436.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 65. | | TIZIOTO, P. L.; COUTINHO, L. L.; OLIVEIRA, P. S. N.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; LIMA, A. O.; ROCHA, M. I.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; MOURÃO, G. B.; TULLIO, R. R.; ZERLOTINI NETO, A.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A. Gene expression differences in Longissimus muscle of Nelore steers genetically divergent for residual feed intake. Scientific Reports, v. 6, p. 1-12, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 66. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Plos One, v. 12, n. 3, p. 1-15, 2017. Artigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 67. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and indels identified from whole-genome resequencing of Gyr, Girolando, and Holstein cattle breeds. Journal of Animal Science, v. 95, p. 80-81, 2017. Suplemento 4, Resumo 164. Edição de Abstracts do ASAS-CSAS Annual Meeting and Trade Show, Baltimore, 2017. Na publicação: A. Zerlotini, M. V. G. B. da Silva.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 68. | | ANDRADE, B. G. N.; DONATONI, F. A. B.; CUADRAT, R. R.; CARDOSO, T. F.; MALHEIROS, J. M.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REECY, J. M.; KOLTES, J. E.; ZERLOTINI NETO, A.; MEDEIROS, S. R. de; BERNDT, A.; PALHARES, J. C. P.; AFLI, H.; REGITANO, L. C. de A. Stool and ruminal microbiome components associated with methane emission and feed efficiency in Nelore beef cattle. Frontiers in Genetics, v. 13, 812828, may, 2022. 12 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 71. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D.; MALHEIROS, J. M.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Differential allele-specific expression revealed functional variants and candidate genes related to meat quality traits in B. indicus muscle. Genes, v. 13, n. 12, 2336, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 72. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D. da S.; MALHEIROS, J.; ANDRADE, B. G.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G.; COUTINHO, L. L. L; REGITANO, L. C. de A. Differential allelic expression and co-expression revealed oxidative stress-dependent proteolysis as a key regulator of nelore beef tenderness. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 207. e-book. Na publicação: Adhemar Zerlotini.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 73. | | CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; AFONSO, J.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MALHEIROS, J. M.; ROCHA, M. I. P.; ZERLOTINI NETO, A.; FERRAZ, J. B. S.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. EEF1A1 transcription cofactor gene polymorphism is associated with muscle gene expression and residual feed intake in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 33, n. 4, p. 619-628, Dec. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 74. | | SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; PAN, Z.; ZHOU, H.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; KOLTES, J. E.; REGITANO, L. C. de A. DNA methylation may affect beef tenderness through signal transduction in Bos indicus. Epigenetics & Chromatin, v. 15, n. 1, p. 1-16, 2022. Article number: 15.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 75. | | ROSSE, I. C.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI NETO, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARAES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. Novel polymorphisms in genes associated with milk and meat production and disease resistance in the guzera breed identified by whole-genome sequencing. In: ENCONTRO DE GENÉTICA DE MINAS GERAIS: PESQUISA E PÓS GRADUAÇÃO, 5., 2014, Belo Horizonte. Anais... Belo Horizonte: Sociedade Brasileira de Genética, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 76. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Next generation sequencing and de novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome. In: ANNUAL MEETING OF THE EUROPEAN FEDERATION OF ANIMAL SCIENCE, 64., 2013, Nantes. Abstracts... Session 25, Poster 34| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 77. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Next generation sequencing and de novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome. In: ANNUAL MEETING OF THE EUROPEAN FEDERATION OF ANIMAL SCIENCE, 64., 2013, Nantes. Abstracts... Session 25, Poster 34| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 78. | | CRUZ, I. R.; GERALDO, L. A.; OLIVEIRA, F. S. DE; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI NETO, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; OLIVEIRA, G. New single nucleotide polymorphisms in guzerá breed revealed by whole-genome re-sequencing. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C; BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS, 2013, Recife. Abstract book... Recife: Brazilian Association for Bioinformatics and Computer Biology; Braziian Computer Society, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 79. | | CARDOSO, T. F.; COUTINHO, L. L.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; POLETI, M. D.; CESAR, A. S. M.; SILVEIRA, J. C. DA; CHIARATTI, M. R.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Multi-omics approach reveals miR-SNPs affecting muscle fatty acids profile in Nelore cattle. Genes, v. 12, n. 1, p. 1-18, Jan. 2021. Article 67. Na publicação: Adhemar Zerlotini.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 80. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. de A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. In:WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOK PRODUCTION, 10; . 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of animal Science, 2014| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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