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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
09/01/2023 |
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Data da última atualização: |
09/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, L. de F.; ALKIMIM, E. R.; BARREIRO, P. R. R. M.; LEICHTWEIS, B. G.; SILVA, A. C. A.; SILVA, R. A. da; SOUSA, T. V.; NASCIMENTO, M.; CAIXETA, E. T. |
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Afiliação: |
LETÍCIA DE FARIA SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; EMILLY RUAS ALKIMIM, UNIVERSIDADE FEDERAL TRIÂNGULO MINEIRO; PEDRO RICARDO ROSSI MARQUES BARREIRO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; BRUNO GRESPAN LEICHTWEIS, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; ANA CAROLINA ANDRADE SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; RUANE ALICE DA SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; TIAGO VIEIRA SOUSA, INSTITUTO FEDERAL DO TRIÂNGULO MINEIRO; MOYSÉS NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa. |
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Título: |
Genome-wide association study of plant architecture and diseases resistance in Coffea canephora. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Euphytica, v. 218, jun. 2022. |
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Páginas: |
13 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genome wide association studies (GWAS) have been traditionally used for the identification and comprehension of loci associate with phenotypic variation and identification of markers useful in genetic breeding programs. The GWAS was used in this work to identify chromosomal regions with significant associations with the main agronomic trait of Coffea canephora. The studied population comprised 165 clones of the two varietal groups Conilon and Robusta and intervarietal hybrids from crosses between these groups. Coffee trees were genotyped using 17 885 single nucleotide polymorphisms (SNP) markers distributed throughout the genome and phenotyped with eight morpho agronomic traits. Significant SNPs were found associated with plant height, diameter of the canopy projection, vegetative vigor, rust incidence, and cercosporiosis incidence. SNP marker distribution was quite uniform, with few gaps in the centromeric regions, with 27.72% and 9.09% present in intergenic and coding regions, respectively; the latter led to 70% amino acid exchanges and 30% silent mutations. Candidate genes, in which SNP markers were inserted, were identified and their function was related to traits of plant architecture and coffee diseases resistance. SNPs with significant associations were found in all chromosomes of the species, especially in chromosomes 0, 2, 6, 9, and 11. This methodology was efficient in C. canephora populations and helped identify several SNPs in candidate genes involved in important biological processes of coffee. Therefore, these SNPs can be used as strategies to accelerate the coffee breeding program through molecular marker assisted selection. MenosGenome wide association studies (GWAS) have been traditionally used for the identification and comprehension of loci associate with phenotypic variation and identification of markers useful in genetic breeding programs. The GWAS was used in this work to identify chromosomal regions with significant associations with the main agronomic trait of Coffea canephora. The studied population comprised 165 clones of the two varietal groups Conilon and Robusta and intervarietal hybrids from crosses between these groups. Coffee trees were genotyped using 17 885 single nucleotide polymorphisms (SNP) markers distributed throughout the genome and phenotyped with eight morpho agronomic traits. Significant SNPs were found associated with plant height, diameter of the canopy projection, vegetative vigor, rust incidence, and cercosporiosis incidence. SNP marker distribution was quite uniform, with few gaps in the centromeric regions, with 27.72% and 9.09% present in intergenic and coding regions, respectively; the latter led to 70% amino acid exchanges and 30% silent mutations. Candidate genes, in which SNP markers were inserted, were identified and their function was related to traits of plant architecture and coffee diseases resistance. SNPs with significant associations were found in all chromosomes of the species, especially in chromosomes 0, 2, 6, 9, and 11. This methodology was efficient in C. canephora populations and helped identify several SNPs in candidate genes involved in importan... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Coffea Canephora. |
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Thesaurus Nal: |
Disease resistance; Phenotypic variation; Plant breeding. |
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Categoria do assunto: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Territorial. |
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Data corrente: |
06/12/2016 |
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Data da última atualização: |
26/09/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 2 |
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Autoria: |
SILVA, J. E.; TONELLO, K. C.; MINGOTI, R. |
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Afiliação: |
RAFAEL MINGOTI, SGTE. |
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Título: |
Diagnóstico ambiental como subsídio à restauração florestal e manutenção hidrológica da bacia do Ribeirão dos Pinheirinhos, Brotas-SP. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Irriga, Botucatu, v. 21, n. 1, p. 1-13, jan./mar. 2016. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A ocupação das margens do Ribeirão dos Pinheirinhos gerou fragmentação da mata ciliar, afetando a dinâmica ambiental do município de Brotas, São Paulo. Neste sentido, os diagnósticos ambientais podem atuar como subsídio indispensável para ações de minimização dos impactos ao meio a médio e longo prazo. O objetivo do trabalho foi diagnosticar as áreas de preservação permanente associadas aos recursos hídricos da bacia do Ribeirão dos Pinheirinhos, visando à determinação de áreas prioritárias à restauração florestal e manutenção hidrológica. Foi utilizado um banco de dados cartográfico digital e o SIG IDRISI Andes para análise espacial e processamento de imagens de satélite LandSat. Foram gerados mapas de: (i) uso e cobertura do solo, pela aplicação do algoritmo de classificação supervisionada de máxima verossimilhança; (ii) uso e cobertura do solo nas áreas de preservação permanente associadas aos recursos hídricos; (iii) distância às nascentes; e (iv) áreas prioritárias à restauração florestal. Houve predomínio dos cultivos agrícolas e solo exposto (73,70%), restando apenas 23,14% de remanescentes florestais. Foi observado que 32,09% das áreas de preservação permanente estão ocupadas inadequadamente, indicando a necessidade de investimento para conservação dos remanescentes florestais, melhor planejamento quanto ao uso do solo e adequação à legislação por parte dos órgãos públicos responsáveis, uma vez que 68,45% da área total foi classificada com prioridade alta a muito alta à restauração, percentual que tende a aumentar com o avanço das fronteiras agrícolas. MenosA ocupação das margens do Ribeirão dos Pinheirinhos gerou fragmentação da mata ciliar, afetando a dinâmica ambiental do município de Brotas, São Paulo. Neste sentido, os diagnósticos ambientais podem atuar como subsídio indispensável para ações de minimização dos impactos ao meio a médio e longo prazo. O objetivo do trabalho foi diagnosticar as áreas de preservação permanente associadas aos recursos hídricos da bacia do Ribeirão dos Pinheirinhos, visando à determinação de áreas prioritárias à restauração florestal e manutenção hidrológica. Foi utilizado um banco de dados cartográfico digital e o SIG IDRISI Andes para análise espacial e processamento de imagens de satélite LandSat. Foram gerados mapas de: (i) uso e cobertura do solo, pela aplicação do algoritmo de classificação supervisionada de máxima verossimilhança; (ii) uso e cobertura do solo nas áreas de preservação permanente associadas aos recursos hídricos; (iii) distância às nascentes; e (iv) áreas prioritárias à restauração florestal. Houve predomínio dos cultivos agrícolas e solo exposto (73,70%), restando apenas 23,14% de remanescentes florestais. Foi observado que 32,09% das áreas de preservação permanente estão ocupadas inadequadamente, indicando a necessidade de investimento para conservação dos remanescentes florestais, melhor planejamento quanto ao uso do solo e adequação à legislação por parte dos órgãos públicos responsáveis, uma vez que 68,45% da área total foi classificada com prioridade alta a muito alt... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Áreas de preservação permanente; Geoprocessamento; Hidrologia florestal. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/151277/1/SilvaTonelloMingoti-2016.pdf
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Marc: |
LEADER 02285naa a2200181 a 4500
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100 1 $aSILVA, J. E.
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260 $c2016
520 $aA ocupação das margens do Ribeirão dos Pinheirinhos gerou fragmentação da mata ciliar, afetando a dinâmica ambiental do município de Brotas, São Paulo. Neste sentido, os diagnósticos ambientais podem atuar como subsídio indispensável para ações de minimização dos impactos ao meio a médio e longo prazo. O objetivo do trabalho foi diagnosticar as áreas de preservação permanente associadas aos recursos hídricos da bacia do Ribeirão dos Pinheirinhos, visando à determinação de áreas prioritárias à restauração florestal e manutenção hidrológica. Foi utilizado um banco de dados cartográfico digital e o SIG IDRISI Andes para análise espacial e processamento de imagens de satélite LandSat. Foram gerados mapas de: (i) uso e cobertura do solo, pela aplicação do algoritmo de classificação supervisionada de máxima verossimilhança; (ii) uso e cobertura do solo nas áreas de preservação permanente associadas aos recursos hídricos; (iii) distância às nascentes; e (iv) áreas prioritárias à restauração florestal. Houve predomínio dos cultivos agrícolas e solo exposto (73,70%), restando apenas 23,14% de remanescentes florestais. Foi observado que 32,09% das áreas de preservação permanente estão ocupadas inadequadamente, indicando a necessidade de investimento para conservação dos remanescentes florestais, melhor planejamento quanto ao uso do solo e adequação à legislação por parte dos órgãos públicos responsáveis, uma vez que 68,45% da área total foi classificada com prioridade alta a muito alta à restauração, percentual que tende a aumentar com o avanço das fronteiras agrícolas.
653 $aÁreas de preservação permanente
653 $aGeoprocessamento
653 $aHidrologia florestal
700 1 $aTONELLO, K. C.
700 1 $aMINGOTI, R.
773 $tIrriga, Botucatu$gv. 21, n. 1, p. 1-13, jan./mar. 2016.
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Registro original: |
Embrapa Territorial (CNPM) |
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