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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
21/06/2016 |
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Data da última atualização: |
21/06/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
TEIXEIRA, F. R. F.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; CRUZ, C. D.; AZEVEDO, C. F.; PAIXÃO, D. M.; BARROSO, L. M. A.; VERARDO, L. L.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S. |
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Afiliação: |
F. R. F. Teixeira, UFV; M. Nascimento, UFV; A. C. C. Nascimento, UFV; F. F. e Silva, UFV; C. D. Cruz, UFV; C. F. Azevedo, UFV; D. M. Paixão, UFV; L. M. A. Barroso, UFV; L. L. Verardo, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; S. E. F. Guimarães, UFV; P. S. Lopes, UFV. |
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Título: |
Factor analysis applied to genome prediction for high-dimensional phenotypes in pigs. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 2, 2016. 10 p. |
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DOI: |
http://dx.doi.org/10.4238/gmr.15028231 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The aim of the present study was to propose and evaluate the use of factor analysis (FA) in obtaining latent variables (factors) that represent a set of pig traits simultaneously, for use in genome-wide selection (GWS) studies. We used crosses between outbred F2 populations of Brazilian Piau X commercial pigs. Data were obtained on 345 F2 pigs, genotyped for 237 SNPs, with 41 traits. FA allowed us to obtain four biologically interpretable factors: ?weight?, ?fat?, ?loin?, and ?performance?. These factors were used as dependent variables in multiple regression models of genomic selection (Bayes A, Bayes B, RR-BLUP, and Bayesian LASSO). The use of FA is presented as an interesting alternative to select individuals for multiple variables simultaneously in GWS studies; accuracy measurements of the factors were similar to those obtained when the original traits were considered individually. The similarities between the top 10% of individuals selected by the factor, and those selected by the individual traits, were also satisfactory. Moreover, the estimated markers effects for the traits were similar to those found for the relevant factor. |
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Palavras-Chave: |
Análise multivariada; Genome enabled prediction; SNP effects. |
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Thesagro: |
Estatística; Melhoramento genético animal; Seleção genética. |
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Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Multivariate analysis. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/144605/1/2016-M.Deon-GMR-FactorAnalysis.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 27 | |
| 2. |  | SILVA, M. V. G. B.; VERARDO, L. L.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; CAROLINO, I.; CAROLINO, N. Candidate genes for disease, reproduction and meat quality traits in Portuguese native breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 12., 2022, Rotterdam. Proceedings... Rotterdam: [s.n.], 2022.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 3. | | CARVALHO, L. S.; ALMEIDA, E. A. R.; SOUZA, K. G. L. de; SILVA, M. V. G. B.; MAGALHÃES, A. F. B.; VERARDO, L. L. Análise funcional de genes candidatos associados à resistência ao carrapato em bovinos da raça Gir. In: SIMPÓSIO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 7.; SIMPÓSIO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO, 2.; SEMANA DA ZOOTECNIA, 15., 2023, Diamantina. Rumo ao futuro: [anais]. Diamantina: Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2023. p. 24-26.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 4. | | ALMEIDA, E. A. R.; PEREIRA, J. R.; CARVALHO, L. S.; SILVA, M. V. G. B.; MAGALHÃES, A. F. B.; VERARDO, L. L. Análises pós-estudo de associação no genoma de bovinos da raça Gir para a identificação de genes candidatos para perfil de ácidos graxos no leite. In: SIMPÓSIO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 7.; SIMPÓSIO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO, 2.; SEMANA DA ZOOTECNIA, 15., 2023, Diamantina. Rumo ao futuro: [anais]. Diamantina: Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2023. p. 36-38.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 5. | | VERARDO, L. L.; SILVA, F. F.; VARONA, L.; RESENDE, M. D. V. de; BASTIAANSEN, J. W. M.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F. Bayesian GWAS and network analysis revealed new candidate genes for number of teats in pigs. Journal of Applied Genetics, v. 56, n. 1, p. 123-132, Feb. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 6. | | FERNANDES, A. A. S.; VIEIRA, J. I. G.; FERREIRA, P. H.; MAGALHÃES, A. F. B.; SILVA, M. V. G. B.; VERARDO, L. L. An insertion in Caracu breed genome with a possible role in fatty acids profile. In: REUNIÃO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 57., 2022, Campinas. Tropical animal science and pratice to feed the planet: proceedings. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Zootecnia; São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2022. p. 232.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 7. | | PANETTO, J. C. do C.; VERARDO, L. L.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; FAZA, D. R. L. R.; SILVA, M. V. G. B. Genotype by environment interaction in Brazilian Dairy Gir cattle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.: s.n.], 2018.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 8. | | CAMPOS, B. M.; CARMO, A. S. do; SILVA, T. B. R. da; VERARDO, L. L.; GOUVEIA, J. J. de S.; MALHADO, C. H. M.; SILVA, M. V. G. B.; CARNEIRO, P. L. S. Identification of artificial selection signatures in Caracu breed lines selected for milk production and meat production. Livestock Science, v. 206, p. 82-87, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 9. | | VERARDO, L. L.; NASCIMENTO, C. S.; SILVA, F. F.; GASPARINO, E.; MARTINS, M. F.; TORIYAMA, E.; FARIA, V. R.; BOTELHO, M. E.; COSTA, K. A.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F. Identification and validation of differentially expressed genes from pig skeletal muscle. Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 130, n. 5, p. 372-381, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 10. | | VERARDO, L. L.; OTTO, P. I.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; REIS, D. R. de L.; EGITO, A. A. do; VITORINO, A. S. M.; CAROLINO, M. I. C. M.; CAROLINO, N. P.; SILVA, M. V. G. B. Exploring the genetic origin of Brazilian locally adapted breeds: admixture, population history and relationship with Portuguese and indicine cattle. Livestock Science, v. 282, 105455, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 11. | | PEREIRA, H. P.; VERARDO, L. L.; WELLER, M. M. D. C. A.; SBARDELLA, A. P.; MUNARI, D. P.; DAIBERT, R. M. de P.; CARVALHO, W. A.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F. Going further post-RNA-seq: in silico functional analyses revealing candidate genes and regulatory elements related to mastitis in dairy cattle. Journal of Dairy Research, v. 88, p. 286-292, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 12. | | VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B. A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.: s.n.], 2018.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 13. | | VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B. A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.: s.n.], 2018. 6 p. Na publicação: A. Zerlotini, J. C. C. Panetto. WCGALP 2018.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 14. | | DUARTE, D. A. S.; FORTES, M. R. S.; DUARTE, M. de S.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; VERONEZE, R.; RIBEIRO, A. M. F.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e. Genome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs. Animal Production Science, v. 58, n. 6, p. 1100-1008, May 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 15. | | NASCIMENTO, C. S.; PEIXOTO, J. de O.; VERARDO, L. L.; CAMPOS, C. F.; WELLER, M. M. C.; FARIA, V. R.; BOTELHO, M. E.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A.; SILVA, F. F.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F. Transcript profiling of expressed sequence tag from semimembranosus muscle of commercial and naturalized pig breeds. Genetics and Molecular Research, v. 11, n. 3, p. 3315-3328. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 16. | | SANTOS, C. G. dos; SOUSA, M. F.; VIEIRA, J. I. G.; MORAIS, L. R. de; FERNANDES, A. A. S.; LITTIERE, T. de O.; OTTO, P. I.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; BONAFÉ, C. M.; MAGALHÃES, A. F. B.; VERARDO, L. L. Candidate genes for tick resistance in cattle: a systematic review combining post-GWAS analyses with sequencing data. Journal of Applied Animal Research, v. 50, n. 1, p. 460-470, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 17. | | TEIXEIRA, F. R. F.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; CRUZ, C. D.; AZEVEDO, C. F.; PAIXÃO, D. M.; BARROSO, L. M. A.; VERARDO, L. L.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S. Factor analysis applied to genome prediction for high-dimensional phenotypes in pigs. Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 2, 2016. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 18. | | SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; PAIVA, L. DE C.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VERARDO, L. L.; GONÇALVES, G. S.; REIS, D. R. de L.; ALVES, B. R. C. (ed.). Girolando breed genetic improvement program - Sire summary - Progeny test results - June 2017. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2017 55 p. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 206)| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 19. | | CAMPOS, B. M.; CARMO, A. S. do; EGITO, A. A. do; MARIANTE, A. da S.; ALBUQUERQUE, M. S. M. do; GOUVEIA, J. J. S. de; MALHADO, C. H. M.; VERARDO, L. L.; SILVA, M. V. G. B. da; CARNEIRO, P. L. S. Genetic diversity, population structure, and correlations between locally adapted zebu and taurine breeds in Brazil using SNP markers. Tropical Animal Health and Production, v. 49, n. 8, p 1677-1684, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 20. | | VERARDO, L. L.; SILVA, F. F. e; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; REIS, D. R. de L.; OTTO, P. I.; REGITANO, L. C. de A.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; ZANELLA, R.; SILVA, M. V. G. B. Genome-wide analyses reveal the genetic architecture and candidate genes of indicine, taurine, synthetic crossbreds, and locally adapted cattle in Brazil. Frontiers in Genetics, v. 12, article 702822, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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