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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
20/01/2015 |
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Data da última atualização: |
08/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CRATIVOL, C.; REGULSKI, M.; BERTALAN, M.; MCCOMBIE, W. R.; SILVA, F. R. da; ZERLOTINI NETO, A.; VICENTINI, R.; FARINELLI, L.; HEMERLY, A. S.; MARTIENSSEN, R. A.; FERREIRA, P. C. G. |
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Afiliação: |
CLÍCIA GRATIVOL, UFRJ; MICHAEL REGULSKI, Cold Spring Harbor Laboratory; MARCELO BERTALAN, Institute of Biological Psychiatry, Mental Health Center; W. RICHARD MCCOMBIE, Cold Spring Harbor Laboratory; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; RENATO VICENTINI, CBMEG/Unicamp; LAURENT FARINELLI, Fasteris SA; ADRIANA SILVA HEMERLY, UFRJ; ROBERT A. MARTIENSSEN, Cold Spring Harbor Laboratory; PAULO CAVALCANTI GOMES FERREIRA, UFRJ. |
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Título: |
Sugarcane genome sequencing by methylation filtration provides tools for genomic research in the genus Saccharum. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
The Plant Journal, Oxford, v. 79, n. 1, p. 162-172, 2014. |
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DOI: |
10.1111/tpj.12539 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Many economically important crops have large and complex genomes that hamper their sequencing by standard methods such as whole genome shotgun (WGS). Large tracts of methylated repeats occur in plant genomes that are interspersed by hypomethylated gene-rich regions. Gene-enrichment strategies based on methylation profiles offer an alternative to sequencing repetitive genomes. Here, we have applied methyl filtration with McrBC endonuclease digestion to enrich for euchromatic regions in the sugarcane genome. To verify the efficiency of methylation filtration and the assembly quality of sequences submitted to gene-enrichment strategy, we have compared assemblies using methyl-filtered (MF) and unfiltered (UF) libraries. The use of methy filtration allowed a better assembly by filtering out 35% of the sugarcane genome and by producing 1.53 more scaffolds and 1.73 more assembled Mb in length compared with unfiltered dataset. The coverage of sorghum coding sequences (CDS) by MF scaffolds was at least 36% higher than by the use of UF scaffolds. Using MF technology, we increased by 1343 the coverage of gene regions of the monoploid sugarcane genome. The MF reads assembled into scaffolds that covered all genes of the sugarcane bacterial artificial chromosomes (BACs), 97.2% of sugarcane expressed sequence tags (ESTs), 92.7% of sugarcane RNA-seq reads and 98.4% of sorghum protein sequences. Analysis of MF scaffolds from encoded enzymes of the sucrose/starch pathway discovered 291 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in the wild sugarcane species, S. spontaneum and S. officinarum. A large number of microRNA genes was also identified in the MF scaffolds. The information achieved by the MF dataset provides a valuable tool for genomic research in the genus Saccharum and for improvement of sugarcane as a biofuel crop. MenosMany economically important crops have large and complex genomes that hamper their sequencing by standard methods such as whole genome shotgun (WGS). Large tracts of methylated repeats occur in plant genomes that are interspersed by hypomethylated gene-rich regions. Gene-enrichment strategies based on methylation profiles offer an alternative to sequencing repetitive genomes. Here, we have applied methyl filtration with McrBC endonuclease digestion to enrich for euchromatic regions in the sugarcane genome. To verify the efficiency of methylation filtration and the assembly quality of sequences submitted to gene-enrichment strategy, we have compared assemblies using methyl-filtered (MF) and unfiltered (UF) libraries. The use of methy filtration allowed a better assembly by filtering out 35% of the sugarcane genome and by producing 1.53 more scaffolds and 1.73 more assembled Mb in length compared with unfiltered dataset. The coverage of sorghum coding sequences (CDS) by MF scaffolds was at least 36% higher than by the use of UF scaffolds. Using MF technology, we increased by 1343 the coverage of gene regions of the monoploid sugarcane genome. The MF reads assembled into scaffolds that covered all genes of the sugarcane bacterial artificial chromosomes (BACs), 97.2% of sugarcane expressed sequence tags (ESTs), 92.7% of sugarcane RNA-seq reads and 98.4% of sorghum protein sequences. Analysis of MF scaffolds from encoded enzymes of the sucrose/starch pathway discovered 291 single... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cana-de-açúcar; De novo assembly; Gene-rich regions. |
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Thesagro: |
Metilação. |
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Thesaurus Nal: |
Methylation; Saccharum; Sugarcane. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 02815naa a2200337 a 4500
001 2006128
005 2020-01-08
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024 7 $a10.1111/tpj.12539$2DOI
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245 $aSugarcane genome sequencing by methylation filtration provides tools for genomic research in the genus Saccharum.$h[electronic resource]
260 $c2014
520 $aMany economically important crops have large and complex genomes that hamper their sequencing by standard methods such as whole genome shotgun (WGS). Large tracts of methylated repeats occur in plant genomes that are interspersed by hypomethylated gene-rich regions. Gene-enrichment strategies based on methylation profiles offer an alternative to sequencing repetitive genomes. Here, we have applied methyl filtration with McrBC endonuclease digestion to enrich for euchromatic regions in the sugarcane genome. To verify the efficiency of methylation filtration and the assembly quality of sequences submitted to gene-enrichment strategy, we have compared assemblies using methyl-filtered (MF) and unfiltered (UF) libraries. The use of methy filtration allowed a better assembly by filtering out 35% of the sugarcane genome and by producing 1.53 more scaffolds and 1.73 more assembled Mb in length compared with unfiltered dataset. The coverage of sorghum coding sequences (CDS) by MF scaffolds was at least 36% higher than by the use of UF scaffolds. Using MF technology, we increased by 1343 the coverage of gene regions of the monoploid sugarcane genome. The MF reads assembled into scaffolds that covered all genes of the sugarcane bacterial artificial chromosomes (BACs), 97.2% of sugarcane expressed sequence tags (ESTs), 92.7% of sugarcane RNA-seq reads and 98.4% of sorghum protein sequences. Analysis of MF scaffolds from encoded enzymes of the sucrose/starch pathway discovered 291 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in the wild sugarcane species, S. spontaneum and S. officinarum. A large number of microRNA genes was also identified in the MF scaffolds. The information achieved by the MF dataset provides a valuable tool for genomic research in the genus Saccharum and for improvement of sugarcane as a biofuel crop.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 35 | |
| 1. |  | HIROSE, E.; GOBBI, A. L.; VICENTINI, R.; VASCO, F. R.; HOFFMANN-CAMPO, C. B. Preferência de Bemisia tabaci, biótipo B (Hemiptera: aleyrodidae) a genótipos de soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 6., 2012, Cuiabá. Soja: integração nacional e desenvolvimento sustentável: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2012. p. 40, res. 47.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 2. | | HIROSE, E.; GOBBI, A. L.; VICENTINI, R.; VASCO, F. R.; HOFFMANN-CAMPO, C. B. Preferência de Bemisia tabaci, biótipo B (Hemiptera: aleyrodidae) a genótipos de soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 6., 2012, Cuiabá. Soja: integração nacional e desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2012. 4 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 3. | | BOMFIM, A. C. J. S.; PRAGANA, M. L. F.; VICENTINI, R.; BALDANI, J. I.; HERMELY, A. S. Auxin signaling in sugarcane root devolpment promoted by endophytic Diazotrophic bacteria. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN WITH NON-LEGUMES, 12.; INTERNATIONAL INCT SYMPOSIUM ON NITROGEN BIOLOGICAL FIXATION, 2., 03 a 8 de outubro, 2010, Búzios, RJ. Book of abstracts... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010. SlV. 15| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 4. | | SOUZA, L. L.; BRUNELI, F. A. T.; VICENTINI, R. R.; PEIXOTO, M. G. C. D.; SANTOS, G. G. dos. Fatores que afetam a contagem de células somáticas no leite de vacas Guzerá. In: WORKSHOP DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE LEITE, 17., 2016, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2016. 1 CD-ROM. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 186).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 5. | | BOMFIM, A. C. J. S.; CARVALHO, T. L. G.; VICENTINI, R.; BALDANI, J. I.; HEMERLY, A. S. Nitrogen signaling regulation of sugarcane devolpment mediated by the diazotrophic endochytic bacteria. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN WITH NON-LEGUMES, 12.; INTERNATIONAL INCT SYMPOSIUM ON NITROGEN BIOLOGICAL FIXATION, 2., 03 a 8 de outubro, 2010, Búzios, RJ. Book of abstracts... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010. SlV. 10| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 6. | | SOUZA, L. L.; BRUNELI, F. A. T.; VICENTINI, R. R.; PEREIRA, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; SANTOS, G. G. dos. Contagem de células somáticas no leite de vacas Guzerá puras e mestiças: indicadores e fatores concorrentes. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 10., 2015, Teresina. [Anais...]. Teresina: Sociedade Nordestina de Produção Animal, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 7. | | SANTANA, C. J. L.; PRADO, A. R. do; VICENTINI, R. R.; CARVALHO, B. C. de; BORGES, C. A. V.; FERNANDES, J. de A.; PIRES, M. de F. A. Comportamento ingestivo de fêmeas bovinas mestiças no pré-parto em relação a posição social no rebanho. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 9., 2014, Ilhéus. Produção animal: novas diretrizes. Ilhéus: SNPA, 2014. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 8. | | SANTANA, C. J. L.; PRADO, A. R. do; VICENTINI, R. R.; CARVALHO, B. C. de; BORGES, C. A. V.; PIRES, M. de F. A. Comportamento social de vacas e novilhas leiteiras no pré-parto. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 9., 2014, Ilhéus. Produção animal: novas diretrizes. Ilhéus: SNPA, 2014. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 10. | | ABREU, C. M.; BELLIZZI, N. C.; OLIVEIRA, M. O. A.; HIROSE, E.; GOBBI, A. L.; VICENTINI, R. G.; CARVALHO, L. R.; EVANGELISTA, Z. R. Eficiência de controle de ninfas de mosca branca por inseticidas na cultura da soja. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 113-115. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 11. | | VICENTINI, R. R.; PEIXOTO, M. G. C. D.; SOUZA, L. L.; FRANCO, M. L.; BRUNELI, F. A. T.; PIRES, M. de F. A. Fatores que influenciam a velocidade de fuga de fêmeas Guzerá em rebanhos leiteiros. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 10., 2015, Teresina. [Anais...] Teresina: Sociedade Nordestina de Produção Animal, 2015. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 12. | | BOTTA, G.; FORMENTO, N.; GIORDA, L. M.; IVANCOVICH, A.; LAGUNA, I. G.; LORENZO, N.; MARTELLOTTO, E.; PLOPER, L. D.; VICENTINI, R.; YORINORI, J. T. Enfermedades. In: BAIGORRI, H. E. J.; GIORDA, L. M. (ed.). Reconocimiento de enfermedades, plagas y malezas de la soja. Córdoba: INTA, 1998. p. 5-30.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 13. | | SOUZA, L. L.; VICENTINI, R. R.; SANTOS, G. G. dos; COSTA, C. N.; BRUNELI, F. A. T.; PEIXOTO, M. G. C. D. Prospecção de indicadores do desempenho produtivo de vacas Guzerá relacionados ao melhoramento integrado da vida útil no rebanho. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 11., 2015, Santa Maria, RS. Melhoramento animal da academia ao campo: uma parceria em construção: anais. Santa Maria, RS: SBMA: UFSM, 2015. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 14. | | SOUZA, L. L.; VICENTINI, R. R.; PEREIRA, M. A.; SANTOS, G. G. dos; BRUNELI, F. A. T.; PEIXOTO, M. G. C. D. Prospecção de indicadores do desempenho reprodutivo e produtivo de vacas Guzerá relacionados ao melhoramento integrado da vida útil no rebanho. In: WORKSHOP DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE LEITE, 15., 2015, Juiz de Fora, MG. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2015. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 176.). 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 15. | | BRITO, l. C.; LOPES, P. S.; SILVA, F. F.; LÁZARO, S. F.; VENTURA, H. T.; BRUNELI, F. A. T.; VICENTINI, R. R.; PEIXOTO, M. G. C. D. Multi-trait analysis for beef and dairy traits in dual purpose Guzerá herds in tropical conditions In: REUNIÓN DE LA ASSOCIÓN LATINOAMERICANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 25, 2016, Recife. Anais... [S,l.]: Associación Latinoamericana de Producción Animal, 2016. 1| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 16. | | LIMA, N. D.; VERZIGNASSI, J. R.; MAUAD, M.; FERNANDES, C. D.; SILVA, M. A. da; JESUS, L.; CORADO, H. S.; OLIVEIRA, M. A. S.; VICENTINI, R. P.; LIBÓRIO, C. B.; BEZERRA, F. C.; SILVA, F. A. S. Doses de boro e uniformização de plantas na produção de sementes de Brachiaria brizantha. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 14., 2018, Campo Grande - MS. [Resumos dos trabalhos]. Brasília, DF, Embrapa, 2018 115 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 258).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 17. | | SANTANA, C. J. L.; PRADO, A. R. do; VICENTINI, R. R.; CARVALHO, B. C. de; BORGES, C. A. V.; FERNANDES, J. de A.; PIRES, M. de F. A.; PEIXOTO, M. G. C. D. Efeito da hierarquia social no comportamento ingestivo de fêmeas leiteiras no pré-parto. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 13., 2015, Porto Alegre. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2015. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 18. | | SANTANA, C. J. L.; PRADO, A. R.; VICENTINI, R. R.; CARVALHO, B. C. de; BORGES, C. A. V.; PIRES, M. de F. A.; RUAS, J. R. M.; CARVALHO, C. da C. S. Hierarquia social em rebanho de fêmeas leiteiras durante o pré parto. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 13., 2015, Porto Alegre. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2015. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 19. | | CRATIVOL, C.; REGULSKI, M.; BERTALAN, M.; MCCOMBIE, W. R.; SILVA, F. R. da; ZERLOTINI NETO, A.; VICENTINI, R.; FARINELLI, L.; HEMERLY, A. S.; MARTIENSSEN, R. A.; FERREIRA, P. C. G. Sugarcane genome sequencing by methylation filtration provides tools for genomic research in the genus Saccharum. The Plant Journal, Oxford, v. 79, n. 1, p. 162-172, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 20. | | LIBÓRIO, C. B. de; VERZIGNASSI, J. R.; FERNANDES, C. D.; SILVA, M. A. da; JESUS, L.; CORADO, H. S.; OLIVEIRA, M. A. S.; VICENTINI, R. P.; LIMA, N. D.; BEZERRA, F. C.; SILVA, F. A. S. Zinco na produção de sementes de híbrido de braquiária. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 14., 2018, Campo Grande - MS. [Resumos dos trabalhos]. Brasília, DF, Embrapa, 2018 115 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 258). p. 34-35| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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