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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
16/07/2013 |
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Data da última atualização: |
16/07/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
RODRIGUEZ, M. A. D.; HERAI, R.; WAALWIJK, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; FERREIRA, G. B.; SOUZA, M.; KEMA, G. H. J. |
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Afiliação: |
MIGUEL ANGEL DITA RODRIGUEZ, CNPMF; R. HERAI, UNICAMP; C. WAALWIJK, Plant Research International B. V.; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; GILVAN BARBOSA FERREIRA, CNPA; M. SOUZA; G.H.J. KEMA, Plant Research International B. V. |
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Título: |
Comparative transcriptome analyses and genome assembly of fusarium oxysporum f. sp. cubense. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Acta Horticulturae, n. 986, p. 165-168, 2013. |
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Páginas: |
4p. |
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ISSN: |
0567-7572 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Trabalho apresentado no ISHS - ProMusa Symposium on Bananas and Plantains: Towards Sustainable Global Production and Improved Uses. |
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Conteúdo: |
Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc), the causal agent of Fusarium wilt of banana, is a highly destructive and genetically diverse pathogen. Despite its economic importance, genomic information about Foc is limited and no transcriptomic analyses have been reported so far. By using 454 sequencing technology, we generated >2.5 million expressed sequenced tags (ESTs) from four Foc isolates representing different vegetative compatibility groups (VCGs) and races that infect banana: race 1 (R1, VCG unknown but different from the others here described), race 2 (R2, VCG 0124), subtropical race 4 (SR4, VCG 0120) and tropical race 4 (TR4, VCG 01213). The ESTs were obtained from libraries prepared from mRNA extracted from three physiological states (mycelium, conidia and germinated conidia), which were pooled in a 2:2:1 ratio. Most genes are represented in all libraries, but in silico comparative analyses identified a set of unique ESTs for each isolate (689 for R1, 974 for R2, 296 for SR4 and 555 for TR4), which are excellent candidates for diagnostics development, future plant-pathogen interaction studies and functional analyses. In subsequent analyses, a 40× sequencing-coverage (Illumina single reads) of TR4 genomic DNA was assembled in a de novo based methodology, resulting in a 45.5 Mb genome. Preliminary analyses show a high colinearity of EST and genomic data that significantly contributes to the quality of the assembly. |
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Thesagro: |
Banana; Fusariose; Fusarium. |
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Thesaurus Nal: |
Bananas; Fusarium oxysporum f. sp. cubense; Fusarium wilt; Genome. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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500 $aTrabalho apresentado no ISHS - ProMusa Symposium on Bananas and Plantains: Towards Sustainable Global Production and Improved Uses.
520 $aFusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc), the causal agent of Fusarium wilt of banana, is a highly destructive and genetically diverse pathogen. Despite its economic importance, genomic information about Foc is limited and no transcriptomic analyses have been reported so far. By using 454 sequencing technology, we generated >2.5 million expressed sequenced tags (ESTs) from four Foc isolates representing different vegetative compatibility groups (VCGs) and races that infect banana: race 1 (R1, VCG unknown but different from the others here described), race 2 (R2, VCG 0124), subtropical race 4 (SR4, VCG 0120) and tropical race 4 (TR4, VCG 01213). The ESTs were obtained from libraries prepared from mRNA extracted from three physiological states (mycelium, conidia and germinated conidia), which were pooled in a 2:2:1 ratio. Most genes are represented in all libraries, but in silico comparative analyses identified a set of unique ESTs for each isolate (689 for R1, 974 for R2, 296 for SR4 and 555 for TR4), which are excellent candidates for diagnostics development, future plant-pathogen interaction studies and functional analyses. In subsequent analyses, a 40× sequencing-coverage (Illumina single reads) of TR4 genomic DNA was assembled in a de novo based methodology, resulting in a 45.5 Mb genome. Preliminary analyses show a high colinearity of EST and genomic data that significantly contributes to the quality of the assembly.
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700 1 $aSOUZA, M.
700 1 $aKEMA, G. H. J.
773 $tActa Horticulturae$gn. 986, p. 165-168, 2013.
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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| Registros recuperados : 255 | |
| 121. |  | MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M.; BORRO, L.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G.; NARCISO, M. G. Comparisson of the amino acids co-evolution and the correlated structure descriptors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-51. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira, Marcelo Narciso.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 124. | | FALCÃO, P. R. K.; MAZONI, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. Protein ligand contacts analyzed in an integrated environment with the other sequence and structure related parameters. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-49.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 125. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Sequenciamento, montagem de novo e anotação do mitogenoma de Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmman & Eigenmman). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 104.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 126. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Sequenciamento, montagem de novo e anotação do mitogenoma de Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmman & Eigenmman). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 104.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 127. | | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F. da; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; ALMEIDA, F. L. Estrogen receptors are sex-differentially expressed in tambaqui (Colossoma macropomum) during sex differentiation. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. New fromtiers in reproductive diversity in a changing environment: program and abstracts. [S.l.: s.n.], 2018. p. 40. ISRPF 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 128. | | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F. da; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; ALMEIDA, F. L. Estrogen receptors are sex-differentially expressed in tambaqui (Colossoma macropomum) during sex differentiation. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. p. 40.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 129. | | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F.; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; ALMEIDA, F. L. Estrogen receptors are sex-differentially expressed in tambaqui (Colossoma macropomum) during sex differentiation. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. p. 40.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 130. | | ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R. Genome sequencing and de novo assembly of the South American tiger catfish (Pseudoplatystoma Punctifer) using 10X sequencing data. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Plant and animal genome abstracts. Livingston, NJ: Scherago, 2019. PO0249| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 131. | | ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R. Genome sequencing and de novo assembly of the South American tiger catfish (Pseudoplatystoma Punctifer) using 10X sequencing data. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2019. Na publicação: Adhemar Zerlotini. PAG 2019. PO0249.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 132. | | CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). In: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Aquaculture: the big choice! abstracts. [S.l.: s.n.], 2019. p. 182.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 133. | | CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). In: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Abstracts. [S.l.]: Word Aquaculture Society, 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 134. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Genome-wide copy number variation (CNV) detection in Nelore cattle reveals highly frequent variants in genome regions harboring QTLs affecting production traits. BMC Genomics, London, v. 17, p. 1-14, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 135. | | IBELLI, A. M. G.; HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, M. C. S.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A. Genes e vias metabólicas envolvidos nos mecanismos de resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus microplus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2010. p. 74.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 136. | | LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; MCMANUS, C. M.; CARNEIRO, P. L.; FACO, O.; SOUZA, C. J. H.; PAIVA, S. R. Genetic origin of Brazilian local adapted sheep (Ovis aries) breeds by complete mitochodrial genome data analysis. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. Abstracts... Jersey City: Scherago International, 2013. P0620.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 137. | | LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; MCMANUS, C. M.; CARNEIRO, P. L.; FACO, O.; SOUZA, C. J. H.; PAIVA, S. R. Genetic origin of Brazilian local adapted sheep (Ovis aries) breeds by complete mitochondrial genome data analysis. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster P620.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 138. | | GIACHETTO, P. F.; SILVA, J. M. da; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Genomic variant hotspots in nelore cattle revealed by missing genotypes. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2015. Não paginado. PAG 2015. Pôster P0289.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 139. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Genomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle. PLoS ONE, v. 10, n. 8, p. 1-18, 2015| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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