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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
13/12/2018 |
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Data da última atualização: |
23/06/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E. |
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Afiliação: |
MARCO AURELIO CALDAS DE PINHO PESSO, CPAC; FAUSTO DE SOUZA SOBRINHO, CNPGL; RODRIGO DA ROCHA FRAGOSO, CPAC; ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, Cenargen; MARCIO ELIAS FERREIRA, SIRE. |
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Título: |
A draft genome assembly for the forage grass Urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
In: BRAZILIAN BIOTECHNOLOGY CONGRESS, 7.; BIOTECHNOLOGY IBERO-AMERICAN CONGRESS, 2., 2018, Brasília, DF. Proceedings... Brasília, DF: SBBiotec, 2018. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
ABSTRACT: Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, and known for its high nutritional quality. It is closely related to other important forage species of Urochloa, playing a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, which is mostly focused on inter-specific hybrids. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species, as well as in assessments of germplasm diversity and structure. Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence. Here, we strengthen the set of genomic tools for tropical forage grasses by assembling long reads into a first draft for the nuclear genome of the heterozygous clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million raw reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current assembly using FALCON contains ~1.02 Gbp in 7,628 primary contigs, with NG50 of 412 kbp. It covers almost twice the size of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass, indicating that haplotypes were assembled separately. In addition, RNA-seq data was obtained, totaling 258 million reads and 26 Gbp of raw data. These will allow transcriptome characterization for different tissues and aid gene prediction and annotation. Ongoing research includes haplotype phasing, polishing, assembly curation and Hi-C scaffolding. A high-quality genome assembly for ruzigrass will aid research groups in the development and application of genomic tools in breeding and genetics of brachiaria grasses. MenosABSTRACT: Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, and known for its high nutritional quality. It is closely related to other important forage species of Urochloa, playing a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, which is mostly focused on inter-specific hybrids. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species, as well as in assessments of germplasm diversity and structure. Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence. Here, we strengthen the set of genomic tools for tropical forage grasses by assembling long reads into a first draft for the nuclear genome of the heterozygous clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million raw reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current assembly using FALCON contains ~1.02 Gbp in 7,628 primary contigs, with NG50 of 412 kbp. It covers almost twice the size of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass, indicating that haplotypes were assembled separately. In addition, RNA-seq data was obtained, totaling 258 million reads and 26 Gbp of raw data. These will allow transcriptome characterization for different tissues and aid gene prediction and annotation. Ongoing research includes haplotype p... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; De novo Assembly; Montagem de sequência de DNA. |
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Thesagro: |
Brachiaria Ruziziensis; Genoma; Pastagem. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/186953/1/920-apagar.pdf
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Marc: |
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520 $aABSTRACT: Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, and known for its high nutritional quality. It is closely related to other important forage species of Urochloa, playing a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, which is mostly focused on inter-specific hybrids. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species, as well as in assessments of germplasm diversity and structure. Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence. Here, we strengthen the set of genomic tools for tropical forage grasses by assembling long reads into a first draft for the nuclear genome of the heterozygous clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million raw reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current assembly using FALCON contains ~1.02 Gbp in 7,628 primary contigs, with NG50 of 412 kbp. It covers almost twice the size of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass, indicating that haplotypes were assembled separately. In addition, RNA-seq data was obtained, totaling 258 million reads and 26 Gbp of raw data. These will allow transcriptome characterization for different tissues and aid gene prediction and annotation. Ongoing research includes haplotype phasing, polishing, assembly curation and Hi-C scaffolding. A high-quality genome assembly for ruzigrass will aid research groups in the development and application of genomic tools in breeding and genetics of brachiaria grasses.
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
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Registro |
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| Registros recuperados : 368 | |
| 141. |  | MULLER, M. D.; BRIGHENTI, A. M.; ROCHA, W. S. D. da; MARTINS, C. E.; SOUZA SOBRINHO, F. de; ANDRADE, P. J. M.; CALSAVARA, L. Diversificação de renda em propriedades leiteiras com a produção florestal em sistemas de ILPF. Integração, v. 4, n. 15, 2013. 3 p. Disponível em: | Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 142. | | BRIGHENTI, A. M.; SOUZA SOBRINHO, F. de; COSTA, T. R.; ROCHA, W. S. D. da; MARTINS, C. E.; CALSAVARA, L. H. F. A cultura do Girassol consorciada com capim braquiária em sistemas de integração lavoura pecuária. In: TORRES, R. de A.; OLIVEIRA, V. M.; PIRES, J. A. A. (Ed.). Práticas de manejo na intensificação da produção de leite de base familiar do Norte de Minas e Vale do Jequitinhonha. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2009. p. 123-144.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 143. | | ROCHA, W. S. D. da; MARTINS, C. E.; BENITES, F. R. G.; SOUZA SOBRINHO, F. de; BRIGHENTI, A. M.; SOUZA, E. M. B. Desenvolvimento de genótipos de Digitaria Abyssinica e Cynodon Spp em solos alagado e com deficit hídrico. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 13., 2018, João Pessoa, PE. Anais... João Pessoa, PE: SNPA, 2018.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 144. | | SOUZA SOBRINHO, F. de; ROCHA, W. S. D. da; MARTINS, C. E.; SANTOS, A. M. B. dos; ALENCAR, C. A. B.; SILVA, R. O. da. Desenvolvimento da cultura de milho em cultivo adensado consorciada com Brachiaria decumbens em diferentes lâminas de irrigação. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 6.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 7.; FÓRUM DE COORDENADORES DE PÓS GRADUAÇÃO EM PRODUÇÃO ANIMAL DO NORDESTE, 1.; FÓRUM DE AGROECOLOGIA RO RIO GRANDE DO NORTE, 1., 2010, Mossoró. Anais... Mossoró: Sociedade Nordestina de Producao Animal; UFERSA, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 145. | | OLIVEIRA, M. H. S. DE; OLIVEIRA, B. L. C.; MULLER, M. D.; BRIGHENTI, A. M.; MARTINS, C. E.; SOUZA SOBRINHO, F. de; ROCHA, W. S. D. da. Desenvolvimento vegetativo de pinhão-manso estabelecido em diferentes densidades de plantio e tipos de consórcio. In: Congresso Brasileiro de Pesquisas de Pinhão-Manso, 2., 2011, Brasília. Anais...| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 146. | | BENITES, F. R. G.; AZEVEDO, A. L. S.; SOUZA SOBRINHO, F. de; CUNHA, A. C. L. M.; LEDO, F. J. da S.; MACHADO, J. C. Diversidade genética entre progenies de meio-irmãos de Cynodon. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília. A produção animal no mundo em transformação: anais. Brasília, DF: SBZ, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 147. | | MOREIRA, E. A.; SOUZA, S. M.; FERREIRA, A. L.; AZEVÊDO, J. A. G.; MACHADO, F. S.; TOMICH, T. R.; SOUZA SOBRINHO, F. de; PEREIRA, L. G. R. Divergência Nutricional de Progênies de Brachiaria ruziziensis. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 13., 2015, Porto Alegre. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2015. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 148. | | CASTRO, R. DE J. C.; SATO, R. T.; SOUZA SOBRINHO, F. de; GAMA, M. A. S. da; OLIVEIRA, M. A. L. DE. Development of a rapid capillary zone electrophoresis method for the quantification of C18:2 N-6 and C18:3 N-3 fatty acids in forage samples. In: SIMPOSIO LATINOAMERICANO EN APLICACIONES DE LA ELECTROFORESIS CAPILAR Y TECNOLOGIA DEL MICROCHIP EN BIOTECNOLOGIA, BIOMEDICINA, BIOFARMACIA E INDUSTRIA, 18., 2012, Buenos Aires. Book of abstracts. Buenos Aires: [s.n.], 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 149. | | RESENDE, T. T. de; AUAD, A. M.; FONSECA, M. DAS G.; SOUZA SOBRINHO, F. de; SANTOS, D. R. DOS; SILVA, S. E. B. DA. The damage capacity of Mahanarva spectabilis (Distant, 1909) (Hemiptera: cercopidae) adults on Brachiaria ruziziensis pasture. Scientific World Journal, v. 2013, article 281295, 2013, Article ID 281295. Disponível em: http://dx.doi.org/10.1155/2013/281295| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 150. | | CALSAVARA, L. H. F.; MULLER, M. D.; BRIGHENTI, A. M.; MARTINS, C. E.; SOUZA SOBRINHO, F. de; ROCHA, W. S. D. da. Desempenho inicial de tres clones de eucalipto estabelecidos em sistema de integração lavoura, pecuária e floresta. In: Congresso Brasileiro de Sistemas Agroflorestais, 8., 2011, Belém. Anais...| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 151. | | BRIGHENTI, A. M.; SOUZA SOBRINHO, F. de; MARTINS, C. E.; ROCHA, W. S. D. da; VOLL, E.; GAZZIERO, D. L. P. Efeito do herbicida tepraloxydim no consórcio de Brachiaria brizantha e a cultura da soja. In: REUNIÓN ASOCIACÓN LATINOAMERICANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 20., REUNIÓN ASOCIACIÓN PERUANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 30., CONGRESO INTERNACIONAL DE GANADERIA DOBLE PROPOSITO, 5., 2007, Cuzco. Anais... Cuzco: ALPA/APPA, 2007. 1 CD.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 152. | | BRIGHENTI, A. M.; SOUZA SOBRINHO, F. de; MARTINS, C. E.; ROCHA, W. S. D. da; VOLL, E.; GAZZIERO, D. L. P. Efeito do herbicida tepraloxydim no consórcio de Brachiaria brizantha e a cultura da soja. In: REUNIÓN ASOCIACÓN LATINOAMERICANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 20.; REUNIÓN ASOCIACIÓN PERUANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 30.; CONGRESO INTERNACIONAL DE GANADERIA DOBLE PROPOSITO, 5., 2007, Cuzco. Resumenes... Cuzco: ALPA/APPA, 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 153. | | SOUZA SOBRINHO, F. de; GAMA, M. A. S. da; LOPES, F. C. F.; FERNANDES, V. C.; CASTRO, B. B. A. de; OLIVEIRA, L. P. de. Efeito da maturidade na qualidade nutricional de cultivares de Brachiaria. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 47., 2010, Salvador. Empreendedorismo e progresso científico na zootecnia brasileira: anais. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 160. | | ANDRADE, P. J. M.; SOUZA SOBRINHO, F. de; SANTOS, A. M. B. dos; MULLER, M. D.; MARTINS, C. E.; ROCHA, W. S. D. da. Integração Lavoura-Pecuária-Floresta. In: ANDRADE, P. J. M.; TORRES, R. de A.; ZOCCAL, R.; FERNANDES, E. N. Tecnologias e programas para a sustentabilidade da pecuária leiteira da Zona da Mata Mineira. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2010. P. 53-56.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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