| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
|
Data corrente: |
07/04/2004 |
|
Data da última atualização: |
27/07/2007 |
|
Autoria: |
BINNECK, E.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A. A.; ALMEIDA, A. M. R.; MARIN, S. R. R.; WENDLAND, A.; SILVEIRA, C. A. da; MOLINA, J. C.; LEMOS, N. G.; FUGANTI, R.; STOLF, R.; NEPOMUCENO, A. L. |
|
Título: |
Bioinformatics tools for sequence analysis and annotation applied to soybean functional genome. |
|
Ano de publicação: |
2004 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004. |
|
Páginas: |
p. 248-249. |
|
Série: |
(Embrapa Soja. Documentos, 228). |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Notas: |
Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi. |
|
Conteúdo: |
Worldwide functional genomics studies are making an important role on biotechnology for the identification of genes that can be use in the improvement of specific biological processes in plants. Large-scale gene discovery projects like that depend on high accuracy of the data. The data should not only be trustworthy but should be correctly annotated for various features it contains. In this work we report a bioinformatics system designed to process and annotate the expressed sequence tags (ESTs) obtained by the project Functional Genome of Soybean Roots at Embrapa Soybean (http://www.cnpso.embrapa.br/bioinformatica). The system is made of Perl and PHP scripts, which performs the automated sequence analysis and support the annotation process based on a MySQL database. Various Perl scripts was written to assist the sequence analysis process that includes basecalling, clustering and assembling the reads, filtering of contaminating, repetitive and low quality sequences, identification of sequence features, BLASTing and reports generation. BLAST (Altschul et al., 1997, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402) outputs are processed and disposed on a way that is easily accessed by the personal that performs the massive handle of the data for annotation. Also, PHP scripts was written to make a friendly annotation interface through dynamical Web pages that perform the database operations needed for the complete annotation of the genes, whish comprise data retrieval aided by query searches linked to key words, data insertion, update, and generation of intuitive reports describing the results. These tools are helping to direct our work on identification, cloning and characterization of genes and regulatory sequences potentially useful in the improvement of soybean through genetic engineering. As results nearly 8,000 ESTs was obtained form cDNA clones derived from soybean roots in drought stress and nematode infection conditions. Consensus sequences are being functionally annotated and used to construct cDNA microarrays that will be useful for analyze gene expression under a broad variety of conditions. Initially we are studying drought stress and nematode infection conditions. Analysis of interactions of soybean roots with this defiance conditions will be used do identify new possible sources of resistance and tolerance. Candidate genes will be deeply studied and can be used on the production of transgenic plants. This work was supported by grants from CNPq, PRODETAB, Jircas and Embrapa. MenosWorldwide functional genomics studies are making an important role on biotechnology for the identification of genes that can be use in the improvement of specific biological processes in plants. Large-scale gene discovery projects like that depend on high accuracy of the data. The data should not only be trustworthy but should be correctly annotated for various features it contains. In this work we report a bioinformatics system designed to process and annotate the expressed sequence tags (ESTs) obtained by the project Functional Genome of Soybean Roots at Embrapa Soybean (http://www.cnpso.embrapa.br/bioinformatica). The system is made of Perl and PHP scripts, which performs the automated sequence analysis and support the annotation process based on a MySQL database. Various Perl scripts was written to assist the sequence analysis process that includes basecalling, clustering and assembling the reads, filtering of contaminating, repetitive and low quality sequences, identification of sequence features, BLASTing and reports generation. BLAST (Altschul et al., 1997, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402) outputs are processed and disposed on a way that is easily accessed by the personal that performs the massive handle of the data for annotation. Also, PHP scripts was written to make a friendly annotation interface through dynamical Web pages that perform the database operations needed for the complete annotation of the genes, whish comprise data retrieval aided by query searches li... Mostrar Tudo |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 03743naa a2200313 a 4500
001 1466823
005 2007-07-27
008 2004 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aBINNECK, E.
245 $aBioinformatics tools for sequence analysis and annotation applied to soybean functional genome.
260 $c2004
300 $ap. 248-249.
490 $a(Embrapa Soja. Documentos, 228).
500 $aEditado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.
520 $aWorldwide functional genomics studies are making an important role on biotechnology for the identification of genes that can be use in the improvement of specific biological processes in plants. Large-scale gene discovery projects like that depend on high accuracy of the data. The data should not only be trustworthy but should be correctly annotated for various features it contains. In this work we report a bioinformatics system designed to process and annotate the expressed sequence tags (ESTs) obtained by the project Functional Genome of Soybean Roots at Embrapa Soybean (http://www.cnpso.embrapa.br/bioinformatica). The system is made of Perl and PHP scripts, which performs the automated sequence analysis and support the annotation process based on a MySQL database. Various Perl scripts was written to assist the sequence analysis process that includes basecalling, clustering and assembling the reads, filtering of contaminating, repetitive and low quality sequences, identification of sequence features, BLASTing and reports generation. BLAST (Altschul et al., 1997, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402) outputs are processed and disposed on a way that is easily accessed by the personal that performs the massive handle of the data for annotation. Also, PHP scripts was written to make a friendly annotation interface through dynamical Web pages that perform the database operations needed for the complete annotation of the genes, whish comprise data retrieval aided by query searches linked to key words, data insertion, update, and generation of intuitive reports describing the results. These tools are helping to direct our work on identification, cloning and characterization of genes and regulatory sequences potentially useful in the improvement of soybean through genetic engineering. As results nearly 8,000 ESTs was obtained form cDNA clones derived from soybean roots in drought stress and nematode infection conditions. Consensus sequences are being functionally annotated and used to construct cDNA microarrays that will be useful for analyze gene expression under a broad variety of conditions. Initially we are studying drought stress and nematode infection conditions. Analysis of interactions of soybean roots with this defiance conditions will be used do identify new possible sources of resistance and tolerance. Candidate genes will be deeply studied and can be used on the production of transgenic plants. This work was supported by grants from CNPq, PRODETAB, Jircas and Embrapa.
700 1 $aSILVA, J. F. V.
700 1 $aNEUMAIER, N.
700 1 $aFARIAS, J. R. B.
700 1 $aARIAS, C. A. A.
700 1 $aALMEIDA, A. M. R.
700 1 $aMARIN, S. R. R.
700 1 $aWENDLAND, A.
700 1 $aSILVEIRA, C. A. da
700 1 $aMOLINA, J. C.
700 1 $aLEMOS, N. G.
700 1 $aFUGANTI, R.
700 1 $aSTOLF, R.
700 1 $aNEPOMUCENO, A. L.
773 $tIn: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 50 | |
| 4. |  | COSTA, D. C.; MARTORANO, L. G.; STOLF, R. Estimativa da pegada hídrica cinza de fertilizante nitrogenado no polo de produção de grãos, Paragominas - Pará, Amazônia. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS HÍDRICOS, 21., 2015, Brasília, DF. Segurança hídrica e desenvolvimento sustentável: desafios do conhecimento e da gestão: anais. Porto Alegre: Associação Brasileira de Recursos Hídricos, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
|    |
| 5. | | CRESTANA, S.; REICHARDT, K.; VAZ, C. M. P.; MASCARENHAS, S.; CRUVINEL, P. E.; STOLF, R. Diagnose da compactação do solo ocasionada por implementos agrícolas em cultura de cana-de-açúcar usando a tomografia computadorizada de raios gama. In: REUNIÃO ANUAL DA SBPC, 40., 1988, São Paulo, SP. Ciência e Cultura, São Paulo, v.40, n.7, p.15, jul. 1988. Suplemento. Resumos. ref.34-A.1.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
| |
| 6. | | VAZ, C. M. P.; CRESTANA, S.; MASCARENHAS, S.; CRUVINEL, P. E.; REICHARDT, K.; STOLF, R. Using a computed tomography miniscanner for studying tillage induced soil compaction. Soil Tecnhology, Cremlingen, v.2, p.313-321, 1989.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
| |
| 7. | | LEMOS, N. G.; STOLF, R.; MARIN, S. R. R.; POLIZEL, A. M.; BENEVENTI, M. A.; YAMANAKA, N.; NEPOMUCENO, A. L. Caracterização molecular pela técnica de PCR em tempo real de soja geneticamente modificada. In: CONGRESO DE SOJA DEL MERCOSUR, 3., 2006, Rosário. Mercosoja 2006: mesas científico-técnicas, resúmenes expandidos / comunicaciones. Rosário: Associación de la Cadena de Soja Argentina, 2006. p. 287-289.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 8. | | VAZ, C. M. P.; CRESTANA, S.; REICHARDT, K.; MASCARENHAS, S.; CRUVINEL, P. E.; BACCHI, O.; STOLF, R. Comparação da técnica da tomografia computadorizada de raios gama com o penetrômetro no estudo da compactação de solos. In: REUNIÂO ANUAL DA SBPC, 41., jul. 1989, Fortaleza, CE. Ciência e Cultura, São Paulo-SP, v.41, n.7, p.20, jul. 1989. Suplemento. Resumos. ref.51-A.1.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
| |
| 9. | | NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; TOBITA, S.; YAMANAKA, N.; BINNECK, E.; MOLINA, J.; STOLF, R. Drought induced gene expression in Brazilian soybean genotypes. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTEGRATED APPROACHES TO SUSTAIN AND IMPROVE PLANT PRODUCTION UNDER DROUGHT STRESS, 2., 2005, Rome. InterDrought - II: final program and abstract book. Rome, 2005. Não paginado. Resumo: P 6.34.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 10. | | COSTA, D. C.; MARTORANO, L. G.; MORAES, J. R. da S. C. de; LISBOA, L. S. S.; STOLF, R. Dinâmica temporal da pegada hídrica por cultivar de soja em polo de grãos no Oeste do Pará, Amazônia. Revista Ambiente e Água, v. 13, n. 5, e2051, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 11. | | VAZ, C. M. P.; CRESTANA, S.; REICHARDT, K.; MASCARENHAS, S.; CRUVINEL, P. E.; BACCHI, O.; STOLF, R. Quantificação da compactação causada por implementos agrícolas. In: REUNIÃO ANUAL DA SBPC, 41., jul. 1989, Fortaleza, CE. Ciência e Cultura, São Paulo-SP, v.41, n.7, p.14, jul. 1989. Suplemento. Resumos. ref.30-A.1.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
| |
| 12. | | BRITO JÚNIOR, S. L.; MARCELINO, F. C.; POLIZEL, A. L.; STOLF, R.; BINNECK, E.; NEPOMUCENO, A. L.; BORÉM, A.; ABDELNOOR, R. V. Análise da expressão de genes relacionados a estresses em soja em resposta ao fungo Phakopsora pachyrhizi. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 33, p. S 202, ago. 2008. Suplemento. Edição dos Resumos apresentado no XLI Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Belo Horizonte, ago., 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 13. | | PEREIRA, S. S.; STOLF, R.; ROLLA, A. A. P.; FUGANTI, R.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO F. C.; NEPOMUCENO, A. L. Análise da expressão de fatores de transcrição relacionados com tolerância à seca, em soja, através da técnica de PCR em tempo real. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 245.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 14. | | PEREIRA, S. S.; STOLF, R.; ROLLA, A. A. P.; FUGANTI, R.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L. Expression analysis of transcription factors involved in drought tolerance in soybean roots. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 2., 2009, Búzios. Programa e resumos. [S.l.]: SBG, 2009. p. 160.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 15. | | LEMOS, N. G.; MOLINA, J. C.; STOLF, R.; MORALES, A. M. R.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E, FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L. Expressão de aquaporinas e outros genes em raízes de soja sob condições de deficiência hídrica. In: CONGRESSO NACIONAL DE GENÉTICA , 49., 2003, Águas de Lindóia. A dupla hélice do DNA: [resumos]. [S. l.]: SBG, 2003. 1 CD-ROM. Resumo Área GP pdf. 069.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 16. | | STOLF, R.; MARCELINO, F. C.; LEMOS, E. G. M.; BENEVENTI, M. A.; YAMANAKA, N.; ABDELNOOR, R. V.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L. Comparison of endogenous control for real-time PCR analysis of gene expression in soybean under water stress. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOSSEGURANÇA, 5.; SIMPÓSIO LATINO AMERICANO DE PRODUTOS TRANSGÊNICOS, 5.; SEMINÁRIO DE BIOENERGIA, 1.; SIMPÓSIO DE POPULARIZAÇÃO DA BIOTECNOLOGIA, 2.; MOSTRA DE BIOTECNOLOGIA PARA A SOCIEDADE, 1., 2007, Ouro Preto, MG. Anais dos eventos... Rio de Janeiro: Associação Nacional de Biossegurança, 2007. p.128. Trabalho apresentado também no VI Encuentro Latinoamericano y del Caribe de Biotecnologia Agropecuaria, Viña del Mar, Valparaiso, Chile, octubre, 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 17. | | MARTINS, P. K.; JORDÃO, B. Q.; YAMANAKA, N.; FARIAS, J. R. B.; BENEVENTI, M. A.; BINNECK, E.; FUGANTI, R.; STOLF, R.; NEPOMUCENO, A. L. Differential gene expression and mitotic cell analysis of the drought tolerant soybean (Glycine max L. Merrill Fabales, Fabaceae) cultivar MG/BR46 (Conquista) under two water deficit induction systems. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 31, n. 2, p. 512-521, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 18. | | NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; SALINET, L. H.; POLIZEL, A. M.; NEUMAIER, N.; BENEVENTI, M. A.; STOLF, R.; ROLLA, A. P. Engenharia genética como ferramenta no desenvolvimento de plantas de soja adaptadas a cenários futuros de mudanças climáticas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 15., 2007, Aracaju. Efeito das mudanças climáticas na agricultura: anais. Campinas: Sociedade Brasileira de Agrometeorologia, 2007. 6 p. 1 CD-ROM. PDF 3377.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 19. | | STOLF, R.; MEDRI, M. E.; FARIAS, J. R. B.; BINNECK, E.; LEMOS N. G.; BENEVENTI, M. A.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; BROGIN, R. L.; YAMANAKA, N.; LEMOS, E. G. M.; NEPOMUCENO, A. L. Análise de expressão por PCR em tempo real e clonagem de genes induzidos sob condições de seca, em duas cultivares de soja, Glycine max (L.) Merrill. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 27., 2005. Cornélio Procópio. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2005. p. 86-87. (Embrapa Soja. Documentos, 257). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Janete Lasso Ortiz, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 20. | | SILVA, D. C. G.; MORTEL, M. van de; LEMOS, N. G.; STOLF, R.; ALMEIDA, A. M. R.; NEPOMUCENO, A. L.; YAMANAKA, N.; BAUM, T. J.; WHITHAM, S. A.; ABDELNOOR, R. Characterization of EST libraries from soybean plants involved in resistant and susceptible interactions with the asian soybean rust pathogen. In: THE INTERNATIONAL CONFERENCE ON THE STATUS OF PLANT & ANIMAL GENOME RESEARCH, 16., 2008, San Diego. Final abstracts guide. [S.l.], 2008, p. 220, P405.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| Registros recuperados : 50 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
