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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
31/08/2015 |
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Data da última atualização: |
16/03/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PAULA, D. P.; LINARD, B.; ANDOW, D. A.; SUJII, E. R.; PIRES, C. S. S.; VOGLER, A. P. |
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Afiliação: |
DEBORA PIRES PAULA, CENARGEN; BENJAMIN LINARD, Department of Life Sciences, Natural History Museum, Cromwell Rd, London; DAVID A. ANDOW, Department of Entomology, University of Minnesota; EDISON RYOITI SUJII, CENARGEN; CARMEN SILVIA SOARES PIRES, CENARGEN; ALFRIED P. VOGLER, Department of Life Sciences, Natural History Museum, Cromwell Rd, London. |
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Título: |
Detection and decay rates of prey and prey symbionts in the gut of a predator through metagenomics. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Ecology Resources, v. 15, n. 4, p. 880-892, 2015. |
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DOI: |
10.1111/1755-0998.12364 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
DNA methods are useful to identify ingested prey items from the gut of predators, but reliable detection is hampered by low amounts of degraded DNA. PCR-based methods can retrieve minute amounts of starting material but suffer from amplification biases and cross-reactions with the predator and related species genomes. Here, we use PCR-free direct shotgun sequencing of total DNA isolated from the gut of the harlequin ladybird Harmonia axyridis at five time points after feeding on a single pea aphid Acyrthosiphon pisum. Sequence reads were matched to three reference databases: Insecta mitogenomes of 587 species, including H. axyridis sequenced here; A. pisum nuclear genome scaffolds; and scaffolds and complete genomes of 13 potential bacterial symbionts. Immediately after feeding, multicopy mtDNA of A. pisum was detected in tens of reads, while hundreds of matches to nuclear scaffolds were detected. Aphid nuclear DNA and mtDNA decayed at similar rates (0.281 and 0.11 h1 respectively), and the detectability periods were 32.7 and 23.1 h. Metagenomic sequencing also revealed thousands of reads of the obligate Buchnera aphidicola and facultative Regiella insecticola aphid symbionts, which showed exponential decay rates significantly faster than aphid DNA (0.694 and 0.80 h 1, respectively). However, the facultative aphid symbionts Hamiltonella defensa, Arsenophonus spp. and Serratia symbiotica showed an unexpected temporary increase in population size by 1?2 orders of magnitude in the predator guts before declining. Metagenomics is a powerful tool that can reveal complex relationships and the dynamics of interactions among predators, prey and their symbionts. MenosDNA methods are useful to identify ingested prey items from the gut of predators, but reliable detection is hampered by low amounts of degraded DNA. PCR-based methods can retrieve minute amounts of starting material but suffer from amplification biases and cross-reactions with the predator and related species genomes. Here, we use PCR-free direct shotgun sequencing of total DNA isolated from the gut of the harlequin ladybird Harmonia axyridis at five time points after feeding on a single pea aphid Acyrthosiphon pisum. Sequence reads were matched to three reference databases: Insecta mitogenomes of 587 species, including H. axyridis sequenced here; A. pisum nuclear genome scaffolds; and scaffolds and complete genomes of 13 potential bacterial symbionts. Immediately after feeding, multicopy mtDNA of A. pisum was detected in tens of reads, while hundreds of matches to nuclear scaffolds were detected. Aphid nuclear DNA and mtDNA decayed at similar rates (0.281 and 0.11 h1 respectively), and the detectability periods were 32.7 and 23.1 h. Metagenomic sequencing also revealed thousands of reads of the obligate Buchnera aphidicola and facultative Regiella insecticola aphid symbionts, which showed exponential decay rates significantly faster than aphid DNA (0.694 and 0.80 h 1, respectively). However, the facultative aphid symbionts Hamiltonella defensa, Arsenophonus spp. and Serratia symbiotica showed an unexpected temporary increase in population size by 1?2 orders of magnitude in ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Analyte detectability half-life; Coccinellid. |
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Thesagro: |
Pulgão. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/135237/1/Paula-et-al-2015-Molecular-Ecology-Resources.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Algodão. Para informações adicionais entre em contato com cnpa.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Algodão. |
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Data corrente: |
26/09/2007 |
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Data da última atualização: |
10/03/2008 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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Circulação/Nível: |
-- - -- |
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Autoria: |
SILVA, T. B. M.; BASTOS, C. S.; VIDAL NETO, F. das C.; SOUZA, S. L. de; ALEXANDRIA JÚNIOR, F. F. |
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Afiliação: |
Tadeu Barbosa Martins Silva, Universidade Federal da Paraíba; Cristina Schetino Bastos, Embrapa Algodão; Francisco das Chagas Vidal Neto, Embrapa Algodão; Sebastião Lemos de Souza, Embrapa Algodão; Figueiredo Alexandria Júnior, Universidade Federal da Paraíba. |
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Título: |
Resistência de acessos de algodoeiro oriundos do banco de germoplasma da Embrapa Algodão à Planococcus minor MASKELL (HEMIPTERA: PSEUDOCCOCIDAE). |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 6., 2007, Uberlândia. Anais... Uberlândia, 2007. |
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Páginas: |
p. 1-5 |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A cochonilha Planococcus minor é uma praga importante de mais de 250 espécies de
plantas de importância econômica. Na família Malvaceae, existem registros de ocorrência de P. minor em plantas pertencentes a cinco gêneros, incluindo o gênero Gossypium, do qual o algodoeiro faz parte. Como este inseto foi incluído apenas recentemente como praga do algodoeiro, ainda não existem métodos disponíveis para convívio com o inseto. Este trabalho objetivou avaliar preliminarmente a resistência de acessos do banco de germoplasma da Embrapa Algodão ao ataque de P. minor. Durante a avaliação, três plantas de cada acesso foram selecionadas ao acaso, sendo o número de cochonilhas (adultos + ninfas) contabilizados nos três primeiros ramos a partir do ápice das
plantas. Os resultados foram submetidos à análise de variância, sendo as médias comparadas pelo teste de Scott-Knott a p<0,05. O acesso do banco de germoplasma de algodão mais preferido (atacado) por P. minor o CE.4.62. O acesso CE 4.22.B não apresentou infestação por P. minor, constituindo-se em uma possível fonte de resistência à praga. As cultivares comerciais CNPA 6M, CNPA 7MH, CNPA 5M e BRS 200 foram pouco atacadas pela praga em comparação a outros acessos. Testes adicionais devem confirmar estes resultados preliminares. |
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Palavras-Chave: |
Não preferência; Praga do algodão; Resistência de plantas a insetos. |
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Thesagro: |
Cochonilha. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 02103naa a2200229 a 4500
001 1275575
005 2008-03-10
008 2007 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aSILVA, T. B. M.
245 $aResistência de acessos de algodoeiro oriundos do banco de germoplasma da Embrapa Algodão à Planococcus minor MASKELL (HEMIPTERA$bPSEUDOCCOCIDAE).
260 $c2007
300 $ap. 1-5$c1 CD-ROM
520 $aA cochonilha Planococcus minor é uma praga importante de mais de 250 espécies de plantas de importância econômica. Na família Malvaceae, existem registros de ocorrência de P. minor em plantas pertencentes a cinco gêneros, incluindo o gênero Gossypium, do qual o algodoeiro faz parte. Como este inseto foi incluído apenas recentemente como praga do algodoeiro, ainda não existem métodos disponíveis para convívio com o inseto. Este trabalho objetivou avaliar preliminarmente a resistência de acessos do banco de germoplasma da Embrapa Algodão ao ataque de P. minor. Durante a avaliação, três plantas de cada acesso foram selecionadas ao acaso, sendo o número de cochonilhas (adultos + ninfas) contabilizados nos três primeiros ramos a partir do ápice das plantas. Os resultados foram submetidos à análise de variância, sendo as médias comparadas pelo teste de Scott-Knott a p<0,05. O acesso do banco de germoplasma de algodão mais preferido (atacado) por P. minor o CE.4.62. O acesso CE 4.22.B não apresentou infestação por P. minor, constituindo-se em uma possível fonte de resistência à praga. As cultivares comerciais CNPA 6M, CNPA 7MH, CNPA 5M e BRS 200 foram pouco atacadas pela praga em comparação a outros acessos. Testes adicionais devem confirmar estes resultados preliminares.
650 $aCochonilha
653 $aNão preferência
653 $aPraga do algodão
653 $aResistência de plantas a insetos
700 1 $aBASTOS, C. S.
700 1 $aVIDAL NETO, F. das C.
700 1 $aSOUZA, S. L. de
700 1 $aALEXANDRIA JÚNIOR, F. F.
773 $tIn: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 6., 2007, Uberlândia. Anais... Uberlândia, 2007.
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Registro original: |
Embrapa Algodão (CNPA) |
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