| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
|
Data corrente: |
21/12/2017 |
|
Data da última atualização: |
26/12/2017 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
IVAMOTO, S. T.; REIS JÚNIOR, O.; DOMINGUES, D. S.; SANTOS, T. B. dos; OLIVEIRA, F. F. de; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; PEREIRA, L. F. P. |
|
Afiliação: |
Suzana Tiemi Ivamoto, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular/Centro de Ciências Bioloógicas/Universidade Estadual de Londrina - UEL; Osvaldo Reis Júnior, Laboratório de Genômica e Expressão/Departamento de Genética/Evolução e Bioagentes/Instituto de Biologia/Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP; Douglas Silva Domingues, Departamento de Botânica/Instituto de Biociências de Rio Claro, Universidade Estadual Paulista - UNESP; Tiago Benedito dos Santos, Laboratório de Biotecnologia Vegetal/Instituto Agronômico do Paraná -IAPAR; Fernanda Freitas de Oliveira, Laboratório de Biotecnologia Vegetal/Instituto Agronômico do Paraná -IAPAR; David Pot, CIRAD/UMR AGAP; Thierry Leroy, CIRAD/UMR AGAP; Luiz Gonzaga Esteves Vieira, Programa de Pós Graduação em Agronomia/Universidade do Oeste Paulista - UNOESTE; Marcelo Falsarella Carazzolle, Laboratório de Genômica e Expressão/Departamento de Genética/Evolução e Bioagentes/Instituto de Biologia/Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP; Gonçalo Amarante Guimarães Pereira, Laboratório de Genômica e Expressão/Departamento de Genética/Evolução e Bioagentes/Instituto de Biologia/Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
|
Título: |
Transcriptome Analysis of Leaves, Flowers and Fruits Perisperm of Coffea arabica L. Reveals the Differential Expression of Genes Involved in Raffinose Biosynthesis. |
|
Ano de publicação: |
2017 |
|
Fonte/Imprenta: |
PLOS ONE, January 2017. |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Coffea arabica L. is an important crop in several developing countries. Despite its economic importance, minimal transcriptome data are available for fruit tissues, especially during fruit development where several compounds related to coffee quality are produced. To understand the molecular aspects related to coffee fruit and grain development, we report a largescale transcriptome analysis of leaf, flower and perisperm fruit tissue development. Illumina sequencing yielded 41,881,572 high-quality filtered reads. De novo assembly generated 65,364 unigenes with an average length of 1,264 bp. A total of 24,548 unigenes were annotated as protein coding genes, including 12,560 full-length sequences. In the annotation process, we identified nine candidate genes related to the biosynthesis of raffinose family oligossacarides (RFOs). These sugars confer osmoprotection and are accumulated during initial fruit development. Four genes from this pathway had their transcriptional pattern validated by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR). Furthermore, we identified ~24,000 putative target sites for microRNAs (miRNAs) and 134 putative transcriptionally active transposable elements (TE) sequences in our dataset. This C. arabica transcriptomic atlas provides an important step for identifying candidate genes related to several coffee metabolic pathways, especially those related to fruit chemical composition and therefore beverage quality. Our results are the starting point for enhancing our knowledge about the coffee genes that are transcribed during the flowering and initial fruit development stages. MenosCoffea arabica L. is an important crop in several developing countries. Despite its economic importance, minimal transcriptome data are available for fruit tissues, especially during fruit development where several compounds related to coffee quality are produced. To understand the molecular aspects related to coffee fruit and grain development, we report a largescale transcriptome analysis of leaf, flower and perisperm fruit tissue development. Illumina sequencing yielded 41,881,572 high-quality filtered reads. De novo assembly generated 65,364 unigenes with an average length of 1,264 bp. A total of 24,548 unigenes were annotated as protein coding genes, including 12,560 full-length sequences. In the annotation process, we identified nine candidate genes related to the biosynthesis of raffinose family oligossacarides (RFOs). These sugars confer osmoprotection and are accumulated during initial fruit development. Four genes from this pathway had their transcriptional pattern validated by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR). Furthermore, we identified ~24,000 putative target sites for microRNAs (miRNAs) and 134 putative transcriptionally active transposable elements (TE) sequences in our dataset. This C. arabica transcriptomic atlas provides an important step for identifying candidate genes related to several coffee metabolic pathways, especially those related to fruit chemical composition and therefore beverage quality. Our results are the ... Mostrar Tudo |
|
Thesagro: |
Coffea Arábica. |
|
Thesaurus Nal: |
Biosynthesis; Knowledge; Raffinose. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/169661/1/Transcriptome-analysis-of-leaves-flowers.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02512naa a2200289 a 4500
001 2083340
005 2017-12-26
008 2017 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aIVAMOTO, S. T.
245 $aTranscriptome Analysis of Leaves, Flowers and Fruits Perisperm of Coffea arabica L. Reveals the Differential Expression of Genes Involved in Raffinose Biosynthesis.$h[electronic resource]
260 $c2017
520 $aCoffea arabica L. is an important crop in several developing countries. Despite its economic importance, minimal transcriptome data are available for fruit tissues, especially during fruit development where several compounds related to coffee quality are produced. To understand the molecular aspects related to coffee fruit and grain development, we report a largescale transcriptome analysis of leaf, flower and perisperm fruit tissue development. Illumina sequencing yielded 41,881,572 high-quality filtered reads. De novo assembly generated 65,364 unigenes with an average length of 1,264 bp. A total of 24,548 unigenes were annotated as protein coding genes, including 12,560 full-length sequences. In the annotation process, we identified nine candidate genes related to the biosynthesis of raffinose family oligossacarides (RFOs). These sugars confer osmoprotection and are accumulated during initial fruit development. Four genes from this pathway had their transcriptional pattern validated by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR). Furthermore, we identified ~24,000 putative target sites for microRNAs (miRNAs) and 134 putative transcriptionally active transposable elements (TE) sequences in our dataset. This C. arabica transcriptomic atlas provides an important step for identifying candidate genes related to several coffee metabolic pathways, especially those related to fruit chemical composition and therefore beverage quality. Our results are the starting point for enhancing our knowledge about the coffee genes that are transcribed during the flowering and initial fruit development stages.
650 $aBiosynthesis
650 $aKnowledge
650 $aRaffinose
650 $aCoffea Arábica
700 1 $aREIS JÚNIOR, O.
700 1 $aDOMINGUES, D. S.
700 1 $aSANTOS, T. B. dos
700 1 $aOLIVEIRA, F. F. de
700 1 $aPOT, D.
700 1 $aLEROY, T.
700 1 $aVIEIRA, L. G. E.
700 1 $aCARAZZOLLE, M. F.
700 1 $aPEREIRA, G. A. G.
700 1 $aPEREIRA, L. F. P.
773 $tPLOS ONE, January 2017.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 24 | |
| 2. |  | SANTOS, T. B. DOS; CARVALHO, C. W. P. de. Exploring millet starch as food ingredient. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE TECNOLOGIA DE CEREAIS E PANIFICAÇÃO, 2., 2022, Tecnologia e inovação em pauta: desafios na indústria de cereais e panificação. Anais... Sete Lagoas: Universidade Federal de São João del-Rei, 2022. Evento on-line. CBCP. 15 a 19 de agosto.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
|    |
| 7. | | SANTOS, T. B. dos; BABA, V. Y.; SOARES, J. D. M.; CARVALHO, K. de; BRAGHINI, M. T.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S. Efeito da ferrugem e da supressão de nitrogênio no nível transcricional do gene nitrato redutase (CaNR) em Coffea arabica L. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
|  |
| 8. | | DOMINGUES, D. S.; REIS JUNIOR, O.; SANTOS, T. B. dos; SILVA, J. C.; LORENZETTI, A. P.; SOARES, J. D. M.; PEREIRA, L. F. P. Nitrogen-starvation responsive microRNAs in Coffea arabica roots: its this a 3-player game? In: INTERNATIONAL CONGRESS OF PLANT MOLECULAR BIOLOGY, 11., 2015, Iguassu Falls, Brazil. Summaries... Rockville, USA: American Society of Plant Biologists, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 9. | | CARVALHO, K. de; BESPALHOK FILHO, J. C.; SANTOS, T. B. dos; SOUZA, S. G. H. de; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S. Nitrogen starvation, salt and heat stress in coffee (coffea arabica L.): identification and validation of new genes for qPCR normalization. Molecular Biotechnology, v. 53, n. 3, p. 315-325, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 10. | | KROLOW, R. P.; BRITTO, C. F. de; RUAS, J. L.; SANTOS, T. B. dos; BERNE, M. E. A.; SACCO, A. M. S.; FARIAS, N. A. Babesia bovis: imunidade colostral, primoinfecção e resposta imune em bovinos naturalmente infectados, no Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA, 12.; SEMINÁRIO DE PARASITOSES NA CLÍNICA DE PEQUENOS ANIMAIS, 1.; SEMINÁRIO DE COCCÍDIOS E COCCIDIOSES, 1.; SEMINÁRIO DE MANEJO INTEGRADO DA RESISTÊNCIA, 1.; CURSO DE GEOPROCESSAMENTO E SEU USO EM ESTUDOS EPIDEMIOLÓGICOS, 2002, Rio de Janeiro. Anais... Rio de Janeiro: Colégio Brasileiro de Parasitologia Veterinária, 2002. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
| |
| 11. | | MOURA, N. R.; SANTOS, T. B. dos; FERREIRA, M. A. R.; PASSOS, T. O.; LOPES, P. R. C.; FREITAS, S. T. de. Incidência de queimadura solar em diferentes genótipos de maçãs produzidas em duas safras no Vale do São Francisco. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMIÁRIDO, 13., 2018, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido, 2018. p. 65-70. (Embrapa Semiárido. Documentos, 283).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 12. | | SANTOS, T. B. dos; CARVALHO, C. W. P. de; OLIVEIRA, L. A. de; OLIVEIRA, E. J. de; VILLAS-BOAS, F.; FRANCO, C. M. L.; CHÁVEZ, D. W. H. Functionality of cassava genotypes for waxy starch. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 56, e02414, 2021. Título em português: Funcionalidade de genótipos de mandioca para amido ceroso.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Mandioca e Fruticultura; Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 13. | | SANTOS, T. B. dos; SILVA, J. C.; SOARES, J. D. M.; BABA, V. Y.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S. Expressão gênica em larga escala de raizes de Coffea arabica L. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 14. | | SANTOS, T. B. dos; BUDZINSKI, I. G. F.; MARUR, C. J.; PETKOWICZ, C. L. O.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E. Expression of three galactinol synthase isoforms in Coffea arabica L. and accumulation of raffinose and stachyose in response to abiotic stresses. Plant Physiology and Biochemistry, v. 49, n. 4, p. 441-448, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 16. | | SANTOS, T. B. DOS; FREIRE NETO, R. DA S.; COLLANTES, N. F.; CHÁVEZ, D. W. H.; QUEIROZ, V. A. V.; CARVALHO, C. W. P. de. Exploring starches from varied sorghum genotypes compared to commercial maize starch. Journal of Food Process Engineering, v. 46, n. 10, 2023,| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
| |
| 17. | | SOUZA, S. G. H. de; SANTOS, T. B. dos; DOMINGUES, D. S.; BERNADAC, A.; BOUZAYEN, M.; PEREIRA, L. F. P.; DEGRASSI, G.; CARPENTIERI-PIPOLO, V. Identification, structure analyses and expression pattern of the ERF transcription factor family in coffea arabica. Journal of Botanical Research, v. 3, n.1, Jan. 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Trigo. |
| |
| 18. | | SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PIPOLO, V. C.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S. Caracterização nutricional de acessos provenientes da Etiópia de Café Arábica. Coffee Science, Lavras, v. 10, n. 1, p.10-19, jan./mar. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 19. | | SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S. Concentração de nutrientes minerais em acessos da Etiópia de Coffea arabica. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 20. | | OLIVEIRA, F. F. de; TOMAZ, J. P.; SILVA, B. S. R. da; SANTOS, T. B. dos; IVAMOTO-SUZUKI, S. T.; SCHOLZE, M. B. dos S.; PEREIRA, L. F. P. Coffea arabica L. genes from isoprenoid metabolic pathways are more expressed in full sun cultivation systems than in agroforestry systems. Plant Gene, 26, 100287, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| Registros recuperados : 24 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
