| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
|
Data corrente: |
19/01/2022 |
|
Data da última atualização: |
19/01/2022 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
LIMA, L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e. |
|
Afiliação: |
LEÍSA PIRES LIMA, UFV; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa; MOYSÉS NASCIMENTO, UFV; FABYANO FONSECA E SILVA, UFV. |
|
Título: |
Evaluation of Bayesian methods of genomic association via chromosomic regions using simulated data. |
|
Ano de publicação: |
2022 |
|
Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, v. 79, n. 3, p. 1-10, 2022. |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
The development of efficient methods for genome-wide association studies (GWAS) between quantitative trait loci (QTL) and genetic values is extremely important to animal and plant breeding programs. Bayesian approaches that aim to select regions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) proved to be efficient, indicating genes with important effects. Among the selection criteria for SNPs or regions, selection criterion by percentage of variance can be explained by genomic regions (%var), selection of tag SNPs, and selection based on the window posterior probability of association (WPPA). To also detect potentially associated regions, we proposed measuring posterior probability of the interval PPint), which aims to select regions based on the markers of greatest effects. Therefore, the objective of this work was to evaluate these approaches, in terms of efficiency in selecting and identifying markers or regions located within or close to genes associated with traits. This study also aimed to compare these methodologies with single-marker analyses. To accomplish this, simulated data were used in six scenarios, with SNPs allocated in non?overlapping genomic regions. Considering traits with oligogenic inheritance, WPPA criterion followed by %var and PPint criteria were shown to be superior, presenting higher values of detection power, capturing higher percentages of genetic variance and larger areas. For traits with polygenic inheritance, PPint and WPPA criteria were considered superior. Single?marker analyses identified SNPs associated only in oligogenic inheritance scenarios and was lower than the other criteria. MenosThe development of efficient methods for genome-wide association studies (GWAS) between quantitative trait loci (QTL) and genetic values is extremely important to animal and plant breeding programs. Bayesian approaches that aim to select regions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) proved to be efficient, indicating genes with important effects. Among the selection criteria for SNPs or regions, selection criterion by percentage of variance can be explained by genomic regions (%var), selection of tag SNPs, and selection based on the window posterior probability of association (WPPA). To also detect potentially associated regions, we proposed measuring posterior probability of the interval PPint), which aims to select regions based on the markers of greatest effects. Therefore, the objective of this work was to evaluate these approaches, in terms of efficiency in selecting and identifying markers or regions located within or close to genes associated with traits. This study also aimed to compare these methodologies with single-marker analyses. To accomplish this, simulated data were used in six scenarios, with SNPs allocated in non?overlapping genomic regions. Considering traits with oligogenic inheritance, WPPA criterion followed by %var and PPint criteria were shown to be superior, presenting higher values of detection power, capturing higher percentages of genetic variance and larger areas. For traits with polygenic inheritance, PPint and WPPA criteria were considered ... Mostrar Tudo |
|
Thesagro: |
Melhoramento Genético Vegetal; Método de Melhoramento. |
|
Thesaurus Nal: |
Genetic variance; Genomics; Molecular models; Plant breeding. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230380/1/evaluation-of-bayesian-methods.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02367naa a2200241 a 4500
001 2139182
005 2022-01-19
008 2022 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aLIMA, L. P.
245 $aEvaluation of Bayesian methods of genomic association via chromosomic regions using simulated data.$h[electronic resource]
260 $c2022
520 $aThe development of efficient methods for genome-wide association studies (GWAS) between quantitative trait loci (QTL) and genetic values is extremely important to animal and plant breeding programs. Bayesian approaches that aim to select regions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) proved to be efficient, indicating genes with important effects. Among the selection criteria for SNPs or regions, selection criterion by percentage of variance can be explained by genomic regions (%var), selection of tag SNPs, and selection based on the window posterior probability of association (WPPA). To also detect potentially associated regions, we proposed measuring posterior probability of the interval PPint), which aims to select regions based on the markers of greatest effects. Therefore, the objective of this work was to evaluate these approaches, in terms of efficiency in selecting and identifying markers or regions located within or close to genes associated with traits. This study also aimed to compare these methodologies with single-marker analyses. To accomplish this, simulated data were used in six scenarios, with SNPs allocated in non?overlapping genomic regions. Considering traits with oligogenic inheritance, WPPA criterion followed by %var and PPint criteria were shown to be superior, presenting higher values of detection power, capturing higher percentages of genetic variance and larger areas. For traits with polygenic inheritance, PPint and WPPA criteria were considered superior. Single?marker analyses identified SNPs associated only in oligogenic inheritance scenarios and was lower than the other criteria.
650 $aGenetic variance
650 $aGenomics
650 $aMolecular models
650 $aPlant breeding
650 $aMelhoramento Genético Vegetal
650 $aMétodo de Melhoramento
700 1 $aAZEVEDO, C. F.
700 1 $aRESENDE, M. D. V. de
700 1 $aNASCIMENTO, M.
700 1 $aSILVA, F. F. e
773 $tScientia Agricola$gv. 79, n. 3, p. 1-10, 2022.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 117 | |
| 42. |  | OLIVEIRA, L. T. de; MENEZES, G. R. de O.; SILVA, F. F. e; OLIVEIRA, H. R. de; VENTURA, H. T. Modelos de limiar em regressão aleatória para avaliação genética da probabilidade de prenhez na raça Sindi. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 12., 2017, Ribeirão Preto, SP. Fenômica e outras ômicas na produção animal: Anais... Sertãozinho: Sociedade de Melhoramento Animal/Instituto de Zootecnia, 2017.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
|    |
| 43. | | NASCIMENTO, N; FERREIRA, A.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; FERREIRA, R. de P.; CRUZ, C. D. Multiple centroid method to evaluate the adaptability of alfalfa genotypes. Revista Ceres, Viçosa, v. 62, n. 1, p. 030-036, jan/fev, 2015| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 44. | | AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F. Regressão via componentes independentes aplicada à seleção genômica para características de carcaça em suínos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 48, n. 6, p. 619-626, jun. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 45. | | VALENTE, M. S.; VIANA, J. M. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; LOPES, M. T. G. Seleção genômica para melhoramento vegetal com diferentes estruturas populacionais. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 51, n. 11, p. 1857-1867, nov. 2016. Título em inglês: Genomic selection for plant breeding with different population structures.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 47. | | FIORINI, C. V. A.; SILVA, D. J. H. da; SILVA, F. F. e; MIZUBUTI, E. S. G.; ALVES, D. P.; CARDOSO, T. de S. Agrupamento de curvas de progresso de requeima, em tomateiro originado de cruzamento interespecífico. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 45, n. 10, p. 1095-1101, nov. 2010 Título em inglês: Clustering of progress curves of late blight for tomato genotypes from interspecific crosses.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 48. | | CECON, P. R.; SILVA, F. F. e; FERREIRA, A.; FERRÃO, R. G.; CARNEIRO, A. P. S.; DETMANN, E.; FARIA, P. N.; MORAIS, T. S. da S. Análise de medidas repetidas na avaliação de clones de café 'Conilon'. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 9, p. 1171-1176, set. 2008. Título em inglês: Repeated measure analysis in the clonal evaluation in 'Conilon' coffee.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 49. | | NASCIMENTO, M.; ROCHA, G. S. da; PINTO, D. S.; BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, A. C. C.; FERREIRA, R. de P.; SILVA, F. F. e. Correlação de Spearman aplicada ao estudo de adaptabilidade e estabilidade em genótipos de alfafa. Investigacion Agrária, v. 15, n. 2, p. 83-90, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 50. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; GUIMARÃES, J. F. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; MUÑOZ, P.; KIRST, M.; RESENDE JUNIOR, M. F. R. The contribution of dominance to phenotype prediction in a pine breeding and simulated population. Heredity, v. 117, p. 33-41, July 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| |
| 51. | | VENTURA, H. T.; SILVA, F. F e; VARONA, L.; FIGUEIREDO, E. A. P. de; COSTA, E. V.; SILVA, L. P. da; VENTURA. R.; LOPES, P. S. Comparing multi-trait Poisson and Gaussian Bayesian models for genetic evaluation of litter traits in pigs. Livestock Science, v. 176, p. 47-53, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
|  |
| 52. | | COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C. A comparison of regression methods based on dimensional reduction for genomic prediction. Genetics and Molecular Research, v. 20, n. 2, p. 1-15, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 53. | | BARBOSA, E. C.; SILVA, C. H. O.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; MINIM, V. P. R.; DELIZA, R.; SILVA, S. M. Della L. Choice-based conjoint analysis: um enfoque bayesiano. Revista Brasileira de Biometria, Lavras, v.36, n.1, 2018. 19 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
| |
| 54. | | CECON, P. R.; SILVA, F. F. e; DONATO, S. L. R.; SIQUEIRA, D. L. de; SALOMÃO, L. C. C.; SILVA, S. de O. e; CARNEIRO, A. P. S. Avaliação de métodos para estimar o tamanho de parcelas em experimentos com bananeira. In: REUNIÃO ANUAL DA REGIÃO BRASILEIRA DA SOCEDADE INTERNACIONAL DE BIOMETRIA, 52.; SIMPÓSIO DE ESTATÍSTICA APLICADA À EXPERIMENTAÇÃO AGRONÔMICA, 12., 2007, Santa Maria. Santa Maria: [s.n., 2007?] Antônio Policarpo Souza Carneiro, UFV.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
| |
| 55. | | LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R. Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. Revista Brasileira de Biometria, Lavras, v. 35, n. 3, p. 440-448, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| |
| 56. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; TARDIN, F. D.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; GRANATO, I. S. C.; MENEZES, C. B. de. Genetic evaluation of grain sorghum hybrids in Brazilian environments using the REML/BLUP procedure. Scientia Agricola, Piracicaba, v. 71, n. 2, p. 146-150, Mar./Apr. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Milho e Sorgo. |
| |
| 57. | | EVANGELISTA, J. S. P. C.; PEIXOTO, M. A.; COELHO, I.; ALVES, R.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; LAVIOLA, B.; BHERING, L. L. Genetic evaluation and selection in jatropha curcas through frequentist and bayesian inferences. Bragantia, v. 81, 2022. 12 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 58. | | BRITO, L. C.; PEIXOTO, M. G. C. D.; CARRARA, E. R.; SILVA, F. F. e; VENTURA, H. T.; BRUNELI, F. A. T.; LOPES, P. S. Genetic parameters for milk, growth, and reproductive traits in Guzerá cattle under tropical conditions. Tropical Animal Health and Production, v. 52, p. 2251-2257, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 60. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de A.; RODRIGUES, J. F. G.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; RESENDE JÚNIOR, M.; MUÑOZ, P.; KIRST, M. Genomic prediction of assitive and non-additive effects using genetic markers and pedigrees in pines breeding. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: SBMP: UFG, 2015. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| |
| Registros recuperados : 117 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
