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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
04/11/2022 |
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Data da última atualização: |
07/11/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, AUBURN UNIVERSITY; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; VINICIUS HENRIQUE DA SILVA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits. MenosSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulato... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cis-regulação; Cis-regulation; Data integration; Epigenética; Expressão gênica; Genômica; Integração de dados; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Gado. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle; Epigenetics; Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 57 | |
| 2. |  | MELO, A. L. de; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Identificação de possíveis causas de expressão alelo-específica em músculo de novilhos da raça Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 10., 2018, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação; Embrapa Pecuária Sudeste, 2018. p. 43. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 68). Editores técnicos: Daniel Souza Corrêa, Elaine Cristina Paris, Maria Alice Martins, Paulino Ribeiro Villas Boas, Wilson Tadeu Lopes da Silva.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 7. | | SILVA, A. F. da; SILVA, C. da; SOUZA, M. M. de; TARDIN, F. D.; BEHLING, M.; MAY, A. Comportamento produtivo de sorgo sacarino em função do arranjo de plantas, no município de Sinop-MT. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 30.; SIMPÓSIO SOBRE LEPDÓPTEROS COMUNS A MILHO, SOJA E ALGODÃO, 1., 2014, Salvador. Eficiência nas cadeias produtivas e o abastecimento global: resumos expandidos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 9. | | SILVA, C. da; SOUZA, M. M. de; FILIMBERTI, E. L.; VALE, W. G. do; SILVA, A. F. da. Períodos de interferência de plantas daninhas na cultura do sorgo sacarino In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA AGROSSILVIPASTORIL, 2.,2013, Sinop. Anais... Sinop, MT: Embrapa Agrossilvipastoril, 2013. 1 CD.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 11. | | JOANELLA, G. K.; SOUZA, M. M. de; SILVA, C. da; FILIMBERTI, E. L.; SPAZIANI, C.; TARDIN, F. D.; MAY, A.; SILVA, A. F. da. Adequação de épocas de semeadura de sorgo sacarino no município de Sinop- MT. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGRONOMIA, 28., 2013, Cuiabá. Segurança alimentar e nutricional: anais. Cuiabá: CONFAEAB: AEAMT, 2013. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 12. | | SILVA, A. F. da; BEHLING, M.; SILVA, C. da; FILIMBERTI, E. L.; SOUZA, M. M. de; JOANELLA, G. K.; SILVA, A. J. M. da; GONTIJO NETO, M. M. Adequação de populações de braquiária em consórcio com milho safrinha em espaçamento reduzido In: SEMINÁRIO NACIONAL MILHO SAFRINHA, 12., 2013, Dourados. Anais... Dourados, MS: Embrapa, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 13. | | SILVA, A. F. da; BEHLING, M.; SILVA, C. da; FILIMBERTI, E. L.; SOUZA, M. M. de; JOANELLA, G. K.; SILVA, A. J. M. da; GONTIJO NETO, M. M. Adequação de populações de braquiária em consórcio com milho safrinha em espaçamento reduzido. In: SEMINÁRIO NACIONAL [DE] MILHO SAFRINHA, 12., 2013, Dourados. Estabilidade e produtividade: anais. Brasília, DF: Embrapa; Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2013. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 14. | | WISNIEWSKI, P. E. V.; SOUZA, M. M. de; MENDOZA, M. A.; RAMOS JUNIOR, E. U.; REIS, F. L. F. dos; SPERA, S. T. Arranjos de plantas no desenvolvimento e no rendimento de grãos de soja, no município de SINOP-MT In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA AGROSSILVIPASTORIL, 2.,2013, Sinop. Anais... Sinop, MT: Embrapa Agrossilvipastoril, 2013. 1 CD.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 15. | | DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 6., 2014, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2014. p. 28. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 57) Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 16. | | SILVA, A. F. da; GONTIJO NETO, M. M.; SOUZA, M. M. de; FILIMBERTI, E. L.; JOANELLA, G. K.; SILVA, C. da; TARDIN, F. D. Avaliação de desempenho de cultivares de milho em função da densidade de semeadura, no munícipio de Sinop-MT. In: SEMINÁRIO NACIONAL [DE] MILHO SAFRINHA, 12., 2013, Dourados. Estabilidade e produtividade: anais. Brasília, DF: Embrapa; Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2013. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 17. | | SILVA, A. F. da; GONTIJO NETO, M. M.; TARDIN, F. D.; FILIMBERTI, E. L.; SOUZA, M. M. de; JOANELLA, G. K.; CESAR DA SILVA. Avaliação de desempenho de cultivares de milho safrinha no município de Sinop-MT. In: SEMINÁRIO NACIONAL [DE] MILHO SAFRINHA, 12., 2013, Dourados. Estabilidade e produtividade: anais. Brasília, DF: Embrapa; Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 18. | | SOUZA, M. M. de; SILVA, C. da; FILIMBERTI, E. L.; WISNIEWSKI, P. E. V.; BONALDO, S. M.; SILVA, A. F. da. Avaliação de doenças foliares em híbridos de milho, em segunda safra em SINOP- MT In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA AGROSSILVIPASTORIL, 2.,2013, Sinop. Anais... Sinop, MT: Embrapa Agrossilvipastoril, 2013. 1 CD.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 19. | | DINIZ, W. J. S.; ROSA, K. O. da; TIZIOTO, P. C.; MOURÃO, G. B.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. FABP1 and SLC2A5 expression levels affect feed efficiency-related traits. Agri Gene, v. 15, p. 1-7, e100100, mar. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 20. | | GALDEANO, M. C.; WILHELM, A. E.; GROSSMANN, M. V. E.; MALI, S.; CARVALHO, C. W. P. de; SOUZA, M. M. de. Efeito do processamento e das condições ambientais nas propriedades mecânicas dos materiais biodegradáveis de amido e aveia. In: WORKSHOP DA REDE DE NANOTECNOLOGIA APLICADA AO AGRONEGÓCIO, 8., 2014, Juiz de Fora. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação; Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte; Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2014. p. 90-94.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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