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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Uva e Vinho. |
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Data corrente: |
08/05/2017 |
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Data da última atualização: |
06/05/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FAJARDO, T. V. M.; VANNI, M. F.; NICKEL, O. |
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Afiliação: |
THOR VINICIUS MARTINS FAJARDO, CNPUV; MARCOS FERNANDO VANNI, CNPUV; OSMAR NICKEL, CNPUV. |
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Título: |
Absolute quantification of viruses by TaqMan real-time RT-PCR in grapevines. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Ciência Rural, Santa Maria, v. 47, n. 6, e20161063, 2017. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The absolute quantification determines the absolute amount of a targeted nucleic acid expressed as a copy number or concentration. The knowledge of virus concentrations in commercial crops possesses high relevance to ensure a reliable diagnosis. The objective of this study was to perform an absolute quantification of five viruses in infected grapevines (Vitis spp.). Different known amounts of the standard sample (cloned viral cDNA or in vitro transcribed viral RNA) were quantified by TaqMan RT-qPCR. Based on these data, standard curves were generated plotting Ct values (threshold cycle) against the log of the standard sample amount. Infected grapevine samples were evaluated to determine virus titers, which were highly variable. This result may contribute to improve virus diagnosis by accurately quantifying virus titre variations in grapevines. Key words: RT-qPCR, GRSPaV, GVA, GVD, GLRaV-3 and -4. RESUMO: A quantificação absoluta determina a quantidade absoluta de um ácido nucleico alvo expressa como número de cópias ou concentração. O conhecimento das concentrações virais em culturas comerciais tem grande relevância para assegurar um diagnóstico confiável. O objetivo deste trabalho foi realizar uma quantificação absoluta de cinco vírus em videiras infectadas (Vitis spp.). Diferentes quantidades conhecidas da amostra padrão (cDNA viral clonado ou RNA viral transcrito in vitro) foram quantificadas por RT-qPCR TaqMan. A partir destes dados, curvas padrão foram geradas plotando-se os valores de Ct (ciclo limiar) contra o log da quantidade da amostra padrão. Amostras de videiras infectadas foram avaliadas visando-se determinar os títulos virais que foram bastante variáveis. Este resultado contribui para melhorar o diagnóstico viral ao quantificar com precisão variações no título viral em videiras. Palavras-chave: RT-qPCR, GRSPaV, GVA, GVD, GLRaV-3 e -4. A quantificação absoluta determina a quantidade absoluta de um ácido nucleico alvo expressa como número de cópias ou concentração. O conhecimento das concentrações virais em culturas comerciais tem grande relevância para assegurar um diagnóstico confiável. O objetivo deste trabalho foi realizar uma quantificação absoluta de cinco vírus em videiras infectadas (Vitis spp.). Diferentes quantidades conhecidas da amostra padrão (cDNA viral clonado ou RNA viral transcrito in vitro) foram quantificadas por RT-qPCR TaqMan. A partir destes dados, curvas padrão foram geradas plotando-se os valores de Ct (ciclo limiar) contra o log da quantidade da amostra padrão. Amostras de videiras infectadas foram avaliadas visando-se determinar os títulos virais que foram bastante variáveis. Este resultado contribui para melhorar o diagnóstico viral ao quantificar com precisão variações no título viral em videiras. Palavras-chave: RT-qPCR, GRSPaV, GVA, GVD, GLRaV-3 e -4. MenosThe absolute quantification determines the absolute amount of a targeted nucleic acid expressed as a copy number or concentration. The knowledge of virus concentrations in commercial crops possesses high relevance to ensure a reliable diagnosis. The objective of this study was to perform an absolute quantification of five viruses in infected grapevines (Vitis spp.). Different known amounts of the standard sample (cloned viral cDNA or in vitro transcribed viral RNA) were quantified by TaqMan RT-qPCR. Based on these data, standard curves were generated plotting Ct values (threshold cycle) against the log of the standard sample amount. Infected grapevine samples were evaluated to determine virus titers, which were highly variable. This result may contribute to improve virus diagnosis by accurately quantifying virus titre variations in grapevines. Key words: RT-qPCR, GRSPaV, GVA, GVD, GLRaV-3 and -4. RESUMO: A quantificação absoluta determina a quantidade absoluta de um ácido nucleico alvo expressa como número de cópias ou concentração. O conhecimento das concentrações virais em culturas comerciais tem grande relevância para assegurar um diagnóstico confiável. O objetivo deste trabalho foi realizar uma quantificação absoluta de cinco vírus em videiras infectadas (Vitis spp.). Diferentes quantidades conhecidas da amostra padrão (cDNA viral clonado ou RNA viral transcrito in vitro) foram quantificadas por RT-qPCR TaqMan. A partir destes dados, curvas padrão foram geradas plotando-... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
GLRaV-3; GRSPaV; GVA; GVD; RT-qPCR; Videira. |
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Thesagro: |
Uva; Virus. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/159589/1/CR-Absolute-quatification-virus-RT-qPCR-2017.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Uva e Vinho (CNPUV) |
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| Registros recuperados : 12 | |
| 5. |  | STEIN, D. L.; NICKEL, O.; FAJARDO, T. V. M.; VANNI, M. F. Estudo da variabilidade genética do gene da proteína de movimento de isolados de Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV) de ameixeiras e macieiras. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 15., 2017.; ENCONTRO DE PÓS-GRADUANDOS DA EMBRAPA UVA E VINHO, 11., 2017, Bento Gonçalves. Resumos...Bento Gonçalves, RS: Embrapa Uva e Vinho, 2017. p. 38.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 6. | | BUCKER, L.; VANNI, M. F.; JUNKES, C. F. O.; NICKEL, O.; FAJARDO, T. V. M. Detecção de Apple stem pitting virus de macieiras e pereiras por IC-RT-PCR. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 10.; ENCONTRO DE PÓS-GRADUANDOS DA EMBRAPA UVA E VINHO, 6., 2012, Bento Gonçalves. Resumos... Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho, 2012. p. 46.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 8. | | BERTOCCHI, A. A.; NICKEL, O.; FAJARDO, T. V. M.; VANNI, M. F. Variabilidade intraespecífica do gene da proteína de movimento do Apple chlorotic leaf spot virus, isolado PR1 de ameixeira. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 16.; ENCONTRO DE PÓS-GRADUANDOS DA EMBRAPA UVA E VINHO, 12., 2018, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves, RS: Embrapa Uva e Vinho, 26 a 27 de setembro de 2018. p. 27.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 9. | | NICKEL, O.; SINSKI, I.; FAJARDO, T. V. M.; VANNI, M. F.; BERNARDI, J. Produção de material propagativo livre de vírus latentes e indexação integrada em macieiras. In: SEMINÁRIO BRASILEIRO DE PRODUÇÃO INTEGRADA DE FRUTAS, 5., 2003, Bento Gonçalves. Anais...Bento Gonçalves, RS: SBPIF, 2003. p. 101.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 10. | | CATARINO, A. de M.; FAJARDO, T. V. M.; VANNI, M. F.; NICKEL, O.; RIBEIRO, G. P. Primeira detecção de Grapevine leafroll-associated virus 4 em amostras de videiras comercialmente introduzidas no Brasil. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 10.; ENCONTRO DE PÓS-GRADUANDOS DA EMBRAPA UVA E VINHO, 6., 2012, Bento Gonçalves. Resumos... Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho, 2012. p. 47.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 11. | | BALBINOTTE, J.; NICKEL, O.; SILVA, F. N. da; RADAELLI, P.; VANNI, M. F.; FAJARDO, T. V. M. Avaliação de incidência de Peach latent mosaic virus em pessegueiros e nectarineiras das principais regiões produtoras do Rio Grande do Sul. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA UVA E VINHO, 5., ENCONTRO DE PÓS-GRADUANDOS DA EMBRAPA UVA E VINHO, 1., 2007, Bento Gonçalves. Resumos. Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho, 2007. p. 31. (Embrapa Uva e Vinho. Documentos, 63). Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 12. | | JUNKES, C. F. de O.; NICKEL, O.; ECKERT, C.; FAJARDO, T. V. M.; VANNI, M. F.; ARAGAO, F. J. L.; DANTAS, A. C. de M.; PETERS, J. A. Clonagem de construto de RNA interferente para produção de Maruba-Kaido resistente a vírus de macieira. In: SIMPÓSIO BRAILEIRO DE MICROBIOLOGIA APLICADA, 6.; ENCONTRO LATINO-AMERICANO DE MICROBIOLOGIA APLICADA, 2., 2012, Porto Alegre. Anais... Porto Alegre: UFRGS, 2012. p. 14-19. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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