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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Pantanal; Embrapa Suínos e Aves. |
Data corrente: |
09/05/2016 |
Data da última atualização: |
10/05/2018 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
HADI, S. I. I. A; SANTANA, H.; BRUNALE, P. P. M.; GOMES, T. G.; OLIVEIRA, M. D. de; MATTHIENSEN, A.; OLIVEIRA, M. E. C.; SILVA, F. C. P.; BRASIL, B. dos S. A. F. |
Afiliação: |
SÁMED, I. I. A. HADI, UFT; HUGO SANTANA, UFBA; PATRÍCIA P. M. BRUNALE, UnB; TAÍSA G. GOMES, UFT; MARCIA DIVINA DE OLIVEIRA, CPAP; ALEXANDRE MATTHIENSEN, CNPSA; MARCOS ENE CHAVES OLIVEIRA, CPATU; FLÁVIA C. P. SILVA; BRUNO DOS SANTOS ALVES FIGUEIREDO B, CNPAE. |
Título: |
DNA barcoding green microalgae isolated from neotropical inland waters. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 11, n. 2, Feb. 2016. |
DOI: |
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0149284 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
This study evaluated the feasibility of using the Ribulose Bisphosphate Carboxylase Large subunit gene (rbcL) and the Internal Transcribed Spacers 1 and 2 of the nuclear rDNA (nuITS1 and nuITS2) markers for identifying a very diverse, albeit poorly known group, of green microalgae from neotropical inland waters. Fifty-one freshwater green microalgae strains isolated from Brazil, the largest biodiversity reservoir in the neotropics, were submitted to DNA barcoding. Currently available universal primers for ITS1-5.8S-ITS2 region amplification were sufficient to successfully amplify and sequence 47 (92%) of the samples. On the other hand, new sets of primers had to be designed for rbcL, which allowed 96% of the samples to be sequenced. Thirty-five percent of the strains could be unambiguously identified to the species level based either on nuITS1 or nuITS2 sequences? using barcode gap calculations. nuITS2 Compensatory Base Change (CBC) and ITS1-5.8S-ITS2 region phylogenetic analysis, together with morphological inspection, confirmed the identification accuracy. In contrast, only 6% of the strains could be assigned to the correct species based solely on rbcL sequences. In conclusion, the data presented here indicates that either nuITS1 or nuITS2 are useful markers for DNA barcoding of freshwater green microalgae, with advantage for nuITS2 due to the larger availability of analytical tools and reference barcodes deposited at databases for this marker. |
Palavras-Chave: |
Análise molecular; Identificação morfológica; Microalgas; Sequenciamento genético. |
Thesagro: |
Alga. |
Thesaurus Nal: |
Algae; Microalgae. |
Categoria do assunto: |
-- P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra V Taxonomia de Organismos |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/176636/1/journal.pone.0149284.PDF
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/152647/1/journal.pone.0149284.PDF
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Marc: |
LEADER 02375naa a2200313 a 4500 001 2046770 005 2018-05-10 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttp://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0149284$2DOI 100 1 $aHADI, S. I. I. A 245 $aDNA barcoding green microalgae isolated from neotropical inland waters.$h[electronic resource] 260 $c2016 520 $aThis study evaluated the feasibility of using the Ribulose Bisphosphate Carboxylase Large subunit gene (rbcL) and the Internal Transcribed Spacers 1 and 2 of the nuclear rDNA (nuITS1 and nuITS2) markers for identifying a very diverse, albeit poorly known group, of green microalgae from neotropical inland waters. Fifty-one freshwater green microalgae strains isolated from Brazil, the largest biodiversity reservoir in the neotropics, were submitted to DNA barcoding. Currently available universal primers for ITS1-5.8S-ITS2 region amplification were sufficient to successfully amplify and sequence 47 (92%) of the samples. On the other hand, new sets of primers had to be designed for rbcL, which allowed 96% of the samples to be sequenced. Thirty-five percent of the strains could be unambiguously identified to the species level based either on nuITS1 or nuITS2 sequences? using barcode gap calculations. nuITS2 Compensatory Base Change (CBC) and ITS1-5.8S-ITS2 region phylogenetic analysis, together with morphological inspection, confirmed the identification accuracy. In contrast, only 6% of the strains could be assigned to the correct species based solely on rbcL sequences. In conclusion, the data presented here indicates that either nuITS1 or nuITS2 are useful markers for DNA barcoding of freshwater green microalgae, with advantage for nuITS2 due to the larger availability of analytical tools and reference barcodes deposited at databases for this marker. 650 $aAlgae 650 $aMicroalgae 650 $aAlga 653 $aAnálise molecular 653 $aIdentificação morfológica 653 $aMicroalgas 653 $aSequenciamento genético 700 1 $aSANTANA, H. 700 1 $aBRUNALE, P. P. M. 700 1 $aGOMES, T. G. 700 1 $aOLIVEIRA, M. D. de 700 1 $aMATTHIENSEN, A. 700 1 $aOLIVEIRA, M. E. C. 700 1 $aSILVA, F. C. P. 700 1 $aBRASIL, B. dos S. A. F. 773 $tPlos One$gv. 11, n. 2, Feb. 2016.
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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Registros recuperados : 77 | |
61. | | FERREIRA, R.; REZENDE, C. M.; SANTANA, H. C. D.; VIEIRA, R. F.; ALVES, R. B. N.; SILVA, M. A.; BIZZO, H. R. Scents from Brazilian Cerrado: the essential oil from Porophyllum angustissimum. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ESSENTIAL OILS, 43., 2012, Lisbon. Program, book of abstracts and participants list. Lisboa: Faculdade de Ciências de Lisboa, 2012. p. 176. Ref. P 132.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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62. | | SANTANA, H.; CEREIJO, C. R.; BRUNALE, P. P. de M.; FERNANDES, M.; HADI, S. I. I. A.; SIQUEIRA, F. G. de; BRASIL, B. dos S. A. F. Sugarcane vinasse as alternative medium for microalgae cultivation In: LATIN AMERICAN CONGRESS, 4., 2015, Florianópolis. Anais. Florianópolis: UFSC, 2015.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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64. | | PASCOAL, P. V.; RIBEIRO, D. M.; CEREIJO, C. R.; SANTANA, H.; NASCIMENTO, R. C.; STEINDORF, A. S.; GARCIA, L. C.; FORMIGHIERI, E. F.; BRASIL, B. dos S. A. F. Biochemical and phylogenetic characterization of the wastewater tolerant Chlamydomonas biconvexa Embrapa|LBA40 strain cultivated in palm oil mill effluent. PLoS One, v. 16, n. 4, e0249089, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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65. | | SANTANA, H. M.; FIUZA, A. U. R.; SILVA, J. F. M. da; SILVA, L. do A. O. da; SILVA, M. C. S. de M.; OLIVEIRA, L. A. de; JESUS, J. L. de; OLIVEIRA, E. J. de. Caracterização do amido de acessos de mandioca. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 8., 2014, Cruz das Almas, Ba. Pesquisa: despertando mentes para a inovação e transformando o futuro: [anais]. Cruz das Almas, BA, Embrapa Mandioca e Fruticultura, 2014.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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66. | | SILVA, R. F.; REZENDE, C. M.; SANTANA, H. C. D.; VIEIRA, R. F.; ALVES, R. B. N.; ALVIANO, D. S.; ALVIANO, C. S.; SANTOS, M. C. S.; BIZZO, H. R. Composition and antimicrobial activity of the essential oils from the leaves and flowers of Lippia stachyoides var. martiana (Verbenaceae). The Natural Products Journal, v. 4, p. 241-247, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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67. | | HADI, S. I. I. A; SANTANA, H.; BRUNALE, P. P. M.; GOMES, T. G.; OLIVEIRA, M. D. de; MATTHIENSEN, A.; OLIVEIRA, M. E. C.; SILVA, F. C. P.; BRASIL, B. dos S. A. F. DNA barcoding green microalgae isolated from neotropical inland waters. Plos One, v. 11, n. 2, Feb. 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Pantanal; Embrapa Suínos e Aves. |
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68. | | HADI, S. I. I. A.; SANTANA, H.; BRUNALE, P. P. de M.; GOMES, T. G.; OLIVEIRA, M. D. de; MATTHIENSEN, A.; OLIVEIRA, M. E. C.; SILVA, F. C. P.; BRASIL, B. dos S. A. F. DNA barcoding of microalgae using rbcL and nuITS2 markers reveals putative new species. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 2., 2015, Brasília, DF. Anais ... Brasília, DF: Embrapa Agroenergia, 2015. p. 92-94Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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69. | | PAUVOLID-CORRÊA, A.; TAVARES, F. N.; ALENCAR, J.; SILVA, J. dos S.; MURTA, M.; SERRA-FREIRE, N. M.; PELLEGRIN, A. O.; GIL-SANTANA, H.; GUIMARÃES, A. E.; SILVA, E. E. da. Preliminary investigation of culicidae species in South Pantanal, Brazil and their potential importance in arbovirus transmission. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, v. 52, n. 1, p. 17-23, Jan/ fev. 2010.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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70. | | VIEIRA, R. F.; BIZZO, H.; ALVES, R. B. N.; SILVA, D. B.; GOMES, I. S.; SILVA, R. F.; MEDEIROS, F. C. M.; SANTANA, H.; MENEZZI, C. H. S. D.; REZENDE, C. M. Espécies aromáticas do cerrado: prospecção e coleta. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA E O CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: Aptor Software, 2015. p. 17.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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71. | | VIEIRA, R. F.; BIZZO, H. R.; ALVES, R. de B. das N.; SILVA, D. B. da; GOMES, I. da S.; SILVA, R. F.; MEDEIROS, F. C. M.; SANTANA, H.; DEL MENEZZI, C. H. S.; REZENDE, C. M. Espécies aromáticas do cerrado: prospecção e coleta. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA A AMÉRICA LATINA E CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Recursos genéticos no século 21: de Vavilov a Svalbard. Anais... [s.l.]: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2015. p. 17Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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72. | | SANTANA, H.; CEREIJO, C. R.; TELES, V. C.; NASCIMENTO, R. C.; FERNANDES, M. S.; BRUNALE, P.; CAMPANHA, R. B.; SOARES, I. P.; SILVA, F. C. P.; SABAINI, P. S.; SIQUEIRA, F. G. de; BRASIL, B. dos S. A. F. Microalgae cultivation in sugarcane vinasse: Selection, growth and biochemical characterization. Bioresource Technology, v. 228, p. 133-140, 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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73. | | OLIVEIRA, L. A. de; CARVALHO, J. L. V. de; REIS, R. C.; SANTOS, V. da S.; SANTANA, H. M.; JESUS, J. L. de; PACHECO, S.; NASCIMENTO, L. da S. de M. do. Retenção de Beta-caroteno em snacks de mandioca. In: REUNIÃO DE BIOFORTIFICAÇÃO NO BRASIL, 5., 2015, São Paulo. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2015. T201. p. 29-31. Editora técnica Marilia Regini Nutti. Beta-carotene retention in cassava snacks.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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74. | | OLIVEIRA, L. A. de; CARVALHO, J. L. V. de; REIS, R. C.; SANTOS, V. da S.; SANTANA, H. M.; JESUS, J. L. de; PACHECO, S.; NASCIMENTO, L. da S. de M. do. Retenção de Beta-caroteno em snacks de mandioca. In: REUNIÃO DE BIOFORTIFICAÇÃO NO BRASIL, 5., 2015, São Paulo. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2015. T201. p. 29-31. Editora técnica Marilia Regini Nutti. Beta-carotene retention in cassava snacks.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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75. | | GRAZIA, J.; TAKIYA, D. M.; WOLFF, V. R. dos S.; SCHWERTNER, C. F.; MEJDALANI, G.; CAVICHIOLI, R. R.; PERONTI, A. L. B. G.; QUEIROZ, D. L. de; BURCKHARDT, D.; FERNANDES, J. A. M.; MOREIRA, F. F. M.; GIL-SANTANA, H. R.; FERREIRA, P. S. F.; CARRENHO, R.; BRUGNERA, R.; GUIDOTI, M. Hemiptera Linnaeus, 1758. In: RARAEL, J.A.; MELO, G. A. R.; CARVALHO, C. J. B. de; CASARI, S.; CONSTANTINO, R. (ed.). Insetos do Brasil: diversidade e taxonomia. 2. ed. Manaus: Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, 2024. cap. 25, p. 368-456.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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76. | | BONIN, N.; NOVAIS, F. J.; SILVA, S. L.; GOMES, R. da C.; FIGUEIREDO, A. S.; TORRALVO. P. R.; FIGUEIREDO, L. G.; MCLEAN, P. A. B.; BARBOSA, V. N.; CAMPO, J. H. A.; SOLPELSA, T. V.; SANTANA, H. A.; REZENDE, F. M.; FERRAZ, J. B. Genetic parameters for fat thickness measured in different anatomical points of Longissimus muscle in Nellore cattle. Journal of Animal Science v.90, (Supplement 3/J); Journal of Dairy Science, v.95, (Supplement 2), p.58, 2012. Edição dos trabalhos do ADSA-PSA-AMPA-ASAS-CSAS-WSASAS JOINT ANNUAL MEETING, 2012, Phoenix-AR. Meat Science and Muscle Biology I. M148.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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77. | | WAGNER, F. H.; HÉRAULT, B.; BONAL, D.; STAHL, C.; ANDERSON, L. O.; BAKER, T. R.; BECKER, G. S.; BEECKMAN, H.; SOUZA, D. B.; BOTOSSO, P. C.; BOWMAN, D. M. J. S.; BRÄUNING, A.; BREDE, B.; BROWN, F. I.; CAMARERO, J. J.; CAMARGO, P. B.; CARDOSO, F. C. G.; CARVALHO, F. A.; CASTRO, W.; CHAGAS, R. K.; CHAVE, J.; CHIDUMAYO, E. N.; CLARK, D. A.; COSTA, F. R. C.; COURALET, C.; MAURICIO, P. H. da S.; DALITZ, H.; CASTRO, V. R. de; MILANI, J. E. de F.; OLIVEIRA, E. C. de; ARRUDA, L. de S.; DEVINEAU, JEAN-LOUIS; DREW, D. M.; DÜNISCH, O.; DURIGAN, G.; ELIFURAHA, E.; FEDELE, F.; FEDELE, L. F.; FIGUEIREDO FILHO, A.; FINGER, C. A. G.; FRANCO, A. C.; FREITAS JÚNIOR, J. L.; GALVÃO, F.; GEBREKIRSTOS, A.; GLINIARS, R.; GRAÇA, P. M. L. de A.; GRIFFITHS, A. D.; GROGAN, J.; GUAN, K.; HOMEIER, J.; KANIESKI, M. R.; KHO, L. K.; KOENIG, J.; KREPKOWSKI, J.; LEMOS-FILHO, J. P.; LIEBERMAN, D.; LIEBERMAN, M. E.; LISI, C. S.; SANTOS, T. L.; LÓPEZ AYALA, J. L.; MAEDA, E. E.; MALHI, Y.; MARIA, V. R. B.; MARQUES, M. C. M.; MARQUES, R.; CHAMBA, H. M.; MBWAMBO, L.; MELGAÇO, K. L. L.; MENDIVELSO, H. A.; MURPHY, B. P.; O’BRIEN, J. J.; OBERBAUER, S. F.; OKADA, N.; PÉLISSIER, R.; PRIOR, L. D.; ROIG, F. A.; ROSS, M.; ROSSATTO, D. R.; ROSSI, V.; ROWLAND, L.; RUTISHAUSER, E.; SANTANA, H.; SCHULZE, M.; SELHORST, D.; SILVA, W. R.; SILVEIRA, M.; SPANNL, S.; SWAINE, M. D.; TOLEDO, J. J.; TOLEDO, M. M.; TOLEDO, M.; TOMA. T.; TOMAZELLO FILHO, M.; VALDEZ HERNÁNDEZ, J. I.; VERBESSELT, J.; VIEIRA, S. A.; VINCENT, G.; CASTILHO, C. V. de; VOLLAND, F.; WORBES, M.; ZANON, M. L. B.; ARAGÃO, L. E. O. C. Climate seasonality limits leaf carbon assimilation and wood productivity in tropical forests. Biogeosciences, v. 13, n. 8, p. 2537-2562, Apr. 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Cocais; Embrapa Florestas; Embrapa Roraima. |
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