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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
07/12/2007 |
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Data da última atualização: |
11/05/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MELO, R. C.; RIBEIRO, C.; MURRAY, C. S.; VELOSO, C. J. M.; SILVEIRA, C. H. da; NESHICH, G.; MEIRA JUNIOR, W.; CARCERONI, R. L.; SANTORO, M. M. |
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Afiliação: |
UFMG; UFMG; UFMG; UFMG; UFMG; GORAN NESHICH, CNPTIA; UFMG; UFMG; UFMG. |
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Título: |
Finding protein-protein interaction patterns by contact map matching. |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 946-963, 2007. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
We propose a novel method for defining patterns of contacts present in protein-protein complexes. A new use of the traditional contact maps (more frequently used for representation of the intra-chain contacts) is presented for analysis of inter-chain contacts. Using an algorithm based on image processing techniques, we can compare protein-protein interaction maps and also obtain a dissimilarity score between them. The same algorithm used to compare the maps can align the contacts of all the complexes and be helpful in the determination of a pattern of conserved interactions at the interfaces. We present an example for the application of this method by analyzing the pattern of interaction of bovine pancreatic trypsin inhibitors and trypsins, chymotrypsins, a thrombin, a matriptase, and a kallikrein - all classified as serine proteases. We found 20 contacts conserved in trypsins and chymotrypsins and 3 specific ones are present in all the serine protease complexes studied. The method was able to identify important contacts for the protein family studied and the results are in agreement with the literature. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Contact maps; Interação proteína-proteína; Mapas de contato; Serine proteases. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; protein-protein interactions; Serine proteinases. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/159705/1/AP-Finding-2007.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
Classificação |
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Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 37 | |
| 4. |  | RIBEIRO, C.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G.; SANTORO, M. Serine proteases analysis based on phylogenetic trees constructed from the sequence and structure alignments. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-48. Na publicação: Paula Kuser.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 5. | | MELO, R. C.; MAZONI, I.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M.; MEIRA JÚNIOR, W. Contacts as the key elements for comparing two protein structures. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-6.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 6. | | MELO, R. C.; MAZONI, I.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M.; MEIRA JUNIOR, W. Protein structure topology comparison based on contact maps. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-5.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 9. | | MELO, R. C.; GOMIDE, J. S.; MEIRA JUNIOR, W.; LOPES, J. C. D.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M. Mining structural signatures in proteins using intrachain interactions. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 3., 2007, São Paulo. Proceedings... Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. p. 133. X-meeting 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 10. | | GOMIDE, J.; MELO-MINARDI, R.; SANTOS, M. A. dos; NESHICH, G.; MEIRA JUNIOR, W.; LOPES, J. C.; SANTORO, M. Using linear algebra for protein structural comparison and classification. Genetics and Molecular Biology, v. 32, n. 3, p. 645-651, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 11. | | VIANA, P. A.; REZENDE, S. T. de; ALVES, A. de A.; MANFRINI, R. M.; ALVES, R. J.; BEMQUERER, M. P.; SANTORO, M. M.; GUIMARÃES, V. M. Activity of Debaryomyces hansenii UFV-1 alfa-galactosidades against alfa-D-galactophyranoside derivatives. Carbohydrate Research, v. 346, p. 602-605, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 12. | | LIMA, F. L.; CARVALHO, M. A. R. de; APOLÔNIO, A. C. M.; BEMQUERER, M. P.; SANTORO, M. M.; OLIVEIRA, J. S.; ALVIANO, C. S.; FARIAS, L. de M. Actinomycetemcomitin: a new bacteriocin produced by Aggregatibacter (Actinobacillus) actinomycetemcomitans. Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology, v. 35, p. 103-110, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | LIMA, F. L.; CARVALHO, M. A. R.; SANTORO, M. M.; BEMQUERER, M. P.; OLIVEIRA, J. S.; APOLÔNIO, A. C. M.; ALVIANO, C. S.; FARIAS, L. M. Actinomycetemcomitin: a new bacteriocin produced by Aggregatibacter (Actinobacillus) Actinomycetemcomitans. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 36.; IUBMB CONFERENCE, 10., 2007, Salvador, BA. Infectious diseases: biochemistry of parasites, vectors and hosts: program and abstracts. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 14. | | MELO, R. C.; RIBEIRO, C.; MURRAY, C. S.; VELOSO, C. J. M.; SILVEIRA, C. H. da; NESHICH, G.; MEIRA JUNIOR, W.; CARCERONI, R. L.; SANTORO, M. M. Finding protein-protein interaction patterns by contact map matching. Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 946-963, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 15. | | APOLÔNIO, A. C. M.; CARVALHO, M. A. R.; BEMQUERER, M. P.; SANTORO, M. M.; PINTO, S. Q.; OLIVEIRA, J. S.; SANTOS, K. V.; FARIAS, L. M. Purification and partial characterization of a bacteriocin produced by Eikenella corrodens. Journal of Applied Microbiology, v. 104, p. 508-514, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 17. | | SANTOS, A. M. C.; OLIVEIRA, J. S. de; BITTAR, E. R.; SILVA, A. L. da; GUIA, M. L. dos; BEMQUERER, M. P.; SANTORO, M. M. Improved purification process of β- and α-tripsin isoforms by ion-exchange choromatography. Brazilian Archives of Biology and technologgy: an International Journal, v.51, n. 4, p. 711-721, jul.-ago., 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 18. | | PIMENTA, A. M. C.; RATES, B.; BLOCH JUNIOR, C.; GOMES, P. C.; SANTORO, M. M.; LIMA, M. E. de; RICHARDSON, M.; CORDEIRO, M. do N. Electrospray ionization quadrupole time-of-flight and matrix-assisted laser desorption/ionization tandem time-of-flight mass spectrometric analyses to solve micro heterogeneity in post-translationally modified peptides from Phoneutria nigriventer (Aranea, Ctenidae) venom. Rapid Communications in Mass Spectrometry, Chichester, UK, v. 19, p. 31-37, 2005.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 19. | | SANTORO, M.; BROGIO, B. do A.; FORTE, M. J.; SOARES, M. R. R.; COLLUSSO, G. T.; JACOMINO, A. P.; SILVA, S. R. da. Vegetative multiplication of the Atlantic Rainforest species Eugenia involucrata. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 57, e02921, 2022. Título em português: Multiplicação vegetativa da espécie Eugenia involucrata, nativa da Mata Atlântica.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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