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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
04/12/2014 |
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Data da última atualização: |
05/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, F. C. de; BORGES, C. C. H.; ALMEIDA, F. N.; SILVA, F. F. e; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A. |
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Afiliação: |
FABRÍZZIO CONDÉ DE OLIVEIRA, UFJF; CARLOS CRISTIANO HASENCLEVER BORGES, UFJF; FERNANDA NASCIMENTO ALMEIDA, FAPEMIG; FABYANO FONSECA E SILVA, UFV; RUI DA SILVA VERNEQUE, CNPGL; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; WAGNER ANTONIO ARBEX, CNPGL. |
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Título: |
SNPs selection using support vector regression and genetic algorithms in GWAS |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 15, article S4, 2014. |
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Páginas: |
15 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Suppl. 7. |
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Conteúdo: |
Introduction - This paper proposes a new methodology to simultaneously select the most relevant SNPs markers for the characterization of any measurable phenotype described by a continuous variable using Support Vector Regression with Pearson Universal kernel as fitness function of a binary genetic algorithm. The proposed methodology is multi-attribute towards considering several markers simultaneously to explain the phenotype and is based jointly on statistical tools, machine learning and computational intelligence. Results- The suggested method has shown potential in the simulated database 1, with additive effects only, and real database. In this simulated database, with a total of 1,000 markers, and 7 with major effect on the phenotype and the other 993 SNPs representing the noise, the method identified 21 markers. Of this total, 5 are relevant SNPs between the 7 but 16 are false positives. In real database, initially with 50,752 SNPs, we have reduced to 3,073 markers, increasing the accuracy of the model. In the simulated database 2, with additive effects and interactions (epistasis), the proposed method matched to the methodology most commonly used in GWAS. Conclusions- The method suggested in this paper demonstrates the effectiveness in explaining the real phenotype (PTA for milk), because with the application of the wrapper based on genetic algorithm and Support Vector Regression with Pearson Universal, many redundant markers were eliminated, increasing the prediction and accuracy of the model on the real database without quality control filters. The PUK demonstrated that it can replicate the performance of linear and RBF kernels. MenosIntroduction - This paper proposes a new methodology to simultaneously select the most relevant SNPs markers for the characterization of any measurable phenotype described by a continuous variable using Support Vector Regression with Pearson Universal kernel as fitness function of a binary genetic algorithm. The proposed methodology is multi-attribute towards considering several markers simultaneously to explain the phenotype and is based jointly on statistical tools, machine learning and computational intelligence. Results- The suggested method has shown potential in the simulated database 1, with additive effects only, and real database. In this simulated database, with a total of 1,000 markers, and 7 with major effect on the phenotype and the other 993 SNPs representing the noise, the method identified 21 markers. Of this total, 5 are relevant SNPs between the 7 but 16 are false positives. In real database, initially with 50,752 SNPs, we have reduced to 3,073 markers, increasing the accuracy of the model. In the simulated database 2, with additive effects and interactions (epistasis), the proposed method matched to the methodology most commonly used in GWAS. Conclusions- The method suggested in this paper demonstrates the effectiveness in explaining the real phenotype (PTA for milk), because with the application of the wrapper based on genetic algorithm and Support Vector Regression with Pearson Universal, many redundant markers were eliminated, increasing the prediction ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs); SNPs markers; Support Vector Regression with Pearson Universal. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 02422naa a2200253 a 4500
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005 2024-02-05
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500 $aSuppl. 7.
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653 $aSingle nucleotide polymorphisms (SNPs)
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653 $aSupport Vector Regression with Pearson Universal
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700 1 $aALMEIDA, F. N.
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700 1 $aARBEX, W. A.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| 201. |  | RIBEIRO, V. M. P.; RAIDAN, F. S. S.; BARBOSA, A. R.; SILVA, M. V. G. B.; CARDOSO, F. F.; TORAL, F. L. B. Multiple trait and random regression models using linear splines for genetic evaluation of multiple breed populations. Journal of Dairy Science, v. 102, n. 1, p. 464-475, Jan. 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 202. | | ANDRADE, L. G. D.; MUNIZ, M. N. M.; TAGLIATTI, R. F.; GUEDES, E.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A. Organizing of data warehouse using perl and DBMS for genotyping data. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 203. | | STUMPF, M. T.; SILVA, M. V. G. B.; PIMENTEL, C. M. M.; FISCHER, V.; KOLLING, G. J.; ALFONSO, E. P. M.; DALTRO, D. dos S.; DALCIN, V. C. Parâmetros fisiológicos e sanguíneos de vacas lactantes com diferentes constituições genéticas em relação a elevados índices de temperatura e umidade. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 13., 2015, Porto Alegre. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2015. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 204. | | FOYE-JACKSON, O. T.; LONG, J. A.; BAKST, M. R.; BLOMBERG, L. A.; AKUFFO, V. G.; SILVA, M. V. G. B.; GUTHRIE, H. D.; McMURTRY, J. P. Oviductal expression of avidin, avidin-related protein-2, and progesterone receptor in turkey hens in relation to sperm storage: effects of oviduct tissue type, sperm presence, and turkey line. Poultry Science, v. 90, n. 7, p. 1539-1547, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 205. | | BÖCK, M. J.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MARTINS, M. F.; NEGRI, R.; OTTO, P. I. Padrão de ancestralidade nas raças Holandesa, Jersey e Pardo-Suiça. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE BOVINOCULTURA LEITEIRA, 9., 2023, Viçosa, MG. Anais... Viçosa, MG: Universidade Federal de Viçosa, 2023. p. 476-478.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 206. | | IANELLA, P.; CAMPOS, T. A. de; PAIVA, S. R.; GUIMARAES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; CAETANO, A. R. Prospecção de Polimorfismos de Base Única (SNPs) no gene k-caseina (KCN) na raça Girolando. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 47., 2010, Salvador. Empreendedorismo e progresso científico na zootecnia brasileira: anais. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2010. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 207. | | UTSUNOMIYA, A. H.; SILVA, M. V. G. B.; ABREU, D. J. DE; ALMEIDA, D. C. DE; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; ARBEX, W. A. A realidade da genômica no agronegócio do leite brasileiro. Revista Leite Integral, n. 51, p. 76-82, 2013.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 208. | | ALFONZO, E. P.; SILVA, M. V. G. B.; SANTOS, D. D. dos; STUMPF, M. T.; DALCIN, V. C.; KOLLING, G.; FISCHER, V.; McMANUS, C. M. Relationship between physical attributes and heat stress in dairy cattle from different genetic groups. International Journal of Biometeorology, v. 60, n. 2, p. 245-353, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 210. | | REGITANO, L. C. de A.; MIYATA, M.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MARTINEZ, M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; CAMPOS, A. L. A QTL for resistance to Boophilus microplus maps to bovine chromosome 14. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 8., 2006, Belo Horizonte. Proceedings... Belo Horizonte: Instituto Prociência, 2006. 4 f. 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 211. | | ALFONZO, E. P. M.; DALTRO, D. dos S.; STUMPF, M. T.; DALCIN, V. C.; SILVA, M. V. G. B.; TORRES, H. A. L.; FISCHER, V.; McMANUS, C. M. Relações entre atributos físicos e fisiológicos e estresse térmico em vacas leiteiras de diferentes grupos genéticos. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 13., 2015, Porto Alegre. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2015. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 212. | | SIQUEIRA, J. B.; GUIMARÃES, J. D.; COSTA, E. P. da; HENRY, M.; TORRES, C. A. A.; SILVA, M. V. G. B. da; SILVEIRA, T. da S. Relação da taxa de gestação com sêmen bovino congelado e testes de avaliação espermática in vitro. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, MG, v. 36, n. 2, p. 387-395, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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| 214. | | MACHADO, F. S.; CAMPOS, M. M.; FERNANDES, L. DE O.; PEREIRA, L. G. R.; PAIVA, L. DE C.; CEMBRANELLI, M.; SILVA, M. V. G. B. Seleção para eficiência alimentar: oportunidades e desafios para a pecuaria de leite. O Girolando, v. 15, n. 90, p. 22-25, 2013.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
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| 215. | | TEMP, L. B.; OLIVEIRA, L. A. da S.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; OTTO, P. I. Seleção genômica para predição do mérito genético para características reprodutivas na raça Girolando. In: SIMPÓSIO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 6., 2021, Diamantina. Zootecnia em tempos de pandemia: oportunidades e desafios. Diamantina: Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2021.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 217. | | GUEDES, E.; ANDRADE, L. G. D.; MUNIZ, M. N. M.; TAGLIATTI, R. F.; ARBEX, W. A.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B. Selection of single mucleotide polymorphisms for using in paternity analysis in zebu breeds. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 219. | | SANTOS, K. C. L. dos; ARBEX, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; FONSECA, I.; SANTOS, D. J. de A. dos. Sistema de armazenamento para a organização e o controle do banco de DNA de bovinos de leite. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 12.; WORKSHOP DE POLÍTICAS PÚBLICAS, 12.; SIMPÓSIO DE SUSTENTABILIDADE DA ATIVIDADE LEITEIRA, 13., 2013, Porto Velho. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2013. 3 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 220. | | ORTEGA, M. S.; WOHLGEMUTH, S.; TRIBULO, P.; SIQUEIRA, L. G. B.; NULL, D. J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; HANSEN, P. J. A single nucleotide polymorphism in COQ9 affects mitochondrial and ovarian function and fertility in Holstein cows. Biology of Reproduction, v. 96, n. 3, p. 652-663, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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