| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
|
Data corrente: |
07/12/2007 |
|
Data da última atualização: |
11/05/2017 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
FERNANDEZ, J. H.; MELLO, M. O; GALGARO, L.; TANAKA, A. S.; SILVA-FILHO, M. C.; NESHICH, G. |
|
Afiliação: |
LNCC, Petrópolis, RJ; Esalq/USP; Esalq/USP; Unifesp; Esalq/USP; GORAN NESHICH, CNPTIA. |
|
Título: |
Proteinase inhibition using small Bowman-Birk-type structures. |
|
Ano de publicação: |
2007 |
|
Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 846-858, 2007. |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Absttract . Bowman-Birk inhibitors (BBIs) are cysteine-rich and highly cross-linked small proteins that function as specific pseudosubstrates for digestive proteinases. They typically display a "double-headed" structure containing an independent proteinase-binding loop that can bind and inhibit trypsin, chymotrypsin and elastase. In the present study, we used computational biology to study the structural characteristics and dynamics of the inhibition mechanism of the small BBI loop expressing a 35-amino acid polypeptide (ChyTB2 inhibitor) which has coding region for the mutated chymotrypsin-inhibitory site of the soybean BBI. We found that in the BBI-trypsin inhibition complex, the most important interactions are salt bridges and hydrogen bonds, whereas in the BBI-chymotrypsin inhibition complex, the most important interactions are hydrophobic. At the same time, ChyTB2 mutant structure maintained the individual functional domain structure and excellent binding/inhibiting capacities for trypsin and chymotrypsin at the same time. These results were confirmed by enzyme-linked immunosorbend assay experiments. The results showed that modeling combined with molecular dynamics is an efficient method to describe, predict and then obtain new proteinase inhibitors. For such study, however, it is necessary to start from the sequence and structure of the mutant interacting relatively strongly with both trypsin and chymotrypsin for designing the small BBI-type inhibitor against proteinases. MenosAbsttract . Bowman-Birk inhibitors (BBIs) are cysteine-rich and highly cross-linked small proteins that function as specific pseudosubstrates for digestive proteinases. They typically display a "double-headed" structure containing an independent proteinase-binding loop that can bind and inhibit trypsin, chymotrypsin and elastase. In the present study, we used computational biology to study the structural characteristics and dynamics of the inhibition mechanism of the small BBI loop expressing a 35-amino acid polypeptide (ChyTB2 inhibitor) which has coding region for the mutated chymotrypsin-inhibitory site of the soybean BBI. We found that in the BBI-trypsin inhibition complex, the most important interactions are salt bridges and hydrogen bonds, whereas in the BBI-chymotrypsin inhibition complex, the most important interactions are hydrophobic. At the same time, ChyTB2 mutant structure maintained the individual functional domain structure and excellent binding/inhibiting capacities for trypsin and chymotrypsin at the same time. These results were confirmed by enzyme-linked immunosorbend assay experiments. The results showed that modeling combined with molecular dynamics is an efficient method to describe, predict and then obtain new proteinase inhibitors. For such study, however, it is necessary to start from the sequence and structure of the mutant interacting relatively strongly with both trypsin and chymotrypsin for designing the small BBI-type inhibitor against proteinas... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Bioinformática; Enzyme specificity; Inibidor Bowman-Birk; Modelagem molecular; Molecular modeling. |
|
Thesagro: |
Proteína. |
|
Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Enzyme-linked immunosorbent assay; Models. |
|
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/159697/1/AP-Proteinase-GMR-2007.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02330naa a2200289 a 4500
001 1000764
005 2017-05-11
008 2007 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aFERNANDEZ, J. H.
245 $aProteinase inhibition using small Bowman-Birk-type structures.$h[electronic resource]
260 $c2007
520 $aAbsttract . Bowman-Birk inhibitors (BBIs) are cysteine-rich and highly cross-linked small proteins that function as specific pseudosubstrates for digestive proteinases. They typically display a "double-headed" structure containing an independent proteinase-binding loop that can bind and inhibit trypsin, chymotrypsin and elastase. In the present study, we used computational biology to study the structural characteristics and dynamics of the inhibition mechanism of the small BBI loop expressing a 35-amino acid polypeptide (ChyTB2 inhibitor) which has coding region for the mutated chymotrypsin-inhibitory site of the soybean BBI. We found that in the BBI-trypsin inhibition complex, the most important interactions are salt bridges and hydrogen bonds, whereas in the BBI-chymotrypsin inhibition complex, the most important interactions are hydrophobic. At the same time, ChyTB2 mutant structure maintained the individual functional domain structure and excellent binding/inhibiting capacities for trypsin and chymotrypsin at the same time. These results were confirmed by enzyme-linked immunosorbend assay experiments. The results showed that modeling combined with molecular dynamics is an efficient method to describe, predict and then obtain new proteinase inhibitors. For such study, however, it is necessary to start from the sequence and structure of the mutant interacting relatively strongly with both trypsin and chymotrypsin for designing the small BBI-type inhibitor against proteinases.
650 $aBioinformatics
650 $aEnzyme-linked immunosorbent assay
650 $aModels
650 $aProteína
653 $aBioinformática
653 $aEnzyme specificity
653 $aInibidor Bowman-Birk
653 $aModelagem molecular
653 $aMolecular modeling
700 1 $aMELLO, M. O
700 1 $aGALGARO, L.
700 1 $aTANAKA, A. S.
700 1 $aSILVA-FILHO, M. C.
700 1 $aNESHICH, G.
773 $tGenetics and Molecular Research$gv. 6, n. 4, p. 846-858, 2007.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 15 | |
| 1. |  | HOFFMANN, L. V.; GANDER, E. S.; ALMEIDA, E. R. P. de; SILVA FILHO, M. C.; VIEIRA, M. L. C. Fatores influenciando a regeneracao de plantas e expressao transiente de GUS na tranformacao de Stylosanthes guianensis por Agrobacterium tumefaciens. Brazilian Journal of Genetics, Ribeirao Preto, v.19, n.3, p.375, 1996. Supplement.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
|   |
| 2. | | BRANDÃO, M.; ARRUDA, L.; MOURA, D.; SILVA FILHO, M.; SILVA, F. H. da; MALAGÓ JÚNIOR, W.; NESHICH, I.; NESHICH, G. Milho: manobra de escape. Cultivar Grandes Culturas, v. 18, n. 146, p. 6-7, jul., 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
|  |
| 3. | | FERNANDEZ, J. H.; MELLO, M. O; GALGARO, L.; TANAKA, A. S.; SILVA-FILHO, M. C.; NESHICH, G. Proteinase inhibition using small Bowman-Birk-type structures. Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 846-858, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 4. | | MAGNAVACA, R.; PAIVA, E.; WINKLER, E. I.; CARVALHO, H. W. L. de C.; SILVA FILHO, M. de C.; PEIXOTO, M. J. V. V. D. Avaliação de Populações de Milho de Alta Qualidade Protéica. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v.23, n.11, p.1263-1268, nov. 1988| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 5. | | MAGNAVACA, R.; PAIVA, E.; WINKLER, E. I.; CARVALHO, H. W. L.; SILVA FILHO, M. de C.; PEIXOTO, M. J. V. V. D. Avaliação de populações de milho de alta qualidade protéica. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 16., 1986, Belo Horizonte. Resumos... Sete Lagoas: EMBRAPA-CNPMS, 1986. p. 79-80.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
| |
| 6. | | MAGNAVACA, R.; PAIVA, E.; WINKLER, E. I.; CARVALHO, H. W. L. de; SILVA FILHO, M. de C.; PEIXOTO, M. J. V. V. D. Avaliação de populações de milho de alta qualidade protéica. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 23, n. 11, p. 1263-1268, nov. 1988.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
| |
| 8. | | BRANDÃO, M. M.; ARRUDA, L. H.; NESHICH, G.; NESHICH, I. P.; PEREIRA, J. G. C.; MALAGÓ JÚNIOR, W.; SILVA-FILHO, M. C. Structural and phylogenetic analysis of Spodoptera frugiperda chymotrypsins involved on insect chemical protective barrier against plant Proteinase Inhibitors (PIs). In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
|  |
| 9. | | FARIA, L. C. B.; ROCHA, A. S. L.; KLEINSCHMIDT, J. H.; SILVA-FILHO, M. C.; BIM, E.; HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.; PALAZZO JÚNIOR, R. Is a genome a codeword of an error-correcting code? PLoS ONE, San Francisco, v. 7, n. 5, e105396, May 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 10. | | MELO, F. R.; MELLO, M. O.; SILVA FILHO, M. C.; SILVA, M. C. M.; GENÚ, A. M.; FRANCO, O. L.; GROSSI-de-SÁ, M. F. Seleção de inibidores de proteinases cisteínicas específicos para o bruquídeo Acanthoscelides obtectus através do uso de biblioteca phage display. In: WORKSHOP DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 4., 1999, Brasília. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: EMBRAPA-CENARGEN, 1999. p. 60.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 11. | | BRANDÃO, M. M.; ARRUDA, L. H.; MOURA, D. S.; NESHICH, G.; PEREIRA, J. G. C.; MALAGÓ, W. Jr; SILVA-FILHO, M. C. A pipeline to study structural interactions among Spodoptera frugiperda serine proteinases and plant proteinase inhibitors. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Anais... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2010. p. 320. GA 330.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 12. | | HOULLOU-KIDO, L.M.; KIDO, E. A.; FALCO, M. C.; SILVA FILHO, M. de C.; FIGUEIRA, A. V. de; NOGUEIRA, N. de L.; ROSSI, M. L.; TULMANN NETO, A. Somatic embryogenesis and the effect of particle bombardment on banana Maçã regeneration. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 40, n. 11, p. 1081-1086, nov. 2005 Título em português: Embriogênese somática e o efeito do bombardeamento de partículas na regeneração de banana cv. Maçã.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 13. | | LISBOA NETO, A. F. S.; MARIANO FILHO, P. G.; CARVALHO, J. R.; ARAÚJO, M. S.; SANTOS, A. C.; MACHADO, F. C. F.; SILVA FILHO, M. L.; MACHADO JÚNIOR, A. A. N. Effect of racial crossing on the scrotum-testicular biometry in sheep submitted to scrotal insulation. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 37, n. 3, p. 291-294, março 2017. Título em português: Efeito do cruzamento racial sobre a biometria escroto-testicular em ovinos submetidos à insulação escrotal.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 14. | | CHEAVEGATTI VIANOTTO, A.; ABREU, H. M. C. de; ARRUDA, P.; BESPALHOK FILHO, J. C.; BURNQUIST, W. L.; CRESTE, S.; CIERO, L. di; FERRO, J. A.; FIGUEIRA, A. V. de O.; FIULGUEIRAS, T. de S.; GROSSI de SA, M. de F.; GUZZO, E. C.; HOFFMANN, H. P.; LANDELL, M. G. de A.; MACEDO, N.; MATSUOKA, S.; REINACH, F. de C.; ROMANO, E.; SILVA, W. J. da; SILVA FILHO, M. de C.; ULIAN, E. C. Sugarcane (Saccharum X officinarum): a reference study for the regulation of genetically modified cultivars in Brazil. Tropical Plant Biology, v. 4, p. 62-89, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
| |
| 15. | | CHEAVEGATTI VIANOTTO, A.; ABREU, H. M. C. de; ARRUDA, P.; BESPALHOK FILHO, J. C.; BURNQUIST, W. L.; CRESTE, S.; CIERO, L. di; FERRO, J. A.; FIGUEIRA, A. V. de O.; FIULGUEIRAS, T. de S.; SA, M. F. G. de; GUZZO, E. C.; HOFFMANN, H. P.; LANDELL, M. G. de A.; MACEDO, N.; MATSUOKA, S.; REINACH, F. de C.; PINTO, E. R. de C.; SILVA, W. J. da; SILVA FILHO, M. de C.; ULIAN, E. C. Sugarcane (Saccharum X officinarum): a reference study for the regulation of genetically modified cultivars in Brazil. Tropical Plant Biology, v. 4, p. 62-89, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| Registros recuperados : 15 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
