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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
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Data corrente: |
20/10/2023 |
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Data da última atualização: |
20/10/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, C. G. N. da; MONTEIRO, E. de C.; DINIZ, P. P.; TERRA, L. A.; SCHWAB, S.; REIS, V. M.; ARAUJO, J. L. S. de; URQUIAGA, S. |
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Afiliação: |
CLEUDISON GABRIEL NASCIMENTO DA SILVA, UFRRJ; EDEVALDO DE CASTRO MONTEIRO, UFRRJ; PRISCILA PEREIRA DINIZ, UFRRJ; LEONARDO ARAUJO TERRA, UFRRJ; STEFAN SCHWAB, CNPAB; VERONICA MASSENA REIS, CNPAB; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB; SEGUNDO SACRAMENTO U CABALLERO, CNPAB. |
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Título: |
Designing and validation of specific primers for the quantitative detection of bacteria in sugarcane inoculant. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Brazilian Journal of Microbiology,, Published: 16 October 2023 |
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ISSN: |
1678-4405 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Endophytic diazotrophic plant growth-promoting bacteria Herbaspirillum rubrisubalbicans (HCC103), Herbaspirillum seropedicae (HRC54), Paraburkholderia tropica (Ppe8 T ), Gluconacetobacter diazotrophicus (Pal5 T ), and Nitrospirillum amazonense (CBAmC) have been used as inoculants for sugarcane. The genome sequences of these strains were used to design a set of specific primers for the real-time PCR (qPCR) assay. Primer specificity was confirmed by conventional PCR using the genomic DNAs of 25 related bacterial species and the five target strains. The qPCR assays were conducted using root and shoot samples from two sugarcane varieties (RB867515 and RB92579). These samples were collected both with and without inoculation, using the target strains specified in this study. The sugarcane plants were grown in a greenhouse, utilizing a substrate composed of sterile sand and vermiculite in a 2:1 ratio, for a duration of 55 days. The primers designed for this study successfully amplified target DNA fragments from each of the bacterial species, enabling their differentiation at the species level. The total bacterial population present in the sugarcane quantified using qPCR was on average 105.2 cells g−1 of fresh tissue. Across both evaluated varieties, it was observed that the population of inoculated bacteria tended to decrease over time and became more concentrated in the sugarcane roots compared to the aerial parts. The qPCR results suggest that both the host and the microbes influence the endophytic population and the bacterial number decreases with plant age MenosEndophytic diazotrophic plant growth-promoting bacteria Herbaspirillum rubrisubalbicans (HCC103), Herbaspirillum seropedicae (HRC54), Paraburkholderia tropica (Ppe8 T ), Gluconacetobacter diazotrophicus (Pal5 T ), and Nitrospirillum amazonense (CBAmC) have been used as inoculants for sugarcane. The genome sequences of these strains were used to design a set of specific primers for the real-time PCR (qPCR) assay. Primer specificity was confirmed by conventional PCR using the genomic DNAs of 25 related bacterial species and the five target strains. The qPCR assays were conducted using root and shoot samples from two sugarcane varieties (RB867515 and RB92579). These samples were collected both with and without inoculation, using the target strains specified in this study. The sugarcane plants were grown in a greenhouse, utilizing a substrate composed of sterile sand and vermiculite in a 2:1 ratio, for a duration of 55 days. The primers designed for this study successfully amplified target DNA fragments from each of the bacterial species, enabling their differentiation at the species level. The total bacterial population present in the sugarcane quantified using qPCR was on average 105.2 cells g−1 of fresh tissue. Across both evaluated varieties, it was observed that the population of inoculated bacteria tended to decrease over time and became more concentrated in the sugarcane roots compared to the aerial parts. The qPCR results suggest that both the host and the microbes... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Diazotrophic bacteria; DPGPB quantification; Primers; Real Time PCR. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Registro original: |
Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
22/06/1993 |
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Data da última atualização: |
28/04/2022 |
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Autoria: |
TRINDADE, D. R. |
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Afiliação: |
DINALDO RODRIGUES TRINDADE, CPATU. |
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Título: |
Identificação e caracterização das estirpes do vírus do mosaico comum do feijoeiro, no Brasil. |
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Ano de publicação: |
1979 |
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Fonte/Imprenta: |
Brasília, DF: UNB, 1979. |
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Páginas: |
38 p. |
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Descrição Física: |
il. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese Mestrado. |
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Conteúdo: |
O vírus do mosaico comum do feijoeiro (VMCF), se encontra distribuído em todos as partes do mundo onde se cultiva economicamente o feijão. E um potyvirus carrado pela semente do feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.) e transmitido de modo não circulativo por varias especies de afideos. O controle desta virose no Brasil, vem sendo feito pelo uso de sementes livres do vírus, método que requer a sua multiplicação sob condicoes controladas. O desejável seria a incorparação as variedades mais plantadas no pais, fatores de resistência ao vírus, mas isto só será possível. em bases mais sólidas, após a caracterização das estirpes prevalentes nas diferentes regiões do Brasil. Este resumo relata os resultados das pesquisas feitas com esta finalidade. A coleta de isolados do VMCF, foi feita pela introdução de sementes de feijoeiro das varias regioes do pais, as quais foram semeadas em casa-de-vegetação, nas tentativas de obter plantas infectadas com o vírus. A partir destas, foi feito o isolamento do vírus, através da transmissão pelo afideo Myzus persicae, complementando-se a sua identificação pelas propriedades físicas in vitro, visualização das particulas pelo método fealf dip e das inclusões em seções ultrafinas no microscópio eletrônico. A identificação das estirpes do VMCF, foi feita inoculando-se mecanicamente os 16 isolados nas cultivares diferenciais (Dubbele Witte, strinless Green Refugee, Imuna, Michelite 62, Puregold Max, Sanilac, Redlands Greenleaf B, Great Northern UI 123, Monroe, Great Northern UI, 31, Red Mexican UI 35, Jubilia, Topcrop, Improved Tendergreen, Widusa e Amanda), que foram padronizadas por Drifjhot et al. (1978). Baseando-se nas reações cultivares diferenciais, os isolados estudos puderam ser reunidos de acordo com a classificação apresentada no trabalho acima referenciado, nos seguintes grupos: Grupo I: 2 de M. Gerais, 1 do Paraná e 1 de Goiás; no Grupo II: 2 do Paraná, 2, do R.G. do Sul, 1 de Goiás, 1 do Para, 1 de S. Catarina, 1 de S.Paulo e 1 da Bahia; no Grupo IV: os 3 do Distrito Federal, Estes resultados indicam que no Brasil existem representantes de pelo menos 3 grupos, dos 7 grupos de estirpes do vírus do mosaico comum do feijoeiro, classificação por Drijfhout et, (1978). MenosO vírus do mosaico comum do feijoeiro (VMCF), se encontra distribuído em todos as partes do mundo onde se cultiva economicamente o feijão. E um potyvirus carrado pela semente do feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.) e transmitido de modo não circulativo por varias especies de afideos. O controle desta virose no Brasil, vem sendo feito pelo uso de sementes livres do vírus, método que requer a sua multiplicação sob condicoes controladas. O desejável seria a incorparação as variedades mais plantadas no pais, fatores de resistência ao vírus, mas isto só será possível. em bases mais sólidas, após a caracterização das estirpes prevalentes nas diferentes regiões do Brasil. Este resumo relata os resultados das pesquisas feitas com esta finalidade. A coleta de isolados do VMCF, foi feita pela introdução de sementes de feijoeiro das varias regioes do pais, as quais foram semeadas em casa-de-vegetação, nas tentativas de obter plantas infectadas com o vírus. A partir destas, foi feito o isolamento do vírus, através da transmissão pelo afideo Myzus persicae, complementando-se a sua identificação pelas propriedades físicas in vitro, visualização das particulas pelo método fealf dip e das inclusões em seções ultrafinas no microscópio eletrônico. A identificação das estirpes do VMCF, foi feita inoculando-se mecanicamente os 16 isolados nas cultivares diferenciais (Dubbele Witte, strinless Green Refugee, Imuna, Michelite 62, Puregold Max, Sanilac, Redlands Greenleaf B, Great Northern UI 123, Mon... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bean common mosaic potyvirus; Brasil; Caracterização; Fitopatologia; Identification; Melhoramento genético; Mosaico comum; Vírus do mosaico comum. |
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Thesagro: |
Biologia; Doença; Estirpe; Feijão; Identificação; Identificação de Estirpe; Phaseolus Vulgaris; Vírus. |
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Thesaurus NAL: |
kidney beans; plant breeding. |
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Categoria do assunto: |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/192432/1/IDENTIFICACAO-E-CARACTERIZACAO.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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