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| Registros recuperados : 51 | |
| 5. |  | SALES, R. M. M.; SOUTO, B. de M.; ARAUJO, A. de R. B.; QUIRINO, B. F. Expressão heteróloga de uma potencial Beta-glicosidase de Paenibacillus sp. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 6., 2020, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2020. p. 120-125.| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 7. | | MOURA, S. C. de; SOUTO, B. de M.; ARAUJO, A. de R. B.; QUIRINO, B. F. Caracterização de Potencial Xilanase de Paenibacillus sp. WS30. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 6., 2020, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2020. p. 114-119| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 9. | | RAMOS, N. S. P. L.; CUNHA, I. S.; SOUTO, B. de M.; KRUGER, R.; QUIRINO, B. F. Bioprospecting for beta-glucosidase activity in a goat rumen metagenomic library. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programas e resumos... [Brasília, DF]: Sociedade Brasileira de Biotecnologia, 2010. p. 18-19.| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 11. | | BASTOS, A. R.; LACERDA, V. A. M.; SOUTO, B. de M.; PACHECO, T. F.; RODRIGUES, D. S.; QUIRINO, B. F. Expression of a xylanase in Komagataella phaffii for biochemical characterization and assessment of industrial applications. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 30., 2019, Maceió, Anais... Maceió: SBM, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 12. | | BARBOSA, M. F.; SOUTO, B. de M.; ARAÚJO, A. de R. B.; ANDRADE, R. V. de; QUIRINO, B. F. Expressão heteróloga de uma beta-glicosidase de Chryseobacterium sp. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 6., 2020, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2020. p. 129-133 il.| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 13. | | COLOMBO, G. S.; MENDES, I. V.; SOUTO, B. de M.; PARACHIN, N.; ALMEIDA, J. R.; QUIRINO, B. F. Functional expression of a new xylose isomerase in Saccharomyces Cerevisiae. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 30., 2019, Maceió, Anais... Maceió: SBM, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 15. | | RODRIGUES, L. P.; SOUTO, B. de M.; RAMOS, T. G. S.; FRANCO, O. L.; QUIRINO, B. F. Screening of a moxotó goat rumen small insert metagenomic library for cellulosic activity for biotechnological use. In: REUNIÃO ANUAL DA SBBQ, 42., 2013, Foz do Iguaçu, PR. [Anais...] São Paulo: SBBq, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 16. | | ARAUJO, A. de R. B.; MICHALCZECHEN, V. A. L.; SOUTO, B. de M.; RODRIGUES, D. de S.; QUIRINO, B. F. Prospecção e produção de uma nova xilanase visando aplicação biotecnológica. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 6., 2020, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2020. p. 233-237 il.| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 17. | | RAMOS, N. S. P. L.; SOUTO, B. de M.; SANTANA, B. G.; TAVARES, P.; CUNHA, I. S.; KRUGER, R.; QUIRINO, B. F. Bioprospection of clones with endoglucosidase and xylanase activities from a goat rumen metagenomic library. In: BRAZILIAN BIOENERGY SCIENCE AND TECHNOLOGY CONFERENCE - BBEST, 1., 2011, Campos do Jordão, SP. [Anais...]. São Paulo: FAPESP, 2011. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 18. | | QUIRINO, B. F.; BERGMANN, J. C.; RAMOS, N. S. P. L.; PALUAN, S. de F.; SOUTO, B. de M.; RODRIGUES, L. P.; BARRETO, C. C.; KRUGER, R. H. Colocando a biodiversidade microbiana brasileira a serviço da indústria de biocombustíveis. In: SIMPÓSIO MICRORGANISMOS EM AGROENERGIAS, 2012, Brasília, DF. Da prospecção aos bioprocessos: anais. Brasília, DF: Embrapa Agroenergia, 2013. (Embrapa Agroenergia. Documentos, 15). p. 23-30.| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 19. | | PALUAN, S. F.; SILVA, R. B.; BITENCOURT, A. C. A.; SANTOS, D. F. K.; SOUTO, B. de M.; KRUGER, R. H.; QUIRINO, B. F. Characterization of hydrolytic enzymes isolated from an Amazon soil environmental DNA library. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programas e resumos... [Brasília, DF]: Sociedade Brasileira de Biotecnologia, 2010. p. 68.| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 20. | | SOUTO, B. de M.; BITENCOURT, A. C. A.; HAMMAN, P. R. V.; BASTOS, A. R.; NORONHA, E. F; QUIRINO, B. F. Characterization of a novel GH3 β-xylosidase from a caatinga goat rumen metagenomic library. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 30., 2019, Maceió, Anais... Maceió: SBM, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| Registros recuperados : 51 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
08/01/2014 |
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Data da última atualização: |
08/01/2014 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
YUYAMA, P. M.; POT, D.; DEREEPER, A.; POINTET, S.; SILVA, J. B. G. D. da; SERA, G. H.; SERA, T.; CHARMETANT, P.; DOMINGUES, D. S.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. |
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Afiliação: |
PRISCILA MARY YUYAMA, CAPES; DAVID POT, CIRAD; ALEXIS DEREEPER, IRD; STÉPHANIE POINTET, CIRAD; JOÃO BATISTA GONÇALVES DIAS DA SILVA, COCARI; GUSTAVO HIROSHI SERA, IAPAR; TUMORU SERA, IAPAR; PIERRE CHARMETANT, CIRAD; DOUGLAS SILVA DOMINGUES, IAPAR; THIERRY LEROY, CIRAD; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
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Título: |
Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Os marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriormente as sequências foram mapeadas em uma referência de C. canephora para identificação dos polimorfismos. Foram feitas duas estratégias: i) na primeira estratégia, foi utilizado uma ferramenta chamada SNiPloid com critérios de cobertura para o polimorfismo identificado e ii) uma segunda estratégia que considera os polimorfismos encontrados diretamente dos arquivos de detecção dos polimorfismos. Os resultados identificaram um número grande de polimorfismos. Na primeira estratégia, foram encontrados pelo menos 5.500 SNPs potenciais para a genotipagem e na segunda, 103.791 SNPs potenciais. Para essa última, ainda é necessário estabelecer critérios e filtros para escolher os polimorfismos que serão inicialmente genotipados. Os dados também mostraram a importância de utilizar um grupo mais diverso de genótipos associado com o sequenciamento de nova geração para detecção de SNPs. Este trabalho será importante para direcionar futuros trabalhos na caracterização da diversidade genética em C. arabica, além de estudos de mapeamento genético por associação. MenosOs marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriorme... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Etiópia; SNPs. |
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Thesagro: |
Coffea arabica; Polimorfismo. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94857/1/Identificacao-de-polimorfismos.pdf
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Marc: |
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245 $aIdentificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia.$h[electronic resource]
260 $aIn: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café$c2013
520 $aOs marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriormente as sequências foram mapeadas em uma referência de C. canephora para identificação dos polimorfismos. Foram feitas duas estratégias: i) na primeira estratégia, foi utilizado uma ferramenta chamada SNiPloid com critérios de cobertura para o polimorfismo identificado e ii) uma segunda estratégia que considera os polimorfismos encontrados diretamente dos arquivos de detecção dos polimorfismos. Os resultados identificaram um número grande de polimorfismos. Na primeira estratégia, foram encontrados pelo menos 5.500 SNPs potenciais para a genotipagem e na segunda, 103.791 SNPs potenciais. Para essa última, ainda é necessário estabelecer critérios e filtros para escolher os polimorfismos que serão inicialmente genotipados. Os dados também mostraram a importância de utilizar um grupo mais diverso de genótipos associado com o sequenciamento de nova geração para detecção de SNPs. Este trabalho será importante para direcionar futuros trabalhos na caracterização da diversidade genética em C. arabica, além de estudos de mapeamento genético por associação.
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