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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
Data corrente: |
21/06/2016 |
Data da última atualização: |
21/06/2016 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
TEIXEIRA, F. R. F.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; CRUZ, C. D.; AZEVEDO, C. F.; PAIXÃO, D. M.; BARROSO, L. M. A.; VERARDO, L. L.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S. |
Afiliação: |
F. R. F. Teixeira, UFV; M. Nascimento, UFV; A. C. C. Nascimento, UFV; F. F. e Silva, UFV; C. D. Cruz, UFV; C. F. Azevedo, UFV; D. M. Paixão, UFV; L. M. A. Barroso, UFV; L. L. Verardo, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; S. E. F. Guimarães, UFV; P. S. Lopes, UFV. |
Título: |
Factor analysis applied to genome prediction for high-dimensional phenotypes in pigs. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 2, 2016. 10 p. |
DOI: |
http://dx.doi.org/10.4238/gmr.15028231 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
The aim of the present study was to propose and evaluate the use of factor analysis (FA) in obtaining latent variables (factors) that represent a set of pig traits simultaneously, for use in genome-wide selection (GWS) studies. We used crosses between outbred F2 populations of Brazilian Piau X commercial pigs. Data were obtained on 345 F2 pigs, genotyped for 237 SNPs, with 41 traits. FA allowed us to obtain four biologically interpretable factors: ?weight?, ?fat?, ?loin?, and ?performance?. These factors were used as dependent variables in multiple regression models of genomic selection (Bayes A, Bayes B, RR-BLUP, and Bayesian LASSO). The use of FA is presented as an interesting alternative to select individuals for multiple variables simultaneously in GWS studies; accuracy measurements of the factors were similar to those obtained when the original traits were considered individually. The similarities between the top 10% of individuals selected by the factor, and those selected by the individual traits, were also satisfactory. Moreover, the estimated markers effects for the traits were similar to those found for the relevant factor. |
Palavras-Chave: |
Análise multivariada; Genome enabled prediction; SNP effects. |
Thesagro: |
Estatística; Melhoramento genético animal; Seleção genética. |
Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Multivariate analysis. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/144605/1/2016-M.Deon-GMR-FactorAnalysis.pdf
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Marc: |
LEADER 02251naa a2200361 a 4500 001 2047516 005 2016-06-21 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttp://dx.doi.org/10.4238/gmr.15028231$2DOI 100 1 $aTEIXEIRA, F. R. F. 245 $aFactor analysis applied to genome prediction for high-dimensional phenotypes in pigs.$h[electronic resource] 260 $c2016 520 $aThe aim of the present study was to propose and evaluate the use of factor analysis (FA) in obtaining latent variables (factors) that represent a set of pig traits simultaneously, for use in genome-wide selection (GWS) studies. We used crosses between outbred F2 populations of Brazilian Piau X commercial pigs. Data were obtained on 345 F2 pigs, genotyped for 237 SNPs, with 41 traits. FA allowed us to obtain four biologically interpretable factors: ?weight?, ?fat?, ?loin?, and ?performance?. These factors were used as dependent variables in multiple regression models of genomic selection (Bayes A, Bayes B, RR-BLUP, and Bayesian LASSO). The use of FA is presented as an interesting alternative to select individuals for multiple variables simultaneously in GWS studies; accuracy measurements of the factors were similar to those obtained when the original traits were considered individually. The similarities between the top 10% of individuals selected by the factor, and those selected by the individual traits, were also satisfactory. Moreover, the estimated markers effects for the traits were similar to those found for the relevant factor. 650 $aAnimal breeding 650 $aMultivariate analysis 650 $aEstatística 650 $aMelhoramento genético animal 650 $aSeleção genética 653 $aAnálise multivariada 653 $aGenome enabled prediction 653 $aSNP effects 700 1 $aNASCIMENTO, M. 700 1 $aNASCIMENTO, A. C. C. 700 1 $aSILVA, F. F. e 700 1 $aCRUZ, C. D. 700 1 $aAZEVEDO, C. F. 700 1 $aPAIXÃO, D. M. 700 1 $aBARROSO, L. M. A. 700 1 $aVERARDO, L. L. 700 1 $aRESENDE, M. D. V. de 700 1 $aGUIMARÃES, S. E. F. 700 1 $aLOPES, P. S. 773 $tGenetics and Molecular Research$gv. 15, n. 2, 2016. 10 p.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Registros recuperados : 6 | |
2. | | COSTA, A. S. V. da; HORN, A. H.; BILAL, E.; PINHO, A. A. de; DONAGEMA, G. K.; SAMPAIO, R. A. Brachiaria brizantha growth in amended soil by effluents from the milk industry. Banat's Journal of Biotechnology, Timisoara, v. 6, n. 11, p. 13-22, 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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3. | | DONAGEMMA, G. K.; ROCHA JUNIOR, P. R. da; PASSOS, R. R.; ANDRADE, F. V.; COSTA, A. S. V. da. Indicadores de qualidade do solo influenciados por níveis de degradação de pastagem na região de Governador Valadares-MG. In: ANDRADE, F. V.; PASSOS, R. R.; MENDONÇA, E. de S. LIMA, J. S. de S. FERREIRA, A. (ed.). Tópicos especiais em produção vegetal II. Alegre: CAUFES, 2011. cap. 30, p. 469-484.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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4. | | ROCHA JUNIOR, P. R. da; SOARES, M. L.; RIBEIRO, I. G.; COSTA, A. S. V. da; DONAGEMMA, G. K.; MENDONÇA, E. de S. Soil carbon stock in silvopastoral system, pasture and sugarcaneculture. Idesia, Arica, v. 32, n. 1, p. 35-42, enero/feb. 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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5. | | ALMEIDA, L. G. F. de; PARRELLA, R. A. da C.; SIMEONE, M. L. F.; RIBEIRO, P. C. de O.; BARBOSA, G. M. P.; BRITO, P. L.; COSTA, A. S. V. da; SANTOS, A. S. dos. Characterization of cell wall polysaccharides and cellulosic ethanol potential in genotypes of sorghum biomass. International Journal of Development Research, v. 9, n. 4, p. 26810-26820, 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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6. | | ALMEIDA, L. G. F. de; PARRELLA, R. A. da C.; SIMEONE, M. L. F.; RIBEIRO, P. C. de O.; SANTOS, A. S. dos; COSTA, A. S. V. da; GUIMARAES, A. G.; SCHAFFERT, R. E. Composition and growth of sorghum biomass genotypes for ethanol production. Biomass and Bioenergy, v. 122, p. 343-348, 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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