| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Corte. Para informações adicionais entre em contato com cnpgc.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
|
Data corrente: |
04/01/2023 |
|
Data da última atualização: |
04/01/2023 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
SANTANA, T. E. Z.; SILVA, J. C. F.; SILVA, L. O. C. da; ALVARENGA, A. B.; MENEZES, G. R. de O.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; DUARTE, M. de S.; SILVA, F. F. e. |
|
Afiliação: |
TALITA ESTEFANI ZUNINO SANTANA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; JOSE CLEYDSON F. SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; AMANDA BOTELHO ALVARENGA, PURDUE UNIVERSITY; GILBERTO ROMEIRO DE OLIVEIRA MENEZE, CNPGC; ROBERTO AUGUSTO DE A TORRES JUNIOR, CNPGC; MARCIO DE SOUZA DUARTE, UNIVERSITY GUELPH; FABYANO FONSECA E SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA. |
|
Título: |
Genome-enabled classification of stayability in Nellore cattle under a machine learning framework. |
|
Ano de publicação: |
2022 |
|
Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 260, article 104935, 2022. |
|
ISSN: |
1871-1413 |
|
DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.livsci.2022.104935 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Stayability (STAY) is a binary trait with significant value economically. It measures both the cow`s reproductive performance and longevity simultaneously. Thus, STAY is one of the most important female selection criterion in Nellore beef cattle breeding programs. The "success" for STAY is defined as the ability of a cow to stay in the herd up to 76 months of age and to have at least three calve. Despite its importance, STAY has not been investigated under a machine learning (ML) framework, which might allow to intuitively capture linear and nonlinear relationships (e.g., non-additive effects) between a response variable and other predictor variables. In this study, we compared different ML tools using a genome-enabled approach to classify daughters (non-genotyped animals but with STAY records) of genotyped sires. In total, 44,626 STAY records from daughters of 559 bulls genotyped with the 777K SNP panel were available for this study. The genotyped data were subdivided into three SNP sets based on the top-ranked effect on STAY: 1K-, 3K-, and 5K-SNP panels. The following ML algorithms were evaluated: AdaBoost (ADA), Naïve Bayes (NB), Decision Tree (DT), Deep Neural Network (DNN), k-Nearest Neighbors (NN), Multi-Layer Perceptron Neural Network (MLP), and Support Vector Machine (SVM). The analyses were performed using free Scikit-learn for the Python programming language. No relevant improvements in the learning process of the evaluated algorithms were observed when the number of SNPs in the genotype dataset was increased (i.e., 1K-, 3K-, or 5K-SNP panel). In short, NB outperformed the other algorithms considering, for example, the balanced accuracy (0.62 ± 0.01) and sensitivity (0.56 ± 0.02) metrics. In conclusion, the use of the 1K-SNP panel allowed efficient genomic classification and the NB algorithm outperformed the other methods as indicated by various classification metrics. To best of our knowledge, this is the first study using ML and genome-enabled classification of STAY in beef cattle. MenosStayability (STAY) is a binary trait with significant value economically. It measures both the cow`s reproductive performance and longevity simultaneously. Thus, STAY is one of the most important female selection criterion in Nellore beef cattle breeding programs. The "success" for STAY is defined as the ability of a cow to stay in the herd up to 76 months of age and to have at least three calve. Despite its importance, STAY has not been investigated under a machine learning (ML) framework, which might allow to intuitively capture linear and nonlinear relationships (e.g., non-additive effects) between a response variable and other predictor variables. In this study, we compared different ML tools using a genome-enabled approach to classify daughters (non-genotyped animals but with STAY records) of genotyped sires. In total, 44,626 STAY records from daughters of 559 bulls genotyped with the 777K SNP panel were available for this study. The genotyped data were subdivided into three SNP sets based on the top-ranked effect on STAY: 1K-, 3K-, and 5K-SNP panels. The following ML algorithms were evaluated: AdaBoost (ADA), Naïve Bayes (NB), Decision Tree (DT), Deep Neural Network (DNN), k-Nearest Neighbors (NN), Multi-Layer Perceptron Neural Network (MLP), and Support Vector Machine (SVM). The analyses were performed using free Scikit-learn for the Python programming language. No relevant improvements in the learning process of the evaluated algorithms were observed when the number ... Mostrar Tudo |
|
Thesagro: |
Gado de Corte; Gado Nelore; Touro. |
|
Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Bulls; Daughters; Genome; Genomics; Nellore. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 02992naa a2200337 a 4500
001 2150623
005 2023-01-04
008 2022 bl uuuu u00u1 u #d
022 $a1871-1413
024 7 $ahttps://doi.org/10.1016/j.livsci.2022.104935$2DOI
100 1 $aSANTANA, T. E. Z.
245 $aGenome-enabled classification of stayability in Nellore cattle under a machine learning framework.$h[electronic resource]
260 $c2022
520 $aStayability (STAY) is a binary trait with significant value economically. It measures both the cow`s reproductive performance and longevity simultaneously. Thus, STAY is one of the most important female selection criterion in Nellore beef cattle breeding programs. The "success" for STAY is defined as the ability of a cow to stay in the herd up to 76 months of age and to have at least three calve. Despite its importance, STAY has not been investigated under a machine learning (ML) framework, which might allow to intuitively capture linear and nonlinear relationships (e.g., non-additive effects) between a response variable and other predictor variables. In this study, we compared different ML tools using a genome-enabled approach to classify daughters (non-genotyped animals but with STAY records) of genotyped sires. In total, 44,626 STAY records from daughters of 559 bulls genotyped with the 777K SNP panel were available for this study. The genotyped data were subdivided into three SNP sets based on the top-ranked effect on STAY: 1K-, 3K-, and 5K-SNP panels. The following ML algorithms were evaluated: AdaBoost (ADA), Naïve Bayes (NB), Decision Tree (DT), Deep Neural Network (DNN), k-Nearest Neighbors (NN), Multi-Layer Perceptron Neural Network (MLP), and Support Vector Machine (SVM). The analyses were performed using free Scikit-learn for the Python programming language. No relevant improvements in the learning process of the evaluated algorithms were observed when the number of SNPs in the genotype dataset was increased (i.e., 1K-, 3K-, or 5K-SNP panel). In short, NB outperformed the other algorithms considering, for example, the balanced accuracy (0.62 ± 0.01) and sensitivity (0.56 ± 0.02) metrics. In conclusion, the use of the 1K-SNP panel allowed efficient genomic classification and the NB algorithm outperformed the other methods as indicated by various classification metrics. To best of our knowledge, this is the first study using ML and genome-enabled classification of STAY in beef cattle.
650 $aBeef cattle
650 $aBulls
650 $aDaughters
650 $aGenome
650 $aGenomics
650 $aNellore
650 $aGado de Corte
650 $aGado Nelore
650 $aTouro
700 1 $aSILVA, J. C. F.
700 1 $aSILVA, L. O. C. da
700 1 $aALVARENGA, A. B.
700 1 $aMENEZES, G. R. de O.
700 1 $aTORRES JUNIOR, R. A. de A.
700 1 $aDUARTE, M. de S.
700 1 $aSILVA, F. F. e
773 $tLivestock Science$gv. 260, article 104935, 2022.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 114 | |
| 1. |  | VASCONCELOS, V. R.; ARAÚJO, A. M.; NEIVA, J. N. M. Desenvolvimento ponderal de cabritos das raças Pardo Alpina, Anglo Nubiana e Saanen, no Nordeste brasileiro. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 1., 1998, Fortaleza. Resumos... Fortaleza: Sociedade Nordestina de Producao Animal, 1998. p. 54. Editado por Abelardo Ribeiro de Azevedo, Ronaldo de Oliveira Sales, Francisco Jose Sales Bastos, Alcides Batista de Castro, Abelardo Ribeiro de Azevedo Junior.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
|   |
| 2. | | CAVALCANTE, A. C. R.; NEIVA, J. N. M. Produção de silagem. In: CAMPOS, A. C. N. (Coord.). Do campus para o campo: tecnologias para produção de ovinos e caprinos. Fortaleza: Gráfica Nacional, 2005. Cap. 7, p. 77-87.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
| |
| 7. | | CAVALCANTE, A. C. R.; NEIVA, J. N. M.; CÂNDIDO, M. J. D.; VIEIRA, L. da S. Produção de ovinos e caprinos de corte em sistema rotativo de pastagem. In: SEMINÁRIO NORDESTINO DE PECUÁRIA, 8.; FEIRA DE PRODUTOS E DE SERVIÇOS AGROPECUÁRIOS, 8.; SIMPÓSIO ASSOCIAÇÃO CEARENSE DE TÉCNICAS AVÍCOLAS, 7., 2004, Fortaleza. Sanidade animal: sobrevivência e competitividade da pecuária; Caprino-ovinocultura; palestras técnicas. Fortaleza: Federação da Agricultura e Pecuária do Estado do Ceará, 2004. p. 34-49| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
| |
| 9. | | MORAES, S. A. de; SALIBA, E. de O. S.; NEIVA, J. N. M.; BORGES, I.; MIRANDA, P. de A. B. Balanço nitrogenado de caprinos alimentados com dietas contendo subproduto de urucum (Bixa orellana L.). In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 5.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 11.; SIMPÓSIO SERGIPANO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 1., 2008, Aracaju. Anais... Aracaju: Sociedade Nordestina de Produção Animal; Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
|  |
| 10. | | LOUSADA JÚNIOR, J. E.; NEIVA, J. N. M.; RODRIGUEZ, N. M.; PIMENTEL, J. C. M.; LOBO, R. N. B. Consumo e digestibilidade aparente de subprodutos do processamento de frutas em ovinos. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, MG, v. 34, n. 2, p. 659-669, mar./abr. 2005.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
| |
| 13. | | CAVALCANTE, A. C. R.; NEIVA, J. N. M.; DANIELLI, L. A.; BOMFIM, M. A. D.; LEITE, E. R. Desempenho de cordeiros em área de coqueiral (Cocos nucifera) no Nordeste brasileiro. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 41., 2004, Campo Grande, MS. A produção animal e segurança alimentar: anais. Campo Grande: Sociedade Brasileira de Zootecnia; Embrapa Gado de Corte, 2004. 4 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
| |
| 14. | | CAMURÇA, D. A.; NEIVA, J. N. M.; PIMENTEL, J. C. M.; VASCONCELOS, V. R.; LOBO, R. N. B. Desempenho produtivo de ovinos alimentados com dietas à base de feno de gramíneas tropicais. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, MG, v. 31, n. 5, p. 2113-2122, 2002.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
| |
| 16. | | MIOTTO, F. R. C.; NEIVA, J. N. M.; VOLTOLINI, T. V.; ROGERIO, M. C. P.; CASTRO, K. J. de. Desempenho produtivo de tourinhos Nelore x Limousin alimentados com dietas contendo gérmen de milho integral. Revista Ciência Agronômica, Fortaleza, v. 40, n. 4, p. 624-632, out-dez, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 19. | | NEIVA, J. N. M.; SOARES, A. N.; MORAES, S. A. de; CAVALCANTE, A. C. R.; LOBO, R. N. B. Farelo de glúten de milho em dietas para ovinos em confinamento. Revista Ciência Agronômica, v. 36, n. 1, p. 111-117, jan./abr., 2005.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
| |
| 20. | | ARAUJO FILHO, J. A. de; SOUZA NETO, J. de; NEIVA, J. N. M.; CAVALCANTE, A. C. R. Efeitos da taxa de lotação sobre o desempenho produtivo de ovinos em caatinga raleada. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 37., 2000, Viçosa, MG. Resumos dos trabalhos apresentados. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2000. 3 f.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
| |
| Registros recuperados : 114 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
