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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
Data corrente: |
10/08/2012 |
Data da última atualização: |
05/07/2013 |
Autoria: |
SOUZA, A. J. S. de. |
Título: |
Diagnóstico sorológico e caracterização molecular do vírus da hepatite E em suínos no estado do Pará, Brasil. |
Ano de publicação: |
2011 |
Fonte/Imprenta: |
2011. |
Páginas: |
61 f. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
Dissertação (Mestrado em Ciência Animal) - Universidade Federal do Pará, Embrapa Amazônia Oriental, Universidade Federal Rural da Amazônia, Belém, PA. |
Conteúdo: |
O vírus da Hepatite E (HEV) é um RNA-vírus entericamente transmissível do gênero Hepevirus causador de hepatite aguda em humanos que apresenta ampla distribuição em diversas regiões do mundo. Suínos são relatados como a principal fonte de infecção para humanos relacionadas aos genótipos 3 e 4 em regiões consideradas não-endêmicas. Neste sentido, o presente estudo teve como objetivo demonstrar a infecção pelo HEV em suínos no Estado do Pará através de métodos sorológicos e moleculares aplicados a amostras de soro, fezes e fígado de 151 suínos abatidos na região Metropolitana de 8elém. A investigação sorológica abrangeu a pesquisa de anticorpos anti-HEV das classes IgM e IgG e o diagnóstico molecular inclui a detecção do HEV-RNA, sequenciamento nucleotídico e análise filogenética das sequências obtidas. Como resultado, não foram detectados anticorpos anti-HEV IgM e a prevalência de animais sororeativos para IgG foi de 8,6% (13/151). A detecção molecular amplificou fragmentos do HEV genoma em 4,8% (22/453) das amostras testadas e a prevalência de animais positivos a pelo menos uma amostra foi de 9,9% (15/151). A análise filogenética concluiu que todas as sequências analisadas pertencem ao genótipo 3 do vírus, descrito como zoonótico. Foram identificados os subtipos 3c e 3f ocorrendo simultaneamente estre as amostras, de acordo com as duas regiões do genoma amplificadas. Estes resultados constam como as primeiras evidências sorológicas e moleculares da circulação do HEV entre suínos no Norte do Brasil e também como a primeira detecção e genotipagem do HEV na região. MenosO vírus da Hepatite E (HEV) é um RNA-vírus entericamente transmissível do gênero Hepevirus causador de hepatite aguda em humanos que apresenta ampla distribuição em diversas regiões do mundo. Suínos são relatados como a principal fonte de infecção para humanos relacionadas aos genótipos 3 e 4 em regiões consideradas não-endêmicas. Neste sentido, o presente estudo teve como objetivo demonstrar a infecção pelo HEV em suínos no Estado do Pará através de métodos sorológicos e moleculares aplicados a amostras de soro, fezes e fígado de 151 suínos abatidos na região Metropolitana de 8elém. A investigação sorológica abrangeu a pesquisa de anticorpos anti-HEV das classes IgM e IgG e o diagnóstico molecular inclui a detecção do HEV-RNA, sequenciamento nucleotídico e análise filogenética das sequências obtidas. Como resultado, não foram detectados anticorpos anti-HEV IgM e a prevalência de animais sororeativos para IgG foi de 8,6% (13/151). A detecção molecular amplificou fragmentos do HEV genoma em 4,8% (22/453) das amostras testadas e a prevalência de animais positivos a pelo menos uma amostra foi de 9,9% (15/151). A análise filogenética concluiu que todas as sequências analisadas pertencem ao genótipo 3 do vírus, descrito como zoonótico. Foram identificados os subtipos 3c e 3f ocorrendo simultaneamente estre as amostras, de acordo com as duas regiões do genoma amplificadas. Estes resultados constam como as primeiras evidências sorológicas e moleculares da circulação do HEV entre su... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Hepatite E; Pará; Sorologia veterinária; Vpirus. |
Thesagro: |
Biologia Molecular; Doença; Genótipo; Suíno; Zoonose. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 02420nam a2200241 a 4500 001 1930950 005 2013-07-05 008 2011 bl uuuu m 00u1 u #d 100 1 $aSOUZA, A. J. S. de 245 $aDiagnóstico sorológico e caracterização molecular do vírus da hepatite E em suínos no estado do Pará, Brasil. 260 $a2011.$c2011 300 $a61 f. 500 $aDissertação (Mestrado em Ciência Animal) - Universidade Federal do Pará, Embrapa Amazônia Oriental, Universidade Federal Rural da Amazônia, Belém, PA. 520 $aO vírus da Hepatite E (HEV) é um RNA-vírus entericamente transmissível do gênero Hepevirus causador de hepatite aguda em humanos que apresenta ampla distribuição em diversas regiões do mundo. Suínos são relatados como a principal fonte de infecção para humanos relacionadas aos genótipos 3 e 4 em regiões consideradas não-endêmicas. Neste sentido, o presente estudo teve como objetivo demonstrar a infecção pelo HEV em suínos no Estado do Pará através de métodos sorológicos e moleculares aplicados a amostras de soro, fezes e fígado de 151 suínos abatidos na região Metropolitana de 8elém. A investigação sorológica abrangeu a pesquisa de anticorpos anti-HEV das classes IgM e IgG e o diagnóstico molecular inclui a detecção do HEV-RNA, sequenciamento nucleotídico e análise filogenética das sequências obtidas. Como resultado, não foram detectados anticorpos anti-HEV IgM e a prevalência de animais sororeativos para IgG foi de 8,6% (13/151). A detecção molecular amplificou fragmentos do HEV genoma em 4,8% (22/453) das amostras testadas e a prevalência de animais positivos a pelo menos uma amostra foi de 9,9% (15/151). A análise filogenética concluiu que todas as sequências analisadas pertencem ao genótipo 3 do vírus, descrito como zoonótico. Foram identificados os subtipos 3c e 3f ocorrendo simultaneamente estre as amostras, de acordo com as duas regiões do genoma amplificadas. Estes resultados constam como as primeiras evidências sorológicas e moleculares da circulação do HEV entre suínos no Norte do Brasil e também como a primeira detecção e genotipagem do HEV na região. 650 $aBiologia Molecular 650 $aDoença 650 $aGenótipo 650 $aSuíno 650 $aZoonose 653 $aHepatite E 653 $aPará 653 $aSorologia veterinária 653 $aVpirus
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
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Origem |
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URL |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
17/12/2014 |
Data da última atualização: |
05/02/2024 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
A - 1 |
Autoria: |
MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A. |
Afiliação: |
MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
Título: |
Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. |
Ano de publicação: |
2014 |
Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, London v. 15, S6, p. 1-9, 2014. |
DOI: |
10.1186/1471-2164-15-S7-S6 |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Suppl 7. |
Conteúdo: |
Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances ranging from 400 to 500 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. The persistence of LD phase showed higher values at shorter genomic distances, decreasing with the increase in physical distance, varying from 0.96 at a distance of < 2.5 kb to 0.66 at a distance from 400 to 500 kb. A total of 78% of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 1,57 Mb of the total autosomal genome size. Conclusions: This study presented the first high density linkage disequilibrium map and haplotype block structure for a composite beef cattle population, and indicates that the high density SNP panel over 700 k can be used for genomic selection implementation and GWA studies for Canchim beef cattle. MenosAbstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances ranging from 400 to 500 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. The persistence of LD phase showed higher values at shorter genomic distances, decreasing with the increase in physical distance, varying from 0.96 at a distance of < 2.5 kb to 0.66 at a distance from 400 to 500 kb. A total of 78% of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 1,57 Mb of the total autosomal genome size. Conclusions: This study presented the first high density linkage disequilibrium map and haplotype block structure for a composite beef cattle population, and indicates that the high density SNP panel over 700 k can be used for genomic selection implementation and GWA studies for Canchim bee... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Composite; Desequilíbrio de ligação; Genome wide association studies; Halplotype block; Linjage disequilibirium; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
Thesagro: |
Gado de corte. |
Thesaurus NAL: |
Beef cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/119863/1/MOKRY.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/114007/1/PROCI-2104.00140.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/114252/1/1471-2164-15-S7-S6.pdf
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Marc: |
LEADER 02809naa a2200433 a 4500 001 2006604 005 2024-02-05 008 2014 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1186/1471-2164-15-S7-S6$2DOI 100 1 $aMOKRY, F. B. 245 $aLinkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed.$h[electronic resource] 260 $c2014 500 $aSuppl 7. 520 $aAbstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances ranging from 400 to 500 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. The persistence of LD phase showed higher values at shorter genomic distances, decreasing with the increase in physical distance, varying from 0.96 at a distance of < 2.5 kb to 0.66 at a distance from 400 to 500 kb. A total of 78% of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 1,57 Mb of the total autosomal genome size. Conclusions: This study presented the first high density linkage disequilibrium map and haplotype block structure for a composite beef cattle population, and indicates that the high density SNP panel over 700 k can be used for genomic selection implementation and GWA studies for Canchim beef cattle. 650 $aBeef cattle 650 $aLinkage disequilibrium 650 $aSingle nucleotide polymorphism 650 $aGado de corte 653 $aComposite 653 $aDesequilíbrio de ligação 653 $aGenome wide association studies 653 $aHalplotype block 653 $aLinjage disequilibirium 653 $aPolimorfismo de nucleotídeo único 700 1 $aBUZANSKAS, M. E. 700 1 $aMUDADU, M. de A. 700 1 $aGROSSI, D. do A. 700 1 $aHIGA, R. H. 700 1 $aVENTURA, R. V. 700 1 $aLIMA, A. O. de 700 1 $aSARGOLZAEI, M. 700 1 $aMEIRELLES, S. L. C. 700 1 $aSCHENKEL, F. S. 700 1 $aSILVA, M. V. G. B. 700 1 $aNICIURA, S. C. M. 700 1 $aALENCAR, M. M. de 700 1 $aMINARI, D. P. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 773 $tBMC Genomics, London$gv. 15, S6, p. 1-9, 2014.
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