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BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






Registro Completo
Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte.
Data corrente:  02/01/2014
Data da última atualização:  22/01/2020
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.
Afiliação:  LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; ANDREA ALVES DO EGITO, CNPGC; FABIANE SIQUEIRA, CNPGC; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, CENARGEN; SAMUEL REZENDE PAIVA, Cenargen; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN.
Título:  Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull.
Ano de publicação:  2013
Fonte/Imprenta:  In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013.
Páginas:  Não paginado.
Idioma:  Inglês
Português
Notas:  Pôster 0522.
Conteúdo:  Bos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be traced to animals imported from India, was used to produce 100bp paired-end sequences from short (300 and 700bp) and long insert (3, 5 and 10 kbp) libraries, with an Illumina HiSeq platform. A total of 120Gbp were sequenced, corresponding to 45x raw coverage of the genome. The SOAP de novo assembler was used to build contigs and scaffolding. Several parameters sets were evaluated to obtain the best assembly based on the number of scaffolds, number of bases in scaffolds, N50, and total gap length. The best assembly obtained so far contains 2.7Gbp, 15,103 scaffolds with N50 of 649Kbp, and 756Mbp of gaps. Current results are being used to target additional sequencing of specific libraries to improve scaffold assembly. In addition, di... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Bioinformática; Sequenciamento de genoma.
Thesagro:  Bos indicus.
Thesaurus Nal:  bioinformatics; genome assembly; Nellore.
Categoria do assunto:  --
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94595/1/P0522.odt
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPGC15636 - 1UPCRA - DD
CNPTIA17700 - 1UPCRA - DD
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21.Imagem marcado/desmarcadoNODA, R. W.; LAAT, D. M. de; GUIMARÃES, C. T.; SOUZA, T. C. de; DIAS, L. L. C.; LOBO, F. P.; MAGALHÃES, J. V. de; COIMBRA, R. S.; MAGALHÃES, P. C.; ZERLOTINI, A.; FRANCO, G. M.; CARNEIRO, N. P. GO enrichment of microarray data from maize root under drough. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 21.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 12., 2013, Berlin. Posters... Berlin: ISCB, 2013. Pôster F53.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Milho e Sorgo.
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22.Imagem marcado/desmarcadoCRUZ, I. R. da C.; GERALDO, J. A.; LEITE, L. R.; ZERLOTINI, A.; ARAÚJO, F.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; OLIVEIRA, G. Efficient gap-closure of eukaryotic genome sequence assemblies by third-generation sequencing. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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23.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA, G.; ROSSE, I.; ASSIS, J.; OLIVEIRA, F.; LEITE, L.; ARAÚJO, F.; SALIM, A.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B.; ARBEX, W.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G.; VERNEQUE, R.; MARTINS, M.; COIMBRA, R.; SILVA, M. V.; CARVALHO, M. R. SNPs and INDELs in genes involved in lipid metabolism of mammary gland of Zebu breeds identified by whole genome sequencing. In: ANNUAL INTERNACIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 23.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 14., 2015, Dublin. Posters... [S.l.]: International Society for Computacional Biology, [2015]. Não paginado. ISMB/ECCB 2015. Pôster G28.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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24.Imagem marcado/desmarcadoSOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A. Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10.; 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of Animal Science, 2014. Não paginado. WCGALP 2014.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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25.Imagem marcado/desmarcadoSOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI, A.; REGITANO, L. C. Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 11.; BRAZILIAN SYMPOSIUM OF BIOINFORMATICS, 2015, São Paulo. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2015. p. 197. X-meeting 2015.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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26.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, M. V. G. B.; ARAÚJO, F.; DRUMMOND, B.; ZERLOTINI, A.; ROSSE, I. C.; LOPES, B. C.; GUEDES, E.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARÃES, M. M.; COIMBRA, R. S.; OLIVEIRA, G. C.; VOLPINI, A.; CARVALHO, M. R. Comparative analysis of six genes related to dairy production in Bos taurus and Bos indicus. In: Conference International Plant & Animal Genomes, 19., 2011, San Diego.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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27.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, n. 4, p. 81, 2017. Edição dos abstracts do of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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28.Imagem marcado/desmarcadoCINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster 0522.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte.
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29.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and indels identified from whole-genome resequencing of Gyr, Girolando, and Holstein cattle breeds. Journal of Animal Science, v. 95, n. 4, p. 80-81, 2017. Edição dos abstracts do Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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30.Imagem marcado/desmarcadoROSSE, I. C.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. S.; GUIMARÃES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. Novel polymorphisms in genes associated with milk and meat production and disease resistance in the Guzerá breed identified by whole-genome sequencing. In: ENCONTRO DE GENÉTICA DE MINAS GERAIS: PESQUISA E PÓS GRADUAÇÃO, 5., 2014, Belo Horizonte. Anais... Belo Horizonte: Sociedade Brasileira de Genética, 2014. p. 74. Engemig 2014.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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31.Imagem marcado/desmarcadoCINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P554.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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32.Imagem marcado/desmarcadoCINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P554.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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33.Imagem marcado/desmarcadoFARIA, P.; ROSSE, I.; FONSECA, P. A.; ZERLOTINI, A.; ORELLANA, S. C.; ARAUJO, F.; B. DRUMMOND; LOPEZ, B.; GUEDES, E.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARÃES, M. F.; COIMBRA, R.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. New indel polymorphisms in ZFY and TSPY genes, in the indicine breed Gir, discovered throughnext generation sequencing. In: International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting, 7., 2011, Florianópolis. Resumos... Florianópolis: AB3C, 2011.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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34.Imagem marcado/desmarcadoCRUZ, I. R.; GERALDO, J. A.; OLIVEIRA, F. S. de; LEITE, L. R.; ARAÚJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBAR, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; OLIVEIRA, G. New single sucleotide polymorphisms in Guzerá breed revealed by whole-genome re-sequencing. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C; BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS, 2013, Recife. Abstract book... Recife: Brazilian Association for Bioinformatics and Computer Biology; Braziian Computer Society, 2013. Não paginado. X-meeting BSB 2013. Abstract 76.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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35.Imagem marcado/desmarcadoYOUNG, N. D.; JEX, A. R.; LI, B.; LIU, S.; YANG, L.; XIONG, Z.; LI, Y.; CANTACESSI, C.; HALL, R. S.; XU, X.; CHEN, F.; WU, X.; ZERLOTINI, A.; OLIVEIRA, G.; HOFMANN, A.; ZHANG, G.; FANG, X.; KANG, Y.; CAMPBELL, B. E.; LOUKAS, A.; RANGANATHAN, S.; ROLLINSON, D.; RINALDI, G.; BRINDLEY, P. J.; YANG, H.; WANG, J.; WANG, J.; GASSER, R. B. Whole-genome sequence of Schistosoma haematobium. Nature Genetics, v. 44, n. 2, p. 221-225, Feb. 2012.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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36.Imagem marcado/desmarcadoCRUZ, I. R.; GERALDO, J. A.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAÚJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. S.; GUIMARÃES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; OLIVEIRA, G. Whole ­genome ­sequencing­ of ­Guzerá­ breed­ revealed ­SNPS­ with­ potential­implication­ for ­milk ­production. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. Pôster P561.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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37.Imagem marcado/desmarcadoARAUJO, F.; DRUMOND, B.; ZERLOTINI, A.; ROSE, I. C.; LOPES, B. C.; GUEDES, E.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARAES, M. F. M.; COIMBRA, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G. C. Zebu genome sequencing and analysis using second generation sequencers. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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38.Imagem marcado/desmarcadoZERLOTINI, A.; ARAÚJO, F.; DRUMOND, B.; ROSSE, I.; CUADROS-ORELLANA, S.; LOPEZ, B.; GUEDES, E.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; COIMBRA, R.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G. Zebu genome sequencing and analysis using second generation technology. In: Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 19., 2011, Vienna. Proceedings...
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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39.Imagem marcado/desmarcadoPEREIRA, U. de P.; SANTOS, A. R. dos; HASSAN, S. S.; ABURJAILE, F. F.; SOARES, S. de C.; RAMOS, R. T. J.; CARNEIRO, A. R.; GUIMARÃES, L. C.; ALMEIDA, S. S. de; DINIZ, C. A. A.; BARBOSA, M. S.; SÁ, P. G. de; ALI, A.; BAKHTIAR, S. M.; DORELLA, F. A.; ZERLOTINI, A.; ARAÚJO, F. M. G.; LEITE, L. R.; OLIVEIRA, G.; MIYOSHI, A.; SILVA, A.; AZEVEDO, V.; FIGUEIREDO, H. C. P. Complete genome sequence of Streptococcus agalactiae strain SA20-06, a fish pathogen associated to meningoencephalitis outbreaks. Standards in Genomic Sciences, v. 8, n. 2, p.188-197, 2013.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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40.Imagem marcado/desmarcadoD'AFONSECA, V.; SOARES, S. C.; ALI, A.; SANTOS, A. R.; PINTO, A. C.; MAGALHÃES, A. A. C.; FARIA, C. de J.; BARBOSA, E.; GUIMARÃES, L. C.; ESLABÃO, M.; ALMEIDA, S. S.; ABREU, V. A. C.; ZERLOTINI, A.; CARNEIRO, A. R.; CERDEIRA, L. T.; RAMOS, R. T. J.; HIRATA JÚNIOR, R.; MATTOS-GUARALDI, A. L.; TROST, E.; TAUCH, A.; SILVA, A.; SCHNEIDER, M. P.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V. Reannotation of the Corynebacterium diphtheriae NCTC13129 genome as a new approach to studying gene targets connected to virulence and pathogenicity in diphtheria. Open Access Bioinformatics, v. 4, p. 1-13, 2012.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 5
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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