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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
19/01/2022 |
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Data da última atualização: |
19/01/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LIMA, L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e. |
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Afiliação: |
LEÍSA PIRES LIMA, UFV; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa; MOYSÉS NASCIMENTO, UFV; FABYANO FONSECA E SILVA, UFV. |
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Título: |
Evaluation of Bayesian methods of genomic association via chromosomic regions using simulated data. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, v. 79, n. 3, p. 1-10, 2022. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The development of efficient methods for genome-wide association studies (GWAS) between quantitative trait loci (QTL) and genetic values is extremely important to animal and plant breeding programs. Bayesian approaches that aim to select regions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) proved to be efficient, indicating genes with important effects. Among the selection criteria for SNPs or regions, selection criterion by percentage of variance can be explained by genomic regions (%var), selection of tag SNPs, and selection based on the window posterior probability of association (WPPA). To also detect potentially associated regions, we proposed measuring posterior probability of the interval PPint), which aims to select regions based on the markers of greatest effects. Therefore, the objective of this work was to evaluate these approaches, in terms of efficiency in selecting and identifying markers or regions located within or close to genes associated with traits. This study also aimed to compare these methodologies with single-marker analyses. To accomplish this, simulated data were used in six scenarios, with SNPs allocated in non?overlapping genomic regions. Considering traits with oligogenic inheritance, WPPA criterion followed by %var and PPint criteria were shown to be superior, presenting higher values of detection power, capturing higher percentages of genetic variance and larger areas. For traits with polygenic inheritance, PPint and WPPA criteria were considered superior. Single?marker analyses identified SNPs associated only in oligogenic inheritance scenarios and was lower than the other criteria. MenosThe development of efficient methods for genome-wide association studies (GWAS) between quantitative trait loci (QTL) and genetic values is extremely important to animal and plant breeding programs. Bayesian approaches that aim to select regions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) proved to be efficient, indicating genes with important effects. Among the selection criteria for SNPs or regions, selection criterion by percentage of variance can be explained by genomic regions (%var), selection of tag SNPs, and selection based on the window posterior probability of association (WPPA). To also detect potentially associated regions, we proposed measuring posterior probability of the interval PPint), which aims to select regions based on the markers of greatest effects. Therefore, the objective of this work was to evaluate these approaches, in terms of efficiency in selecting and identifying markers or regions located within or close to genes associated with traits. This study also aimed to compare these methodologies with single-marker analyses. To accomplish this, simulated data were used in six scenarios, with SNPs allocated in non?overlapping genomic regions. Considering traits with oligogenic inheritance, WPPA criterion followed by %var and PPint criteria were shown to be superior, presenting higher values of detection power, capturing higher percentages of genetic variance and larger areas. For traits with polygenic inheritance, PPint and WPPA criteria were considered ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Melhoramento Genético Vegetal; Método de Melhoramento. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic variance; Genomics; Molecular models; Plant breeding. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230380/1/evaluation-of-bayesian-methods.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
28/10/2014 |
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Data da última atualização: |
29/06/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Autoria/Organização/Edição de Livros |
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Autoria: |
COSTA, A. M.; SPEHAR, C. R.; SERENO, J. R. B. (ed.). |
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Afiliação: |
ANA MARIA COSTA, CPAC; CARLOS ROBERTO SPEHAR, UNB; JOSE ROBSON BEZERRA SERENO, CPAC. |
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Título: |
Conservação de recursos genéticos no Brasil. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Brasília, DF : Embrapa, 2012. |
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Páginas: |
628 p. |
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Descrição Física: |
il. |
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ISBN: |
978-85-7035-037-4 |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
E-book no formato pdf. Contém Glossário. |
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Conteúdo: |
O esforço dos editores na estruturação desta obra, dos autores, seus colaboradores e parceiros para abordar o tema da conservação de recursos genéticos no Brasil terá impactos diretos sobre a formação de diferentes profissionais ligados à área biológica. Sua contribuição advirá da crescente participação na pesquisa e na formulação de políticas públicas, tendo como objetivos maiores a manutenção e a expansão da diversidade dos sistemas produtivos. No melhoramento genético, contornando problemas sanitários crescentes, associados à especialização dos cultivos, fica demonstrada a importância da diversidade. Ela somente se materializa com base na organização, descrição e uso eficiente das coleções de acessos em espécies autóctones e exóticas, componentes dos sistemas produtivos brasileiros. Diante dessa perspectiva, espera-se que esta obra contribua para popularidade e aumento da consciência sobre o valor da conservação e seus benefícios para a sociedade. Se por um lado, o desafio de uma agropecuária em base sólida depende de se contornarem os reveses decorrentes da estreita diversidade ou da falta de uso de acessos em programas de melhoramento genético. Por outro lado, as atividades agropecuárias, conservadoras pelos riscos inerentes, absorvem, com limitação, novos componentes. Associada à divulgação, fica demonstrado o valor dos recursos genéticos, estimulando seu conhecimento e emprego tanto por parte dos pesquisadores como dos usuários e público em geral. A sensibilização de produtores e outros segmentos da sociedade humana deverão fazer crescer o interesse na manutenção da diversificação. Finalmente, este trabalho deverá produzir seus frutos, com a esperança de que a pesquisa, o ensino e a produção de tecnologia no Brasil estejam associados à inovação, impulsionada pelo acesso e uso dos recursos genéticos, proporcionando maiores benefícios para a sociedade. (PREFÁCIO DOS EDITORES) MenosO esforço dos editores na estruturação desta obra, dos autores, seus colaboradores e parceiros para abordar o tema da conservação de recursos genéticos no Brasil terá impactos diretos sobre a formação de diferentes profissionais ligados à área biológica. Sua contribuição advirá da crescente participação na pesquisa e na formulação de políticas públicas, tendo como objetivos maiores a manutenção e a expansão da diversidade dos sistemas produtivos. No melhoramento genético, contornando problemas sanitários crescentes, associados à especialização dos cultivos, fica demonstrada a importância da diversidade. Ela somente se materializa com base na organização, descrição e uso eficiente das coleções de acessos em espécies autóctones e exóticas, componentes dos sistemas produtivos brasileiros. Diante dessa perspectiva, espera-se que esta obra contribua para popularidade e aumento da consciência sobre o valor da conservação e seus benefícios para a sociedade. Se por um lado, o desafio de uma agropecuária em base sólida depende de se contornarem os reveses decorrentes da estreita diversidade ou da falta de uso de acessos em programas de melhoramento genético. Por outro lado, as atividades agropecuárias, conservadoras pelos riscos inerentes, absorvem, com limitação, novos componentes. Associada à divulgação, fica demonstrado o valor dos recursos genéticos, estimulando seu conhecimento e emprego tanto por parte dos pesquisadores como dos usuários e público em geral. A sensibilização de ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Brasil. |
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Thesagro: |
Biodiversidade; Genoma; Recurso genético. |
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Thesaurus NAL: |
Biodiversity; Brazil; Genetic resources; Genome. |
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Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/110820/1/costa-01.pdf
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Marc: |
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Embrapa Cerrados (CPAC) |
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