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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
17/09/2018 |
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Data da última atualização: |
17/09/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
RESENDE, R. T.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; SOUZA, T. L. P. O. de; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. |
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Afiliação: |
Rafael T. Resende, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Camila F. Azevedo, UFV; Fabyano Fonseca e Silva, UFV; LEONARDO CUNHA MELO, CNPAF; HELTON SANTOS PEREIRA, CNPAF; THIAGO LIVIO PESSOA OLIV DE SOUZA, CNPAF; PAULA ARIELLE M RIBEIRO VALDISSER, CNPAF; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF. |
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Título: |
Genome-wide association and regional heritability mapping of plant architecture, lodging and productivity in Phaseolus vulgaris. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
G3: Genes, Genomes, Genetics, v. 8, p. 2841-2854, Aug. 2018. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The availability of high-density molecular markers in common bean has allowed to explore the genetic basis of important complex agronomic traits with increased resolution. Genome-Wide Association Studies (GWAS) and Regional Heritability Mapping (RHM) are two analytical approaches for the detection of genetic variants. We carried out GWAS and RHM for plant architecture, lodging and productivity across two important growing environments in Brazil in a germplasm of 188 common bean varieties using DArTseq genotyping strategies. The coefficient of determination of G · E interaction (c2 int) was equal to 17, 21 and 41%, respectively for the traits architecture, lodging, and productivity. Trait heritabilities were estimated at 0.81 (architecture), 0.79 (lodging) and 0.43 (productivity), and total genomic heritability accounted for large proportions (72% to 100%) of trait heritability. At the same probability threshold, three marker?trait associations were detected using GWAS, while RHM detected eight QTL encompassing 145 markers along five chromosomes. The proportion of genomic heritability explained by RHM was considerably higher (35.48 to 58.02) than that explained by GWAS (28.39 to 30.37). In general, RHM accounted for larger fractions of the additive genetic variance being captured by markers effects inside the defined regions. Nevertheless, a considerable proportion of the heritability is still missing (42% to 64%), probably due to LD between markers and genes and/or rare allele variants not sampled. RHM in autogamous species had the potential to identify larger-effect QTL combining allelic variants that could be effectively incorporated into whole-genome prediction models and tracked through breeding generations using marker-assisted selection. MenosThe availability of high-density molecular markers in common bean has allowed to explore the genetic basis of important complex agronomic traits with increased resolution. Genome-Wide Association Studies (GWAS) and Regional Heritability Mapping (RHM) are two analytical approaches for the detection of genetic variants. We carried out GWAS and RHM for plant architecture, lodging and productivity across two important growing environments in Brazil in a germplasm of 188 common bean varieties using DArTseq genotyping strategies. The coefficient of determination of G · E interaction (c2 int) was equal to 17, 21 and 41%, respectively for the traits architecture, lodging, and productivity. Trait heritabilities were estimated at 0.81 (architecture), 0.79 (lodging) and 0.43 (productivity), and total genomic heritability accounted for large proportions (72% to 100%) of trait heritability. At the same probability threshold, three marker?trait associations were detected using GWAS, while RHM detected eight QTL encompassing 145 markers along five chromosomes. The proportion of genomic heritability explained by RHM was considerably higher (35.48 to 58.02) than that explained by GWAS (28.39 to 30.37). In general, RHM accounted for larger fractions of the additive genetic variance being captured by markers effects inside the defined regions. Nevertheless, a considerable proportion of the heritability is still missing (42% to 64%), probably due to LD between markers and genes and/or rare alle... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
DArTseq; GWAS QTL; Herdabilidade; RHM QTL. |
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Thesagro: |
Feijão; Melhoramento Genético Vegetal; Phaseolus Vulgaris. |
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Thesaurus Nal: |
Beans; Heritability; Lodging resistance; Plant architecture; Plant breeding. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/183088/1/2018-M.Deon-G3-Genome-wide.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 60 | |
| 41. |  | VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; MORAIS JUNIOR, O. P. de; MENDONÇA, J. A.; SARTORI, D. E. L.; LIMA, LUANN V. V. O.; BORBA, T. C. de O.; BRONDANI, C.; ZUCCHI, M. I.; VIANELLO, R. P. Análise de associação genômica ampla (GWAS) para tolerância à seca em feijoeiro comum. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 12., 2017, Piracicaba. Produtividade e sustentabilidade da cultura do feijão: do campo para a mesa: resumos. Piracicaba: CENA: IAC, 2017. p. 67. CONAFE| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 42. | | LIMA, L. V. V. de O.; VALDISSER, P. A. M. R.; SARTORI, D. E. L.; SOUZA, M. G. de; MENDONÇA, J. A.; GUIMARÃES, C. M.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Avaliação dos componentes de produtividade em acessos de feijão-comum do pool gênico mesoamericano, cultivado sob deficiência hídrica em campo. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 11., 2017, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2017. p. 63. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 316).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 43. | | SOUZA, T. L. P. O.; VIANELLO, R. P.; PASSOS, A. L.; VALDISSER, P. A. M. R.; BARROS, E. G.; FONSECA, C. E. L.; PASTOR-CORRALES, M. A.; SONG, Q.; GREGAN, P. B. Construção de um mapa genético para o feijão usando marcadores SNP e a população de RILs Rudá x AND 277. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 11., 2014, Londrina. Tecnologias para a sustentabilidade da cultura do feijão: anais. Londrina: IAPAR, 2014. CONAFE| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 44. | | PANTALIÃO, G. F.; VIANELLO, R. P.; BUENO, L. G.; MENDONÇA, J. A.; COELHO, A. S. G.; CORDEIRO, A. C. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; VIEIRA, A. F.; BRONDANI, C. Development of SNP markers for grain yield screening of Brazilian rice cultivars. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 55, e01643, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Roraima; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 45. | | COELHO, G. R. C.; BRONDANI, C.; HOFFMANN, L. V.; VALDISSER, P. A. M. R.; BORBA, T. C. O.; MENDONÇA, J. A.; RODRIGUES, L. A.; MENEZES, I. P. P. de. Genetic diversity of high performance cultivars of upland and irrigated Brazilian rice. Genetics and Molecular Research, v. 16, n. 3, gmr16039793, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão; Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 46. | | BARILI, L. D.; VALE, N. M. do; SILVA, F. R. e; CARNEIRO, J. E. de S.; OLIVEIRA, H. R. de; VIANELLO, R. P.; VALDISSER, P. A. M. R.; NASCIMENTO, M. Genome prediction accuracy of common bean via Bayesian models. Ciência Rural, v. 48, n. 8, e20170497, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 47. | | RESENDE, R. T.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; SOUZA, T. L. P. O. de; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Genome-wide association and regional heritability mapping of plant architecture, lodging and productivity in Phaseolus vulgaris. G3: Genes, Genomes, Genetics, v. 8, p. 2841-2854, Aug. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Florestas. |
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| 48. | | CARDOSO, P. C. B.; VEIGA, M. M.; MENEZES, I. P. P. de; VALDISSER, P. A. M. R.; BORBA, T. C. O.; MELO, L. C.; DEL PELOSO, M. J.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Molecular characterization of high performance inbred lines of Brazilian common beans. Genetics and Molecular Research, v. 12, n. 4, p. 5467-5484, Feb. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 49. | | VALDISSER, P. A. M. R.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; MENEZES, I. P. P. de; MÜLLER, B. S. F.; PEREIRA, W. J.; NARCISO, M. G.; BRONDANI, C.; SOUZA, T. L. P. O.; BORBA, T. C. O.; VIANELLO, R. P. SNP discovery in common bean by restriction-associated DNA (RAD) sequencing for genetic diversity and population structure analysis. Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 3, p. 1277-1291, June 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 50. | | MÜLLER, B. S. F.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; ABREU, A. G.; BORBA, T. C. O.; SAKAMOTO, T.; BRONDANI, C.; BARROS, E. G.; VIANELLO, R. P. An operational SNP panel integrated to SSR marker for the assessment of genetic diversity and population structure of the common bean. Plant Molecular Biology Reporter, v. 33, n. 6, p. 1697-1711, Dec. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 51. | | LANNA, A. C.; SILVA, R. A.; FERRARESI, T. M.; MENDONÇA, J. A.; COELHO, G. R. C.; MOREIRA, A. S.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Physiological characterization of common bean (Phaseolus vulgaris L.) under abiotic stresses for breeding purposes. Environmental Science and Pollution Research International, v. 25, n. 31, p. 31149-31164, Nov. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 53. | | SOUZA, I. P. de; AZEVEDO, B. R. de; COELHO, A. S. G.; SOUZA, T. L. P. O. de; VALDISSER, P. A. M. R.; GOMES-MESSIAS, L. M.; FUNICHELI, B. W.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Whole-genome resequencing of common bean elite breeding lines. Scientific Reports, v. 13, 12721, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 54. | | FARIA, B. M. S. de; MENEZES, I. P. P. de; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; BORBA, T. C. de O.; ABREU, A. G. de; BRONDANI, C.; BARROS, E. G. de; VIANELLO, R. P. Análise da diversidade genética e estruturação populacional entre marcadores SSRs e SNPs em germoplasma de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 57-60.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 55. | | VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; ALMEIDA FILHO, J. E.; MÜLLER, B. S. F.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; VIANNA, J. P. G.; ZUCCHI, M. I.; LANNA, A. C.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; MORAES, A. da C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. In-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping. BMC Genomics, v. 18, Article 423, 30 mai. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 56. | | SILVA, L. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; CRUZ, C. D.; CARNEIRO, J. E. de S.; CARNEIRO, P. C. S.; FONSECA, C. E. L. da; GONÇALVES, B. F. de S.; BARROS, E. G.; PASTOR-CORRALES, M. A.; SONG, Q.; GREGAN, P. B.; VIANELLO, R. P.; SOUZA, T. L. P. O. de. Mapa genético para o feijoeiro-comum usando marcadores SNP e a população de RILs Rudá X AND 277. CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 57. | | PEREIRA, W. J.; ABREU, F. R. M.; MELO, A. T. de O.; COELHO, A. S. G.; RODRIGUES, F. A.; MAMIDI, S.; ALENCAR, S. A. de; LANNA, A. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; NASCIMENTO JUNIOR, I. R. do; BORBA, T. C. de O.; VIANELLO, R. P. Transcriptoma para seca revela novos genes para o germoplasma do feijão comum mesoamericano. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 12., 2017, Piracicaba. Produtividade e sustentabilidade da cultura do feijão: do campo para a mesa: resumos. Piracicaba: CENA: IAC, 2017. p. 32. CONAFE| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 58. | | PEREIRA, W. J.; MELO, A. T. de O.; COELHO, A. S. G.; RODRIGUES, F. A.; MAMIDI, S.; ALENCAR, S. A. de; LANNA, A. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; NASCIMENTO JUNIOR, I. R. do; BORBA, T. C. de O.; VIANELLO, R. P. Genome-wide analysis of the transcriptional response to drought stress in root and leaf of common bean. Genetics and Molecular Biology, v. 43, n. 1, e20180259, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 59. | | VALDISSER, P. A. M. R.; MÜLLER, B. S. F.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; MORAIS JÚNIOR, O. P.; GUIMARÃES, C. M.; BORBA, T. C. O.; SOUZA, I. P. de; ZUCCHI, M. I.; NEVES, L. G.; COELHO, A. S. G.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Genome-wide association studies detect multiple QTLs for productivity in mesoamerican diversity panel of common bean under drought stress. Frontiers in Plant Science, v. 11, 574674, Nov. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 60. | | BRIÑEZ, B.; PERSEGUINI, J. M. K. C.; ROSA, J. S.; BASSI, D.; GONÇALVES, J. G. R.; ALMEIDA, C.; PAULINO, J. F. de C.; BLAIR, M. W.; CHIORATTO, A. F.; CARBONELL, S. A. M.; VALDISSER, P. A. M. R.; VIANELLO, R. P.; BENCHIMOL-REIS, L. L. Mapping QTLs for drought tolerance in a SEA 5 x AND 277 common bean cross with SSRs and SNP markers. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 40, n. 4, p. 803-813, Oct./Dec. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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