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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
10/11/2017 |
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Data da última atualização: |
17/04/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SALGADO, L. R.; LIMA, R.; SANTOS, B. F. dos; SHIRAKAWA, K. T.; VILELA, M. de M.; ALMEIDA, N. F.; PEREIRA, R. M.; NEPOMUCENO, A. L.; CHIARI, L. |
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Afiliação: |
LEONARDO RIPPEL SALGADO, Embrapa Beef Cattle, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; RODOLPHO LIMA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; BRUNO FERREIRA DOS SANTOS, Federal University of Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; KARINA TAMIE SHIRAKAWA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; MARIANE DE MENDONCA VILELA, CNPGC; NALVO FRANCO ALMEIDA, Federal University of Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; RODRIGO MATHEUS PEREIRA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, CNPSO; LUCIMARA CHIARI, CNPGC. |
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Título: |
De novo RNA sequencing and analysis of the transcriptome of signalgrass (Urochloa decumbens) roots exposed to aluminum. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Growth Regulation, v. 83, n. 1, p. 157-170, 2017. |
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DOI: |
10.1007/s10725-017-0291-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Acidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained, providing a reference platform for future biotechnological studies and breeding programs for this species and its close relatives. MenosAcidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Molecular markers; RNA sequencing; Urochloa genus. |
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Thesagro: |
Brachiaria Decumbens. |
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Thesaurus Nal: |
Aluminum. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/166583/1/De-novo-RNA-sequencing-and-analysis.pdf
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Marc: |
LEADER 02506naa a2200289 a 4500
001 2079489
005 2018-04-17
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100 1 $aSALGADO, L. R.
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260 $c2017
520 $aAcidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained, providing a reference platform for future biotechnological studies and breeding programs for this species and its close relatives.
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700 1 $aCHIARI, L.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Instrumentação. |
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| 4. | | SOUSA, R. V. de; LOPES, W. C.; INAMASU, R. Y. Automation of agricultural machinery and implements: embedded electronics, robotics and information management systems. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Information and communication technologies and their relations with agriculture. Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 211-227.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 10. | | SOUSA, R. V.; INAMASU, R. Y.; TORRE-NETO, A. Levantamento e sistematização de padróes desenvolvidos para máquinas e implementos agrícolas, baseados no protocolo CAN. In: BALASTREIRE, L. A. Avanços na agricultura de precisão no Brasil no período de 1999-2001. Piracicaba: L. A. Balastreire, 2000. Cap. 5, p. 348-353. 1CD-ROM. Trabalho apresentado no III Simpósio sobre Agricultura de Precisão, Piracicaba, Sp, 2001.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 11. | | INAMASU, R. Y.; SOUSA, R. V. de; TABILE, R. A. Instrumentação em máquinas agrícolas. In: NAIME, J. de M.; MATTOSO, L. H. C.; SILVA. W. T. L. da; CRUVINEL, P. E.; MARTIN-NETO, L.; CRESTANA, S. (Ed.). Conceitos e aplicações da instrumentação para o avanço da agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 317-342.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 13. | | MICHALCZECHEN LACERDA, V. A.; RODRIGUES, F. C.; SOUSA, R. V. de; RUMPF, R.; FRANCO, M. M. 53 Impacts of using procaine as a DNA-Demethylating agent in in vitro culture of bovine cells. Reproduction, Fertility and Development, v.23, n.1, p. 132-133, 2011. Edição dos proceedings da Annual Conference or the International Embryo Transfer Society, Orlando, Florida, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 14. | | LOPES, W.; DUTRA, R. P.; SOUSA, R. V.; TRONCO, M.; PORTO, AJ. V.; INAMASU, R. Architeture and model of data integration between management systems and agricultural machines for precision agriculture. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON PRECISION AGRICULTURE, 11., 2012, Indianapolis. Abstracts... New York: ISPA, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 15. | | MOURA, M. T.; SOUSA, R. V.; LEME, L. O.; RUMPF, R. Análise de ovócitos tratados com actinomicina d e sua utilização para transferência nuclear de bovinos. In : ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 12., 2007, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 93.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 16. | | GODOY, E. P.; SOUSA, R. V. de; PORTO, A. J. V.; INAMASU, R. Y. Application of a sampling time scheduling for the optimization of distributed control system based on can protocol. In: BRAZILIAN CONFERENCE ON DYNAMICS, CONTROL AND THEIR APPLICATIONS, 5.; CONGRESSO TEMÁTICO DE DINÃMICA, CONTROLE E APLICAÇÕES, 2006, Guaratinguetá, SP - Brazil; DINCON 2006. Guaratinguetá: UNESP, 2006. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 18. | | SOUSA, R. V.; IGUMA, L. T.; NASCIMENTO, N. V.; CARMO, T. F. M.; RUMPF, R. Clonagem de embriões bovinos congelados utilizando citoplasmas receptores pré-ativados. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 5., 2000, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2000. p. 93.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 19. | | INAMASU, R. Y.; SOUSA, R. V.; LOPES, W. C.; PEREIRA, R. R. D. Estudo dos elementos mínimos para projeto de sistemas embarcados compatíveis para máquinas e implementos agrícolas. In: INAMASU, R. Y.; NAIME, J. de M.; RESENDE, A. V. de; BASSOI, L. H.; BERNARDI, A. de C. (Ed.). Agricultura de precisão: um novo olhar. São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação, 2011. p. 126-131.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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| 20. | | MOURA, M. T.; MUNDIM, T. C. D.; SOUSA, R. V.; FRANCO, M. M.; RUMPF, R. Expressão diferencial dos genes imprinted IGF2R e GRB10 em embriões clones bovinos produzidos por transferência nuclear. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 52., 2006, Foz do Iguaçu, PR. Resumos... Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2006. p. 274.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
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