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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
05/07/2019 |
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Data da última atualização: |
09/06/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LIMA L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; SUELA, M. M.; NASCIMENTO, M.; VIANA, J. M. S. |
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Afiliação: |
Leísa Pires Lima, Universidade Federal de Viçosa; Camila Ferreira Azevedo, Universidade Federal de Viçosa; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Fabyano Fonseca e Silva, Universidade Federal de Viçosa; Matheus Massariol Suela, Universidade Federal de Viçosa; Moysés Nascimento, Universidade Federal de Viçosa; José Marcelo Soriano Viana, Universidade Federal de Viçosa. |
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Título: |
New insights into genomic selection through population-based non-parametric prediction methods. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricicola, v. 76, n. 4, p. 290-298, July/Aug. 2019. |
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DOI: |
10.1590/1678-992x-2017-0351 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genome-wide selection (GWS) is based on a large number of markers widely distributed throughout the genome. Genome-wide selection provides for the estimation of the effect of each molecular marker on the phenotype, thereby allowing for the capture of all genes affecting the quantitative traits of interest. The main statistical tools applied to GWS are based on random regression or dimensionality reduction methods. In this study a new non-parametric method, called Delta-p was proposed, which was then compared to the Genomic Best Linear Unbiased Predictor (G-BLUP) method. Furthermore, a new selection index combining the genetic values obtained by the G-BLUP and Delta-p, named Delta-p/G-BLUP methods, was proposed. The efficiency of the proposed methods was evaluated through both simulation and real studies. The simulated data consisted of eight scenarios comprising a combination of two levels of heritability, two genetic architectures and two dominance status (absence and complete dominance). Each scenario was simulated ten times. All methods were applied to a real dataset of Asian rice (Oryza sativa) aiming to increase the efficiency of a current breeding program. The methods were compared as regards accuracy of prediction (simulation data) or predictive ability (real dataset), bias and recovery of the true genomic heritability. The results indicated that the proposed Delta-p/G-BLUP index outperformed the other methods in both prediction accuracy and predictive ability. |
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Palavras-Chave: |
Asian rice; Genetic gain; Genomic prediction. |
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Thesagro: |
Arroz; Oryza Sativa. |
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Thesaurus Nal: |
Selection index. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/199238/1/2019-M.Deon-SA-New-insights.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 117 | |
| 81. |  | AZEVEDO, C. F.; ABAD, J. I. M.; MISSIAGGIA, A. A.; AGUIAR, A. M.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e.; PEREIRA, C. S. Parametrizações em marcadores dominantes DarTs para características de crescimento de eucalipto. Revista Matemática e Estatística em foco, v. 1, n. 2, 2013. Edição especial dos anais do Encontro Mineiro de Estatística, 12., 2013, Uberlândia. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 82. | | LIMA L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; SUELA, M. M.; NASCIMENTO, M.; VIANA, J. M. S. New insights into genomic selection through population-based non-parametric prediction methods. Scientia Agricicola, v. 76, n. 4, p. 290-298, July/Aug. 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 83. | | AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; NASCIMENTO, M.; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F. Population structure correction for genomic selection through eigenvector covariates. Crop Breeding and Applied Biotechnology, Viçosa, v. 17, n. 4, p.350-358, Oct./Dec. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 84. | | GUIMARÃES, J. F. R.; ALMEIDA FILHO, J. E.; RESENDE JÚNIOR, M. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; MUÑOZ, P.; KIRST, M. Predictive ability behavior across sites after discard of SNPS with unstable effects. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: SBMP: UFG, 2015. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 85. | | AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; PETERNELLI, L. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S. Quadrados mínimos parciais uni e multivariado aplicados na seleção genômica para características de carcaça em suínos. Ciência Rural, Santa Maria, RS, v. 43, n. 9, p. 1642-1649, set. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 86. | | FERNANDES, C. A. de C.; PALHAO, M. P.; FIGUEIREDO, A. C. S.; RIBEIRO, J. R.; SILVA, F. F. e; VIANA, J. H. M. Weight gain potential affects pregnancy rates in bovine embryo recipients raised under pasture conditions. Tropical Animal Health and Production, v. 48, n. 1, p. 103-107, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 87. | | GLÓRIA, L. S.; CRUZ, C. D.; VIEIRA, R. A. M.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; SIQUEIRA, O. H. G. B. D. de; SILVA, F. F. e. Accessing marker effects and heritability estimates from genome prediction by Bayesian regularized neural networks. Livestock Science, v. 191, p. 91-96, Sept. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 88. | | OLIVEIRA, H. R. de; SILVA, F. F. e; SILVA, M. V. G. B.; SIQUEIRA, O. H. G. B. D. de; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; GLÓRIA, L. S.; BRITO, L. F. Bayesian Models combining Legendre and B-spline polynomials for genetic analysis of multiple lactations in Gyr cattle. Livestock Science, v. 201, p. 78-84, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 89. | | FARIA, G. M. P. de; PEREIRA, C. S.; GRANATO, I. S. C.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SASALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D. Controle de qualidade de dados genotípicos para estudos genômicos em clones de eucalipto. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 1068-1071| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 90. | | FARIA, G. M. P. de; PEREIRA, C. S.; GRANATO, I. S. C.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SASALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D. Controle de qualidade de dados genotípicos para estudos genômicos em clones de eucalipto. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 84-87.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 91. | | MARINHO, C. D.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SANSALONI, C. P.; PETROLLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D. Validação cruzada e independente na seleção genômica ampla. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 84-87.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 92. | | MARINHO, C. D.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SANSALONI, C. P.; PETROLLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D. Validação cruzada e independente na seleção genômica ampla. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 84-87.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 93. | | RAMOS, P. V. B.; SILVA, L. O. C. da; PEREZ, B. da C.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; MENEZES, G. R. de O.; ALVARENGA, L. C.; TORRES FILHO, R. de A.; DUARTE, M. de S.; SILVA, F. F. e. Stayability and consecutive rebreeding ability associated to carcass and growth traits in Brazilian Nellore cattle: a Bayesian framework. Livestock Science, v. 245, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 94. | | MIRANDA, T. L. R.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; NUNES, A. C. P.; TAKAHASHI, E. K.; SIMIQUELI, G. F.; SILVA, F. F. e; ALVES, R. S. Evaluation of a new additive-dominance genomic model and implications for quantitative genetics and genomic selection. Scientia Agricola, v. 79, n. 6, p. 1-7, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 95. | | EVANGELISTA, J. S. P. C.; PEIXOTO, M. A.; COELHO, I. F.; ALVES, R. S.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. L. da; BHERING, L. L. Environmental stratification and genotype recommendation toward the soybean ideotype: a Bayesian approach. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 21, n. 1, e359721111, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 96. | | RESENDE, R. T.; SOARES, A. A. V.; FORRESTER, D. I.; MARCATTI, G. E.; SANTOS, A. R. dos; TAKAHASHI, E. K.; SILVA, F. F. e; GRATTAPAGLIA, D.; RESENDE, M. D. V. de; LEITE, H. G. Environmental uniformity, site quality and tree competition interact to determine stand productivity of clonal Eucalyptus. Forest Ecology and Management, v. 410, p. 76-83, Feb. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 97. | | SILVA, F. F. e; ZAMBRANO, M. F. B.; VARONA, L.; GLÓRIA, L. S.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A.; LÁZARO, S. F.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F. Genome association study through nonlinear mixed models revealed new candidate genes for pig growth curves. Scientia Agricola, v. 74, n. 1, 2017. 7 P.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Gado de Leite. |
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| 98. | | SANTANA, T. E. Z.; SILVA, J. C. F.; SILVA, L. O. C. da; ALVARENGA, A. B.; MENEZES, G. R. de O.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; DUARTE, M. de S.; SILVA, F. F. e. Genome-enabled classification of stayability in Nellore cattle under a machine learning framework. Livestock Science, v. 260, article 104935, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 99. | | RESENDE, R. T.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; SOUZA, T. L. P. O. de; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Genome-wide association and regional heritability mapping of plant architecture, lodging and productivity in Phaseolus vulgaris. G3: Genes, Genomes, Genetics, v. 8, p. 2841-2854, Aug. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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