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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
26/09/2017 |
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Data da última atualização: |
31/10/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; ALMEIDA FILHO, J. E.; MÜLLER, B. S. F.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; VIANNA, J. P. G.; ZUCCHI, M. I.; LANNA, A. C.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; MORAES, A. da C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. |
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Afiliação: |
PAULA ARIELLE M RIBEIRO VALDISSER, CNPAF; WENDELL J. PEREIRA, UNB; JANEO E. ALMEIDA FILHO, Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Rio de Janeiro-; BARBARA S. F. MULLER, UNB; GESIMARIA RIBEIRO COSTA COELHO, CNPAF; IVANDILSON P. P. DE MENEZES, INSTITUTO FEDERAL GOIANO, Urutaí-GO; JOÃO P. G. VIANNA, UNICAMP; MARIA I. ZUCCHI, UNICAMP; ANNA CRISTINA LANNA, CNPAF; ALEXANDRE S. G. COELHO, UFG; JAISON PEREIRA DE OLIVEIRA, CNPAF; ALESSANDRA DA CUNHA MORAES, CNPAF; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF. |
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Título: |
In-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 18, Article 423, 30 mai. 2017. |
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DOI: |
10.1186/s12864-017-3805-4 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: Common bean is a legume of social and nutritional importance as a food crop, cultivated worldwide especially in developing countries, accounting for an important source of income for small farmers. The availability of the complete sequences of the two common bean genomes has dramatically accelerated and has enabled new experimental strategies to be applied for genetic research. DArTseq has been widely used as a method of SNP genotyping allowing comprehensive genome coverage with genetic applications in common bean breeding programs. Results: Using this technology, 6286 SNPs (1 SNP/86.5 Kbp) were genotyped in genic (43.3%) and non-genic regions (56. 7%). Genetic subdivision associated to the common bean gene pools (K = 2) and related to grain types (K = 3 and K = 5) were reported. A total of 83% and 91% of all SNPs were polymorphic within the Andean and Mesoamerican gene pools, respectively, and 26% were able to differentiate the gene pools. Genetic diversity analysis revealed an average HE of 0.442 for the whole collection, 0.102 for Andean and 0.168 for Mesoamerican gene pools (FST = 0.747 between gene pools), 0. 440 for the group of cultivars and lines, and 0.448 for the group of landrace accessions (FST = 0.002 between cultivar/line and landrace groups). The SNP effects were predicted with predominance of impact on non-coding regions (77.8%). SNPs under selection were identified within gene pools comparing landrace and cultivar/line germplasm groups (Andean: 18; Mesoamerican: 69) and between the gene pools (59 SNPs), predominantly on chromosomes 1 and 9. The LD extension estimate corrected for population structure and relatedness (r2 SV) was~88 kbp, while for the Andean gene pool was~395 kbp, and for the Mesoamerican was ~ 130 kbp. Conclusions: For common bean, DArTseq provides an efficient and cost-effective strategy of generating SNPs for large-scale genome-wide studies. The DArTseq resulted in an operational panel of 560 polymorphic SNPs in linkage equilibrium, providing high genome coverage. This SNP set could be used in genotyping platforms with many applications, such as population genetics, phylogeny relation between common bean varieties and support to molecular breeding approaches. MenosBackground: Common bean is a legume of social and nutritional importance as a food crop, cultivated worldwide especially in developing countries, accounting for an important source of income for small farmers. The availability of the complete sequences of the two common bean genomes has dramatically accelerated and has enabled new experimental strategies to be applied for genetic research. DArTseq has been widely used as a method of SNP genotyping allowing comprehensive genome coverage with genetic applications in common bean breeding programs. Results: Using this technology, 6286 SNPs (1 SNP/86.5 Kbp) were genotyped in genic (43.3%) and non-genic regions (56. 7%). Genetic subdivision associated to the common bean gene pools (K = 2) and related to grain types (K = 3 and K = 5) were reported. A total of 83% and 91% of all SNPs were polymorphic within the Andean and Mesoamerican gene pools, respectively, and 26% were able to differentiate the gene pools. Genetic diversity analysis revealed an average HE of 0.442 for the whole collection, 0.102 for Andean and 0.168 for Mesoamerican gene pools (FST = 0.747 between gene pools), 0. 440 for the group of cultivars and lines, and 0.448 for the group of landrace accessions (FST = 0.002 between cultivar/line and landrace groups). The SNP effects were predicted with predominance of impact on non-coding regions (77.8%). SNPs under selection were identified within gene pools comparing landrace and cultivar/line germplasm groups (Andean: 1... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Core collection; Diversity analysis; Diversity arrays technology; Loci under selection. |
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Thesagro: |
Feijão; Genética vegetal; Phaseolus vulgaris. |
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Thesaurus Nal: |
Genotyping; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/164318/1/CNPAF-2017-bmc.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| 41. |  | VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; MORAIS JUNIOR, O. P. de; MENDONÇA, J. A.; SARTORI, D. E. L.; LIMA, LUANN V. V. O.; BORBA, T. C. de O.; BRONDANI, C.; ZUCCHI, M. I.; VIANELLO, R. P. Análise de associação genômica ampla (GWAS) para tolerância à seca em feijoeiro comum. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 12., 2017, Piracicaba. Produtividade e sustentabilidade da cultura do feijão: do campo para a mesa: resumos. Piracicaba: CENA: IAC, 2017. p. 67. CONAFE| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 42. | | LIMA, L. V. V. de O.; VALDISSER, P. A. M. R.; SARTORI, D. E. L.; SOUZA, M. G. de; MENDONÇA, J. A.; GUIMARÃES, C. M.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Avaliação dos componentes de produtividade em acessos de feijão-comum do pool gênico mesoamericano, cultivado sob deficiência hídrica em campo. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 11., 2017, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2017. p. 63. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 316).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 43. | | SOUZA, T. L. P. O.; VIANELLO, R. P.; PASSOS, A. L.; VALDISSER, P. A. M. R.; BARROS, E. G.; FONSECA, C. E. L.; PASTOR-CORRALES, M. A.; SONG, Q.; GREGAN, P. B. Construção de um mapa genético para o feijão usando marcadores SNP e a população de RILs Rudá x AND 277. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 11., 2014, Londrina. Tecnologias para a sustentabilidade da cultura do feijão: anais. Londrina: IAPAR, 2014. CONAFE| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 44. | | PANTALIÃO, G. F.; VIANELLO, R. P.; BUENO, L. G.; MENDONÇA, J. A.; COELHO, A. S. G.; CORDEIRO, A. C. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; VIEIRA, A. F.; BRONDANI, C. Development of SNP markers for grain yield screening of Brazilian rice cultivars. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 55, e01643, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Roraima; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 45. | | COELHO, G. R. C.; BRONDANI, C.; HOFFMANN, L. V.; VALDISSER, P. A. M. R.; BORBA, T. C. O.; MENDONÇA, J. A.; RODRIGUES, L. A.; MENEZES, I. P. P. de. Genetic diversity of high performance cultivars of upland and irrigated Brazilian rice. Genetics and Molecular Research, v. 16, n. 3, gmr16039793, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão; Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 46. | | BARILI, L. D.; VALE, N. M. do; SILVA, F. R. e; CARNEIRO, J. E. de S.; OLIVEIRA, H. R. de; VIANELLO, R. P.; VALDISSER, P. A. M. R.; NASCIMENTO, M. Genome prediction accuracy of common bean via Bayesian models. Ciência Rural, v. 48, n. 8, e20170497, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 47. | | RESENDE, R. T.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; SOUZA, T. L. P. O. de; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Genome-wide association and regional heritability mapping of plant architecture, lodging and productivity in Phaseolus vulgaris. G3: Genes, Genomes, Genetics, v. 8, p. 2841-2854, Aug. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Florestas. |
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| 48. | | CARDOSO, P. C. B.; VEIGA, M. M.; MENEZES, I. P. P. de; VALDISSER, P. A. M. R.; BORBA, T. C. O.; MELO, L. C.; DEL PELOSO, M. J.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Molecular characterization of high performance inbred lines of Brazilian common beans. Genetics and Molecular Research, v. 12, n. 4, p. 5467-5484, Feb. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 49. | | VALDISSER, P. A. M. R.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; MENEZES, I. P. P. de; MÜLLER, B. S. F.; PEREIRA, W. J.; NARCISO, M. G.; BRONDANI, C.; SOUZA, T. L. P. O.; BORBA, T. C. O.; VIANELLO, R. P. SNP discovery in common bean by restriction-associated DNA (RAD) sequencing for genetic diversity and population structure analysis. Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 3, p. 1277-1291, June 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 50. | | MÜLLER, B. S. F.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; ABREU, A. G.; BORBA, T. C. O.; SAKAMOTO, T.; BRONDANI, C.; BARROS, E. G.; VIANELLO, R. P. An operational SNP panel integrated to SSR marker for the assessment of genetic diversity and population structure of the common bean. Plant Molecular Biology Reporter, v. 33, n. 6, p. 1697-1711, Dec. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 53. | | SOUZA, I. P. de; AZEVEDO, B. R. de; COELHO, A. S. G.; SOUZA, T. L. P. O. de; VALDISSER, P. A. M. R.; GOMES-MESSIAS, L. M.; FUNICHELI, B. W.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Whole-genome resequencing of common bean elite breeding lines. Scientific Reports, v. 13, 12721, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 54. | | FARIA, B. M. S. de; MENEZES, I. P. P. de; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; BORBA, T. C. de O.; ABREU, A. G. de; BRONDANI, C.; BARROS, E. G. de; VIANELLO, R. P. Análise da diversidade genética e estruturação populacional entre marcadores SSRs e SNPs em germoplasma de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 57-60.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 55. | | VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; ALMEIDA FILHO, J. E.; MÜLLER, B. S. F.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; VIANNA, J. P. G.; ZUCCHI, M. I.; LANNA, A. C.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; MORAES, A. da C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. In-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping. BMC Genomics, v. 18, Article 423, 30 mai. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 56. | | SILVA, L. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; CRUZ, C. D.; CARNEIRO, J. E. de S.; CARNEIRO, P. C. S.; FONSECA, C. E. L. da; GONÇALVES, B. F. de S.; BARROS, E. G.; PASTOR-CORRALES, M. A.; SONG, Q.; GREGAN, P. B.; VIANELLO, R. P.; SOUZA, T. L. P. O. de. Mapa genético para o feijoeiro-comum usando marcadores SNP e a população de RILs Rudá X AND 277. CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 57. | | PEREIRA, W. J.; ABREU, F. R. M.; MELO, A. T. de O.; COELHO, A. S. G.; RODRIGUES, F. A.; MAMIDI, S.; ALENCAR, S. A. de; LANNA, A. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; NASCIMENTO JUNIOR, I. R. do; BORBA, T. C. de O.; VIANELLO, R. P. Transcriptoma para seca revela novos genes para o germoplasma do feijão comum mesoamericano. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 12., 2017, Piracicaba. Produtividade e sustentabilidade da cultura do feijão: do campo para a mesa: resumos. Piracicaba: CENA: IAC, 2017. p. 32. CONAFE| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 58. | | PEREIRA, W. J.; MELO, A. T. de O.; COELHO, A. S. G.; RODRIGUES, F. A.; MAMIDI, S.; ALENCAR, S. A. de; LANNA, A. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; NASCIMENTO JUNIOR, I. R. do; BORBA, T. C. de O.; VIANELLO, R. P. Genome-wide analysis of the transcriptional response to drought stress in root and leaf of common bean. Genetics and Molecular Biology, v. 43, n. 1, e20180259, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 59. | | VALDISSER, P. A. M. R.; MÜLLER, B. S. F.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; MORAIS JÚNIOR, O. P.; GUIMARÃES, C. M.; BORBA, T. C. O.; SOUZA, I. P. de; ZUCCHI, M. I.; NEVES, L. G.; COELHO, A. S. G.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Genome-wide association studies detect multiple QTLs for productivity in mesoamerican diversity panel of common bean under drought stress. Frontiers in Plant Science, v. 11, 574674, Nov. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 60. | | BRIÑEZ, B.; PERSEGUINI, J. M. K. C.; ROSA, J. S.; BASSI, D.; GONÇALVES, J. G. R.; ALMEIDA, C.; PAULINO, J. F. de C.; BLAIR, M. W.; CHIORATTO, A. F.; CARBONELL, S. A. M.; VALDISSER, P. A. M. R.; VIANELLO, R. P.; BENCHIMOL-REIS, L. L. Mapping QTLs for drought tolerance in a SEA 5 x AND 277 common bean cross with SSRs and SNP markers. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 40, n. 4, p. 803-813, Oct./Dec. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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