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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
21/11/2012 |
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Data da última atualização: |
08/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FIGUEIRA, T. R. e S.; OKURA, V.; SILVA, F. R. da; SILVA, M. J. da; KUDRNA, D.; AMMIRAJU, J. S. S.; TALAG, J.; WING, R.; ARRUDA, P. |
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Afiliação: |
THAIS REZENDE E SILVA FIGUEIRA, Unicamp; VAGNER OKURA, Unicamp; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA; MARCIO JOSE DA SILVA, Unicamp; DAVE KUDRNA; JETTY S. S. AMMIRAJU; JAYSON TALAG; ROD WING; PAULO ARRUDA, Unicamp. |
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Título: |
A BAC library of the SP80-3280 sugarcane variety (saccharum sp.) and its inferred microsynteny with the sorghum genome. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Research Notes, v. 5, 2012. |
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Páginas: |
11 p. |
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DOI: |
10.1186/1756-0500-5-185 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: Sugarcane breeding has significantly progressed in the last 30 years, but achieving additional yield gains has been difficult because of the constraints imposed by the complex ploidy of this crop. Sugarcane cultivars are interspecific hybrids between Saccharum officinarum and Saccharum spontaneum. S. officinarum is an octoploid with 2n = 80 chromosomes while S. spontaneum has 2n = 40 to 128 chromosomes and ploidy varying from 5 to 16The hybrid genome is composed of 70-80% S. officinaram and 5-20% S. spontaneum chromosomes and a small proportion of recombinants. Sequencing the genome of this complex crop may help identify useful genes, either per se or through comparative genomics using closely related grasses. The construction and sequencing of a bacterial artificial chromosome (BAC) library of an elite commercial variety of sugarcane could help assembly the sugarcane genome. Results: A BAC library designated SS_SBa was constructed with DNA isolated from the commercial sugarcane variety SP80-3280. The library contains 36,864 clones with an average insert size of 125 Kb, 88% of which has inserts larger than 90 Kb. Based on the estimated genome size of 760?930 Mb, the library exhibits 5?6 times coverage the monoploid sugarcane genome. Bidirectional BAC end sequencing (BESs) from a random sample of 192 BAC clones sampled genes and repetitive elements of the sugarcane genome. Forty-five per cent of the total BES nucleotides represents repetitive elements, 83% of which belonging to LTR retrotransposons. Alignment of BESs corresponding to 42 BACs to the genome sequence of the 10 sorghum chromosomes revealed regions of microsynteny, with expansions and contractions of sorghum genome regions relative to the sugarcane BAC clones. In general, the sampled sorghum genome regions presented an average 29% expansion in relation to the sugarcane syntenic BACs. Conclusion: The SS_SBa BAC library represents a new resource for sugarcane genome sequencing. An analysis of insert size, genome coverage and orthologous alignment with the sorghum genome revealed that the library presents whole genome coverage. The comparison of syntenic regions of the sorghum genome to 42 SS_SBa BES pairs revealed that the sorghum genome is expanded in relation to the sugarcane genome. MenosBackground: Sugarcane breeding has significantly progressed in the last 30 years, but achieving additional yield gains has been difficult because of the constraints imposed by the complex ploidy of this crop. Sugarcane cultivars are interspecific hybrids between Saccharum officinarum and Saccharum spontaneum. S. officinarum is an octoploid with 2n = 80 chromosomes while S. spontaneum has 2n = 40 to 128 chromosomes and ploidy varying from 5 to 16The hybrid genome is composed of 70-80% S. officinaram and 5-20% S. spontaneum chromosomes and a small proportion of recombinants. Sequencing the genome of this complex crop may help identify useful genes, either per se or through comparative genomics using closely related grasses. The construction and sequencing of a bacterial artificial chromosome (BAC) library of an elite commercial variety of sugarcane could help assembly the sugarcane genome. Results: A BAC library designated SS_SBa was constructed with DNA isolated from the commercial sugarcane variety SP80-3280. The library contains 36,864 clones with an average insert size of 125 Kb, 88% of which has inserts larger than 90 Kb. Based on the estimated genome size of 760?930 Mb, the library exhibits 5?6 times coverage the monoploid sugarcane genome. Bidirectional BAC end sequencing (BESs) from a random sample of 192 BAC clones sampled genes and repetitive elements of the sugarcane genome. Forty-five per cent of the total BES nucleotides represents repetitive elements, 83% of whic... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genoma da cana-de-açúcar. |
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Thesagro: |
Sorgo. |
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Thesaurus Nal: |
Genome; Saccharum; Sugarcane. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 11 | |
| 1. |  | FERREIRA, I. C.; SILVA, M. de A. e; EUCLIDES FILHO, K.; FIGUEIREDO, G. R.; REIS, R. P.; FRIDRICH, A. B. Análise de custos de diferentes grupos genéticos de bovinos de corte terminados em confinamento. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 40., 2003, Santa Maria, RS. Otimizando a produção animal: anais. Santa Maria, RS: SBZ, 2003. 5 p. 1 CD-ROM. Sistemas de produção e economia. CNPGC.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 2. | | FERREIRA, I. C.; SILVA, M. de A. e; EUCLIDES FILHO, K.; REIS, R. P.; FIGUEIREDO, G. R.; FRIDRICH, A. B. Análises de sensibilidade da margem bruta em relação às variações nos preços de itens que compõem a receita e os custos do confinamento de diferentes grupos genéticos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 40., 2003, Santa Maria, RS. Otimizando a produção animal: anais. Santa Maria, RS: SBZ, 2003. 4 p. 1 CD-ROM. Sistemas de produção e economia. CNPGC.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 3. | | FERREIRA, I. C.; SILVA, M. de A.; EUCLIDES FILHO, K.; FIGUEREDO, G. R.; FRIDRICH, A. B.; CARVALHO, A. D. F. de. Desempenho de diferentes grupos genéticos de gado de corte em confinamento. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 39., 2002, Recife. A produção animal e a sociedade brasileira: anais. Recife: UFRPE: SBZ, 2002. 4 p. 1 CD-ROM. CNPGC.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 4. | | FRIDRICH, A. B.; SILVA, M. A.; VALENTE, B. D.; SOUSA, J. E. R.; CORRÊA, G. S. S.; FERREIRA, I. C.; VENTURA, R. V.; SILVA, L. O. C. Interação genótipo x ambiente e estimativas de parâmetros genéticos dos pesos aos 205 e 365 dias de idade de bovinos Nelore. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 60, n. 4, p. 917-925, ago. 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 5. | | SOUSA, J. E. R. de; SILVA, M. de A. e; SARMENTO, J. L. R.; SOUSA, W. H. de; SOUZA, M. do S. M. de; FRIDRICH, A. B. Homogeneidade e heterogeneidade de variância residual em modelos de regressão aleatória sobre o crescimento de caprinos Anglo-Nubianos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 12, p. 1725-1732, dez. 2008. Título em inglês: Homogeneity and heterogeneity of residual variance in random regression models on growth trajectory of Nubian goats.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 6. | | RIBEIRO, T. da P.; COSTA, J. B.; SILVA, V. L.; MARTINS, G. A.; FRIDRICH, A. B.; ALVES, A. A.; BOMFIM, M. A. D.; LEITE, E. R.; ROGÉRIO, M. C. P. Digestibilidade dos constituintes fibrosos de dietas contendo o co-produto de caju amonizado ou não com uréia. Revista da Faculdade de Zootecnia, Veterinária e Agronomia, Uruguaiana, v. 16, n. 2, p. 160-172, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
|  |
| 7. | | FRIDRICH, A. B.; SILVA, M. de A. e; FERREIRA, I. C.; CORRÊA, G. da S. S.; SOUZA, J. E. R. de; VENTURA, R. V.; PEREIRA, J. C. C.; SILVA, L. O. C. da. Estimativas de parâmetros genéticos dos pesos à desmama e a um ano de idade de bovinos da raça Tabapuã nas regiões brasileiras Sul, Sudeste, Centro-Oeste e Nordeste. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 41., 2004, Campo Grande, MS. A produção animal e a segurança alimentar: anais dos simpósios e dos resumos. Campo Grande, MS: Sociedade Brasileira de Zootecnia: Embrapa Gado de Corte, 2004. 5 p. MELH 011. 1 CD-ROM. CNPGC.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 8. | | VALENTE, B. D.; SILVA, M. A.; SILVA, L. O. C. da; BERGMANN, J. A. G.; PEREIRA, J. C. C.; FRIDRICH, A. B.; FERREIRA, I. C.; G. S. S. CORRÊA. Estruturas de covariância de peso em função da idade de animais Nelore das regiões Sudeste e Centro-Oeste do Brasil. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 60, n. 2, p. 389-400, abr. 2008. Título em inglês: Covariance structure of body weight in function of age for Nellore animals from Southeast and Center West of Brazil.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 9. | | MEMORIA, H. de Q.; MARTINS, G. A.; FRIDRICH, A. B.; ALBUQUERQUE, F. H. M. A. R.; ROGERIO, M. C. P.; MAGALHÃES, A. F. B.; NEVES, M. R. M.; ALBUQUERQUE, F. H. M. A. R. Fertilidade e prolificidade de ovinos criados em diferentes sistemas de produção na região Norte do Ceará. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 5.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 11.; SIMPÓSIO SERGIPANO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 1., 2008, Aracaju. Anais... Aracaju: Sociedade Nordestina de Produção Animal; Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2008. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 10. | | SOUSA, J. E. R. de; OLIVEIRA, S. M. P. de; LOBO, R. N. B.; LIMA, F. de A. M.; FERREIRA, I. C.; CORRÊA, G. da S. S.; FRIDRICH, A. B. Parâmetros genéticos e fenotípicos de características ponderais em ovinos da raça Santa Inês. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 41., 2004, Campo Grande, MS. A produção animal e a segurança alimentar: anais dos simpósios e dos resumos. Campo Grande, MS: Sociedade Brasileira de Zootecnia: Embrapa Gado de Corte, 2004. 4 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 11. | | VENTURA, R. V.; SILVA, M. A.; MEDEIROS, T. H.; DIONELLO, L. N.; MADALENA, F. E.; FRIDRICH, A. B.; VALENTE, B. D.; SANTOS, G. G. dos; FREITAS, L. S.; WENCESLAU, R. R.; FELIPE, V. P. S.; CORREA, G. S. S. Uso de redes neurais artificiais na predição de valores genéticos para peso aos 205 dias em bovinos da raça Tabapuã. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinaria e Zootecnia, v. 64, n. 2, p. 411-418, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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