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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia. |
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Data corrente: |
19/10/2023 |
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Data da última atualização: |
26/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, L. M. da; FORMIGHIERI, E. F.; PETERS, L. P.; ASSIS, G. M. L. de; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. DE; CAMPOS, T. de. |
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Afiliação: |
JÔNATAS CHAGAS DE OLIVEIRA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; ANDRÉ LUCAS DOMINGOS DA SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; LUCIELIO MANOEL DA SILVA, CPATC; EDUARDO FERNANDES FORMIGHIERI, CNPAE; LEILA PRISCILA PETERS, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; GISELLE MARIANO LESSA DE ASSIS, CPAF-AC; CARLA CRISTINA DA SILVA, UNIVERSIDADE DE CAMPINAS; ANETE PEREIRA DE SOUZA, UNIVERSITY OF CAMPINAS; TATIANA DE CAMPOS, CPAF-AC. |
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Título: |
Novel microsatellite markers derived from Arachis pintoi transcriptome sequencing for cross?species transferability and varietal identification. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Molecular Biology Reporter, v. 41, n. 4, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11105-023-01402-9 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Forage peanut (Arachis pintoi) is an important leguminous forage that has gained popularity due to increased livestock productivity. Furthermore, the species helps with soil fertility and the restoration of degraded areas. However, A. pintoi has a limited number of molecular markers. The objective of this study was to create and characterize gene-derived microsatellite markers as well as to test their transferability to the peanut (Arachis hypogaea) and other six wild Arachis species. A total of 4461 putative simple sequence repeats (SSR) were identified, and PCR primer pairs were designed for 999 SSR regions after filtering out primers with the same annealing site and searching for sequences related to open reading frames (ORFs). The dinucleotide motif was the most common (628; 62.86%). For validation, 186 primer pairs were chosen at random, of which 63 (33.87%) were polymorphic, with an average of 7.37 alleles per locus. Polymorphic information content (PIC = 0.70) and discriminatory power (D = 0.80) were both high on average. The functional annotation discovered 120 sequences that were assigned to 87 gene ontology functional groups divided into three main categories: molecular function (27 sub-categories), cellular components (21 sub-categories), and biological process (39 sub-categories). Thirty-three SSRs were tested for transferability to peanut and six other wild Arachis species, resulting in variable cross-species amplification (63.64 to 100%). Here, we present the first gene-derived SSR for A. pintoi. These new informative microsatellites may be linked to agronomically important genes to be used in genetic studies. MenosForage peanut (Arachis pintoi) is an important leguminous forage that has gained popularity due to increased livestock productivity. Furthermore, the species helps with soil fertility and the restoration of degraded areas. However, A. pintoi has a limited number of molecular markers. The objective of this study was to create and characterize gene-derived microsatellite markers as well as to test their transferability to the peanut (Arachis hypogaea) and other six wild Arachis species. A total of 4461 putative simple sequence repeats (SSR) were identified, and PCR primer pairs were designed for 999 SSR regions after filtering out primers with the same annealing site and searching for sequences related to open reading frames (ORFs). The dinucleotide motif was the most common (628; 62.86%). For validation, 186 primer pairs were chosen at random, of which 63 (33.87%) were polymorphic, with an average of 7.37 alleles per locus. Polymorphic information content (PIC = 0.70) and discriminatory power (D = 0.80) were both high on average. The functional annotation discovered 120 sequences that were assigned to 87 gene ontology functional groups divided into three main categories: molecular function (27 sub-categories), cellular components (21 sub-categories), and biological process (39 sub-categories). Thirty-three SSRs were tested for transferability to peanut and six other wild Arachis species, resulting in variable cross-species amplification (63.64 to 100%). Here, we present the f... Mostrar Tudo |
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Thesaurus Nal: |
Arachis; Forage; Peanuts. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agroenergia (CNPAE) |
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| Registros recuperados : 18 | |
| 3. |  | FRAZÃO, D. A. C.; SILVEIRA, R. I.; VIEGAS, I. de J. M.; KATO, A. K. Concentração de N, P, K nas diversas partes da planta de Cordia goeldiana, Huber, em função da idade. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 27., 1999, Brasília, DF [Anais]. Brasília, DF: Embrapa Cerrados: UNB, 1999.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 5. | | VIEGAS, I. de J. M.; SILVEIRA, R. I.; BONILHA, W.; CARVALHO, J. G. de. Extração de macronutrientes pelo dendezeiro (Elaeis guineensis, jacq) em função da idade. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 25., 1995, Viçosa. Resumos Expandidos. Viçosa, SBCS, 1995. p. 1233-1235.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 6. | | VIEGAS, I. de J. M.; SILVEIRA, R. I.; OLIVEIRA, R. P. de; CARVALHO, J. G. de. Extração de micronutrientes pelo dendezeiro (Elaeis guineensis, Jacq) em função da idade das plantas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 25., 1995, Viçosa. Resumos expandidos. Viçosa: SBCS, 1995. v. 3, p. 1242-1244.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 7. | | MATOS, A. de O.; SILVEIRA, R. I.; CARVALHO, J. G. de. Exportação e acúmulo de macronutrientes em taxi (Sclerolobium paniculatum, vogel) de diferentes idades, em Belterra, PA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 25., 1995, Viçosa. Resumos expandidos. Viçosa: SBCS, 1995. v. 2, p. 641-643.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 8. | | MATOS, A. de O.; SILVEIRA, R. I.; MÖLLER, M. R. F.; CARVALHO, E. J. M. Exportação e acúmulo de micronutrientes em taxi (Sclerolobium paniculatum, Vogel) de diferentes idades, em Belterra, PA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 26., 1997, Rio de Janeiro. Informação de solo na globalização do conhecimento sobre o uso das terras: resumos. Rio de Janeiro: SBCS, 1997. p. 261.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 11. | | MATOS, A. de; SILVEIRA, R. I.; MÖLLER, M. R. F.; CARVALHO, E. J. M. Export and acumulation of micronutrientes for sclerolobium paniculatum, Vogel-taxi-of different ages in Belterra, PA. In: CONGRESO DE LA SOCIEDAD CUBANA DE LA CIENCIA DEL SUELO Y REUNION INTERNACIONAL DE RHIZOSFERA, 4., 1997, Matanzas. Resumenes. Matanzas: Universidad de Matanzas Camilo Cienfuegos, 1997. p. 74.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 13. | | BEZERRA, B. R.; SILVEIRA, R. I.; SILVA, M. S. L. da. Teor de fósforo em feijão caupi (Vigna unguiculata L.), cultivado em diferentes sistemas de manejos. REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 25.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 9.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 7.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 4., 2002, Rio de Janeiro. Resumos... Rio de Janeiro: SBCS; SBM; UFRRJ; Embrapa Agrobiologia; Embrapa Solos, 2002. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 14. | | FRAZÃO, D. A. C.; SILVEIRA, R. I.; VIÉGAS, I. de J. M.; PAULA, P. W. R. de. Concentração e acúmulo de cálcio, magnésio e enxofre nas diversas partes da planta de freijó (Cordia goeldiana, Huber) em função da idade. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 25.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 8.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 6.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 3., 2000, Santa Maria, RS. Fertbio 2000: biodinâmica do solo - resumo. [Rio de Janeiro]: SBCS: SBM: UFRRJ: Embrapa Solos; [Seropédica]: Embrapa Agrobiologia, 2000. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 15. | | FRAZÃO, D. A. C.; SILVEIRA, R. I.; VIÉGAS, I. de J. M.; PAULA, P. W. R. de. Concentração e acúmulo de nitrogênio, Fósforo e potássio nas diferentes partes da Cordia goeldiana, Huber em função da idade. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 25.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 8.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 6.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 3., 2000, Santa Maria, RS. Fertbio 2000: biodinâmica do solo - resumo. [Rio de Janeiro]: SBCS: SBM: UFRRJ: Embrapa Solos; [Seropédica]: Embrapa Agrobiologia, 2000. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 16. | | VIEGAS, I. de J. M.; BOTELHO, S. M.; CONCEIÇÃO, H. da; SILVEIRA, R. I.; CARVALHO, J. G. de. Exportação de macronutrientes pelo dendezeiro (Elaeis guianensis, Jacq) em função da idade e nas condições de Tailândia - Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 25., 1995, Viçosa. Resumos expandidos. Viçosa: SBCS, 1995. v. 3, p. 1236-1238.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 17. | | BOTELHO, S. M.; SILVEIRA, R. I.; VIEGAS, I. de J. M.; CONCEIÇÃO, H.; OLIVEIRA, R. P. de. Exportação de micronutrientes pelo dendezeiro (Elaeis guinensis, Jacq.) em função da idade nas condições de Tailândia - Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 25., 1995, Viçosa. Resumos expandidos. Viçosa: SBCS, 1995. v. 3, p. 1239-1241.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 18. | | SILVEIRA, R. I.; SILVA, J. F. da; VIEGAS, I. de J. M.; FRAZAO, D. A. C.; THOMAZ, M. A. A.; SILVEIRA, J. L. Avaliação do efeito da adubação NPK no crescimento de gravioleira (Annona muricata L.) nas condições edafoclimáticas do município de São Francisco do Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 17., 2002, Belém, PA. Anais. Belém: SBF, 2002. 4 f. In: FRAZÃO, D. A. C.; HOMMA, A. K. O; VIÉGAS, I. de J. M. (Ed.). Contribuição ao desenvolvimento da fruticultura na Amazônia. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2006. p. 557-561.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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